PDA

View Full Version : Tutorial R (nMonte)



Lusitano
07-06-2019, 09:33 PM
1. Primeiramente instalar o programa, o qual pode ser encontrado aqui:

https://cran.r-project.org



2. Depois de instalado, ir aos programas do explorador de ficheiros do windows e procurar pela pasta "R"; de seguida a pasta "R-3.6.0". Copiar todos os ficheiros neste link para essa mesma pasta: https://www.dropbox.com/sh/1iaggxyc2alafow/AACIjLtnkuaNNsJ5oKME_3XHa?dl=0



3. De seguida iremos criar dois documentos no bloco de notas (notepad). Um iremos nomear de "target" e o outro de "data" (ver imagem)

https://i.imgur.com/u0n5pPm.jpg



4. No documento "target" iremos colar e gravar as nossas coordenadas G25. No documento "data" iremos colar e gravar as coordenadas G25 das samples que queremos comparar os genomas com os nossos.

Existem dois tipos de coordenadas que nos são fornecidas pelo David: escaladas e não escaladas. As escaladas normalmente dizem "scaled" enquanto as não escaladas não estão identificadas. As coordenadas no documento "target" e "data" deverão estar sempre em sintonia: se as coordenadas do "target" forem escaladas então as coordenadas inseridas no "data" deverão sê-lo também e vice-versa.



5. Depois de gravado nos documentos do bloco de notas "target" e "data" as coordenadas que pretendes copia e cola os mesmos para a pasta "R-3.6.0" (ver imagem)

https://i.imgur.com/Yad9ZMJ.jpg



6. De seguida vamos abrir o nMonte (R)



7. Ir a "file" e "change directory" (ver imagem)

https://i.imgur.com/RV8IX4D.jpg



8. Escolher a pasta "R-3.6.0" e clicar "OK" (ver imagem)

https://i.imgur.com/qBpB2J5.jpg



9. Copia\cola na janela de comando do nMonte (ver imagem):

source('nMonte3.R')

Depois de introduzida a linha de comando, clicar na tecla "Enter".

https://i.imgur.com/uTXrFuT.jpg




10. De seguida copia\cola (ver imagem):

getMonte('data.txt', 'target.txt')

Clicar "Enter" novamente

https://i.imgur.com/WYaUK2x.jpg



11. Agora é só aguardar pelos resultados (entre 15 a 30 segundos por norma).

Lusitano
07-06-2019, 09:35 PM
No AnthroPortugal um novo membro que obteve as coordenadas G25 não sabia usar o R\nMonte então eu fiz-lhe um tutorial. Como não existe nenhum em Português e isto é sempre meio confuso para quem está a começar decidi publicar aqui também. Pode vir a ser útil para futuros membros.

rob101
03-05-2020, 06:11 AM
aqui deu " Colnames input not identical"