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View Full Version : PCA: North-Atlantic vs Iberian vs North-Sea vs Italian



Tolan
11-04-2018, 08:12 AM
Pendant ce petit break sans anthro, j'ai installé past

Génial ce petit logiciel pour faire des pca! C'est tellement facile à faire que j'ai fait plusieurs essais.

Et toujours avec K36 (je sais c'est une obsession) , j'ai trouvé cela très intéressant de faire des pcas avec seulement deux composants.
Pour qu'il y ait un intérêt, il faut bien sûr que ce soit des composants qu'on a en grosse quantité.
Pour un français, normalement ce sont North-Atlantique, Iberian, North-Sea et Italian.
Voici les PCA que j'ai obtenu (avec quelques moyennes issus de la collecte de Lukaszm).

Je me suis mis dessus. Il serait intéressant de vous y mettre aussi. Afin d'éviter de faire des recherches, vous pouvez mettre ici vos résultats (complets) de K36.

Celui que je trouve le plus intéressant pour moi est North-Atlantic vs North-Sea car je suis très excentré.
Je suis sûr que certains bretons et armoricains éloignés des côtes doivent être dans ma zone...

North-Atlantic vs North-Sea:
26872


North-Atlantic vs Iberian
26874


North-Atlantic vs Italian
26875


Iberian vs North-Sea
26876

Tolan
11-04-2018, 08:13 AM
Iberian vs Italian
26877


North-Sea vs Italian
26878

Trelvern
11-04-2018, 08:25 AM
Pendant ce petit break sans anthro, j'ai installé past

Génial ce petit logiciel pour faire des pca! C'est tellement facile à faire que j'ai fait plusieurs essais.

Et toujours avec K36 (je sais c'est une obsession) , j'ai trouvé cela très intéressant de faire des pcas avec seulement deux composants.
Pour qu'il y ait un intérêt, il faut bien sûr que ce soit des composants qu'on a en grosse quantité.
Pour un français, normalement ce sont North-Atlantique, Iberian, North-Sea et Italian.
Voici les PCA que j'ai obtenu (avec quelques moyennes issus de la collecte de Lukaszm).

Je me suis mis dessus. Il serait intéressant de vous y mettre aussi. Afin d'éviter de faire des recherches, vous pouvez mettre ici vos résultats (complets) de K36.

Celui que je trouve le plus intéressant pour moi est North-Atlantic vs North-Sea car je suis très excentré.
Je suis sûr que certains bretons et armoricains éloignés des côtes doivent être dans ma zone...

North-Atlantic vs North-Sea:
26872


North-Atlantic vs Iberian
26874


North-Atlantic vs Italian
26875


Iberian vs North-Sea
26876



Voici mon K36

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 4.11
Central_African -
Central_Euro 5.84
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.78
East_Central_Asian -
East_Central_Euro -
East_Med -
Eastern_Euro 5.23
Fennoscandian 6.13
French 7.15
Iberian 22.14
Indo-Chinese -
Italian 9.43
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 18.19
North_Caucasian 2.04
North_Sea 15.32
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian 0.64
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med -

Tolan
11-04-2018, 08:35 AM
Merci Trelvern!

Je vais attendre un peu avant de faire des copies d'écran de tes résultats.
Des fois que d'autres donneraient leur résultats....

Ruderico
11-04-2018, 08:41 AM
Pourquoi le K36? Moi je prefere le K15, il y moins de "clutter" comme Omotic, etc

Ruderico
11-04-2018, 08:46 AM
Alors, je suis pas Français mais voilà mes resultats pour comparaison

Amerindian-
Arabian-
Armenian-
Basque5.57
Central_African-
Central_Euro-
East_African-
East_Asian-
East_Balkan2.68
East_Central_Asian-
East_Central_Euro2.08
East_Med1.61
Eastern_Euro3.28
Fennoscandian-
French4.20
Iberian32.03
Indo-Chinese-
Italian13.70
Malayan-
Near_Eastern4.87
North_African6.20
North_Atlantic8.16
North_Caucasian-
North_Sea6.56
Northeast_African1.66
Oceanian-
Omotic0.50
Pygmy-
Siberian-
South_Asian-
South_Central_Asian0.25
South_Chinese-
Volga-Ural-
West_African-
West_Caucasian-
West_Med6.65

Helgenes50
11-04-2018, 09:03 AM
Et toujours avec K36 (je sais c'est une obsession)

Tolan,

Deux nouvelles personnes pour tes bases de données K36

En premier un nouveau Cotentinais ( 4 gp de même origine et I1)
En deuxième son épouse 3 gp Cotentin 1gp Maine et Loire

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 1.04
Central_African -
Central_Euro 7.44
East_African -
East_Asian -
East_Balkan -
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 4.57
East_Med -
Eastern_Euro 2.92
Fennoscandian 9.28
French 8.41
Iberian 14.15
Indo-Chinese -
Italian 12.80
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 14.70
North_Caucasian 3.33
North_Sea 17.03
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 0.39
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 3.94


Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 1.27
Central_African -
Central_Euro 8.70
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 2.84
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 3.91
East_Med -
Eastern_Euro 5.80
Fennoscandian 8.81
French 7.40
Iberian 21.63
Indo-Chinese -
Italian 7.92
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 12.76
North_Caucasian -
North_Sea 13.08
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian 0.40
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian 1.56
West_Med 3.92

Vrump
11-04-2018, 10:47 AM
Ce sont des résultats intéressants. C'est hors-sujet mais quelle ethnie en France a au moins 10.00 de "French" sur l'Eurogene K36 ? Etrangement, j'en ai autant (que cela soit avec le kit FTDNA ou le kit 23andme, version 3 ou 4), je trouve étonnant que les deux résultats plus haut n'en indiquent pas autant.

Tolan
11-04-2018, 01:02 PM
J'ai mis à jour les derniers résultats sur cette page:
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm

Comme attendu, certains bretons sont proche de moi avec North-Atlantic vs North-Sea

lukelucky
11-04-2018, 01:02 PM
Bonjour Tolan
contant aussi de retrouver anthrogenica après une 15zaine de jours sans..
et heureux de voir que tu as mis ce temps à profit pour le bien de la communauté...

bon suis pas français, juste sur le bord (belge)
ais il m'a semblé que mes composantes etaient proches de celles que tu recherchais (l'ensemble des 4 représente 50 % de mon test k36)
alors si tu sais en faire quelque chose, .. voici


Population
Amerindian -
Arabian 1.30 Pct
Armenian -
Basque 6.21 Pct
Central_African -
Central_Euro 7.43 Pct
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 2.66 Pct
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 10.07 Pct
East_Med -
Eastern_Euro 6.64 Pct
Fennoscandian 5.21 Pct
French 7.22 Pct
Iberian 6.61 Pct
Indo-Chinese -
Italian 16.08 Pct
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 10.41 Pct
North_Caucasian -
North_Sea 16.25 Pct
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 3.91 Pct

luc

anglesqueville
11-04-2018, 01:25 PM
Tolan, qui est "Angle_family"?

Tolan
11-04-2018, 01:32 PM
Tolan, qui est "Angle_family"?

Justement, je ne sais pas si c'est toi ou ta mère ou quelqu'un d'autre...
J'avais enregistré ce résultat sans précision. Voici ce que j'ai:
0 0 0 3.49 0 4.56 0 0 2.46 0 7.59 0 5.87 13.94 7.58 17.21 0 4.16 0 0 0 11.89 0 19.87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42

Nino90
11-04-2018, 01:47 PM
I don't speak french. But thanks for the PCA maps.

anglesqueville
11-04-2018, 01:51 PM
Hum, avec un Fennoscandian à 13.94, ça doit être mon père, ou quelqu'un de son côté analysé du temps où je gérais je ne sais plus combien de kits familiaux. Comme je ne garde aucune archive pour ces programmes, difficile d'être sûr. Je vais refaire tourner mes parents, ma femme et moi avec nos kits imputés (mes derniers essais, avec Shapeit et Impute2, l'horreur). Avec le DIY ça va prendre du temps.

Helgenes50
11-04-2018, 02:04 PM
Hum, avec un Fennoscandian à 13.94, ça doit être mon père, ou quelqu'un de son côté analysé du temps où je gérais je ne sais plus combien de kits familiaux. Comme je ne garde aucune archive pour ces programmes, difficile d'être sûr. Je vais refaire tourner mes parents, ma femme et moi avec nos kits imputés (mes derniers essais, avec Shapeit et Impute2, l'horreur). Avec le DIY ça va prendre du temps.

De mémoire ta mère en avait pas mal aussi

Helgenes50
11-04-2018, 02:07 PM
La mienne pour comparaisons

Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 3.18
Central_African -
Central_Euro 6.69
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 1.19
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 2.69
East_Med 1.83
Eastern_Euro 0.49
Fennoscandian 12.85
French 6.34
Iberian 16.37
Indo-Chinese -
Italian 11.23
Malayan -
Near_Eastern -
North_African 0.11
North_Atlantic 15.82
North_Caucasian 2.23
North_Sea 16.07
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 0.25
West_African -
West_Caucasian 0.84
West_Med 1.81

anglesqueville
11-04-2018, 02:50 PM
De mémoire ta mère en avait pas mal aussi

De mémoire, oui elle devait en avoir dans les 12%. Avec la dernière mouture de ses données imputées, elle en a nettement moins. Comme ça m'intéresse de voir comment ces kits imputés se positionnent, je joue le jeu:

Angle_mom

165688 total SNPs
18 flipped SNPs
49669 heterozygous SNPs
2 no-calls
740 absent SNPs
0.995522 genotype rate

742 SNPs missing (no-call or absent)


0.00% Amerindian
0.00% Arabian
0.00% Armenian
4.47% Basque
0.00% Central_African
7.83% Central_Euro
0.00% East_African
0.00% East_Asian
0.03% East_Balkan
0.00% East_Central_Asian
8.27% East_Central_Euro
0.00% East_Med
2.08% Eastern_Euro
10.69% Fennoscandian
7.17% French
10.76% Iberian
0.00% Indo-Chinese
9.38% Italian
0.00% Malayan
0.00% Near_Eastern
0.00% North_African
17.84% North_Atlantic
0.00% North_Caucasian
21.41% North_Sea
0.00% Northeast_African
0.00% Oceanian
0.00% Omotic
0.00% Pygmy
0.00% Siberian
0.00% South_Asian
0.00% South_Central_Asian
0.00% South_Chinese
0.00% Volga-Ural
0.00% West_African
0.00% West_Caucasian
0.07% West_Med

Même chose pour mon père:

Angle_dad

0.00% Amerindian
0.00% Arabian
0.00% Armenian
3.32% Basque
0.00% Central_African
1.76% Central_Euro
0.00% East_African
0.00% East_Asian
1.47% East_Balkan
0.00% East_Central_Asian
4.84% East_Central_Euro
0.00% East_Med
13.21% Eastern_Euro
13.90% Fennoscandian
8.08% French
11.58% Iberian
0.00% Indo-Chinese
5.23% Italian
0.00% Malayan
0.00% Near_Eastern
0.00% North_African
15.85% North_Atlantic
0.00% North_Caucasian
18.14% North_Sea
0.00% Northeast_African
0.00% Oceanian
0.00% Omotic
0.00% Pygmy
1.20% Siberian
0.00% South_Asian
0.00% South_Central_Asian
0.00% South_Chinese
0.00% Volga-Ural
0.00% West_African
0.00% West_Caucasian
1.43% West_Med

Mes pourcentages et ceux de ma femme sont en route. On en a déjà parlé, je ne mettrais pas ma vie en jeu pour défendre la validité de ces résultats post-imputation. J'ai lu ces dernières semaines un tas de textes consacrés aux mesures de validité des pipe-lines d'imputation, et honnêtement je n'en comprends pas la moitié. Donc disons que c'est expérimental...

dchicn
11-04-2018, 02:51 PM
Bonjour Tolan, pourriez-vous s'il vous plaît tracer mon K36? Je suis aussi "obsédé", mais dans mn cas, par la question de savoir si mes gènes sont plus du nord de la France, de la Belgique ou d’entre eux. Voici les miens:
0 1.60 1.30 0 4.22 0 0 1.07 0 5.83 0 4.25 8.54 6.58 17.9 0 11.48 0 0 0.21 14.86 0.40 15.44 0 0 0 0 0 0 2.33 0 0 0 1.31 2.67. Merci!

anglesqueville
11-04-2018, 03:21 PM
Moi:
0.00% Amerindian
0.00% Arabian
0.00% Armenian
4.56% Basque
0.00% Central_African
6.00% Central_Euro
0.00% East_African
0.00% East_Asian
2.02% East_Balkan
0.00% East_Central_Asian
5.44% East_Central_Euro
0.00% East_Med
6.97% Eastern_Euro
12.10% Fennoscandian
7.76% French
14.24% Iberian
0.00% Indo-Chinese
5.07% Italian
0.00% Malayan
0.00% Near_Eastern
0.00% North_African
16.83% North_Atlantic
0.00% North_Caucasian
18.42% North_Sea
0.00% Northeast_African
0.00% Oceanian
0.00% Omotic
0.00% Pygmy
0.50% Siberian
0.00% South_Asian
0.00% South_Central_Asian
0.00% South_Chinese
0.00% Volga-Ural
0.00% West_African
0.00% West_Caucasian
0.10% West_Med

anglesqueville
11-04-2018, 04:11 PM
Et enfin, ma femme:

0.00% Amerindian
0.00% Arabian
0.00% Armenian
2.71% Basque
0.00% Central_African
4.56% Central_Euro
0.00% East_African
0.00% East_Asian
0.63% East_Balkan
0.00% East_Central_Asian
4.93% East_Central_Euro
0.00% East_Med
0.00% Eastern_Euro
11.11% Fennoscandian
5.55% French
22.98% Iberian
0.00% Indo-Chinese
18.36% Italian
0.00% Malayan
0.00% Near_Eastern
0.00% North_African
12.43% North_Atlantic
0.00% North_Caucasian
13.64% North_Sea
0.00% Northeast_African
0.00% Oceanian
0.00% Omotic
0.00% Pygmy
0.00% Siberian
0.00% South_Asian
0.00% South_Central_Asian
0.00% South_Chinese
0.00% Volga-Ural
0.00% West_African
0.00% West_Caucasian
3.11% West_Med

Helgenes50
11-04-2018, 04:25 PM
Et enfin, ma femme:

0.00% Amerindian
0.00% Arabian
0.00% Armenian
2.71% Basque
0.00% Central_African
4.56% Central_Euro
0.00% East_African
0.00% East_Asian
0.63% East_Balkan
0.00% East_Central_Asian
4.93% East_Central_Euro
0.00% East_Med
0.00% Eastern_Euro
11.11% Fennoscandian
5.55% French
22.98% Iberian
0.00% Indo-Chinese
18.36% Italian
0.00% Malayan
0.00% Near_Eastern
0.00% North_African
12.43% North_Atlantic
0.00% North_Caucasian
13.64% North_Sea
0.00% Northeast_African
0.00% Oceanian
0.00% Omotic
0.00% Pygmy
0.00% Siberian
0.00% South_Asian
0.00% South_Central_Asian
0.00% South_Chinese
0.00% Volga-Ural
0.00% West_African
0.00% West_Caucasian
3.11% West_Med

Tu ne trouves pas qu'elle a beaucoup de Fennoscandien comparé aux Normands ?

anglesqueville
11-04-2018, 04:55 PM
Tu ne trouves pas qu'elle a beaucoup de Fennoscandien comparé aux Normands ?

Si, l'imputation (avec ce K36) lui bouffe tout son Eastern-Euro et le reporte sur le Fennoscandian. Ne me demande pas pourquoi, je n'en ai pas la moindre idée. J'ai bien dit que la présence de ces 4 kits était expérimentale, et d'ailleurs Tolan doit se sentir libre de ne pas les prendre, je ne serai pas vexé. Tu imagines bien que pour ces boulots d'imputation j'ai dû ruser avec les possibilités de mon système. Je sais quel sera mon pipe-line définitif, mais pour le faire marcher je devrai monter un nouveau système. Si Dieu et les finances le veulent, début 2019.

Tolan
11-04-2018, 05:28 PM
Mis à jour: http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm

Oui, le Fenno et Eastern-Euro sont parfois confondus pour les Européens de l'Ouest.
Généralement, quand on a un d'élevé, l'autre est faible et inversement...

anglesqueville
11-04-2018, 05:37 PM
Merci Tolan. Les positionnements de mes 4 kits ne sont au moins pas monstrueux, c'est déjà ça. Mon père en particulier est dans le quadrilatère délimité par les Néerlandais, un peu déporté vers le DK, sans doute par sa mineure NE-Euro. Ma mère et moi, comme d'hab dans le réduit orcadien, et moi vaguement entre mes parents. Comme je disais j'ai encore du boulot avec l'imputation, mais j'ai fait tout ce que je pouvais avec mon vieux bourrin, donc ce sera pour plus tard. Enfin, comme toujours, je suis bien obligé de ravaler mes objections de principe, parce que ce vieux K36 avec une bonne base de référence donne quand même des localisations plus qu'acceptables.

JMcB
11-04-2018, 06:00 PM
seriez-vous intéressé à faire quelqu'un qui est principalement britannique?

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 4.16
Central_African -
Central_Euro 4.24
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.78
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 4.24
East_Med -
Eastern_Euro 6.77
Fennoscandian 7.11
French 6.89
Iberian 11.96
Indo-Chinese -
Italian 12.76
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 12.85
North_Caucasian 0.13
North_Sea 18.97
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 1.37
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 4.76

pardonnez-moi mon français, j'utilise un traducteur.

Helgenes50
11-04-2018, 06:46 PM
Mon père en particulier est dans le quadrilatère délimité par les Néerlandais, un peu déporté vers le DK, sans doute par sa mineure NE-Euro. Ma mère et moi, comme d'hab dans le réduit orcadien, et moi vaguement entre mes parents. je suis bien obligé de ravaler mes objections de principe, parce que ce vieux K36 avec une bonne base de référence donne quand même des localisations plus qu'acceptables.

Quant aux Cotentinais, ils se retrouvent entre les Germano-Nordiques et les Bretons, ce qui est dans la logique

dchicn
11-04-2018, 08:51 PM
Bon, je suis avec Cotentins; sur K13 je suis avec la Flandre française. Alors, peut-être que je me repose entre eux. Merci encore pour votre travail!

Trelvern
11-04-2018, 08:55 PM
Quant aux Cotentinais, ils se retrouvent entre les Germano-Nordiques et les Bretons, ce qui est dans la logique

par conséquent les Contentinais sont contentinents.

anglesqueville
11-04-2018, 09:39 PM
seriez-vous intéressé à faire quelqu'un qui est principalement britannique?

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 4.16
Central_African -
Central_Euro 4.24
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.78
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 4.24
East_Med -
Eastern_Euro 6.77
Fennoscandian 7.11
French 6.89
Iberian 11.96
Indo-Chinese -
Italian 12.76
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 12.85
North_Caucasian 0.13
North_Sea 18.97
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 1.37
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 4.76

pardonnez-moi mon français, j'utilise un traducteur.

JMcB you're of course allowed to write on here in English. The use of French is here possible, but not obligatory.

Trelvern
11-04-2018, 10:23 PM
Merci Trelvern!

Je vais attendre un peu avant de faire des copies d'écran de tes résultats.
Des fois que d'autres donneraient leur résultats....

Je crois que je me suis trompé

Mes données sont légèrement différentes
Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 3.98
Central_African -
Central_Euro 6.18
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.17
East_Central_Asian -
East_Central_Euro -
East_Med -
Eastern_Euro 3.55
Fennoscandian 6.30
French 5.88
Iberian 22.52
Indo-Chinese -
Italian 8.16
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 19.25
North_Caucasian 4.43
North_Sea 15.96
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian 0.62
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med -

Je ne sais pas si ça change grand chose.

Helgenes50
11-05-2018, 06:27 AM
Tolan,
As-tu les Flamands dans ta base de données ?

Jessie
11-05-2018, 08:03 AM
Hi Tolan - Could you plot me if possible? If this is only for French people just ignore. :) Thanks

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 0.88
Central_African -
Central_Euro 8.43
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.84
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 5.14
East_Med -
Eastern_Euro 6.80
Fennoscandian 7.54
French 8.34
Iberian 14.23
Indo-Chinese -
Italian 0.69
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 21.03
North_Caucasian 1.33
North_Sea 19.48
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 0.32
West_African -
West_Caucasian 1.95
West_Med -

Tolan
11-05-2018, 10:39 AM
Tolan,
As-tu les Flamands dans ta base de données ?

J'ai une famille de lillois (3), que Helgi m'avait donné il y a longtemps.
Je vais les mettre...

Tolan
11-05-2018, 10:40 AM
Hi Tolan - Could you plot me if possible? If this is only for French people just ignore. :) Thanks

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 0.88
Central_African -
Central_Euro 8.43
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.84
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 5.14
East_Med -
Eastern_Euro 6.80
Fennoscandian 7.54
French 8.34
Iberian 14.23
Indo-Chinese -
Italian 0.69
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 21.03
North_Caucasian 1.33
North_Sea 19.48
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 0.32
West_African -
West_Caucasian 1.95
West_Med -

C'est ouvert à tout l'Ouest de l'Europe, voir même à toute l'Europe pour le pca "all"

Ruderico
11-05-2018, 11:25 AM
Peux-tu faire une cluster analysis (correlation ou euclidean) avec nous tous?

Tolan
11-05-2018, 04:10 PM
Mis à jour: http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm
J'ai rajouté le "cluster hiérarchique" à la fin

Trelvern
11-05-2018, 04:39 PM
Mis. à jour: http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm
J'ai rajouté le "cluster hiérarchique" à la fin


Merci d'avoir rajouté les nouvelles données ( ce qui effectivement ne change pas grand chose à l'exception du cluster italien v N Atlantic.)
J'avoue être perplexe devant le cluster "hiérarchique". Comment se fait-il que SW England (par exemple) soit plus loin des bretons que Denmark,Norway...?Pas très logique ou alors je ne sais pas interpréter ce graphique.

JMcB
11-05-2018, 04:46 PM
Mis à jour: http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm
J'ai rajouté le "cluster hiérarchique" à la fin

Merci beaucoup, Tolan! Très bien fait!

Ruderico
11-05-2018, 05:02 PM
That was awesome Tolan! Thanks for the clusters aswell. Was that Euclidean Distance, and does the dendrogram change when you compute Correlation instead?


It seems I have very "Aragonese" results on these graphs, plotting right next to that reference sample quite a lot, also because I have an enormous amount of Iberian. I'm easy to spot because I'm the only green triangle. I just feel it's a shame there's no Leon_Castilla reference.
My guess is that it's the higher north African (at west Iberian levels) that throws me off a bit on the "overall" PCA when compared to them. K15 also plots me closest to Aragon. My traditional explanation is that most Portuguese samples are from more metropolitan areas on the coast, and thus experienced admixture with other Europeans at a higher rate than my ancestors who are mostly from rural areas in the interior north. So basically I think my results are basically "more conservative" or "more isolated" Portuguese..or maybe it's Vasconic ancestry, but I don't really know how to test that.



Edit: Camu, you ended up on the Italian cluster!
Edit2: Where is Orev_F from?

Theconqueror
11-05-2018, 05:14 PM
Peux-tu m'ajouter au PCA si tu prends des updates? Sinon, beau travail.

Conqueror,0,0,0,5.56,0,7.19,0,0,1.92,0,6.95,3.95,0 .67,5.68,5.18,17.43,0,12.21,0,0,1.04,12.81,0.43,13 .28,0,0,0,0,0,0,0,0,0.6,0,0.53,4.57

Ma carte K36:

26903

dchicn
11-05-2018, 05:56 PM
Superb, Tolan! I really like the dendrogram. Now it becomes clearer how I place between NW France/Cotentin and NE France/Flamand. Using your Localisation par Eurogenes K36 tool, I get Meaux, Seine et Marne. However, if I exclude S. Central Asian (2.33pct) - an outlier - I land in Orne which seems quite close.

Helgenes50
11-05-2018, 06:00 PM
Merci Tolan d'avoir mis ceux du Nord

timberwolf
11-05-2018, 06:36 PM
Hi Tolan


Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 4.08
Central_African -
Central_Euro 4.35
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 1.67
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 1.54
East_Med -
Eastern_Euro 6.24
Fennoscandian 7.22
French 11.70
Iberian 15.59
Indo-Chinese -
Italian 8.03
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 19.44
North_Caucasian -
North_Sea 19.82
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 0.33

Camulogène Rix
11-05-2018, 06:47 PM
That was awesome Tolan! Thanks for the clusters aswell. Was that Euclidean Distance, and does the dendrogram change when you compute Correlation instead?


It seems I have very "Aragonese" results on these graphs, plotting right next to that reference sample quite a lot, also because I have an enormous amount of Iberian. I'm easy to spot because I'm the only green triangle. I just feel it's a shame there's no Leon_Castilla reference.
My guess is that it's the higher north African (at west Iberian levels) that throws me off a bit on the "overall" PCA when compared to them. K15 also plots me closest to Aragon. My traditional explanation is that most Portuguese samples are from more metropolitan areas on the coast, and thus experienced admixture with other Europeans at a higher rate than my ancestors who are mostly from rural areas in the interior north. So basically I think my results are basically "more conservative" or "more isolated" Portuguese..or maybe it's Vasconic ancestry, but I don't really know how to test that.



Edit: Camu, you ended up on the Italian cluster!
Edit2: Where is Orev_F from?

Not exactly my friend: if you look at the 'all' PCA, I'm plotted between 'North_Italian' and 'Central_Europe' clusters, which is more realistic and in line with ph2ter's G25 PCA plot. Tolan did a good job here.

edit: Orev_F is from French Provence.

Ruderico
11-05-2018, 06:58 PM
Not exactly my friend: if you look at the 'all' PCA, I'm plotted between 'North_Italian' and 'Central_Europe' clusters, which is more realistic and in line with ph2ter's G25 PCA plot. Tolan did a good job here.

edit: Orev_F is from French Provence.

Sorry mon pote, I meant on the dendrogram, not on the plot :)

It seems Provençals are indeed kind of Iberian-ish. I was thinking they'd be more on the Italian side, but I guess the western Alps worked better as a barrier than the Pyrenees did

Vrump
11-05-2018, 07:13 PM
Not exactly my friend: if you look at the 'all' PCA, I'm plotted between 'North_Italian' and 'Central_Europe' clusters, which is more realistic and in line with ph2ter's G25 PCA plot. Tolan did a good job here.

edit: Orev_F is from French Provence.

C'est bien de préciser car y a pas de "cluster italien" à proprement parler, mais plutôt un cluster North Italien, Sarde et autre.

Je me demande si j'suis aussi proche de toi (sur le Celtic vs Germanique je suis proche de toi, mais ce n'est pas pareil).

donj
11-05-2018, 07:57 PM
Hello !

Moi :
Population
Amerindian -
Arabian 0.95
Armenian 1.64
Basque 2.09
Central_African -
Central_Euro 1.79
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 4.22
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 4.27
East_Med 4.55
Eastern_Euro 1.94
Fennoscandian 1.30
French 5.98
Iberian 11.15
Indo-Chinese -
Italian 22.37
Malayan -
Near_Eastern 4.11
North_African 0.42
North_Atlantic 7.89
North_Caucasian 6.78
North_Sea 10.73
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian 2.01
West_Med 5.81

Mon père

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 0.98
Central_African -
Central_Euro -
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 7.67
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 2.67
East_Med -
Eastern_Euro 5.09
Fennoscandian 4.70
French 5.36
Iberian 23.79
Indo-Chinese -
Italian 13.71
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 12.64
North_Caucasian 4.03
North_Sea 17.06
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural 1.93
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 0.36

Merci Tolan

Camulogène Rix
11-05-2018, 07:58 PM
Affirmatif! dans le G25 il n'y a pas moins de sept clusters "italiens"
https://www.dropbox.com/s/fuczy25h35zmq97/G25Kaspias.png?dl=0

Et Ruderico est bien portugais ici:amen:

erwangery
11-05-2018, 08:00 PM
Salut Tolan, voici mon K36:

Population
Amerindian 0.40
Basque 6.35
Central_Euro 5.44
East_Balkan 3.31
East_Central_Euro 12.15
Eastern_Euro 4.64
Fennoscandian 1.31
French 5.93
Iberian 14.42
Italian 6.46
North_African 0.07
North_Atlantic 14.69
North_Caucasian 3.44
North_Sea 18.13
South_Central_Asian 1.38
Volga-Ural 1.43
West_Caucasian 0.46

Et celui de ma mère:
population
Amerindian 0.36
Basque 2.21
Central_Euro 5.37
East_Balkan 5.80
East_Central_Euro 7.45
Eastern_Euro 2.01
Fennoscandian 5.39
French 6.16
Iberian 17.25
Italian 7.17
North_Atlantic 20.50
North_Caucasian 3.36
North_Sea 15.32
South_Asian 0.25
Volga-Ural 1.39

Merci d’avance, Erwan

irbo
11-05-2018, 08:41 PM
Salut Tolan, merci d'ajouter ces deux résultats du nord d'Italie:

irbo

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian 1.70
Basque 3.09
Central_African -
Central_Euro 3.43
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 2.84
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 7.45
East_Med 9.74
Eastern_Euro 2.83
Fennoscandian 0.55
French 3.92
Iberian 13.01
Indo-Chinese -
Italian 14.66
Malayan -
Near_Eastern 7.41
North_African -
North_Atlantic 8.11
North_Caucasian 0.10
North_Sea 12.74
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 8.39

VFlumina

Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian 5.01
Basque 1.84
Central_African -
Central_Euro 8.90
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 1.92
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 6.42
East_Med 1.88
Eastern_Euro 0.25
Fennoscandian 1.63
French 3.42
Iberian 13.16
Indo-Chinese -
Italian 21.76
Malayan -
Near_Eastern 3.62
North_African -
North_Atlantic 7.85
North_Caucasian 2.24
North_Sea 11.51
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian 1.60
West_Med 6.99

Ruderico
11-05-2018, 09:33 PM
Affirmatif! dans le G25 il n'y a pas moins de sept clusters "italiens"
https://www.dropbox.com/s/fuczy25h35zmq97/G25Kaspias.png?dl=0

Et Ruderico est bien portugais ici:amen:

Les individus plus proches de moi ne sont pas Portugais, mais de Leon y Castilla. Soulement deux ou trois Portugais sont proche de moi (euclidean distance matrix)


Liste de correlations avec pop averages
https://beta-static.photobucket.com/images/hh621/Sawelios/Global25correlation_ego_zpsigo6jfym.png


8ème lol

Vivaldi4Stagioni
11-05-2018, 10:23 PM
Bon soir, pouvez-vous m'ajouter aussi? Merci

Vivaldi

Population
Amerindian 2.41
Arabian 0.14
Armenian -
Basque 1.63
Central_African -
Central_Euro 3.25
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 3.62
East_Central_Asian -
East_Central_Euro -
East_Med 3.05
Eastern_Euro 6.46
Fennoscandian 2.94
French 3.74
Iberian 17.50
Indo-Chinese -
Italian 22.26
Malayan -
Near_Eastern 2.35
North_African 2.20
North_Atlantic 6.56
North_Caucasian -
North_Sea 3.55
Northeast_African 4.33
Oceanian 0.22
Omotic 0.31
Pygmy 1.37
Siberian -
South_Asian 0.81
South_Central_Asian 0.49
South_Chinese -
Volga-Ural 1.46
West_African -
West_Caucasian 3.49
West_Med 5.84

palamede
11-05-2018, 10:59 PM
Pouvez-vous m'ajouter . Ma mère était 75% Haute Normande du Pays de Bray 25% Basse-Normande de l'Exmois mon père 100% Wallon de la région de Charleroi

Population
Amerindian 0.13
Arabian -
Armenian -
Basque 1.77
Central_African -
Central_Euro 9.21
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 2.04
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 4.57
East_Med -
Eastern_Euro 3.99
Fennoscandian 6.88
French 4.24
Iberian 16.82
Italian 13.23
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 12.26
North_Caucasian 2.17
North_Sea 16.25
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian 3.11
West_Med 3.33

Helgenes50
11-06-2018, 06:46 AM
Sorry mon pote, I meant on the dendrogram, not on the plot :)

It seems Provençals are indeed kind of Iberian-ish. I was thinking they'd be more on the Italian side, but I guess the western Alps worked better as a barrier than the Pyrenees did

I agree, this topic had already been discussed a few years ago
A study (followed on Twitter but which I have never seen published) had already shown a similarity with Spain for this part of France. The Alps being a real genetic frontier, which is not the case for the Pyrenees with a similar population on both sides.
BTW the Channel , like the Pyrenees is not a border, genetically speaking, of course !!!

Tolan
11-06-2018, 07:25 AM
Not exactly my friend: if you look at the 'all' PCA, I'm plotted between 'North_Italian' and 'Central_Europe' clusters, which is more realistic and in line with ph2ter's G25 PCA plot. Tolan did a good job here.

edit: Orev_F is from French Provence.

Le père d'Orev est du Gard me semble-t-il.
Donc plutôt du Languedoc que de la Provence

anglesqueville
11-06-2018, 07:28 AM
Ruderico, we are still waiting for a serious study of the DNA of south-eastern France (Provence). I bet that such a study would make appear a lot of curious phenomena, including pockets of U106. One thing is certain: Provence is not at all an extension of northern Italy, contrarily to south-western which is basically the same as northern Spain. For example, the Basque language was spoken in whole Aquitaine as late as the Middle-Age (if I recall the linguistic border was not far from Bordeaux in the XIVth century).

Camulogène Rix
11-06-2018, 07:47 AM
Yes , the famous Aquitani tribes who spoke a very different language from the Gauls, according to Strabo.
@angles, close to Bordeaux until 7th century AD.

anglesqueville
11-06-2018, 10:26 AM
7th siècle? Bon, pour une fois que je croyais faire plaisir aux Basques! :behindsofa:

Ruderico
11-06-2018, 11:14 AM
Ruderico, we are still waiting for a serious study of the DNA of south-eastern France (Provence). I bet that such a study would make appear a lot of curious phenomena, including pockets of U106. One thing is certain: Provence is not at all an extension of northern Italy, contrarily to south-western which is basically the same as northern Spain. For example, the Basque language was spoken in whole Aquitaine as late as the Middle-Age (if I recall the linguistic border was not far from Bordeaux in the XIVth century).

Quite, both the western Pyrenees and the eastern Pyrenees seemed to have been a lot more permeable to population movements than either side of the Alps. I also wonder how much French-like ancestry modern Iberians (particularly eastern ones) have gotten since the early middle ages, and whether or not that influenced and shaped the Catalan language

https://4.bp.blogspot.com/--YJZtZFnLHw/Wr8T4iE1SkI/AAAAAAAADyI/SnlqnVpDkUIOnrVQle-gqvKp0ecl2gCHgCLcBGAs/s1600/France.png
French contribution, taken from Patterns of genetic differentiation and the footprints of historical migrations in the Iberian Peninsula

palamede
11-06-2018, 01:09 PM
Ruderico, we are still waiting for a serious study of the DNA of south-eastern France (Provence). I bet that such a study would make appear a lot of curious phenomena, including pockets of U106. One thing is certain: Provence is not at all an extension of northern Italy, contrarily to south-western which is basically the same as northern Spain. For example, the Basque language was spoken in whole Aquitaine as late as the Middle-Age (if I recall the linguistic border was not far from Bordeaux in the XIVth century).

Angle je connais 2 études sur la Provence
1) celle de Julie Di Christoforo, Roy King et al-2011 qui portait sur les lieux de colonisation néolithique et grecque autour de la méditerranée
Provence (n=51) E-V13 2 (4%) , E-M34 1 (2%), G 4 (8%), I1-M253 1 (2%), I2 2 (4%), J1 1 (2%), J2a 5 (10%), R1a 5 (10%), R1b 30 (58.8% )
Il y avait aussi une étude autosomique qui m'inspire peu de confiance qui faisait une répartition de l'est et de l'ouest de la Provence en Grec (12 et 19%), Basque (70 et 91%), Anatolie (18 et 0%) s'accordant de larges marges d'erreur.

L'étude corse récente donne pour la Provence sur 259 individus
E-V13 8 (3.1%), J1 2 J2a 11 J2b 4 (J1+J2a+J2b 6.6%) et stupidement déclare que le reste est R.


2) L'étude de Myres et al-2010 sur R1b , sa répartition et ses subclades.
En Provence 368 personnes avaient été recrutées sur leur nom de famille provencal.

Var (n=68)________ M269all 66.2%, L23(xM412) 2.9% U106 5.9% P312* 35.3% L21 2.9% U152 19.1%
Vaucluse (n=61)____ M269all 60.7%, ______________ U106 6.6% P312* 29.5% L21 8.2% U152 14.8% L11* 1.6%
B. du Rhone (n=207) M269all 67.6%, L23(xM412) 2.4% U106 8.2% P312* 32.4% L21 6.3% U152 16.9% M412(xL11) 0.5% V88 0.5%(V88 est basal au-dessus de M269, très rare sur le continent européen)
Alpes de HP (n=31) M269all 80.6%, ______________ U106 12.9% P312* 29.0% L21 19.4% U152 12.9% M412(xL11) 6.5%

anglesqueville
11-06-2018, 02:15 PM
Merci pour ces références. Je devine que mon vague souvenir de U106 en Provence devait venir de Myres. J'ai pas mal marché en Provence et haute-Provence dans mes années de randonneur, et, alors que je découvrais le "Sud", j'avais été surpris de croiser dans des coins perdus des phénotypes qui auraient pu naître 1000 kms plus au nord. Bien sûr une telle remarque ne vaut rien, sinon que je me suis toujours dit qu'une étude autosomale à petite échelle donnerait peut-être des résultats amusants.

Vrump
11-06-2018, 04:25 PM
Merci pour ces références. Je devine que mon vague souvenir de U106 en Provence devait venir de Myres. J'ai pas mal marché en Provence et haute-Provence dans mes années de randonneur, et, alors que je découvrais le "Sud", j'avais été surpris de croiser dans des coins perdus des phénotypes qui auraient pu naître 1000 kms plus au nord. Bien sûr une telle remarque ne vaut rien, sinon que je me suis toujours dit qu'une étude autosomale à petite échelle donnerait peut-être des résultats amusants.

Mon ami (à moitié vénitien et gascon) ne voit pas vraiment la différence entre les phénotypes des gens de Vénétie (les natifs) et les gens (natifs) de Gascogne et pour avoir vu des photos (noir et blanc, donc je ne vais pas parler de pigmentation, car à vrai dire je m'en tape) de ses ancêtres je peux dire qu'ils pourraient être autant de Bretagne, Provence, Gascogne, Bourgogne, Flandre, Artois, Picardie et même Alsace, Catalogne, Pays Basque...

Juste pour dire que certains exagèrent les différences (parfois par chauvinisme) de traits.

Et je suis certain qu'une grande partie de mes ancêtres originaires du Nord de la France aurait pu passer comme Catalan, Italien du Nord, Bourguignon, Basque, Provençal, Savoisien, etc. et cela ne me dérange pas de le dire.

Tolan
11-06-2018, 04:32 PM
J'ai mi à jour.
Si j'ai oublié quelqu'un, qui me le fait savoir.
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm

Comme vous êtes maintenant assez nombreux, j'essaie de mettre des couleurs par catégorie. J'ai mis en gris ceux qui étaient issus de plusieurs populations différentes.

timberwolf
11-06-2018, 05:54 PM
Tolan

Brilliant job mate, well done. merci beaucoup

Camulogène Rix
11-06-2018, 06:44 PM
Merci pour ces références. Je devine que mon vague souvenir de U106 en Provence devait venir de Myres. J'ai pas mal marché en Provence et haute-Provence dans mes années de randonneur, et, alors que je découvrais le "Sud", j'avais été surpris de croiser dans des coins perdus des phénotypes qui auraient pu naître 1000 kms plus au nord. Bien sûr une telle remarque ne vaut rien, sinon que je me suis toujours dit qu'une étude autosomale à petite échelle donnerait peut-être des résultats amusants.

Dans cette étude G.Lucotte trouve 9.7% de R1b-U106 à Grasse.Quant au taux de U152, ça fait rêver:eek:
https://file.scirp.org/pdf/AA_2015020314480042.pdf

Theconqueror
11-06-2018, 08:08 PM
Tres beau travail Tolan, merci infiniment.

palamede
11-06-2018, 08:19 PM
Dans cette étude G.Lucotte trouve 9.7% de R1b-U106 à Grasse.Quant au taux de U152, ça fait rêver:eek:
https://file.scirp.org/pdf/AA_2015020314480042.pdf

Il s'agit de pourcentages par rapport à M269 (haplotype XV).

De toute façon l'étude est sans valeur et ses résultats absurdes. Manifestement la plupart des pourcentages de R1b-M269 sont invraisemblables et cela l'était déjà quand l'étude est parue.
Tout cela est très surprenant !

Ruderico
11-11-2018, 12:03 AM
Hello Tolan, you can add my missus if you please. All her family is from a small village next to the Spanish border with Extremadura


MrsRuderico

Amerindian -
Arabian 1.47
Armenian -
Basque 1.82
Central_African -
Central_Euro 4.45
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 0.90
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 3.50
East_Med 2.22
Eastern_Euro -
Fennoscandian 0.16
French 6.77
Iberian 29.61
Indo-Chinese 0.78
Italian 12.71
Malayan -
Near_Eastern 3.66
North_African 6.07
North_Atlantic 8.40
North_Caucasian -
North_Sea 10.86
Northeast_African 0.24
Oceanian 0.37
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African 0.21
West_Caucasian -
West_Med 5.77

Tolan
11-11-2018, 03:02 AM
J'ai mis à jour en ajoutant deux groupes: Bretagne (8) et Normandie (4).
J'ai mis aussi des couleurs pour que ce soit plus lisible..

http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm

La Bretagne et la Normandie sortent du lot dans les représentations avec North-Atlantic, que ce soit avec Iberian, North-Sea ou Italian.
Autrement, les deux groupes se trouvent superposé dans le groupe de la France...

JMcB
11-11-2018, 04:41 AM
Hello Tolan,

I have to say that I have found your approach and the subsequent PCAs to be very interesting. In the first series, I couldn’t help but notice, that I was often placed in close proximity to many of the French samples but I was never actually in the French zone. In this new series, with Brittany and Normandy added into the calculations, I now seem to be falling more solidly within the French areas. Am I reading that correctly or was I not fully grasping the first series of PCAs?

Thank you for your efforts and for posting these!

Tolan
11-11-2018, 06:01 AM
Hello Tolan,

I have to say that I have found your approach and the subsequent PCAs to be very interesting. In the first series, I couldn’t help but notice, that I was often placed in close proximity to many of the French samples but I was never actually in the French zone. In this new series, with Brittany and Normandy added into the calculations, I now seem to be falling more solidly within the French areas. Am I reading that correctly or was I not fully grasping the first series of PCAs?

Thank you for your efforts and for posting these!

You are quite close to the Lille samples.
I think a lot of Americans are in this area. Because, if they are many ancestors of the British Islands, they have some of the continent which shifts a little towards Belgium or the North of France.
Do you think it's possible that you have ancestors other than British or Irish?

Tolan
11-11-2018, 06:26 AM
J'ai rajouté un autre graphique: North-Atlantic vs Fennoscandian.

Sur celui-ci, les Bretons et les Normands sont clairement séparés!
Ouf! :biggrin1:

http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm

Trelvern
11-11-2018, 07:13 AM
J'ai rajouté un autre graphique: North-Atlantic vs Fennoscandian.

Sur celui-ci, les Bretons et les Normands sont clairement séparés!
Ouf! :biggrin1:

http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pcaK36.htm


Intéressant
De toute façon les Normands (du moins ceux de l'échantillon) apparaissent globalement plus germaniques et un peu moins atlantiques.Ce n'est pas vraiment une surprise.

Mais comme toujours des distorsions:il n'est pas possible que Jessie, une pure irlandaise, soit plus éloignée que moi de l'Irlande!

Comme quoi pour se faire une idée à peu près réaliste il faut multiplier les approches ,rajouter une grosse pincée de sel ,laisser décanter et servir tiède.

palamede
11-11-2018, 09:09 AM
Pour le plaisir de pinailler, je nommerai votre groupe "normand-cötier" plus que "normand" car vos exemples sont issus des mini-régions normandes (Cotentin, Caux côtier) proches des côtes qui ont eu une imprégnation scandinave et saxonne non négligeable:angel:. A partir de 40km à l'intérieur, l'influence devient négligeable et le fonds gaulois domine largement

Tolan
11-11-2018, 10:30 AM
Pour le plaisir de pinailler, je nommerai votre groupe "normand-cötier" plus que "normand" car vos exemples sont issus des mini-régions normandes (Cotentin, Caux côtier) proches des côtes qui ont eu une imprégnation scandinave et saxonne non négligeable:angel:. A partir de 40km à l'intérieur, l'influence devient négligeable et le fonds gaulois domine largement

Certainement...
En espérant que bientôt, des Normands de l'intérieur des terres se fassent testés

Jessie
11-11-2018, 10:48 AM
Intéressant
De toute façon les Normands (du moins ceux de l'échantillon) apparaissent globalement plus germaniques et un peu moins atlantiques.Ce n'est pas vraiment une surprise.

Mais comme toujours des distorsions:il n'est pas possible que Jessie, une pure irlandaise, soit plus éloignée que moi de l'Irlande!

Comme quoi pour se faire une idée à peu près réaliste il faut multiplier les approches ,rajouter une grosse pincée de sel ,laisser décanter et servir tiède.

Most plots I'm not with Irish. The only time I've seen myself plot with Ireland is the Celtic vs Germanic. There is a lot of variety in populations. On some of these plots that Tolan has done I'm closer to Irish. On the all detail plot that is similar to where I usually plot with a Scandinavian pull.

Helgenes50
11-11-2018, 10:53 AM
Certainement...
En espérant que bientôt, des Normands de l'intérieur des terres se fassent testés

Pas necessaire, les vrais normands c'est nous !!!

Trelvern
11-11-2018, 11:52 AM
Most plots I'm not with Irish. The only time I've seen myself plot with Ireland is the Celtic vs Germanic. There is a lot of variety in populations. On some of these plots that Tolan has done I'm closer to Irish. On the all detail plot that is similar to where I usually plot with a Scandinavian pull.

It's the Viking connection!

"A ground-breaking recent genetic study revealed that the Viking invasions had a much bigger impact on Irish DNA than previously thought (...)When the Vikings invaded Ireland, they eventually traded their traditional single-generation patronymic naming system in favor of Gaelic naming practices. When this took place a lot of new surnames emerged."Irish Central

C'est pourquoi les études basées sur les noms de famille sont tellement trompeuses (étude de Leicester sur le Cotentin à la recherche de noms scandinaves!)
This is why studies based on surnames are so misleading (Leicester study on the Cotentin looking for Scandinavian names!)



De même pour les "Hibernois" réfugiés en France au 17ème siècle (35000 à 40000 )
similarly for the "Hibernois"(Irish) refugees in France in the 1600s


"35.000 Irlandais persécutés par les Anglais, notamment lors des campagnes de Cromwell, auraient émigré sur le continent au cours du XVII e siècle, dont une bonne partie en Bretagne catholique. « Ces boat people avant la lettre ont débarqué un peu dans tous les ports bretons. Certains s'y sont installés, d'autres ont essaimé en Bretagne intérieure, comme en témoignent les registres ». Mais les noms gaëliques ont subi des transformations au fil des décennies : « Les prêtres transcrivaient, comme ils pouvaient, de manière phonétique, ces sonorités inconnues ! ». Certains noms restent proches du patronyme originel : Souhillevant ou Soulevant pour Sullivan, Donnevant pour Donovan. Pour d'autres, c'est plus problématique : les Bohely, Boullay, Boullec, proviendraient de O Buachalla; les Haverte, Harcande, Havertin, de O Haibheartaigh, etc. (le Télégramme)

35,000 Irish persecuted by the English, especially during the campaigns of Cromwell, emigrated to the continent during the seventeenth century, much of it in Catholic Britain. "These boat people before the letter have landed a little in all Breton ports. Some have settled there, others have spread in inland Brittany, as evidenced by the records. But the Gaelic names have undergone transformations over the decades: "The priests transcribed, as they could, phonetically, these unknown sonorities! ". Some names remain close to the original surname: Souhillevant or Soulevant for Sullivan, Donnevant for Donnovan . For others, it is more problematic: the Bohely, Boullay, Boullec, come from O Buachalla; Haverte, Harcande, Havertine, O Haibheartaigh, & c.

So I could have Irish ancestors without knowing it!

Trelvern
11-11-2018, 12:03 PM
Pas necessaire, les vrais normands c'est nous !!!

p’têt ben qu’oui...

Helgenes50
11-11-2018, 12:14 PM
p’têt ben qu’oui...

Mei, j'en syis reide seu !!!

Trelvern
11-11-2018, 01:26 PM
A taleu

Jessie
11-11-2018, 01:59 PM
It's the Viking connection!

"A ground-breaking recent genetic study revealed that the Viking invasions had a much bigger impact on Irish DNA than previously thought (...)When the Vikings invaded Ireland, they eventually traded their traditional single-generation patronymic naming system in favor of Gaelic naming practices. When this took place a lot of new surnames emerged."Irish Central

C'est pourquoi les études basées sur les noms de famille sont tellement trompeuses (étude de Leicester sur le Cotentin à la recherche de noms scandinaves!)
This is why studies based on surnames are so misleading (Leicester study on the Cotentin looking for Scandinavian names!)



De même pour les "Hibernois" réfugiés en France au 17ème siècle (35000 à 40000 )
similarly for the "Hibernois"(Irish) refugees in France in the 1600s


"35.000 Irlandais persécutés par les Anglais, notamment lors des campagnes de Cromwell, auraient émigré sur le continent au cours du XVII e siècle, dont une bonne partie en Bretagne catholique. « Ces boat people avant la lettre ont débarqué un peu dans tous les ports bretons. Certains s'y sont installés, d'autres ont essaimé en Bretagne intérieure, comme en témoignent les registres ». Mais les noms gaëliques ont subi des transformations au fil des décennies : « Les prêtres transcrivaient, comme ils pouvaient, de manière phonétique, ces sonorités inconnues ! ». Certains noms restent proches du patronyme originel : Souhillevant ou Soulevant pour Sullivan, Donnevant pour Donovan. Pour d'autres, c'est plus problématique : les Bohely, Boullay, Boullec, proviendraient de O Buachalla; les Haverte, Harcande, Havertin, de O Haibheartaigh, etc. (le Télégramme)

35,000 Irish persecuted by the English, especially during the campaigns of Cromwell, emigrated to the continent during the seventeenth century, much of it in Catholic Britain. "These boat people before the letter have landed a little in all Breton ports. Some have settled there, others have spread in inland Brittany, as evidenced by the records. But the Gaelic names have undergone transformations over the decades: "The priests transcribed, as they could, phonetically, these unknown sonorities! ". Some names remain close to the original surname: Souhillevant or Soulevant for Sullivan, Donnevant for Donnovan . For others, it is more problematic: the Bohely, Boullay, Boullec, come from O Buachalla; Haverte, Harcande, Havertine, O Haibheartaigh, & c.

So I could have Irish ancestors without knowing it!

You also have Hennessy's cognac. :)

https://en.wikipedia.org/wiki/Hennessy

JMcB
11-11-2018, 04:40 PM
You are quite close to the Lille samples.
I think a lot of Americans are in this area. Because, if they are many ancestors of the British Islands, they have some of the continent which shifts a little towards Belgium or the North of France.
Do you think it's possible that you have ancestors other than British or Irish?



Hello Tolan,

I’ve been tending towards the theory that K36 is picking up on the continental components that are underlying my British ancestry. Most of my English ancestry is Southern in origins and more likely to have been genetically influenced by the Continent. While my paternal line was originally Germanic and probably arrived in the British Isles with the Angles. At least, according to the most recent information I have from NGS testing and the opinions of Ken Nordtvedt and my I-Z140 Administrator. They appear to have settled in North Yorkshire before moving into Galloway, just around the time it was receiving an added influx of Scandinavian admixture from the Gall-Ghàidheil. Not to mention, the previous Anglian settlements that were planted in Galloway by the Northumbrians. Of course, it goes without saying, that the interpretation of NGS tests are always in progress and therefore, subject to change.

Within the last four hundred years the only known continental ancestry I have, comes from two 2cd Great Grandparents, one of whom was Italian and the other German and a 5th Great Grandmother, who was French. While they may be contributing to the pull, I doubt they can explain the depth of that pull. (See for example, Luckasz’s fine report below)

Would I be wrong in thinking that K36 is picking up on deeper ancestry? I know that David did make reference to that in his initial rollout but I’m not sure how far that can be stretched.

Be that as it may, I like how you’ve put geographies in opposition to each other. It adds an interesting dimension to your analysis.

https://fusiontables.googleusercontent.com/embedviz?q=select+col39%3E%3E1+from+1tgsOS5Yj03z1P dRDE5xxboB_5y3X_0MA0b9z-4s4&viz=MAP&h=false&lat=51.059875141139194&lng=30.812549300030355&t=1&z=4&l=col39%3E%3E1&y=2&tmplt=2&hml=KML

https://drive.google.com/file/d/1roxgBuBjt-hQZ_LJPElnGRfZzqbmnp7m/view

P.S. I’ve been meaning to ask, does anyone have any information on the Lille samples?

Helgenes50
11-11-2018, 04:57 PM
Certainement...
En espérant que bientôt, des Normands de l'intérieur des terres se fassent testés
Tolan,
Tes PCAs avec K36 sont très parlants. Surtout le Nord Atlantique/Fennoscandien. Si on veut vraiment voir nos différences, il est nécessaire de prendre les bons marqueurs.

D'après mes souvenirs, NW France était composé de tes résultats et ceux de ma famille, maintenant que nous avons assez de Bretons et que les Normands commencent à pointer timidement leur nez, ne penses tu pas que tu pourrais les supprimer, cela peut induire en erreur et empêcher une bonne visibilité, comme quoi les Normands seraient proches des français du NW, alors que ce sont en partie les mêmes, mais je me trompe peut-être ?

P.S. ta boite Mail d'Anthro est pleine

Ruderico
11-11-2018, 05:11 PM
Be that as it may, I like how you’ve put geographies in opposition to each other. It adds an interesting dimension to your analysis.

https://fusiontables.googleusercontent.com/embedviz?q=select+col39%3E%3E1+from+1tgsOS5Yj03z1P dRDE5xxboB_5y3X_0MA0b9z-4s4&viz=MAP&h=false&lat=51.059875141139194&lng=30.812549300030355&t=1&z=4&l=col39%3E%3E1&y=2&tmplt=2&hml=KML

https://drive.google.com/file/d/1roxgBuBjt-hQZ_LJPElnGRfZzqbmnp7m/view

P.S. I’ve been meaning to ask, does anyone have any information on the Lille samples?

Yes, that's my favourite thing aswell. I don't like K36 as much as other calcs, I found it can give some odd results - for instance my missus has a very odd position since K13, K15 and G25 plot her below me, towards northern Italy, whereas here she's almost south French - but the comparison between different components is really, really interesting.
I'm in a similar situation as Jesse, I'm never really with now own countrymen, be it K36, G25 or whatever calculator you like the most :\

PS: Not that I have some obsession with being close to my own countrymen, I quite like being my own type of unique

Helgenes50
11-11-2018, 05:15 PM
PS: Not that I have some obsession with being close to my own countrymen, I quite like being my own type of unique


I agree 100% with you

A unique piece, not made in China !!!

Tolan
11-11-2018, 05:31 PM
Tolan,
Tes PCAs avec K36 sont très parlants. Surtout le Nord Atlantique/Fennoscandien. Si on veut vraiment voir nos différences, il est nécessaire de prendre les bons marqueurs.

D'après mes souvenirs, NW France était composé de tes résultats et ceux de ma famille, maintenant que nous avons assez de Bretons et que les Normands commencent à pointer timidement leur nez, ne penses tu pas que tu pourrais les supprimer, cela peut induire en erreur et empêcher une bonne visibilité, comme quoi les Normands seraient proches des français du NW, alors que ce sont en partie les mêmes, mais je me trompe peut-être ?

P.S. ta boite Mail d'Anthro est pleine

Le NW France est souvent à l'intersection des Bretons et des Normands. Il a sa place sur le graphique.
Peut-être l'enlever du groupe France, puisque ces deux groupes sont représentés à part. Et le mettre sans groupe.

Par contre je ne suis pas d'accord avec toi au sujet des Normands de l'intérieur des terres. Ils sont autant normands que ceux des côtes et devront être dans le groupe des Normands.
Ils ont même plus de légitimité que ceux des côtes qui ont des ancêtres plus diversifiés par les migrations venus par la Manche.
Et puis, la Normandie c'est toute la Normandie, et la Bretagne, c'est toute la Bretagne.

Helgenes50
11-11-2018, 05:50 PM
Le NW France est souvent à l'intersection des Bretons et des Normands. Il a sa place sur le graphique.
Peut-être l'enlever du groupe France, puisque ces deux groupes sont représentés à part. Et le mettre sans groupe.

Par contre je ne suis pas d'accord avec toi au sujet des Normands de l'intérieur des terres. Ils sont autant normands que ceux des côtes et devront être dans le groupe des Normands.
Ils ont même plus de légitimité que ceux des côtes qui ont des ancêtres plus diversifiés par les migrations venus par la Manche.
Et puis, la Normandie c'est toute la Normandie, et la Bretagne, c'est toute la Bretagne.

c'est une boutade, bien sur qu'ils ont leur place. Mais si tu prends au mot, ce sont quand même ceux qui sont les plus Nord...iques qui sont les plus Nor...mands

Vrump
11-11-2018, 05:56 PM
T'es dispo Tolan ?

Ruderico
11-14-2018, 09:20 PM
If you guys like K36 you might want to check this new thread


https://anthrogenica.com/showthread.php?15782-NEW-Poi-s-K36-nMonte-Runner-(PCA-based)-using-my-spreadsheet-with-more-than-600-pops

Thanatos
11-15-2018, 09:03 PM
Bonjour !
J'aime bien les graphiques alors je donne mes résultats !!


Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque -
Central_African -
Central_Euro 7.99
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 1.76
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 3.94
East_Med -
Eastern_Euro 4.70
Fennoscandian 8.10
French 5.26
Iberian 11.73
Indo-Chinese -
Italian 20.13
Malayan -
Near_Eastern -
North_African -
North_Atlantic 17.20
North_Caucasian -
North_Sea 15.46
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian 0.13
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian 0.66
West_Med 2.94

Merci !

Tolan
11-19-2018, 03:56 AM
Merci Thanatos.
Tes résultats en PCA sont "excentriques"!

Peux-tu me dire combien tu as de snps de testés avec Eurogenes K36 sur gedmatch (indication en bas de page des résultats)

Vrump
11-19-2018, 04:07 AM
Tu prends les résultats sur un kit 23andme v3 ?

Tolan
11-19-2018, 12:38 PM
Tu prends les résultats sur un kit 23andme v3 ?

Oui, il a une excellente couverture!

Vrump
11-19-2018, 01:36 PM
Oui, il a une excellente couverture!

Je t'ai envoyé les résultats en privé.

Bonne chance !

Thanatos
11-20-2018, 05:56 PM
Merci Thanatos.
Tes résultats en PCA sont "excentriques"!

Peux-tu me dire combien tu as de snps de testés avec Eurogenes K36 sur gedmatch (indication en bas de page des résultats)

Merci à toi !
144829 SNPs testés selon Gedmatch !
Excentriques, c'est à dire ?

Dalluin
07-12-2019, 10:41 PM
Ci joint les resultats (K36) d'un franchouillards mais cotentinais aussi à 25 % si ça peut aider
Population
Amerindian -
Arabian 1.19 Pct
Armenian 1.33 Pct
Basque 4.39 Pct
Central_African -
Central_Euro 4.85 Pct
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 2.67 Pct
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 3.13 Pct
East_Med 3.85 Pct
Eastern_Euro 1.24 Pct
Fennoscandian 9.63 Pct
French 9.25 Pct
Iberian 11.38 Pct
Indo-Chinese -
Italian 10.84 Pct
Malayan -
Near_Eastern 1.21 Pct
North_African 0.13 Pct
North_Atlantic 14.30 Pct
North_Caucasian -
North_Sea 15.53 Pct
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic 0.24 Pct
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 4.84 Pc

Magovalle
07-19-2019, 04:32 PM
Hi there, Tholan. Can u plot mine. Here my results in K36. Thks in advance:

Population

Amerindian 0.46 Pct
Arabian 2.43 Pct
Armenian -
Basque 8.33 Pct
Central_African -
Central_Euro 0.68 Pct
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 1.90 Pct
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 0.87 Pct
East_Med 2.71 Pct
Eastern_Euro 0.36 Pct
Fennoscandian 0.50 Pct
French 5.87 Pct
Iberian 28.01 Pct
Indo-Chinese -
Italian 18.34 Pct
Malayan -
Near_Eastern 2.19 Pct
North_African 5.09 Pct
North_Atlantic 11.75 Pct
North_Caucasian 0.42 Pct
North_Sea 6.88 Pct
Northeast_African 0.91 Pct
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian -
West_Med 2.29 Pct

165482 snps used

Best