PDA

View Full Version : Turkish results in New K25 Admixture Calculator at GenePlaza.com



eolien
12-01-2017, 09:39 AM
Herkesin sakinleştiğini umarak yeni bir başlık açıyorum. Birçoğumuzun 'Kurd' lakaplı arkadaşın yaptığı testleri izlediğini düşünüyorum.

Farklı bir yöntemle yapıldığı için sonuçların farklı ve daha önemlisi belki daha 'informatif' olacağını düşünüyorum.

Eğer ilgilenirseniz belki elinizdeki bazı örneklerin oradaki test sonucunu buraya aktarabilirsiniz. ücreti sadece 5 dolar :)

Afshar
12-01-2017, 09:46 AM
Testin aciklamasi olmadan para yatirmak biraz mantiksiz geliyor. Aciklamasi varsa paylasabilirmisiniz?

eolien
12-01-2017, 09:55 AM
açıklama derken? açıkçası ben bu testlerin farklarını çok iyi anlamıyorum. sadece rare allele'lerden yola çıkarak yapıyordu ama burada aynı yöntem mi bilmiyorum mesela benim için oldukça temiz çıktı, yani bütün doğu,kuzey ve güneybatı avrupayı sıfırladı.

zaten elimdeki 2-3 örneği oraya ve buraya koyacağım. ondan sonra tartışılabiliriz.

şurada başlamış durumda: http://www.anthrogenica.com/showthread.php?12817-New-K25-Admixture-Calculator-at-GenePlaza-com

Afshar
12-01-2017, 09:59 AM
Kullandigi referanslar mesela hicbiryerde gozukmuyor.

Theodore Gavras
12-03-2017, 09:34 PM
Ben antik testini yaptırmayı düşünüyorum, diğeri fazla kalabalık geldi bana.

eolien
12-04-2017, 12:27 PM
Ben antik testini yaptırmayı düşünüyorum, diğeri fazla kalabalık geldi bana.

su anda K25'i K24'e cevirecek bir update var, ondan sonra elimdeki 4-5 ornegi paylasirim

Onur Dincer
12-04-2017, 01:51 PM
GenePlaza'nın ileride FTDNA ham datalarını da kabul edeceği yönünde herhangi bir bilgi paylaşıldı mı beyler? FTDNA'den de ham data yükleyenler olmuş okuduğum kadarıyla (nasıl yüklemişler bilmiyorum), gerçi GenePlaza'daki analizlerde kullanılan SNP'lerle FTDNA'in test ettiği SNP'ler pek uyuşmuyor deniyor, zaten iyi sonuç vermemişler analizlerde.

eolien
12-04-2017, 07:38 PM
ben soyle yaptim ftDNA -> Dna.land (orada 23andme formatina cevriliyor) -> upload raw data.txt to geneplaza

eolien
12-08-2017, 09:14 AM
söz verdiğim üzere:

20306


açıklamalar:
referans topluluklar:
Caucasian: Adygei, Kabardin, Kumyk
SW Asian: Bedouin B, Saudi
Southern Slavic: Bosnian, Montenegrin, Bulgarian, Romanian
South Central Asian: Balochi, Brahui, Pakistani Parsis
Central Asian 1: Kazak, Turkmen, Uzbeks
Central Asian 2: Tajikstani & Pamiri Tajiks

örnekler (daha önce bahsetmiştim)
Turkish1: 3/4 Hekimhan-Malatya, 1/4 Ceyhan
Turkish 2: Trabzon/Kemah/Georgian karışık
Turkish 3: Macedonian Turkish
Turkish 4: 1/2 Ürgüp, 1/2 Elmalı-Antalya

Afshar
12-08-2017, 10:58 AM
Sence bu kalkulatorun oburlerine bakaraktan ozelligi veya fazlaligi nedir?

eolien
12-08-2017, 02:18 PM
maalesef bu kalkülatörlerin nasil calistigini anlamiyorum, buna benzer bir soruyu simdi Kurd'e sordum ... eger bana aciklarsan belki yontem farkliliklarini anlayabilirim

ama sonuclara gelirsek, benim acimdan cok daha temiz ve mantikli sonuclar cikiyor ve bazi cikarsamalar yapmayi yada test etmeyi mumkun kiliyor (Background noise azalmis durumda)


ilk turk ornegi eurogenes K13'te analiz ettigimde, North Atlantic, Baltic, West Med. gibi topluluklardan ciddi yuzdeler veriyordu.

Bu asamada soyleyebileceklerim bu kadar. Tabii ornegin bu teste gore turkiye disindaki turki diller konusan topluluklarin sonuclarini gormek guzel olurdu, keza ermeni ve yunanli ornekleri de

Anabasis
12-08-2017, 03:36 PM
bir kalkulator sonucu icin 5 euro cok insafsizca.

eolien
12-08-2017, 03:46 PM
bir kalkulator sonucu icin 5 euro cok insafsizca.


ama bazi iyilestirmeler ve update'ler bedavaya gelecek galiba. sonucta daha cok kisisel analiz icin yapilmis bir site gibi, elinde yuzlerce ornek olan icin degil (belki pazarlik yapabiliriz :)

Anabasis
12-08-2017, 04:04 PM
Bu projeyi kurd degilde david yurutseydi para vermeye deger bulabilirdim fakat kurdun anthrogenica daki bazi tartismalara getirdigi yorum bende guvensiz bir durum yaratti.

Lupus82
12-08-2017, 04:20 PM
maalesef bu kalkülatörlerin nasil calistigini anlamiyorum, buna benzer bir soruyu simdi Kurd'e sordum ... eger bana aciklarsan belki yontem farkliliklarini anlayabilirim

ama sonuclara gelirsek, benim acimdan cok daha temiz ve mantikli sonuclar cikiyor ve bazi cikarsamalar yapmayi yada test etmeyi mumkun kiliyor (Background noise azalmis durumda)


ilk turk ornegi eurogenes K13'te analiz ettigimde, North Atlantic, Baltic, West Med. gibi topluluklardan ciddi yuzdeler veriyordu.

Bu asamada soyleyebileceklerim bu kadar. Tabii ornegin bu teste gore turkiye disindaki turki diller konusan topluluklarin sonuclarini gormek guzel olurdu, keza ermeni ve yunanli ornekleri de

Etnik acidan buyuk oranda saf ve homojen kalmis populasyonlarin ya da arkeolojik kazilardan cikan insan fosillerinin DNA'lari toplaniyor. Analiz edilip genetik verilere donusturuluyor. Sonra bu genetik verilerle sizin DNA bilgileriniz karsilastiriliyor. Benzerlik yuzdeniz veriliyor.

Mesela Akdeniz cevresi icin Arnavutlar, Sardinyalilar; Iber yarimadası icin Basklar; Kafkasya icin Gurculer ve oteki ufak Kafkas halklari; Iran'in dogusu olan Gedrosia icin Makrani, Brahui gibi kabileler seciliyor. Bu halklarin otantik saf olduklari kabul ediliyor veya ilgili bolgenin en erken donemdeki nufusu oldugu kabul ediliyor. Biraz keyfiyete bagli yani. Genetik verileri bolgelere gore ozenlice bolunmesi lazim. Bence Dodecad K12b, MDLP, Gedrosia ve puntDNAL K10/K12 ancient gayet iyi kalkulatorler.



Bu projeyi kurd degilde david yurutseydi para vermeye deger bulabilirdim fakat kurdun anthrogenica daki bazi tartismalara getirdigi yorum bende guvensiz bir durum yaratti.


Evet, bence de manipulasyon yapiyor gibi. Bati Asyali/Avrupali milletler ile Hint/Pakistanli halklar arasinda genetik akrabalik tesis etmeye cabaliyor gibi. Sri Lankali cikarsaniz sasirmayin :-)

Anabasis
12-08-2017, 04:39 PM
Gedrosia kurdun zaten. Bence Puntdnal pek populer olmasada en dogruya yakin sonucu veriyor oraclellarda. En azindan beni dogrudan trabzon olarak adresleeyen ender kalkulatorlerden. Eurogenesde ve dodecadde trabzon referansi yok onlara bisey diyemiyorum ama mdlp de ciddi sapmalar var. Kalkulator effectin den kurtulamadi kanimca. Ama yine de mdlpk16 gayet basarili diger kalkulatorlerine gore.

alhan
12-11-2017, 01:17 PM
Gedrosia kurdun zaten. Bence Puntdnal pek populer olmasada en dogruya yakin sonucu veriyor oraclellarda. En azindan beni dogrudan trabzon olarak adresleeyen ender kalkulatorlerden. Eurogenesde ve dodecadde trabzon referansi yok onlara bisey diyemiyorum ama mdlp de ciddi sapmalar var. Kalkulator effectin den kurtulamadi kanimca. Ama yine de mdlpk16 gayet basarili diger kalkulatorlerine gore.

Ben de aynı şeyi düşünüyorum. puntDNAL diğer hesaplayıcılara kıyasla, daha ayakları yere basan değerler veriyor Oracle'larda.

Tam olarak ayrımlayamadığım şeyler var gerçi.

Doğu Anadolu gen mirasının bir temsilcisi olarak doğal olarak Türk, Kürt, Azeri, Ermeni ve İrani karışımı var gen havuzumda bu çıkarımı test sonuçlarından yola çıkarak da yapabiliyorum. Ama gerçekten hangisi var ve ne kadar var bunu anlamlandırmak imkansız gibi bir şey.

Yani bende gerçekten Kürt yokta Azeri/Türk-İran karışımını mı görüyorum. Yoksa Azeri'likle hiç alakam yokta Kürt-Türk karışımı olduğu için mi Oracle'larda Azeri öne atlıyor, bunu cevaplamak güç.

Ama muhtemel kompozisyonu ve öne çıkanları yansıtması bakımından diğerlerinden daha başarılı.

MDLP K16 en azından benim için iyi bir hesaplayıcı değil.
Birkaç yerde hiç kafama yatmayan şeyler var;
- K16'nın Caucasian'ı nasıl bir Caucasian'sa %53'ü buluyor bende (bu durumda Georgian Abaza, Türk'ten daha yakın oluyor),
(Spreadhsheet'te Türk ortalamasında %66 Caucasian olan da var , %42 olan da. Bu kadar dağınık ve ilgisiz referanslar heterojen dağılımdan ziyade rastgele bir dağılım sağlıyor gibi.)
- North East European bileşenim ilginç bir şekilde 0.50'lerde süründüğü için Oracle'larda Armenian patlaması oluyor doğal olarak. (buna benzer etkiyi diğer hesaplayıcılarda da görüyorum aslında, bu bileşen -ve diğer hesaplayıcılardaki benzerleri- bu coğrafyada hiç bir popülasyonda (Ermeniler hariç) bu kadar düşük değil). Bu bileşeni bu değerlere düşürecek kombinasyonu yapmakta mümkün değil.

- Indian bileşenim %15 olduğu için doğal olarak Kürt popülasyonuna cuk oturuyor. Türk'ten ise aynı hızla uzaklaşıyor.

Bu bileşen de biraz zorlama gibi, South Central Asian'ı da/South West Asian'ı da karşılayamamış gibi.
Hesaplayıcının South Central Asian diye bir popülasyon grubu kullanmadığını düşünürsek bu bileşenin Indian'a yığılmasını beklerim (Bir kısmı Caucasian'a kaydı kabul etsek bile). Halbuki spreadsheet'teki Türk referanslarına bakıldığı zaman Indian %3-4.
Bu oran abartılı şekilde düşük neticede South Indian benzeri bir bileşenden bahsetmiyoruz. South Central Asian veya South West Asian olmadığına göre South Indian daha yüksek olmalı. Nitekim İran referanslarına bakınca Indian'ın %31 olduğunu görüyoruz. Türk referansında da en azından %10'larda bir şey çıkması gerekir bence.

Netice olarak K16'nın detayında falsoları olduğunu düşünüyorum.

XooR
12-11-2017, 01:59 PM
Bu tarz kalkulatorler maniplasyona cok acik. Referans degerini Gurcu'den Cerkes'e degistirip yada Iran'a degistirip istedigin yone cevirebilirsin. Dolayisiyla bu isi artik kapitalist bir duzene cevirdiler. Her ay yeni kalkulator ve yeniden 5 dolar. Oysa tek yapilan sey referans degerinin yerine baskasi konulmasi. Realitede ortaya konulan yeni ve cigir acan bir sey yok.

Yine de merakimizdan aliyoruz testleri. Benim sonuclarim.

20374
20376
20377

20378
20379

XooR
12-11-2017, 02:09 PM
(Spreadhsheet'te Türk ortalamasında %66 Caucasian olan da var , %42 olan da. Bu kadar dağınık ve ilgisiz referanslar heterojen dağılımdan ziyade rastgele bir dağılım sağlıyor gibi.)


Alhan, Kafkasya'da 66% olan Dogu Karadeniz zaten Turkiyenin geri kalanindan farkli genetige sahip. Trkiye ortalamasi 40%'larda. Yani en azindan kafkasya referanslarinda sorun yok.

alhan
12-11-2017, 03:44 PM
%66 Caucasian sanki Gürcü gibi geldi bana?

Doğu Karadeniz sizin de dediğiniz gibi Türkiye ortalamasından oldukça farklı, o yüzden Türk ortalaması gibi sunmak yerine Türkiye_Doğu_Karadeniz vb şeklinde tanımlamak daha iyi olabilirdi.

Bir diğer konuda, hesaplayıcıların hiç birinde Türkiye'nin doğusuna referans olabilecek bir popülasyon grubunun olmayışı.
Turk_Kayseri bunu karşılamıyor.

Aslında keşke bu sayfadan özgün bir Anadolu hesaplayıcısı oluşturulabilse. Ne de olsa en kapsamlı populasyon referanslarına bu başlıkta yazanlar sahipler.

eolien
12-11-2017, 04:08 PM
%66 Caucasian sanki Gürcü gibi geldi bana?

Doğu Karadeniz sizin de dediğiniz gibi Türkiye ortalamasından oldukça farklı, o yüzden Türk ortalaması gibi sunmak yerine Türkiye_Doğu_Karadeniz vb şeklinde tanımlamak daha iyi olabilirdi.

Bir diğer konuda, hesaplayıcıların hiç birinde Türkiye'nin doğusuna referans olabilecek bir popülasyon grubunun olmayışı.
Turk_Kayseri bunu karşılamıyor.

Aslında keşke bu sayfadan özgün bir Anadolu hesaplayıcısı oluşturulabilse. Ne de olsa en kapsamlı populasyon referanslarına bu başlıkta yazanlar sahipler.

Arkadaslar bu genel bir rica olacak ama thread'e baska hesaplayicilarin yorumlarini katmasak cok guzel olacak. biliyorum konusmaya ve tartismaya ihtiyacimiz var ama veriler yerine yorumlari okumak cok yorucu oluyor.

5 euro cok fazla bir ucret degil sonucta üretilen bir emek var ve bunun bir karsiliginin olmasi lazim. Kurd' hesaplayiciyi daha da iyilestirdigini soyledi ve mesela bu update bedava yapiliyor.

Böyle bir kalkulatörü hazirlarken tüm incelik zaten referans topluluklari ve o topluluklari hesaplamada olusturacak kisileri secmede. Benim anladigim sonucta kendisi birbiriyle ortusmeyen nispeten turdes topluluklar secip onlarin da 'outlier' larini ayikliyor.
Bunu 3D bir haritadaki koordinatlar olarak düsünebiliriz bence, yada bana oyle anlamak oyle kolay geliyor. Türkiye orneginde eger turkiye ornekleri PCA'da pek homojen olmayip batida balkanlar, doguda azeri ve ermeniler, kuzeyde kafkaslarla ortusuyorsa mesela turk, kurd, azeri, ermeni gibi topluluklari referans secmenin pek anlami olmayacagini dusunuyorum. Sonucta bakilan sey sendeki SNP allel'leriyle o topluluklarin ortusme olasiligi. Azeriler ile Turkler kismen ortusuyor cunku ortadan bir sinir gecirmekle 500 yila dayanan ortak gecmis silinmiyor. Zaten Azerbaycan Azerileri de genetik olarak Ermeniler'e oldukca yakin bir topluluk. Bunu kümeler olarak tasavvur edersek, azeri ve ermenilerde ki ortak SNP allelleri eger cok fazlaysa sendeki bu ortakligin hangisinden kaynaklandigini bilmek cok kolay degil.

eolien
12-11-2017, 04:11 PM
Bu tarz kalkulatorler maniplasyona cok acik. Referans degerini Gurcu'den Cerkes'e degistirip yada Iran'a degistirip istedigin yone cevirebilirsin. Dolayisiyla bu isi artik kapitalist bir duzene cevirdiler. Her ay yeni kalkulator ve yeniden 5 dolar. Oysa tek yapilan sey referans degerinin yerine baskasi konulmasi. Realitede ortaya konulan yeni ve cigir acan bir sey yok.

Yine de merakimizdan aliyoruz testleri. Benim sonuclarim.

20374
20376
20377

20378
20379

bu bir Rize Laz örnegi idi degil mi? belki update'ten sonraki yeni sonuclari da koyarsin.

Anabasis
12-11-2017, 04:12 PM
Kalkulatorlerde komponent degerlerinden ziyade oracle larda degerlendirilen populasyon referans listesi onemli. Populasyon ortalamalari onemli. Sonucta oracle dediginiz sey hangi populasyon ortalamasina en yakinsin diye sonuc veriyor. Kullanilan yontemde en kucuk karaler yontemi. Yani basit anlamda bir karisim probleminden bahsediyoruz. Oracledan 4 mixten ve nmonteden yola cikarak is hayatimda karsima cikan bazi karisim problemlerini nispeten cozme durumum oldu. Oracle in dez avantaji en fazla 4 lu karisim yapiyor olusu. Referans degerleri ne kadar dogruysa o kadar net sonuc alirsiniz. Ama surasi gercek ki dogu anadoluda referans edilebilecek topluluklarin sayisi yeterli degil. Yada tam anlamiyla ticari dnalardan elde edilen ham dosyalarin kalkulator sonuclarini esdeger sekilde karsilayacak bir standart yok. Bence en buyuk sorun da bu. akademik orneklerle olusturulmus bir kalkulator ve referans listesinin ticari dna doayalariyla olusturulanlarla esdeger tutulmasi. Bence farkli sonuclar veriyor.

eolien
12-11-2017, 04:37 PM
Kalkulatorlerde komponent degerlerinden ziyade oracle larda degerlendirilen populasyon referans listesi onemli. Populasyon ortalamalari onemli. Sonucta oracle dediginiz sey hangi populasyon ortalamasina en yakinsin diye sonuc veriyor. Kullanilan yontemde en kucuk karaler yontemi. Yani basit anlamda bir karisim probleminden bahsediyoruz. Oracledan 4 mixten ve nmonteden yola cikarak is hayatimda karsima cikan bazi karisim problemlerini nispeten cozme durumum oldu. Oracle in dez avantaji en fazla 4 lu karisim yapiyor olusu. Referans degerleri ne kadar dogruysa o kadar net sonuc alirsiniz. Ama surasi gercek ki dogu anadoluda referans edilebilecek topluluklarin sayisi yeterli degil. Yada tam anlamiyla ticari dnalardan elde edilen ham dosyalarin kalkulator sonuclarini esdeger sekilde karsilayacak bir standart yok. Bence en buyuk sorun da bu. akademik orneklerle olusturulmus bir kalkulator ve referans listesinin ticari dna doayalariyla olusturulanlarla esdeger tutulmasi. Bence farkli sonuclar veriyor.

öncelikle türkçemdeki yabancı terimler için özür dilerim. farkındaysanız bu kalkulatorda bir oracle olayı yok, ben gerçekten bu kalkulatörların (oracle degil) nasıl calıştığını anlamak için gördüyseniz Kurd'e asıl thread'de bir soru sormuştum o da zamanını verip çok güzel açıkladı. Artık kafamda oturmuş durumda.

Açıkçası beni oracle'lar fazla ilgilendirmiyor daha çok belirli daha saf komponentlerin gradientleri ilgilendiriyor ki bu zaten Y-kromozom sonuçlarıyla da örtüşüyor. Mesela bu K25te Kabadin-Çerkes-Kumık tan kaynaklanan bir kuzey kafkasya komponenti var. PCA'da oldukça birbirine yakın yapışık duran üç topluluk. Bu komponent belki tarihsel verilerle de uygun bir şekilde anadolu'nun sonunda bitiyor ama anadolu'da kafkasyadan batıya güzel bir gradient çiziyor. Örneğin benim çerkes örneğimde 100%, Xoor'un Laz örneğinde %70, Anabasis'in sanırım Trabzon örneğinde %60 vs. Bu oldukça informatif bir komponent. Bence sanırım asıl bronz ve demir çağlarından beri gelen komponenti gösteriyor. Tabii bunun böyle olup olmadığını Hitit vs örneklerinden DNA elde edildiğinde umarım çok uzakta olmayan bir gelecekte anlayacağız.

XooR
12-11-2017, 09:10 PM
öncelikle türkçemdeki yabancı terimler için özür dilerim. farkındaysanız bu kalkulatorda bir oracle olayı yok, ben gerçekten bu kalkulatörların (oracle degil) nasıl calıştığını anlamak için gördüyseniz Kurd'e asıl thread'de bir soru sormuştum o da zamanını verip çok güzel açıkladı. Artık kafamda oturmuş durumda.

Açıkçası beni oracle'lar fazla ilgilendirmiyor daha çok belirli daha saf komponentlerin gradientleri ilgilendiriyor ki bu zaten Y-kromozom sonuçlarıyla da örtüşüyor. Mesela bu K25te Kabadin-Çerkes-Kumık tan kaynaklanan bir kuzey kafkasya komponenti var. PCA'da oldukça birbirine yakın yapışık duran üç topluluk. Bu komponent belki tarihsel verilerle de uygun bir şekilde anadolu'nun sonunda bitiyor ama anadolu'da kafkasyadan batıya güzel bir gradient çiziyor. Örneğin benim çerkes örneğimde 100%, Xoor'un Laz örneğinde %70, Anabasis'in sanırım Trabzon örneğinde %60 vs. Bu oldukça informatif bir komponent. Bence sanırım asıl bronz ve demir çağlarından beri gelen komponenti gösteriyor. Tabii bunun böyle olup olmadığını Hitit vs örneklerinden DNA elde edildiğinde umarım çok uzakta olmayan bir gelecekte anlayacağız.

Eolien,

Y-kromozomla ortusen saf komponent degerleri derken neyi kastediyorsun? Senin soyledigin dogu-bati meyil degisimi duger butun kalkulatrlerde de mevcut. K-25 i ozel yapan birsey yok burda. Kafkasya komponenti icin konusursak her hesaplayicida ayni meyil vardir (anadoluda batidan doguya gittikce artar) Bununda ana nedeni cografi konum ile aciklanabilir. Referans noktasina ne kadar yakinsan o komponent etkisini o kadar fazla hissedersin. Kafkasya referansi olarak Laz'lari kullansalar Turkish_Trabzon ornekleri K-25'te baz alinan ve 100% Caucasian cikan referans gruplarindan cok daha yuksek cikacaktir. Daha oncede soyledigim gibi referans degerlerini dogru belirlemek cok onemli. Dogu Karadeniz ve Anadolu halklari icin Kafkasya, yerli Anadolu, Levant ve Irani etkileri dogru sekilde ayirabilecek bir kalkulator lazim. Kurgusu ve metodu tartisilir, fakat bunlari net bir sekilde ortaya koyamayan hesaplayicida cok fazla overlap ve akabinde kaymalar olur, oluyor da. Bunu giderebilmenin yolu senin de soyledigin gibi bolgemizdeki antik genom calismalarinin hiz kazanmasi ve sonuclar elde edilmesidir.

XooR
12-11-2017, 09:34 PM
bu bir Rize Laz örnegi idi degil mi? belki update'ten sonraki yeni sonuclari da koyarsin.

evet Laz Rize ornegi. Elbette koyarim.

eolien
12-11-2017, 09:48 PM
Eolien,

Y-kromozomla ortusen saf komponent degerleri derken neyi kastediyorsun? Senin soyledigin dogu-bati meyil degisimi duger butun kalkulatrlerde de mevcut. K-25 i ozel yapan birsey yok burda. Kafkasya komponenti icin konusursak her hesaplayicida ayni meyil vardir (anadoluda batidan doguya gittikce artar) Bununda ana nedeni cografi konum ile aciklanabilir. Referans noktasina ne kadar yakinsan o komponent etkisini o kadar fazla hissedersin. Kafkasya referansi olarak Laz'lari kullansalar Turkish_Trabzon ornekleri K-25'te baz alinan ve 100% Caucasian cikan referans gruplarindan cok daha yuksek cikacaktir. Daha oncede soyledigim gibi referans degerlerini dogru belirlemek cok onemli. Dogu Karadeniz ve Anadolu halklari icin Kafkasya, yerli Anadolu, Levant ve Irani etkileri dogru sekilde ayirabilecek bir kalkulator lazim. Kurgusu ve metodu tartisilir, fakat bunlari net bir sekilde ortaya koyamayan hesaplayicida cok fazla overlap ve akabinde kaymalar olur, oluyor da. Bunu giderebilmenin yolu senin de soyledigin gibi bolgemizdeki antik genom calismalarinin hiz kazanmasi ve sonuclar elde edilmesidir.

Sunu kastediyordum aslinda: mesela Near East, North Atlantic, east meditteranean gibi componentlar (mesela eurogenes k13te varlar) hicbir toplulukta % 100 e yakin oran vermiyor. Daha da kotusu mesela benim Cerkes ornegi icin %10 Baltik, %9 West Med. vs veriyor. Ornegin yine eurogenes k36da armenian diye bir komponent var, gedmatchta ermeni isim soyadli bir suru ornegi denemek icin test ettigimde en fazla %20 bu komponentten veriyor. Velhasil sozu MDLPden disari ama bu K25ten daha fazla umutluyum kendi acimdan, cunku daha az komponentten daha akla yakin sonuclar uretiyor.

Y-kromozom konusuna gelirsek, anadoludan ornekler arttikca Kuzey Kafkasyada gorunen gruplarin ciddi oranda burada da ortaya cikacagini dusunuyorum. Sonucta bu referans topluluklar olmadigi icindir ki, Trabzon ornekleri en yakin olarak Ermeni grubunu seciyorlardi. halbuki ne gurcu ne de ermenilerin tarihsel donemde trabzona kadar yayilmadigin biliyoruz. tabii ki bunlar biraz yuksek sesle dusunmeler daha fazlasi degil.

XooR
12-11-2017, 10:23 PM
Sunu kastediyordum aslinda: mesela Near East, North Atlantic, east meditteranean gibi componentlar (mesela eurogenes k13te varlar) hicbir toplulukta % 100 e yakin oran vermiyor. Daha da kotusu mesela benim Cerkes ornegi icin %10 Baltik, %9 West Med. vs veriyor. Ornegin yine eurogenes k36da armenian diye bir komponent var, gedmatchta ermeni isim soyadli bir suru ornegi denemek icin test ettigimde en fazla %20 bu komponentten veriyor. Velhasil sozu MDLPden disari ama bu K25ten daha fazla umutluyum kendi acimdan, cunku daha az komponentten daha akla yakin sonuclar uretiyor.

Y-kromozom konusuna gelirsek, anadoludan ornekler arttikca Kuzey Kafkasyada gorunen gruplarin ciddi oranda burada da ortaya cikacagini dusunuyorum. Sonucta bu referans topluluklar olmadigi icindir ki, Trabzon ornekleri en yakin olarak Ermeni grubunu seciyorlardi. halbuki ne gurcu ne de ermenilerin tarihsel donemde trabzona kadar yayilmadigin biliyoruz. tabii ki bunlar biraz yuksek sesle dusunmeler daha fazlasi degil.

Eolien,

Ne yalan soyleyeyim, kastetmek istedigini yine anlamadim :). Zaten Kuzey Kafkasyada gorulen haplogruplar (Y-DNA) Turkiye'de de mevcut. Eger kastetmek istedigin spesifik clusterlarsa soyle hangilerini kastettigini bizde karsilastiralim. Benim kastettigim referans degerleri tamamen otozomal kalkulatorler icin. Trabzona kadar yayilmayan ne? Devlet statusunde Gurcistan mi yoksa genetik benzerlikten mi bahsediyoruz. Trabzonu da icine alan dogu karadeniz bolgesinin otokton genetik yapisi zaten bati kafkasya kokenlidir. Daha piyasada Gurcistan yokken ayni kokene sahip insanlar Dogu karadenizde cirit atiyorlardi. Trabzon orneklerinde populasyon olarak Ermeni cikmasinin ana nedeni forumda bahsedildigi uzere populasyon ortalamalari olusturulurken ki ornek yeterizligi veya yanlis ornek secimleri. Elbetteki cografi yakinlik bazli etkilesim de olmus olabilir nitekim Ermeni'ler de cok uzun sureler anadolu topraklarinda yasadilar. Ayni gen havuzundan binlerce yil paylasim oldu. K-25 bu noktada estimate degerleri veriyor. Herhangi bir ekstrasi yok eger pinpoint sonuc ariyorsan DNA Tribes'in otozomal testini dene derim. Benim icin direkt olarak Laz sonucuna ulasan tek ticari firmadir.

alhan
12-12-2017, 07:23 AM
Geçtiğimiz birkaç yazıdan yaptığım çıkarımları ben de paylaşmak isterim.

Kurd'ün bileşenlerin oluşturulması ile ilgili anlatımını ben de okudum. Doğrusu genellikle fazlaca irdelemediğim bir konuydu, gündeme gelmiş olması iyi oldu.
Burada nacizane anladığım;
- Örnek (ideal koşullarda izole) referans populasyonlarda sıklıkla görülen SNP'ler kullanılarak, birkaç referans populasyonun dahil edildiği bileşenler oluşturuluyor.
- Autosomal verimizde, bu özgün SNP'lere sahip olup olmadığımıza bakılarak da gruplara oransal dağılımımız yapılıyor.

Buraya kadar yapılanı tümevarım olarak değerlendirsek yanılmış olmayız sanırım. Çalışmanın bu kısmının göreceli olarak daha az yoruma açık olduğunu düşünüyorum. (bileşenlerin oluşturulması sırasındaki grupların seçimi Oracle'lara kıyasla daha az speküle edilebilir diye düşünüyorum.)

Bu aşamada verileri, sadece Hesaplayıcıların bileşenlerine bakarak yorumlayabilenler için sorun yok.

Ama illa ki etnisite olarak sonuç görmem lazım diyenler için bundan sonrası biraz spekülatif.

Oracle'lardaki hesaplamalar Xoor'un açıklamasından anladığım kadarıyla gen'den çıkarak istatistiksel dağılım konusuna meylediyor??

Farklı hesaplayıcıların oluşturdukları bileşenler az çok bir uyumluluk arz ederken, Oracle'lar tam bir Çarşamba pazarına dönebiliyor.

Tek tek farklı hesaplayıcıların Oracle sonuçlarına baktığımda gördüğüm sorunlardan bazıları,
- birinde bir numara tahmin edilen etnik köken diğerinde hiç olmayabiliyor,
- sırf bir akademik çalışmada yer alıyor diye sayıları 3-5 bini geçmeyecek etnik/mezhep gruplar listeleri şişiriliyor,
- buna karşın, kendi içinde dünyalar kadar fark olan kocaman kocaman ülkeler tek ortalamaya sıkıştırılmaya çalışılıyor

Etnik kompozisyonuna yakın sonuç veren hesaplayıcıyı kişiden kişiye değişiyor.

İşte bu yüzden Anadolu'ya en uygun hesaplayıcı sizlerin ellerindeki örneklerden oluşturulacak referans popülasyonlarla daha doğru olabilir diye düşünüyorum.

eolien'in uyarısını da hesaba katıp, K30 sonuçlarımı paylaşıyorum;


Alhan's results [Turkish]:



45 ancestral populations
69104 total SNPs
0 flipped SNPs
22668 heterozygous SNPs
639 no-calls
3812 absent SNPs
0.935590 genotype rate
mode genomewide

4451 SNPs missing (no-call or absent)

13770 dQ: 1.001E-07 goal: 1.000E-07

13775 total iterations
1.000E-07 final dQ

----------------------------
FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
----------------------------

17.64% South-Caucasian
20.12% North-Caucasian
1.76% Paleo-Balkan
0.00% Turkic-Altai
0.51% Proto-Austronesian
0.00% Nilotic
15.48% East-Med
0.00% Omotic
0.00% Munda
0.00% North-Amerind
3.04% West-Med
2.84% SW-Euro
7.89% Arabic
0.10% East-Euro
0.00% Central-African_HG
0.00% Andean
0.00% Indo-Chinese
2.18% South-Indian
0.01% NE-Asian
0.00% Volgan
0.00% Mongolian
0.00% Siberian
0.00% North-Sea_Germanic
0.06% Celtic
0.00% West-African
0.00% Kushitic
0.00% West-Finnic
0.00% Uralic
0.00% Sahelian
4.40% NW-Indian
0.44% East-African_HG
0.00% East-Asian
0.00% Amuro-Manchurian
0.12% Scando-Germanic
18.44% Iranian
0.03% South-African_HG
0.34% Amazonian
0.00% Baltic
0.00% Malay
0.00% Meso-Amerind
0.00% South-Chinese
0.08% North-African
0.00% Papuan
0.03% West-Amazonian
4.47% Pamirian

CPU time = 507.88 sec

Magnetic
12-12-2017, 08:09 AM
XooR arkadaşin dediği gibi bazıları manipulasyon yapiyor ya ...farkına vardıgımda tüylerim diken diken olyuor

bi bokda diyemiyorsun çünkü herifler sarmış burayı birşey desen yapılan manipulasyon işine gelen diğer ezikler manipulasyon yapanı savunup rahat vermicekler . sonunda ırkcı veya nefret dolu olmaklan suçluyorlar insanı . kim uğraşicak ki ...salla gitsin ne yapalım lol

ama ne hikmetse en çok türkiyeliler (türk olsun kürt olsun) manipulasyon ve agenda kurbanı oluyor sanki O_o bilmiyorum sadece bana mı öyle geliyor acaba . bazen okuduklarıma inanamiyorum açıkcası

eolien
12-12-2017, 11:10 AM
GenePlaza'daki K25 hesaplayıcısı (kalkülatör) yukarlarda bulunan ilgili başlıkta görüleceği üzere K29 olarak güncellenmek üzere. Özellikle Türki topluluklar arttırılmış durumda ve hepimiz için ilginç sonuçlar çıkacağına eminim.

Bu reklamımı yaptıktan sonra Alhan'ın yazdıklarına şunu ekleyeyim. Kesinlikle Alhan yada diğerlerinin bilgilerini eleştirmek amacıyla yazmıyorum. Belki başkalarına da yararlı olur. Ben olayı şöyle anlıyorum.

Sonuçta o SNPler hepimizde var, izole topluluğa özel bir SNP yok. Şöyle bir tablo yapalım.

SNP_1 ancestral 0, mutasyon 1. iki kopyamız var yani 00, 01 yada 11 olabiliriz. Bir komponenti belirlemek için o topluluktan 10 kişiyi alıyoruz. Diyelim ki 5 komponentimiz olsun, ve SNP_1 deki 1 değerin oranları şöyle dağılsın:

Komp_1: %0, Komp_2: %10, Komp_3: %50, Komp_4: %80, Komp_5: %90 (yani sonuncu komponenti oluşturan 10 referans kişinin 9'u mutasyonu taşıyor), kendi örneğimizde o hesaplayıcı SNP_1 deki değerimizi bir topluluğa tahsis etttiğinde eğer değerimiz 0 ise Komp_1'e eğer 1 ise Komp_5'e tahsis edecektir. Eğer komp_5 imiz yoksa doğrudan en yakın komponenti yani Komp_4 ü seçecektir. Böylece 100 bin SNPten oluşacak yüzdelerimizin ilk 100 binde biri oluşmuş olacaktır. En azından ben Kurd'un açıklamalarından bu kadarını anladım. Bütün yöntem ihtimal hesabına dayandığından çok yakın

komponentler seçmişsek hesaplayıcının o SNP için % 80'lik komponent yerine % 90lık sonuç veren komponenti tercih etmesi kaçınılmaz ama bu yöntemin bir sonucu. Diğer gözönünde tutulması gereken nokta, komponenti oluşturacak referans bireyler PCAda birbirine yakın değilse ister istemez sonuçlar da daha az doğru olacaktır.

Testler mükemmel olsa da sonuçları doğru yorumlayabilmek apayrı bir konu. Çünkü sadece tek kişinini test sonucuna göre örneğin %5lik bir Arap komponenti o bölgedeki çok eski %5lik bir Arap komponent varlığının da delili olabilir o kişinin geçmişinde bulunan Arap bir vatandaşın da. İşte o yüzden bir genelleme yapabilmek için daha fazla örneğe ve istatistik doğrulamaya ihtiyacımız var (ortalamanın dışında standart sapma vs)

yoksa asıl manipülasyon o zaman olur gibime geliyor.

eolien
12-17-2017, 12:22 PM
soz verdigim uzere updated 4 turk ornek.

20452

Thracian88
01-19-2018, 07:35 PM
Öncelikle benim sonuçlarım anlamlı değiller. Diğer Türklerle kıyaslayınca Türklerinde kendi aralarında farklı sonuçlar aldığını görebiliyorum.

Görebildiğim kadarı ile verilen 4 Türk örneğinde de Southwest European değeri yok. Bende bu 26.5% gibi garip bir sonuç. Buna ek olarak 14.3% İskandinavya var. Yani bu calculatore göre 1/8 atalarım İskandinav, 1/4'ü İber yarım adasından. Bununla birlikte Southern Slavic 0, ancak nasılsa Eastern Slavic 7% veriyor. Genel anlamda çok etkin sonuçlar verdiğini düşünmüyorum.

Anabasis
01-20-2018, 09:42 AM
Öncelikle benim sonuçlarım anlamlı değiller. Diğer Türklerle kıyaslayınca Türklerinde kendi aralarında farklı sonuçlar aldığını görebiliyorum.

Görebildiğim kadarı ile verilen 4 Türk örneğinde de Southwest European değeri yok. Bende bu 26.5% gibi garip bir sonuç. Buna ek olarak 14.3% İskandinavya var. Yani bu calculatore göre 1/8 atalarım İskandinav, 1/4'ü İber yarım adasından. Bununla birlikte Southern Slavic 0, ancak nasılsa Eastern Slavic 7% veriyor. Genel anlamda çok etkin sonuçlar verdiğini düşünmüyorum.

Selanik gocmenimisiniz?

Thracian88
01-21-2018, 03:29 AM
Selanik gocmenimisiniz?

Selanik (1/4) ve Bulgaristan (3/4).

eolien
01-21-2018, 10:11 PM
Öncelikle benim sonuçlarım anlamlı değiller. Diğer Türklerle kıyaslayınca Türklerinde kendi aralarında farklı sonuçlar aldığını görebiliyorum.

Görebildiğim kadarı ile verilen 4 Türk örneğinde de Southwest European değeri yok. Bende bu 26.5% gibi garip bir sonuç. Buna ek olarak 14.3% İskandinavya var. Yani bu calculatore göre 1/8 atalarım İskandinav, 1/4'ü İber yarım adasından. Bununla birlikte Southern Slavic 0, ancak nasılsa Eastern Slavic 7% veriyor. Genel anlamda çok etkin sonuçlar verdiğini düşünmüyorum.

Eger sonuclari tam olarak verirseniz belki anlamlandirmak daha kolay olur. Ilk bakista 3/4 Bulgaristan kokenli biri neden %7 Dogu slav vermesin anlamiyorum. Ustelik dogu avrupali bircok ornekte de iskandinav da belli oranlarda cikiyor. En basitinden ailenizden birinin tamamen Ukrayna-Bulgar-Rumen taraflarindan geldigini soyleyebiliriz, bir taraf ta bati avrupadan. Diger iki tarafi sonuclari tam gormeden bilmek zor.

Verdigim 4 ornekten dogu avrupali gozuken zaten makedonya gocmeni kokenli. Onda da %50ye yakin guney slav ama bildigi hicbir aile tarafinda bosnaklik vs yok. SW European ornegini 1/4 Iber yarimadasi olarak nitelendirmek yanlis ama gercekten %26 ciddi bir oran. Italya-Fransa referansi olmadigindan oralardan hersey SW Europe referansi olarak cikacaktir diye dusunuyorum.

Testin anlamli cikmadigini soylemek icin mesela Eurogenes k13, MDLP vs paylasmak yada karsilastirmak dogru olur.

Son bir ricam da belki sonuclarinizi yukardaki asil konu basliginda paylasmaniz.

Thracian88
01-21-2018, 11:42 PM
Eger sonuclari tam olarak verirseniz belki anlamlandirmak daha kolay olur. Ilk bakista 3/4 Bulgaristan kokenli biri neden %7 Dogu slav vermesin anlamiyorum. Ustelik dogu avrupali bircok ornekte de iskandinav da belli oranlarda cikiyor. En basitinden ailenizden birinin tamamen Ukrayna-Bulgar-Rumen taraflarindan geldigini soyleyebiliriz, bir taraf ta bati avrupadan. Diger iki tarafi sonuclari tam gormeden bilmek zor.

Verdigim 4 ornekten dogu avrupali gozuken zaten makedonya gocmeni kokenli. Onda da %50ye yakin guney slav ama bildigi hicbir aile tarafinda bosnaklik vs yok. SW European ornegini 1/4 Iber yarimadasi olarak nitelendirmek yanlis ama gercekten %26 ciddi bir oran. Italya-Fransa referansi olmadigindan oralardan hersey SW Europe referansi olarak cikacaktir diye dusunuyorum.

Testin anlamli cikmadigini soylemek icin mesela Eurogenes k13, MDLP vs paylasmak yada karsilastirmak dogru olur.

Son bir ricam da belki sonuclarinizi yukardaki asil konu basliginda paylasmaniz.

Tabii ki isteğinizi yerine getirerek ilgili başlığı bularak sonuçlarımı paylaşırım. Fakat sizin için burada da yine yazacağım. Öncelikle sonuçlarım şu şekilde,

SOUTHERN EUROPEAN42.4%
Southwest European26.5%
Basque, Spanish
Greek-Albanian15.9%
NORTHERN EUROPEAN14.3%
Scandinavian14.3%
Swedes, Norwegian
EASTERN EUROPEAN7.0%
Eastern Slavic7.0%
Southern Slavic0.0%
WEST ASIAN26.8%
Caucasian21.6%
Southwest Asian5.2%
CENTRAL ASIAN5.9%
Kazak & Kirgiz4.6%
Turkmens1.3%
SC/S ASIAN3.6%
Indian3.6%

Diğer tüm değerler 0. Buradaki çelişki şu, varsaydığınız gibi en az bir tarafımın Bulgar/Romanyalı ya da diğer Balkan Slavlarından olduğunu var sayarsak Southern Slavic değeri ile Eastern Slavic değerlerinin yer değiştirmiş olması gerekmez miydi?

Fakat ilgili testte verilen bilgi de Bask ve İspanyol olarak ele alınmış. Bu durumda ilk bakışta İber yarım adası demek çok yanlış değil. Ancak İtalya ile birlikte değerlendirilseydi dediğiniz gibi farklı düşünebilirdim. Eurogenes K36'da bu değer 15.58%.

İsterseniz bu başlık altında isterseniz diğer başlıklarda MDLP ve Eurogenes k13 sonuçlarımı paylaşabilirim ve değerli fikirlerinizi öğrenebilirim.

eolien
01-22-2018, 04:56 PM
Tabii ki isteğinizi yerine getirerek ilgili başlığı bularak sonuçlarımı paylaşırım. Fakat sizin için burada da yine yazacağım. Öncelikle sonuçlarım şu şekilde,

SOUTHERN EUROPEAN42.4%
Southwest European26.5%
Basque, Spanish
Greek-Albanian15.9%
NORTHERN EUROPEAN14.3%
Scandinavian14.3%
Swedes, Norwegian
EASTERN EUROPEAN7.0%
Eastern Slavic7.0%
Southern Slavic0.0%
WEST ASIAN26.8%
Caucasian21.6%
Southwest Asian5.2%
CENTRAL ASIAN5.9%
Kazak & Kirgiz4.6%
Turkmens1.3%
SC/S ASIAN3.6%
Indian3.6%

Diğer tüm değerler 0. Buradaki çelişki şu, varsaydığınız gibi en az bir tarafımın Bulgar/Romanyalı ya da diğer Balkan Slavlarından olduğunu var sayarsak Southern Slavic değeri ile Eastern Slavic değerlerinin yer değiştirmiş olması gerekmez miydi?

Fakat ilgili testte verilen bilgi de Bask ve İspanyol olarak ele alınmış. Bu durumda ilk bakışta İber yarım adası demek çok yanlış değil. Ancak İtalya ile birlikte değerlendirilseydi dediğiniz gibi farklı düşünebilirdim. Eurogenes K36'da bu değer 15.58%.

İsterseniz bu başlık altında isterseniz diğer başlıklarda MDLP ve Eurogenes k13 sonuçlarımı paylaşabilirim ve değerli fikirlerinizi öğrenebilirim.

Tabii ki ben konunun uzmani degilim ama burada gorus bildiren bircok kisinin aksine bu testten cok umutluyum. Oncelikle turki topluluklari birbirinden ayirmis. Isterdim ki daha fazla kisi 5 euroya kiyip sonuclari buraya koysun ki belli bir genel cikarsamaya ulasabilelim ama insanlar hoslarina giden testi yada dayaniksiz spekulatif olmayi tercih ediyorlar.

Baska bir yerde de belirtmistim bu tur testler o genotip/mutasyon hangi referans grupta en coksa onu tercih ediyor. Mesela tabii ki Ispanya/Bask denmis ama guney avrupada sicilya disinda baska referans grup olmadigindan ister istemez bu sonuca variyorum. Bu asamada Caucasian %21 - SW asian 5 - Greek/Albanian %16 bana 4 ornekten ilk ornegi hatirlatiyor ki kendisi 3/4 malatya turk ve 1/4 ceyhan turk. Ote yandan turki kisim bayag dusuk ya balkanlarda daha cok bekledigimiz tatar yerine digerleri var. Indian %3.6 da az sayilmaz.

Isterseniz MDLP ve Eurogenes K13u ilgili konu basliklarina koyarsaniz daha bilgili kisiler yorum yapabilir.

Thracian88
01-22-2018, 05:45 PM
Tabii ki ben konunun uzmani degilim ama burada gorus bildiren bircok kisinin aksine bu testten cok umutluyum. Oncelikle turki topluluklari birbirinden ayirmis. Isterdim ki daha fazla kisi 5 euroya kiyip sonuclari buraya koysun ki belli bir genel cikarsamaya ulasabilelim ama insanlar hoslarina giden testi yada dayaniksiz spekulatif olmayi tercih ediyorlar.

Baska bir yerde de belirtmistim bu tur testler o genotip/mutasyon hangi referans grupta en coksa onu tercih ediyor. Mesela tabii ki Ispanya/Bask denmis ama guney avrupada sicilya disinda baska referans grup olmadigindan ister istemez bu sonuca variyorum. Bu asamada Caucasian %21 - SW asian 5 - Greek/Albanian %16 bana 4 ornekten ilk ornegi hatirlatiyor ki kendisi 3/4 malatya turk ve 1/4 ceyhan turk. Ote yandan turki kisim bayag dusuk ya balkanlarda daha cok bekledigimiz tatar yerine digerleri var. Indian %3.6 da az sayilmaz.

Isterseniz MDLP ve Eurogenes K13u ilgili konu basliklarina koyarsaniz daha bilgili kisiler yorum yapabilir.

Olsun sonuç olarak hepimiz amatör bir şekilde ilgileniyoruz ve dışarıdan yapılan yorumlar daha objektif olabiliyor. Bu nedenle de fikirleriniz önemli. Başka Gedmatch testlerinde de Türki kısımların düşük olması dikkatimi çekmişti. Yine GenePlaza'nın K12 calculatorunde 17.2% kadar Scythian sonucum var. Bunlara ek olarak dediğiniz Indian sonucunu hemen hemen tüm Gedmatch skorlarımda alıyorum, buna ek olarak Family Tree DNA'de de 3% civarı idi sonucum. Gedmatch'de görebildiğim kadarı ile diğer Türkler'de de bu komponent mevcut. Ancak bu Türki kısım diğer Balkan Türklerinden de düşük. Bu da atalarımın İrani ya da başka bir Kafkas halkıyla karışmış olacağını gösteriyor. Bir kaç sonucumu paylaştım ilgili başlıklardan ama pek dikkat çekmedi. Belki de tüm sonuçlarımı derlediğim bir başlık açabilirim.

asm
05-10-2018, 04:44 AM
Selam,

Gedmatchda herhangi Irak ve Suriye Türkmen kiti biliyorsanız atabilirmisiniz?

Irak ve Suriye Türkmenlerinden hiç Şafii mezhebinden olanlar varmı?