PDA

View Full Version : Présentation



fabrice E
03-27-2018, 01:10 PM
Bonjour
Je fréquente assidument le forum depuis maintenant quelques semaines et ne sachant pas trop où me présenter avant de pouvoir poser mes très nombreuses questions, il m’a semblé plus simple d e faire un post dédié. Si je puis me permettre, ça manque peut-être ici un fil de présentation.
Je m’appelle donc Fabrice et j’ai franchi le pas du test génétique très récemment via living DNA.
Je suis originaire de Bretagne et mes origines généalogique sont centrées coté paternel dans un rayon d’une trentaine de km autours de la ville de Fougère (Esnault) et maternel dans un rayon d’une vingtaine de km au nord de Ploërmel (Kerbouet). Un breton de l’Est donc (pour l’anecdote j’ai deux branches communes (aux environs de la dixième génération) coté paternel avec Tolan.
Les premiers résultats via les différents outils de Gedmatch sont plutôt cohérents avec cette généalogie (Je ferais des posts dans les fils dédiés, entre autre le fameux K36). La généalogie et l’histoire ne sont pas des nouveautés pour moi (je suis historien de formation avec un passé d’Archéologue) mais je suis impressionné par les implications et la portée de ces tests, et encore plus par l’importante mise à jour des connaissances nécessaire pour appréhender les résultats…je suis encore très loin de comprendre certaines conversations et il va falloir vous attendre à pas mal de questions.:)
Une première plutôt d’ordre « commerciale ». Je suis plutôt satisfait des résultats de Living DNA et de ce que je peux en faire. Un bémol toutefois sur les branches Y et Mt car le prix modique pour un test « global » semble donnés des résultats eux-aussi modique.
Pour le Y, il me donne P-312, sans plus de précision. Est-ce « normal » ? Est ce qu’il serait vraiment intéressant de souscrire le Y-111 de chez FT ?

ffoucart
03-27-2018, 02:02 PM
Bienvenue Fabrice.

Réponse rapide: juste P312 ce n'est pas trés précis. Normalement, on doit pouvoir obtenir des précisions complémentaires. Généralement cela cache l'une des trois sous clades principales: L21, U152 et DF27

anglesqueville
03-27-2018, 02:54 PM
Bienvenue sur le meilleur forum de génomique de toute la galaxie (au moins).

Helgenes50
03-27-2018, 03:18 PM
Bonjour

Je suis originaire de Bretagne et mes origines généalogique sont centrées coté paternel dans un rayon d’une trentaine de km autours de la ville de Fougère (Esnault) et maternel dans un rayon d’une vingtaine de km au nord de Ploërmel (Kerbouet). Un breton de l’Est donc (pour l’anecdote j’ai deux branches communes (aux environs de la dixième génération) coté paternel avec Tolan.


Bienvenue Fabrice

IL faut reconnaitre que les Bretons une fois de plus sont en avance sur les Normands (en nombre de testés)
plus motivés ou plus courageux, c'est comme pour les autoroutes et bien d'autres choses....les bonnets rouges doivent être inscrits dans les gènes

anglesqueville
03-27-2018, 03:45 PM
Bienvenue Fabrice

IL faut reconnaitre que les Bretons une fois de plus sont en avance sur les Normands (en nombre de testés)
plus motivés ou plus courageux, c'est comme pour les autoroutes et bien d'autres choses....les bonnets rouges doivent être inscrits dans les gènes

Arrête de faillotter auprès des voisins. :tsk:

Helgenes50
03-27-2018, 04:01 PM
Arrête de faillotter auprès des voisins. :tsk:

je vais travailler chez eux dans quelques semaines.....j'ai intérêt !!!

Bon, mais comme je suis normand je vais couper le poire....la pomme! en deux
pour les admixtools...ils sont en retard

Camulogène Rix
03-27-2018, 07:13 PM
La généalogie et l’histoire ne sont pas des nouveautés pour moi (je suis historien de formation avec un passé d’Archéologue)

Bienvenue. Quelle est votre spécialité en histoire et sur quels types de sites avez vous travaillé en archéologie?

fabrice E
03-27-2018, 07:28 PM
Ma spécialité en histoire était pour faire simple, les structures sociales en lien avec les structures agraires (réseaux et stratégie matrimoniale) XVème-XVIIème, plus particulièrement en Bretagne.
En Archeo, j' ai pendant cinq ans été un employé de l'AFAN, ancêtre de l'inrap, principalement dans l'archéologie préventive donc....avec une prédilection pour la période IVème-Ier avant.
Mais je ne suis plus qu'un humble amateur et je "travaille" essentiellement sur les livres d'armes, la violence et les pratiques martiales (antiquité au XVème) sujet passionnant et d'une richesse que je ne soupçonnais pas.

Camulogène Rix
03-27-2018, 07:45 PM
Trés bien, je suis moi même bon connaisseur en armes anciennes.

fabrice E
03-27-2018, 09:36 PM
haaa, intéressant ça !

fabrice E
03-28-2018, 08:42 AM
ffoucart : tout à fait, j'ai bien conscience que P-312 ce n'est pas très précis, d'où ma question. Est ce que "l'investissement" d'un test family tree d'un Y-111 et en fonction des résultats un big Y vaut le coût ?

Ensuite question un peu naïve mais quand même qui me turlupine, toujours par rapport à cet Y (et Mt aussi) : Les mutations forme des lignages qui caractérisent des groupes de populations, mais à la base, chacune vient d'un individu unique ou peuvent apparaitre simultanément chez plusieurs personnes ? En gros R c'est une seul personne ? dont un descendant serait p-312, individu lui aussi unique, qui lui même aurait pour descendant une bonne partie des hommes Européens ? C'est ce que je retiens des lectures introductives mais c'est un difficile à appréhender comme concept qu'un nombre très très réduit d'individus soit à l'origine de millions de personnes.....

anglesqueville
03-28-2018, 10:02 AM
Dans l'état actuel de nos connaissances, les mutations interviennent indépendamment de causes internes (erreur de codage) ou exogènes (rayons cosmiques, certains agents chimiques mutagènes étudiés depuis très longtemps, déjà chez nous du temps de Jean Rostand). La probabilité qu'une même mutation intervienne plusieurs fois indépendamment est proche de 0. Donc à la base de la propagation d'une mutation, il n'y a même pas un seul individu, mais un seul chromosome. La naissance d'un type de chromosome Y ou Mt (d'un haplotype uniparental) est un événement ultra-local. C'est ce qu'oublient toujours les gens qui confondent haplogroupes et populations/cultures. Entre l'apparition d'un haplogroupe (stade local, on peut même dire ponctuel) et le moment où l'on peut commencer à le traiter statistiquement, avec des fréquences, etc (stade global) il se passe nécessairement un certain nombre de générations, qui peut être grand. Cette période où les distributions sont fatalement granuleuses et affectées par les phénomènes de dérive génétique, de sélection sexuelle, d'effets de fondation, est précisément celle où se posent pour nous toutes les questions d'histoire ancienne. On commet une erreur méthodologique majeure en prétendant traiter ces questions avec les outils conceptuels adaptés seulement aux distributions statistiques des populations modernes.

fabrice E
03-28-2018, 10:31 AM
Merci anglesqueville
Donc, une mutation unique, avec un délai important en terme de générations avant qu'elle puisse s'exprimer à l'échelle d'une population, même réduite. Logique.
Effet de fondation, les explications trouvées sur la toile sont assez brumeuses pour moi...en ce qui nous concerne ici, ça veut dire quoi en termes simples ?

anglesqueville
03-28-2018, 12:37 PM
Pense à un haplogroupe comme à un virus. Après tout, un virus est essentiellement un brin d'adn... Un virus s'introduit dans une population. Au début il ne touche qu'un individu, puis une poignée. Si cette population est fermée et que le virus est puissant, il va rapidement gagner une partie importante, voire toute la population. Tranposé à un chromosome, Y ou Mt, ou à un gène, par exemple un de ceux qui sont associés à la production de lactase, le parallèle n'est pas trop faux. L'allèle mutant qu'on associe généralement à la tolérance au lactose est aujourd'hui fixé ( présent à presque 100%) en Irlande. Il y était absent avant le Bronze. Il y fut sans doute introduit par les Beakers. Mais les Beakers testés ne l'ont pas tous, loin de là. Cette allèle a prospéré, peut-être favorisé par les pratiques alimentaires. Voilà un bon exemple d'effet de fondation.

ffoucart
03-29-2018, 03:23 PM
Merci anglesqueville
Donc, une mutation unique, avec un délai important en terme de générations avant qu'elle puisse s'exprimer à l'échelle d'une population, même réduite. Logique.
Effet de fondation, les explications trouvées sur la toile sont assez brumeuses pour moi...en ce qui nous concerne ici, ça veut dire quoi en termes simples ?

Pour répondre simplement, il faut comprendre la dynamique des populations, et prendre en compte de ce fait le nombre de générations.

Un exemple simple, et facilement compréhensible: en généalogie ascendante, nous doublons le nombre d'ancêtres théoriques à chaque génération. C'est la conséquence qu'un humain ne peut se reproduire seul, il y obligatoirement nécessité d'être deux. On double les ancêtres théoriques à chaque génération mais pas les ancêtres réels, ceux qui ont réellement vécu, car on arrive assez vite à une limite matérielle: le nombre de partenaires disponibles dans un secteur géographique, ce qui conduit nécessairement à des doublons au bout de quelques générations. Il n'empêche, nous avons deux parents, quatre grandparents, huit grandparents etc. Soit 1024 ancêtres à la 10ème génération et 32768 à la 15ème génération (soit sous François 1er avec 33 ans par génération, ce qui peut être beaucoup, la moyenne est plus probablement entre 20 et 30).

En généalogie ascendante, on comprend donc assez bien qu'un individu a des milliers d'ancêtres différents quelques centaines d'années plus tôt. Sans être intuitif, c'est facilement compréhensible.

Il est aussi relativement simple à comprendre que sur les 32768 ancêtres théoriques vivant il y a 500 ans, une part non négligeable doit revenir plusieurs fois. En effet, même si nos ancêtres bougeaient plus que ce que l'on croit généralement, il y avait quand même tendance à rester dans un même milieu, et les dispenses de parenté que l'on retrouve dans les archives le prouve, on se mariait facilement entre cousins éloignés.

Je peux citer le cas de ma grandmère paternelle, qui n'est pas une exception dans son milieu (et pas un cas extrême du tout), qui a 52 ancêtres réels au lieu de 64 à la 6ème génération.

Cela veut dire que certains ancêtres ont plus de descendants que d'autres, ou plus de chances de se reproduire. Cette faculté n'est pas aléatoire, et fait appel à plusieurs phénomènes, mais le principal est essentiellement social: la position sociale est le facteur primordial. Un individu fortuné a plus de chances d'avoir une nombreuse progéniture qu'un individu pauvre. Sachant qu'il y a d'autres correctifs sociaux (la dot des filles était un frein à leur établissement (mariage), comme le partage des terres (pour les garçons), d'où la coutume des partages nobles, ou du droit d'aînesse (et les cadets ne pouvant se marier). Mais statistiquement, nous descendons plus des cultivateurs aisés que des travailleurs à la journée (qui avaient bien du mal à nourir leurs enfants).

Sur la longue durée, on remarque que des groupes familiaux dominent des villages, et s'allient avec ceux d'autres villages voisins. Mais certains noms de famille sont nettement plus fréquents dans tel ou tel village ou zone, montrant les effets de cette sociabilité sur la durée.

En généalogie descendante, cela implique qu'un groupe familial, issu d'un "pater familiae", a été fondé il y a plusieurs siècle par un individu masculin (et une ou plusieurs épouses), et qu'il a essaimé aux alentours. En quelques siècles, cela peut représenter plusieurs centaines d'invidus, voire plusieurs milliers (petit conseil: regarder la généalogie descendante des Mulliez du groupe Auchan, ou des Pollet, de La Redoute,.... dont les ancêtres fondateurs ont vécu il y a à peine 200 ans).

Concernant les haplogroupes du chromosome Y, cela signifie que tous ces porteurs du nom, du moins les hommes, ont hérité du même chromosome Y que leur ancêtre ayant vécu il y a quelques centaines d'années.

Concernant l'haplogroupe P312, on remonte ainsi à quelques milliers d'années, mais exactement sur le même principe. D'où des dizaines de millions d'individus qui partagent la même mutation, même si d'autres s'y sont ajoutées avec le temps.

fabrice E
03-30-2018, 05:31 AM
Oui, j’appréhende et je connais plutôt bien le sujet sur une période chronologique réduite. Ma branche maternelle est pas mal touchée par ce phénomène endogamique (l'un des aïeux éponyme de cette branche, vivant au début dans les année 1720 est mon ancêtre par trois de ses enfants sur quatre)et j'ai longtemps étudié les corrélations entre stratégie matrimoniale, stratégie foncière et leur impact sur les exploitation agricoles pour la période moderne.
L’appréhender sur de (très longue) longue période chronologique, avec la domination de certaines lignées sur une large population est une autre histoire, et pose de sacrés questions sur les organisation social/matrimoniale des populations "primitives".
Pour la période moderne par exemple, il est sacrement intéressant d'observer la corrélation entre une connaissance empirique de la génétique et les interdits canoniques du mariage (hors dispense) avant le 4e dégrée, qui correspondent assez bien avec la limite pour éviter la fixation d'une tare dans une lignée (info de mon frangin ingénieur agricole,spécialisé dans la génétique des plantes). Avec ces empêchements sociaux, même si certaines dispenses permettent de les raccourcis, il faut quand même une période assez longue, comme tu dis de l'ordre d'environ une petite dizaine de générations, pour qu'un ancêtre commun se retrouve dans un large population "fixe".
S'il s'avère que certain Haplo Y se sont "rapidement" imposés sans dégénérescence importante (ce qui de toute façon implique une disparition tout aussi rapide) , cela sous-tend sans doute des stratégies de reproduction de type polygamie et sans doute exclusivité reproductive.
Je suis de plus en plus impressionné par les apports de la génétique à la recherche historique et aux surprises qu'elle nous réserve encore.

ffoucart
03-30-2018, 09:59 AM
Il ne faut pas exagérer les tares liées à la consanguinité. D'autant qu'une union consanguine augmente la fertilité du couple (les combinaisons viables entre individus éloignés génétiquement sont moins nombreuses).

L'interdit de la consanguinité n'a d'ailleurs rien d'absolu. Il est faible en Afrique du Nord, où les unions consanguines sont la norme (et même théorisées), et les unions frères/soeurs étaient autorisées en Ecypte ancienne, et probablement courantes au paléolithique (cf néandertaliens).

Mon "record" dans les ancêtres proches, est un couple marié en 1690 en Haute-Loire, dont je descends 4 fois par mon arrière-grand-père (une fois par son père, par une fille, et trois fois par sa mère par une autre fille). D'autres couples (alliés au premier) reviennent deux ou trois fois).

Sinon, il faut tenir compte du phénomène d'explosion démographique, et que P312 a eu une histoire complexe. D'abord car son lieu d'origine est peu clair (Europe Centrale ou Steppe?), et que c'est par ses sousclades qu'il s'est répandu. Il y a donc eu plusieurs effets fondateurs.

Par ailleurs, effectivement, on peut déduire de ces diffusions une population fortement patriarcale, patrilocale et patrilineale. Mais la polygamie n'était probablement pas la norme. Ce qui correspond aux traits culturels des informations-Européens tels qu'ils avaient pu être déduits de leur langue et des traces archéologiques.

A noter les recherches sur le chromosome X qui donnent aussi des renseignements sur les comportements sociaux, même si la recherche ne fait que débuter. Mais son mode de diffusion permet de souligner les différences hommes/femmes dans les sociétés.

palamede
03-30-2018, 10:25 AM
....... D'autant qu'une union consanguine augmente la fertilité du couple (les combinaisons viables entre individus éloignés génétiquement sont moins nombreuses).

Je suis bien surpris ! Bien entendu , il y a difficultés quand l'éloignement génétique entraîne la difficulté d'avoir des hybrides et qu'ils soient féconds, mais je n'avais jamais eu l'impression que l'interfécondité dans l'espèce humaine puisse avoir quelque difficulté, sauf les problèmes connus de stérilité. Est-ce que tu as des références ? mais peut-être cela se limite à des espèces animales.

ffoucart
03-30-2018, 12:06 PM
Je suis bien surpris ! Bien entendu , il y a difficultés quand l'éloignement génétique entraîne la difficulté d'avoir des hybrides et qu'ils soient féconds, mais je n'avais jamais eu l'impression que l'interfécondité dans l'espèce humaine puisse avoir quelque difficulté, sauf les problèmes connus de stérilité. Est-ce que tu as des références ? mais peut-être cela se limite à des espèces animales.

Pas sous la main. Faudra que je cherche. Mais c'est l'une des raisons données pour la différence entre hommes et femmes dans le choix du partenaire. Les femmes auraient tendance à choisir un reproducteur éloigné génétiquement, car l'enfant né de leur union aura moins de chances d'avoir hérité d'allèles récessifs défectueux, donc aura une plus grande chance d'atteindre l'âge adulte.
Pour les hommes, il y a une préférence pour une partenaire proche génétiquement pour que la fécondation soit rapide et pouvoir aller féconder une autre femme ailleurs.
Pure stratégie reproductive basée sur l'investissement respectif dans la procréation. Une femme investi beaucoup plus qu'un homme dans un enfant.
Le travail sur l'effet psychologique des odeurs corporelles évoque ces questions.

palamede
03-30-2018, 12:40 PM
Pas sous la main. Faudra que je cherche. Mais c'est l'une des raisons données pour la différence entre hommes et femmes dans le choix du partenaire. Les femmes auraient tendance à choisir un reproducteur éloigné génétiquement, car l'enfant né de leur union aura moins de chances d'avoir hérité d'allèles récessifs défectueux, donc aura une plus grande chance d'atteindre l'âge adulte.
Pour les hommes, il y a une préférence pour une partenaire proche génétiquement pour que la fécondation soit rapide et pouvoir aller féconder une autre femme ailleurs.
Pure stratégie reproductive basée sur l'investissement respectif dans la procréation. Une femme investi beaucoup plus qu'un homme dans un enfant.
Le travail sur l'effet psychologique des odeurs corporelles évoque ces questions.

Je suis très méfiant et pas toujours très intéressé (il y a des études à dormir debout ! ) par les études biocomportementales dont sont friands une partie des chercheurs anglo-saxons et la presse.
Je ne dis pas qu'il n'y a pas des recherches à faire, mais certains se font vraiment mousser dans un espèce de darwinisme primaire (de nouveaux avatars de l'"homme-machine" ?)

ffoucart
03-30-2018, 12:54 PM
Ma spécialité en histoire était pour faire simple, les structures sociales en lien avec les structures agraires (réseaux et stratégie matrimoniale) XVème-XVIIème, plus particulièrement en Bretagne.


ça me parle. j'ai dû lire un article sur le sujet il y a un moment. et plus récemment sur la Normandie au XVIIème/XVIIIème siècle. Il faudra que je creuse un peu le sujet à l'occasion, histoire de mieux comprendre le contexte dans lequel évoluaient mes ayeux finistériens.

ffoucart
03-30-2018, 01:02 PM
un petit pot-pourri:

https://www.sciencesetavenir.fr/nature-environnement/consanguinite-et-fertilite_4057

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29212724

http://www.fertstert.org/article/S0015-0282(16)47796-4/fulltext

La proximité génétique assure plus facilement l'histocompatibilité du foetus avec la mère, ce qui réduit le risque d'avortement naturel.

ffoucart
03-30-2018, 01:07 PM
je pense qu'il est inutile de préciser que le complexe HLA est lité à l'origine des individus. Donc que deux individus éloignés génétiquement ont peu de chance d'avoir un système HLA compatible.

Titane
03-30-2018, 01:27 PM
L’endogamie, c’est dans ma talle!
Voici une étude sérieuse sur les effets de l’endogamie sur la reproduction:


Thus, for a given total number of children produced, couples in which the father was most closely inbred showed a strong asymmetry in the number of children produced between the first and second halves of the reproductive period (ie, more children were produced during the first half, as compared with the second half). In contrast, the close inbreeding coefficient of the mother was not related to ASYM in both HP and GLM analyses.

Robert A, Toupance B, Tremblay M, Heyer E. Impact of inbreeding on fertility in a pre-industrial population. European Journal of Human Genetics. 2009;17(5):673-681. doi:10.1038/ejhg.2008.237.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2986271/#!po=55.0000

En résumé, il y a plus d’effet chez les hommes, mais les couples qui perdent des enfants en bas âge se reproduisent plus longtemps et remplacent les enfants perdus pour finalement en avoir autant que les autres.

La population étudiée ici est issue d’un double effet fondateur, arrivée de français en Nouvelle-France au XVIIe siècle, suivi d’un déplacement d’une cohorte restreinte (Charlevoix et Bas Saint-Laurent) vers une nouvelle région éloignée, le Saguenay Lac Saint-Jean, milieu XIXe. Bien qu’il devait bien y avoir des gens mieux nantis que d’autres, on est ici en régime post-seigneurial, sous domination anglo-saxonne. La région est maintenant reconnue pour l’éclosion de maladies génétiques rares, mais comme toutes les tares génétiques ne sont pas mortelles et ne se manisfestent pas nécessairement en bas âge, elles peuvent avoir peu d’effets sur la reproduction. Le patronyme Tremblay, que porte l’un des auteurs, est le plus fréquent au Québec. Le couple initial au Québec - Pierre Tremblay originaire des environs de St-Malo en Normandie et Ozanne Achon de La Rochelle.

fabrice E
03-30-2018, 02:41 PM
merci pour les liens

Un seul lien pour l'histoire des société rurales
http://www.histoire-et-societes-rurales.org/
Associations de ruralistes de champs très différents, archéologues, historiens, sociologues, géologues, géographes....dont j'ai l'honneur de faire encore parti mais comme simple consommateur.
Publications de très grandes qualités !

Pour reprendre le résumé de mon frangin sur la génétique "agricole", c'est que l'endogamie favorise la fixation de caractères intéressants (quantité de viande, résistance diverses et varié) et est donc pratiquée par les éleveurs mais biens sûr dans le même temps favorise l'émergence de maladies ou défauts rares avec un risque de fixation rapide sans apport régulier de "gênes frais", le bénéfice risque final est plutôt négatif et la fixation d'un caractère positive est délicate.
Mon record doit être aussi de six lien à un ancêtre unique vivant au milieu du XVIème avec un recours très fréquents aux dispenses .....notre lignée à des qualités:) mais quelques petits défauts morphologiques mineurs (du coté des hanches et genoux) sont bel et bien fixés.. Il y a un fort lien au milieu social. Mon épouse dont la lignée paternelle est fixé sur le Léon (Finistère) mais surtout composée de petits artisans et petits agriculteurs n'a absolument aucun implexe, et sont arbre est quasi complet sur une quinzaine de générations (avec quelques petits trous)

Personnellement, ce que je trouve intéressant dans ces histoires, c'est le rapport entre normes sociales et connaissances empiriques, ou autrement dit la traduction de connaissances empiriques en normes sociales, particulièrement dans le domaine de la santé

ffoucart
03-30-2018, 04:01 PM
Petite précision: mon record de 4 concerne les couples récents (moins de 300 ans). Sinon, j'ai nettement plus dans la marine boulonnaise, très endogame, avec un ancêtre du XvIème siècle qui doit revenir au moins 35 ou 40 fois (au moins).

En Bretagne, la coutume du décret de mariage devait aussi limiter les mariages consanguins.

fabrice E
03-30-2018, 04:23 PM
Pays d'éleveurs ;)