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View Full Version : Le Grand Mystère des nouveaux 'Match' V4 (aka 23&me) sur Gedmatch.....



Ric
04-08-2016, 01:36 PM
....que l'on ne retrouve pas sur 23&me.

Des Anonymes qui veulent rester Anonymes sur 23&me mais pas sur Gedmatch ?
Les Voies du Seigneur sont impénétrables....

Ric
04-08-2016, 07:04 PM
well, I duded myself realizing that I intending to post this into the French section.

For those curious, I just wondered how it was possible to get new matches at gedmatch, those labeled 'V4' and therefore from 23&me, without ever finding them in 23&me. I'll delete, move or copy paste later.

AJL
04-08-2016, 07:11 PM
Pas de problème, j'ai reglé tous.

Est-ce que ça appartient au maximum de partageurs génomiques chez 23andme?

Ric
04-08-2016, 09:33 PM
Merci admin,

Est-ce que ça appartient au maximum de partageurs génomiques chez 23andme?
Well, yes, only considering those above 7 cM, those should be taken into consideration at 23&me I believe.
The question 'where are these matches at 23&me' can be easily answered if we consider that they are 'Anonymous' matches at 23&me, but then, why take the pain to be anonymous at 23&me and put your results and name public at gedmatch ?

AJL
04-08-2016, 11:09 PM
why take the pain to be anonymous at 23&me and put your results and name public at gedmatch ?

Bonne question, c'est pas logique. . .

Ric
04-09-2016, 12:51 PM
Hé, mais pourquoi avoir corrigé 'grond', tout le monde sait que grand se prononce 'grond' en Fronce.

AJL
04-09-2016, 05:23 PM
Hé, mais pourquoi avoir corrigé 'grond', tout le monde sait que grand se prononce 'grond' en Fronce.

Je l'aille pas faille muè-maime, on aime assez de plaïsanter chaiz nous aussi, maime avec notte accent canadzien. :)

Agamemnon
04-09-2016, 05:32 PM
Hé, mais pourquoi avoir corrigé 'grond', tout le monde sait que grand se prononce 'grond' en Fronce.

Grammairestapo au rapport! :biggrin1:

Ric
04-09-2016, 08:32 PM
Je le savions que c'était toué Agamemnon! (Francais du Nord)

Ric
06-09-2016, 02:14 AM
Le Mystère s'épaissit. Je viens d'apprendre qu'un de mes DNA-Relatifs à 23&me (0.18% sur 2 segments, 4éme cousin à distant) est aussi à gedmatch, ainsi que son frère. La personne m'a donné son numéro gedmatch mais en cherchant je n'ai rien trouvé. Même sans le numéro, j' aurais dû trouvé rien qu'avec son nom, ce qui n'est pas le cas. J'ai cherché avec la limite de gedmatch baissée à 4 cM, rien.
Qu'est ce qui se passe ?

ffoucart
06-09-2016, 05:43 AM
Peut-être vient-il seulement d'intégrer son fichier à Gedmatch et qu'il n'est pas encore dispo pour les comparaisons?

En tout cas, les "anonymes" de Gedmatch (sans e-mail, donc ne figurant pas dans tes matchs) sont accessibles si tu as leur numéro (j'ai le cas avec un norvégien).

anglesqueville
06-09-2016, 06:32 AM
Des Anonymes qui veulent rester Anonymes sur 23&me mais pas sur Gedmatch ?
Mystérieux mais incontestable: mon lituanien a disparu de ma liste de relatifs de 23&me, ainsi que de mes cousins partageux (je l'avais contacté et il avait répondu), et même chose pour ses homonymes ( cousin germain, et apparemment enfant). Ils sont tous toujours sur ma liste de gedmatch, et toujours sous leur identité réelle.

Ric
06-09-2016, 11:58 AM
Peut-être vient-il seulement d'intégrer son fichier à Gedmatch et qu'il n'est pas encore dispo pour les comparaisons?
ça doit être ça.

Vous avez remarqué la nouvelle fonction 'profil public' à 23&me qui donne automatiquement les apparentés que vous avez en commun avec un apparenté donné ?
c'est pratique, et je dirais même indispendable. Ca, plus la nouvelle page de présentation qui affiche les variants par chromosome, il y a quand même une vague évolution à 23&me.

Ric
06-09-2016, 12:23 PM
La personne, une femme, me dit que elle et son frère sont à gedmatch depuis un certain temps. Au moins un mois j'imagine. Je viens de chercher à gedmatch à 3 cM, rien.
Est-il possible que cette personne, avec qui j'ai 2 segments en commun à 23&me pour un total de 14 cM (6 cM avec 846 snps, et 7cM avec 718 snps) se retrouve à getdmatch avec des segments fragmentés dont aucun ne fait plus de 3 cM de long ?

Ric
06-09-2016, 01:00 PM
Oui c'est ça, la personne existe bien sur gedmatch et je viens de faire la comparaison kit à kit en descendant les valeurs défauts de gedmatch à :

Minimum threshold size to be included in total = 400 SNPs
Mismatch-bunching Limit = 200 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 5.0 cM

Résultats :
Largest segment = 0.0 cM
Total of segments > 5 cM = 0.0 cM
(2159) No shared DNA segments found

Incroyable ! un quatrième cousin potentiel de 23&me qui se retrouve non-apparenté à gedmatch. Je me demande combien de cousins 23&me passent ainsi à la trappe.

anglesqueville
06-09-2016, 01:27 PM
Si j'ai bien compris ( je dis bien si, parce que je ne suis plus sûr de rien aujourd'hui), ce qui s'appelle "segment" sur gedmatch c'est une suite de snps consécutifs, avec aucune intervention sur leurs génotypes. Sur 23&me, c'est beaucoup plus vicieux que cela, et surtout plus "interventionniste". Relis leur page explicative. J'imagine (je dis bien j'imagine) que leurs matches sont élus sur la base de ces segments lissés. Si ce que je dis là est vrai ( ... si....) il est presque étonnant qu'il n'y ait pas plus de distorsions.

Ric
06-09-2016, 02:05 PM
Le lissage de 23&me doit être féroce. La limite minimale que j'ai utilisé à gedmatch était 400 snp et rien ne sort, alors que 23^me me donne le plus petit segment à 718 SNPs. Peut être que c'est du lissage conditionel/Bayesien dépendant du match, ou dépendant de la composition ancestrale ?

PS : je viens aussi d'apprendre que la personne don't je parlais plus haut avait la version V3 de 23&me, alors que j'ai la V4, encore une autre source de confusion donc.
PPS : elle a même réussi à transférer son V3 à FTDNA, chose que je n'ai pu faire. Cela me fait suer d'être obligé de refaire un test autosomal à FTDNA, mais c'est inévitable - bien joué FTDNA grrrrr - je me demande si nous serons alors encore apparentés ?

ffoucart
06-09-2016, 02:20 PM
Autres possibilités: pb dans le upload, où question de redéfinition de la base Gedmatch (ça arrive parfois).

Mais j'ai déjà eu le coup avec un "match" DNALand que je ne retrouve pas dans les autres bases (23 et Gedmatch).

Ric
06-09-2016, 02:49 PM
Autres possibilités: pb dans le upload, où question de redéfinition de la base Gedmatch (ça arrive parfois).

Mais j'ai déjà eu le coup avec un "match" DNALand que je ne retrouve pas dans les autres bases (23 et Gedmatch).
Non, non, la personne est bien là. J'ai pu comparer nos kits grâce à son numéro gedmatch. Il n'y a simplement aucun segment assez grand pour être validé par gedmatch et pour le coup, l'algo de 23&me est meilleur et le lissage justifié, car je matche d'autres personnes du même nom, la relation est donc très probablement vraie, mais distante comme toujours.

anglesqueville
06-09-2016, 04:26 PM
Le lissage de 23&me doit être féroce. La limite minimale que j'ai utilisé à gedmatch était 400 snp et rien ne sort, alors que 23^me me donne le plus petit segment à 718 SNPs. Peut être que c'est du lissage conditionel/Bayesien dépendant du match, ou dépendant de la composition ancestrale ?

PS : je viens aussi d'apprendre que la personne don't je parlais plus haut avait la version V3 de 23&me, alors que j'ai la V4, encore une autre source de confusion donc.
PPS : elle a même réussi à transférer son V3 à FTDNA, chose que je n'aie pu faire. Cela me fait suer d'être obligé de refaire un test autosomal à FTDNA, mais c'est inévitable - bien joué FTDNA grrrrr - je me demande si nous serons alors encore apparentés ?


Le lissage de 23&me doit être féroce Il est double. Un en début de procédure, un second plus tard associé au SVM:
1)
Ancestry Composition Overview
There are several different ways to deal with admixture and unknown phase. The approach we take at 23andMe is simple, but powerful.

We start off by phasing your chromosomes using an in-house adaptation of the well-known program BEAGLE. That's how we handle phasing.

Then we break up the chromosomes into short, non-overlapping, adjacent windows, like boxcars in a train. The idea is that you inherited all the DNA in that window from a single parent, grandparent, great-grandparent, etc., going back quite a few generations. Using these short windows is how we handle admixture.

We compare the DNA you have in each window to the DNA in the same window in our reference dataset, and assign the DNA in each window to the population whose DNA it's most similar to.

Then we process those assignments further, "smoothing" them out. For instance, if you have a long run of assignments from population A, interrupted by an assignment to population B, this process can correct that B to an A.

anglesqueville
06-09-2016, 04:29 PM
Suite ( mauvaise manip.)
2) Step 3: Smoothing
The SVM classifies each window for us independently, giving us a "first draft" version of the customer's ancestry. For example, suppose we just had three populations: X, Y, and Z. What comes out of the SVM might look like this:

chromosome 1, parent 1: X - X - Y - X - Z - Z - Z - X - Z
chromosome 1, parent 2: Z - Z - Z - Z - X - Y - X - X - X
The smoother's job is to try to correct or "smooth" two kinds of mistakes, both of which we can see in this example.

The first kind of mistake is an unusual assignment amid a run of similar assignments. In the first line above, there's a run of Z's, interrupted by a single X: Z - Z - Z - X - Z. It may have been that that lone X was a close call between X and Z, that went the wrong way. But in context, we can see that it probably should have been a Z. The smoother can correct this to Z - Z - Z - Z - Z.

The second kind of mistake is one inherited from the phasing step. Finch can make a mistake known as a "switch error," where it mixes up the DNA of one parent with another. The smoother can switch the ancestry assignments back between your two versions of a given chromosome. In this case, it looks like there's a switch error after the fourth window, that it would be better to keep the runs of X's together, and the runs of Z's together.

The smoother uses a version of another well-known mathematical tool called a Hidden Markov Model. The Hidden Markov Model is useful for analyzing sequential data, such as biological sequences or recorded speech.

Ne m'en demande pas plus, je n'y connais rien (j'aurais décidément dû faire plus de probas... Trop tard, avec tous ces neurones qui crèvent chaque jour!)

Ric
06-09-2016, 04:58 PM
D' un autre coté j' ai quand même l' impression que l'Ancestry Composition nouvelle formule est plus fragmentée que celle d'avant. Cést domage je nái pas gardé mes chromosomes paintings d'avant, mais regardez un peu les fragments minuscules qu'il me sort. J'espére que vous pouvez voir...
9704

anglesqueville
06-09-2016, 05:26 PM
Apparemment ici nous sommes toujours sur l'ancienne formule ( y compris mon Vater qui en est depuis un mois). Tu as reçu un mail t'informant de ton passage à la nouvelle?

Ric
06-09-2016, 05:47 PM
Un email...hm je crois oui, mais je l'ai effacé depuis. L'interface de 23&me nouvelle formule est complétement différente et avec des fonctionalités manquantes ou disfonctionelles :(
La seule nouveauté positive est les DNA-Relatifs qui sont communs, mais il faut passer en Open Profile pour ça, ce que j'ai fait.

A propos du lissage pour les apparentés, quand il est justifié il faut le faire et quand il ne l'est pas il ne faut pas le faire, comme aurait dit de La Palice. Alors que Gedmatch n'a pas l'air de le faire du tout.

anglesqueville
06-09-2016, 09:11 PM
Je me suis souvent interrogé devant des tableaux de segments partagés sur gedmatch, quand des segments de plusieurs centaines de snps sont séparés par quelques dizaines seulement, parfois même moins. Je ne connais pas assez bien les mécanismes des croisement, mais cela m'a toujours semblé peu conforme à ce que je lisais que des points de chiasme ( j'ai oublié le terme technique) soient aussi proches. J'ai rencontré un cas extrême dernièrement, en examinant un match suédois de mon père. Sur un chromosome, j'ai oublié lequel, un segment de 25 cM trouvé en trois endroits par des confettis d'une dizaine de snps. Je ne sais pas qui a raison, de ceux qui lissent, de ceux qui ne lissent pas. Si ce sont les seconds, alors nos listes de relatifs réels sont beaucoup plus maigres encore que ce que nous croyons. Cela venant s'ajouter au big bazar des analyses autosomales, j'ai de plus en plus la très désagréable impression d'être un gogo auquel on raconte de jolies histoires pour faire tourner un commerce juteux. Ou alors c'est seulement parce que je suis homozygote pour le wOrrior gene.

edit: j'oublie de dire que tes nouveaux minuscules segments sont très excitants, s'ils signalent des modifications dans le processus d'analyse. J'ai fait le tour de tout ce que j'ai de disponible comme compositions ancestrales, et je n'ai trouvé personne d'aussi fragmenté. Tu as regardé avec Firebug? J'aimerais bien savoir quelle est la longueur des plus petits ( en bp, simplement différence entre point d'arrivée et point de départ).

edit edit: et qu'est-il arrivé aux bras courts des 13, 14, 15, 21, 22? Ils sont sur le carreau?

Ric
06-09-2016, 11:34 PM
Je me suis souvent interrogé devant des tableaux de segments partagés sur gedmatch, quand des segments de plusieurs centaines de snps sont séparés par quelques dizaines seulement, parfois même moins. Je ne connais pas assez bien les mécanismes des croisement, mais cela m'a toujours semblé peu conforme à ce que je lisais que des points de chiasme ( j'ai oublié le terme technique) soient aussi proches. J'ai rencontré un cas extrême dernièrement, en examinant un match suédois de mon père. Sur un chromosome, j'ai oublié lequel, un segment de 25 cM trouvé en trois endroits par des confettis d'une dizaine de snps. Je ne sais pas qui a raison, de ceux qui lissent, de ceux qui ne lissent pas. Si ce sont les seconds, alors nos listes de relatifs réels sont beaucoup plus maigres encore que ce que nous croyons. Cela venant s'ajouter au big bazar des analyses autosomales, j'ai de plus en plus la très désagréable impression d'être un gogo auquel on raconte de jolies histoires pour faire tourner un commerce juteux. Ou alors c'est seulement parce que je suis homozygote pour le wOrrior gene. j'ai aussi du mal à croire à un crossing over de quelques centaines de bases, juste assez grand pour contenir 1 SNP et je crois que les CO les plus courrants recombinent sur plusieurs kb. Cependant, rien n'empêche des crossing successifs dans la même region sur plusieurs generations, donnant au final des fragments trés courts recombinés au milieu.
La possibilité d'un fragment trop court pour être reconnu chez un parent, se recombinant lors de la meiose dans une environnement plus permissif et apparaissant comme issu de nulle part chez L'Enfant est tout à fait possible.


edit: j'oublie de dire que tes nouveaux minuscules segments sont très excitants, s'ils signalent des modifications dans le processus d'analyse. J'ai fait le tour de tout ce que j'ai de disponible comme compositions ancestrales, et je n'ai trouvé personne d'aussi fragmenté. Vrai, ces petits fragments sont complétement inutiles pour la généalogie rapprochée, mais ils ajoutent une information d'ancienneté. Par exemple j'ai un chromosome Presque entiérement B/I de façon continue, donc récemment introgressé dans un environnement French/German (un acquis recent?) , et un autre très fragmenté donc qui est resté plus longtemps dans un environnement exogène (exogéne du point de vue d'un chromosome B/I qui resterait pendant quelques siècles au milieux de chromosomes majoritairement French/German).


Tu as regardé avec Firebug? J'aimerais bien savoir quelle est la longueur des plus petits ( en bp, simplement différence entre point d'arrivée et point de départ).
non je connais pas firebug, et je ne vois pas où on peut trouver la longueur des fragments dans 23&me. Ils ont l'air beaucoup plus petits que les segments IBD des DNA-relatifs, donc peut être de l'ordre de 0.5 cM, mais c'est au pif hein. Il faudrait décortiquer le code html et tout ça....


edit edit: et qu'est-il arrivé aux bras courts des 13, 14, 15, 21, 22? Ils sont sur le carreau? trop de junk DNA : "Genotype data is not available for these regions because their genetic sequence is highly repetitive, and therefore not readily tested via current genotyping technology."

Ric
06-09-2016, 11:50 PM
par exemple ici, l' AC Italienne est plus fragementée que l' AC Iberienne
9710
donc peut etre que mon ancestralité Italienne est plus ancienne que l'ibérienne (sur le chromosome 13 en tout cas) ?

anglesqueville
06-10-2016, 06:22 AM
http://getfirebug.com/releases/lite/chrome/ Si tu as des soucis pour l'utiliser demande ( cet après-midi). Avec firebug tu pourras éditer un fichier txt avec les coordonnées de début et de fin de tous tes segments.

palamede
06-10-2016, 11:39 AM
Je tends à penser que les affinités biochimiques et topologiques pourraient recréer d'anciennes juxtapositions privilégiés, allant donc parfois contre une dispersion continue du génome par fragmentation.

De plus , le choix du locus pour la coupure est certainement lié à des forces électriques (affinité biochimique ) de liaison dont la faiblesse dans certaines positions facilitent la coupure. Mais la physiologie ambiante n'est pas constante et augmente le hasard.

Je suppose que la science de la recombinaison génétique est très complexe et pas directement accessible aux profanes qui ne souhaitent pas devenir spécialiste (étant déjà entendu qu'il puisse en être capable).

anglesqueville
06-10-2016, 11:54 AM
Je tends à penser que les affinités biochimiques et topologiques pourraient recréer d'anciennes juxtapositions privilégiés, allant donc parfois contre une dispersion continue du génome par fragmentation.

De plus , le choix du locus pour la coupure est certainement lié à des forces électriques (affinité biochimique ) de liaison dont la faiblesse dans certaines positions facilitent la coupure. Mais la physiologie ambiante n'est pas constante et augmente le hasard.

Je suppose que la science de la recombinaison génétique est très complexe et pas directement accessible aux profanes qui ne souhaitent pas devenir spécialiste (étant déjà entendu qu'il puisse en être capable).

Je rêve de choses comme ça, mais tout ce que j'ai lu sur le Linkage Desequilibrium ne prête guère au rêve.

Titane
06-10-2016, 01:15 PM
La personne, une femme, me dit que elle et son frère sont à gedmatch depuis un certain temps. Au moins un mois j'imagine. Je viens de chercher à gedmatch à 3 cM, rien.
Est-il possible que cette personne, avec qui j'ai 2 segments en commun à 23&me pour un total de 14 cM (6 cM avec 846 snps, et 7cM avec 718 snps) se retrouve à getdmatch avec des segments fragmentés dont aucun ne fait plus de 3 cM de long ?
Bonjour - hier j'étais à Pompéi (virtuellement s'entend - exposition au Musée des Beaux Arts de Montréal) et je suis donc en retard pour la discussion. Je ne me souviens plus qui, ni dans quel fil de discussion, mais quelqu'un m'a fait remarqué que pour que le match soit réel, le nombre de SNPs devait être environ 200 fois la longueur du segment en cM - donc un segment de 7cM devrait avoir environ 1400 SNPs - sinon c'est presque certainement un identique par chance. C'est une "règle du pouce" (traduction libre et douteuse de rule of thumb), mais ça m'aide beaucoup à faire le ménage de ses genocousins éloignés. J'en suis presque rendue à ignorer ceux qui n'ont qu'un seul segment en commun, à moins qu'ils soient membre de ce forum..., car la parenté devient impossible à cerner.

Titane
06-10-2016, 01:37 PM
Je tends à penser que les affinités biochimiques et topologiques pourraient recréer d'anciennes juxtapositions privilégiés, allant donc parfois contre une dispersion continue du génome par fragmentation.

De plus , le choix du locus pour la coupure est certainement lié à des forces électriques (affinité biochimique ) de liaison dont la faiblesse dans certaines positions facilitent la coupure. Mais la physiologie ambiante n'est pas constante et augmente le hasard.

Je suppose que la science de la recombinaison génétique est très complexe et pas directement accessible aux profanes qui ne souhaitent pas devenir spécialiste (étant déjà entendu qu'il puisse en être capable).
J'ai justement un cas cette semaine ou des segments sont passés intacts sur trois générations. Le premier est le mien, le deuxième est ce qui m'est venu de ma mère et le troisième, ce qu'en a retenu mon fils.
Le segment sur le 12 demeure suspect. Il peut me venir de mon père et est certainement plus ancien que les deux autres, ou être tout simplement un identique par chance.

Ric
06-10-2016, 02:03 PM
Je rêve de choses comme ça, mais tout ce que j'ai lu sur le Linkage Desequilibrium ne prête guère au rêve.il y a beaucoup à dire et peu de temps pour le dire....je cherche un meme

(http://38.media.tumblr.com/7120eb9dc43ce1edf6d1d2f58eac89ef/tumblr_nq8utfxTQ61tewpj4o1_1280.gif)

Ric
06-10-2016, 02:07 PM
Bonjour - hier j'étais à Pompéi (virtuellement s'entend - exposition au Musée des Beaux Arts de Montréal) et je suis donc en retard pour la discussion. Je ne me souviens plus qui, ni dans quel fil de discussion, mais quelqu'un m'a fait remarqué que pour que le match soit réel, le nombre de SNPs devait être environ 200 fois la longueur du segment en cM - donc un segment de 7cM devrait avoir environ 1400 SNPs - sinon c'est presque certainement un identique par chance. C'est une "règle du pouce" (traduction libre et douteuse de rule of thumb), mais ça m'aide beaucoup à faire le ménage de ses genocousins éloignés. J'en suis presque rendue à ignorer ceux qui n'ont qu'un seul segment en commun, à moins qu'ils soient membre de ce forum..., car la parenté devient impossible à cerner.
oui mais quand la chance se repéte avec d'autres personnes du même nom ?

Titane
06-10-2016, 02:13 PM
oui mais quand la chance se repéte avec d'autres personnes du même nom ?

Je pense que le terme "identiques par chance" devrait être renommé "membres d'une même population". Connais-tu le lien de parenté entre ces personnes autre leur patronyme?
Un moyen d'en savoir plus sur GEdmatch est d'aller voir leur liste de one to many.

Et de s'ennuyer du Countries of Ancestry de 23andMe...

Ric
06-10-2016, 02:44 PM
Connais-tu le lien de parenté entre ces personnes autre leur patronyme?
Non, probablement beaucoup sont des cousins distants.

Titane
06-10-2016, 03:10 PM
Non, probablement beaucoup sont des cousins distants.
Dans mon exemple plus haut, l'ancêtre commun est à huit générations...(contact sur FT-DNA avec mon fils). Alors avec un segment faible...
Noter l'optimiste 2nd-4th cousin de FT-DNA.

anglesqueville
06-10-2016, 03:22 PM
Ce que j'ai trouvé de meilleur sur la question IBD/IBS: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3664843/ . Texte passionnant et difficile, et mine de références. S'il n'y avait qu'une chose à en retenir, histoire de ne plus gober aussi docilement toutes les histoires héritées (elles aussi) des tatonnements de la généalogie génétique, ce serait ça:


Since IBD gives rise to allelic and phenotypic correlations, it is possible to infer IBD from observed patterns of similarity. For close relatives, pedigree relationships may be estimated or validated from genetic marker data. For more remote relatives, the segmental nature of IBD is key to inference, and longer shared haplotypes provide evidence of recent coancestry. However, even recent coancestry may, by chance, provide only short shared haplotypes; there is no hard threshold length between the longer segments of IBD of recent coancestry and the shorter-range haplotypes that reflect the LD of more remote coancestry. Segment lengths of a given time depth have a high variance in length. Shared segments of a given length can have very different depths of coancestry.

Titane
06-10-2016, 04:56 PM
Ce que j'ai trouvé de meilleur sur la question IBD/IBS: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3664843/ . Texte passionnant et difficile, et mine de références. S'il n'y avait qu'une chose à en retenir, histoire de ne plus gober aussi docilement toutes les histoires héritées (elles aussi) des tatonnements de la généalogie génétique, ce serait ça:
En effet et comme j'aime le rappeler au début de chacune de mes conférences, il faut se rappeler que ces tests nous sont vendus par des sociétés à but lucratif . Il faut donc se méfier parfois de ce qu'on nous raconte. Je suis contente de savoir que j'ai 3% de Neanderthal - pourquoi nous donne-t-on ce chiffre? Je peux imaginer les résultats du focus group... Ça donne une impression de crédibilité scientifique - ils peuvent savoir notre % de Neanderthal, ils sont vraiment forts!

ffoucart
06-10-2016, 05:23 PM
On en revient à dire plus prosaïquement que les segments communs sont un indice de parenté, pas une preuve.

Titane
06-10-2016, 05:57 PM
On en revient à dire plus prosaïquement que les segments communs sont un indice de parenté, pas une preuve.

Tout à fait. On parle de probabilités ici, alors plus il y a de segments semblables, plus la corrélation est valide. Il y a de gros problèmes quand les chromosomes sont très hétérogènes. Les calculateurs essaient d'homogénéiser le tout. Ça donne parfois n'importe quoi. Le problème est l'indice de fiabilité - ils ont beau nous dire que les résultats sont spéculatifs, c'est à ceux-là qu'on s'accroche, parce que le reste est ennuyeux.

Ric
06-10-2016, 06:47 PM
pour répondre à la question sur la longueur des fragments de l'AC 'nouvel algorithme'

sur le chromosome 7 je n'ai que deux fragments F/G, dont le deuxième est très fin mais c'est aussi une fonction du % confiance, ici 50 % spéculatif. PLus c'est spéculatif plus le 'broadly something' se décompose en nouvelles ethnicities qui apparaissent, parfois dans des fragments très fins. A 60% de confiance, tout ce fragment devient du Broadly NWE. C'est un autre question interessante: à partir de quel pourcentage de confiance un segment donné disparait pour passer dans la catégorie englobante supérieure.
A 90% confiance, je n'ai plus qu'un seul segment identifiable comme F/G.