PDA

View Full Version : Hg Q: Ancient DNA



Шад
06-27-2015, 11:53 AM
Allentoft et al 2015

RISE 493 Sabinka 2 Karasuk 1500-1400 BC (Bronze Age)

Q-L715*
Positive SNPs from Q-L715 branch: YP795 YP797 YP800 YP801 YP805 YP806 YP807 YP815 YP818 YP820 YP822 YP828 YP830 YP832 YP846 YP850 YP851 YP855

Negative SNPs: L713 and below.

See also: http://www.yfull.com/tree/Q-M25/

Шад
06-27-2015, 11:56 AM
RISE600 Verh-Uimon (Iron Age)

Q-L713*

Positive SNPs from Q-L715 branch: YP786 YP787 YP790 YP796 YP797 YP800 YP801 YP805 YP806 YP807 YP810 YP845 YP855 YP864
Positive SNPs from Q-L713 branch: YP844

RISE601 Verh-Uimon (Iron Age)

Q-L715*

Positive SNPs from Q-L715 branch: YP777 YP786 YP790 YP792 YP793 YP794 YP799 YP804 YP805 YP806 YP808 YP809 YP815 YP818 YP820 YP824 YP826 YP830
YP831 YP834 YP835 YP836 YP839 YP840 YP849

Afshar
06-27-2015, 12:26 PM
Is there an estimate of the time between these three samples?

Шад
06-28-2015, 05:51 AM
Is there an estimate of the time between these three samples?

We will try to do it.

BTW, archaeologists estimate the age of the RISE600 and 601 samples as the middle of the first millennium AD.

http://forum.molgen.org/index.php/topic,3471.msg298722.html#msg298722

Шад
06-28-2015, 05:43 PM
Is there an estimate of the time between these three samples?

Q-L712 formed 16800 ybp, TMRCA 14400 ybp
Q-L715 formed 14400 ybp, TMRCA 5300 ybp
Q-L713 formed 5300 ybp, TMRCA 4800 ybp

Шад
05-10-2018, 01:13 PM
137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes

Peter de Barros Damgaard, Nina Marchi, Simon Rasmussen, Michaël Peyrot, Gabriel Renaud, Thorfinn Korneliussen, J. Víctor Moreno-Mayar, Mikkel Winther Pedersen, Amy Goldberg, Emma Usmanova, Nurbol Baimukhanov, Valeriy Loman, Lotte Hedeager, Anders Gorm Pedersen, Kasper Nielsen, Gennady Afanasiev, Kunbolot Akmatov, Almaz Aldashev, Ashyk Alpaslan, Gabit Baimbetov, Vladimir I. Bazaliiskii, Arman Beisenov, Bazartseren Boldbaatar, Bazartseren Boldgiv, Choduraa Dorzhu, Sturla Ellingvag, Diimaajav Erdenebaatar, Rana Dajani, Evgeniy Dmitriev, Valeriy Evdokimov, Karin M. Frei, Andrey Gromov, Alexander Goryachev, Hakon Hakonarson, Tatyana Hegay, Zaruhi Khachatryan, Ruslan Khaskhanov, Egor Kitov, Alina Kolbina, Tabaldiev Kubatbek, Alexey Kukushkin, Igor Kukushkin, Nina Lau, Ashot Margaryan, Inga Merkyte, Ilya V. Mertz, Viktor K. Mertz, Enkhbayar Mijiddorj, Vyacheslav Moiyesev, Gulmira Mukhtarova, Bekmukhanbet Nurmukhanbetov, Z. Orozbekova, Irina Panyushkina, Karol Pieta, Václav Smrčka, Irina Shevnina, Andrey Logvin, Karl-Göran Sjögren, Tereza Štolcová, Kadicha Tashbaeva, Alexander Tkachev, Turaly Tulegenov, Dmitriy Voyakin, Levon Yepiskoposyan, Sainbileg Undrakhbold, Victor Varfolomeev, Andrzej Weber, Nikolay Kradin, Morten E. Allentoft, Ludovic Orlando, Rasmus Nielsen, Martin Sikora, Evelyne Heyer, Kristian Kristiansen & Eske Willerslev- Show fewer authors

Nature (2018)
doi:10.1038/s41586-018-0094-2

Received: 18 April 2017
Accepted: 03 April 2018
Published: 09 May 2018

Abstract

For thousands of years the Eurasian steppes have been a centre of human migrations and cultural change. Here we sequence the genomes of 137 ancient humans (about 1× average coverage), covering a period of 4,000 years, to understand the population history of the Eurasian steppes after the Bronze Age migrations. We find that the genetics of the Scythian groups that dominated the Eurasian steppes throughout the Iron Age were highly structured, with diverse origins comprising Late Bronze Age herders, European farmers and southern Siberian hunter-gatherers. Later, Scythians admixed with the eastern steppe nomads who formed the Xiongnu confederations, and moved westward in about the second or third century bc, forming the Hun traditions in the fourth–fifth century ad, and carrying with them plague that was basal to the Justinian plague. These nomads were further admixed with East Asian groups during several short-term khanates in the Medieval period. These historical events transformed the Eurasian steppes from being inhabited by Indo-European speakers of largely West Eurasian ancestry to the mostly Turkic-speaking groups of the present day, who are primarily of East Asian ancestry.

Евразийская степь, простирающаяся примерно на 8000 километров от Венгрии и Румынии на западе до Монголии и западного Китая на востоке, в культурном отношении является одной из самых динамичных областей в мире. В последние четыре тысячелетия в ней по-разному доминировали ираноязычные, тюркоязычные и монголоязычные группы, а его умеренные луга были перекрестком для обширных перемещений народов, товаров и идей между Европой, Сибирью, Южной и Восточной Азией. Чтобы понять генетическую историю популяций степей Евразии, мы секвенировали 137 древних геномов (среднее покрытие ~1x), охватывающих 4000-летний временной ряд. Мы также генотипировали 502 человека из 16 современных этнических групп. Мы находим свидетельства чрезвычайно динамичной популяционной истории; иранскоязычные скифы, которые доминировали в евразийской степи на протяжении всего железного века (~ 1 тысячелетие до нашей эры), появились после смешения между скотоводами позднего бронзового века западного евразийского происхождения и восточноазиатскими охотниками-собирателями. Позднее степные кочевники ещё раз смешались с тюркоязычными группами восточноазиатского происхождения, которые распространились на запад через степь в несколько волн: во-первых, конфедерации хунну, возникшие в Монголии около 3-го / 2-го века до нашей эры; во-вторых, гунны (4-5 в. н. э.), зараженные штаммом чумы базальным для штамма Юстиниановой чумы, который дестабилизировал восточную Римскую империю в 6 веке н.э .; и в-третьих, во время различных краткосрочных династий, в том числе монгольской империи Чингисхана и его потомков. Эти недавние исторические события превратили евразийские степные популяции из носителей индоевропейских языков преимущественно западно-евразийского происхождения в нынешние тюркоязычные группы, преимущественно Восточно-Азиатского происхождения



DA4 Q-L933 Q1-L932 ERS2374288 Grishkin Log 1, 2817 BP, Tagar
DA20 Q-YP771 Q1-L330 ERS2374303 Kurgan Sjiderti 17, Burial 1, Sjiderte, Pavlodar; 2233 BP, Nomad_Hun-Sarmatian
DA47 Q-L330 Q1-L330 ERS2374317 "Kurgan nr. K9 (individ. nr. 1), Keden; 2065 BP, TianShanSaka
DA54 Q-L715 Q1-M25 ERS2374324 Kurgan nr. K70, Keden; 1595 BP, TianShanHun
DA74 Q-L713 Q1-M25 ERS2374339 Kurgan nr. 30 (child, buried together with another individual), Baskya 2; 1514 BP, TianShanHun
DA86 Q-L715 Q1-M25 ERS2374344 "Kurgan nr. 16 (human (warrior) buried together with horse), Boz-Adyr; 1468 BP, Turk Tian Shan
DA105 Q-L715 Q1-M25 ERS2374357 Kurgan 1 / 4 (grav 4.), Uch-Kurbu, TianShanHun, 1769 BP
DA127 Q-YP4500 Q2-Y1150 ERS2374370 Aktas, Issyk, Tian Shan, 1634 BP, OutTianShanHun
DA141 Q-YP771 Q1-L330 ERS2374377 Несветай II Кург.33-п.1 I в. (сарматы) 1933 BP
DA161 Q-L330 Q1-L330 ERS2374384 катакомбники/аланы 7(6-8) век н.э. Архонский, 1500-1100 BP
DA162 Q-YP4000 Q1-YP4004 ERS2374385 катакомбники/аланы 3(2-4) век н.э. Бесланский, 1900-1500 BP
DA221 Q-YP1695 Q-L332 ERS2374408 "Karagaly 1 burial site, grave 9, 2565 BP, Nomad_IA Tian Shan
DA343 Q-YP1102 Q1-L330 ERS2374419 Prehistoric Hunter-Gatherers of the Baikal Region, Siberia; 4597-3726 BP, Glazkovo near Irkutsk
DA353 Q-YP4004 Q1-YP4004 ERS2374420 Prehistoric Hunter-Gatherers of the Baikal Region, Siberia; 4597-3726 BP, Glazkovo near Irkutsk
DA356 Q-YP1102 Q1-L330 ERS2374421 Prehistoric Hunter-Gatherers of the Baikal Region, Siberia; 4597-3726 BP, Glazkovo near Irkutsk
DA361 Q-YP4004 Q1-YP4004 ERS2374422 Prehistoric Hunter-Gatherers of the Baikal Region, Siberia; 4597-3726 BP, Glazkovo near Irkutsk


https://www.nature.com/articles/s41586-018-0094-2

Шад
05-10-2018, 01:14 PM
The first horse herders and the impact of early Bronze Age steppe expansions into Asia

Peter de Barros Damgaard1,*, Rui Martiniano2,3,*, Jack Kamm2,*, J. Víctor Moreno-Mayar1,*, Guus Kroonen4,5, Michaël Peyrot5, Gojko Barjamovic6, Simon Rasmussen7, Claus Zacho1, Nurbol Baimukhanov8, Victor Zaibert9, Victor Merz10, Arjun Biddanda11, Ilja Merz10, Valeriy Loman12, Valeriy Evdokimov12, Emma Usmanova12, Brian Hemphill13, Andaine Seguin-Orlando1, Fulya Eylem Yediay14, Inam Ullah1,15, Karl-Göran Sjögren16, Katrine Højholt Iversen7, Jeremy Choin1, Constanza de la Fuente1, Melissa Ilardo1, Hannes Schroeder1, Vyacheslav Moiseyev17, Andrey Gromov17, Andrei Polyakov18, Sachihiro Omura19, Süleyman Yücel Senyurt20, Habib Ahmad15,21, Catriona McKenzie22, Ashot Margaryan1, Abdul Hameed23, Abdul Samad24, Nazish Gul15, Muhammad Hassan Khokhar25, O. I. Goriunova26,27, Vladimir I. Bazaliiskii27, John Novembre10,28, Andrzej W. Weber29, Ludovic Orlando1,30, Morten E. Allentoft1, Rasmus Nielsen31, Kristian Kristiansen16, Martin Sikora1, Alan K. Outram22, Richard Durbin2,3,†, Eske Willerslev1,2,32,†

Abstract

The Yamnaya expansions from the western steppe into Europe and Asia during the Early Bronze Age (~3000 BCE) are believed to have brought with them Indo-European languages and possibly horse husbandry. We analyze 74 ancient whole-genome sequences from across Inner Asia and Anatolia and show that the Botai people associated with the earliest horse husbandry derived from a hunter-gatherer population deeply diverged from the Yamnaya. Our results also suggest distinct migrations bringing West Eurasian ancestry into South Asia before and after but not at the time of Yamnaya culture. We find no evidence of steppe ancestry in Bronze Age Anatolia from when Indo-European languages are attested there. Thus, in contrast to Europe, Early Bronze Age Yamnaya-related migrations had limited direct genetic impact in Asia.

Считается, что ямная экспансия из Западной степи в Европу и Азию в раннем бронзовом веке(~3000 лет до н. э.) принесла с собой индоевропейские языки и, возможно, коневодство. Мы анализируем 74 древние последовательности целого генома со всей Внутренней Азии и Анатолии и показываем, что Ботайцы, связанные с самым ранним коневодством, происходят из популяции охотников-собирателей, разошедшейся глубоко в древности с предками представителей ямной культуры. Наши результаты также свидетельствуют о различных миграциях, приносящих западноевропейский генетический компонент в Южную Азию до и после, но не во времена Ямной культуры. Мы не находим никаких свидетельств степного генетического компонента в Анатолии бронзового века, когда там засвидетельствованы Индоевропейские языки. Таким образом, в отличие от Европы, Ямная миграция раннего бронзового века имела ограниченный прямой генетический эффект в Азии.


Population SampleID ObservedSN Representat Lineage
Kurma_EBA DA354 Q-M1083 Q-L472 Q1a
Okunevo_EMBA RISE673 Q-M1100 Q-L472 Q1a
Okunevo_EMBA RISE683 Q-L712 Q-L712 Q1a1b1
Okunevo_EMBA RISE672 Q-M346 Q-M346 Q1a2
Okunevo_EMBA RISE674 Q-M346 Q-M346 Q1a2
Okunevo_EMBA RISE662 Q-L54 Q-L54 Q1a2a1
Okunevo_EMBA RISE664 Q-L330 Q-L330 Q1a2a1c
Okunevo_EMBA RISE718 Q-L330 Q-L330 Q1a2a1c
Okunevo_EMBA RISE719 Q-L334 Q-L330 Q1a2a1c
Okunevo_EMBA RISE670 Q-L940 Q-L940 Q1a2b
Shamanka_EBA DA334 Q-L55 Q-L53 Q1a2a
Shamanka_EBA DA335 Q-L53 Q-L53 Q1a2a
Shamanka_EBA DA336 Q-L53 Q-L53 Q1a2a
Shamanka_EBA DA337 Q-L475 Q-L53 Q1a2a
Shamanka_EBA DA338 Q-L53 Q-L53 Q1a2a
Shamanka_EBA DA339 Q-L334 Q-L330 Q1a2a1c
UstIda_EBA DA361 Q-M346 Q-M346 Q1a2
UstIda_EBA DA353 Q-L476 Q-L53 Q1a2a
UstIda_EBA DA356 Q-L213 Q-L53 Q1a2a
UstIda_EBA DA343 Q-L54 Q-L54 Q1a2a1
UstIda_LN DA355 Q-L892 Q-M346 Q1a2

http://science.sciencemag.org/content/early/2018/05/08/science.aar7711

Afshar
05-10-2018, 05:12 PM
It is a good week for Q

Vars
06-25-2018, 09:50 PM
I'm Q-L712 accordingly to 23andME test Y DNA. Live in Poland. I have contacted Mr. Niezgoda already

vishankar
08-19-2018, 09:20 AM
hi....i just wished to know about the presence of haplogroup Q in india. While going through the YDNA results of my community( kerala nairs), two of the members showed up with haplogroup Q- L-56 amd M-346, on eupedia the origin of these hapgps could be russia /kazkhstan,armenia/hungary....are these hapgps evidence of scythic/hunnic origins when they show up in India?....any expert comments?

Afshar
12-29-2018, 09:59 PM
Another xiongnu from this paper (https://www.researchgate.net/publication/329886912_An_Unusual_Burial_of_a_Xiongnu-Sarmatian_Era_Warrior_in_the_Western_Siberian_Fore st-Steppe_Results_of_a_Paleogenetic_Analysis_in_Russi an).
Str values look kind of Q-l715 according to nevgen. Would not be surprised if they are similar to the other ancinet TianshanHun samples.

Afshar
01-31-2019, 09:30 PM
https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0622-4

Шад
09-14-2019, 10:24 AM
News about Q aDNA:

I3950 (Altai Mountains: Yenisey River: left bank of Karasuk tributary: Karasuk III) from Narasimhan et al., 2018

Positive SNPs: Q-Y2659 (Y4801), Q-Z5902 (Y6774, Y6787, Y6778, Y6778, Y6803), Q-Y6802 (Y6802, Y7719,Y6851), Q-Y6826 (Y6844)

Negatives SNPs: all downstream samples, for example private SNPs of ERS2478524(TJK) and YF04276 (China)