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View Full Version : Resultats d'ADN archaique



Theconqueror
04-28-2016, 12:46 PM
J'ai rouler mon ADN sur GEdmatch en relation avec les individus archaiques disponibles, et aussi rouler avec un programme "ancient calculator" pour obtenir la proportion d'ascendance partagee. Avez-vous des resultats similaires?

Sweden

RISE174 Sweden, 1.5ky
Largest segment = 6.5 cM
Total of segments > 2 cM = 170.9 cM
Shared ancestry = 11.74%

RISE98 Sweden, 3.7ky
Largest segment = 4.9 cM
Total of segments > 2 cM = 161.5 cM
Shared ancestry = 18.32% Swedish Battle Axe Culture

RISE97 Sweden, 3.6ky
Largest segment = 4.1 cM
Total of segments > 2 cM = 73.0 cM
Shared ancestry = 7.27% Swedish Battle Axe Culture

RISE94 Sweden, 4ky
Largest segment = 4.1 cM
Total of segments > 2 cM = 61.2 cM
Shared ancestry = 7.77% Swedish Battle Axe Culture

Motala-12, Sweden, 7ky
Largest segment = 4.1 cM
Total of segments > 2 cM = 41.0 cM
Shared ancestry = 11.39% Östergötland Baltic Hunter Gatherer

Russia

Ust-Ishim, Siberia, 45ky
Largest segment = 5.0 cM
Total of segments > 2 cM = 272.5 cM
Shared ancestry = 22.83%

RISE493, Russia, 3.2ky
Largest segment = 5.9 cM
Total of segments > 2 cM = 170.2 cM
Shared ancestry = 20.01% Karasuk Culture

RISE495, Russia, 2ky
Largest segment = 5.2 cM
Total of segments > 2 cM = 87.5 cM
Shared ancestry = 15.93% Karasuk Culture

Kostenki14, Russia, 37ky
Largest segment = 4.1 cM
Total of segments > 2 cM = 45.6 cM
Shared ancestry = 10.86%

RISE504, Russia, 1.2ky
Largest segment = 3.4 cM
Total of segments > 2 cM = 19.5 cM
Shared ancestry = 8.08% Iron Age

Estonia

RISE00, Estonia, 2ky
Largest segment = 3.2 cM
Total of segments > 2 cM = 25.8 cM
Shared ancestry = 6.68% Corded Ware Culture

Germany

LBK, Stuttgart, 7ky
Largest segment = 7.3 cM
Total of segments > 2 cM = 319.5 cM
Shared ancestry = 26.97%

Luxembourg

Loschbour, Lux., 8ky
Largest segment = 4.8 cM
Total of segments > 2 cM = 275.8 cM
Shared ancestry = 23.16%

Hungary

BR2, Hungary, 3.2ky
Largest segment = 6.0 cM
Total of segments > 2 cM = 422.4 cM
Shared ancestry = 28.12% Bronze Age

NE5, Hungary, 7.1ky
Largest segment = 5.7 cM
Total of segments > 2 cM = 57.6 cM
Shared ancestry = 8.15% Neolithic Age

IR1, Hungary, 2.9ky
Largest segment = 4.0 cM
Total of segments > 2 cM = 54.8 cM
Shared ancestry = 9.17% Iron Age

palamede
05-01-2016, 03:42 PM
J'ai rouler mon ADN sur GEdmatch en relation avec les individus archaiques disponibles, et aussi rouler avec un programme "ancient calculator" pour obtenir la proportion d'ascendance partagee. Avez-vous des resultats similaires?

Sweden


RISE98 Sweden, 3.7ky
Shared ancestry = 18.32% Swedish Battle Axe Culture


Russia

Ust-Ishim, Siberia, 45ky
Shared ancestry = 22.83%

RISE493, Russia, 3.2ky
Shared ancestry = 20.01% Karasuk Culture

RISE495, Russia, 2ky
Shared ancestry = 15.93% Karasuk Culture

Kostenki14, Russia, 37ky
Shared ancestry = 10.86%

Estonia


Germany

LBK, Stuttgart, 7ky
Shared ancestry = 26.97%

Luxembourg

Loschbour, Lux., 8ky
Shared ancestry = 23.16%

Hungary

BR2, Hungary, 3.2ky
Shared ancestry = 28.12% Bronze Age

Je n'arrive pas à comprendre comment on trouve des taux partagés d'ancêtres si élevés en cumulant les segments communs de plus de 2 centimorgan (environ 2 millions de paires de base), ceci avec des ancêtres lointains ceci après des milliers de méîoses avec recombinaison génétique qui devraient avoir fragmenter en morceaux encore plus petits, et en plus les mutations qui ont du se produire sur la plupart de ces fragments de plus de 2 cM.

Parfois quand je vois les degrés de cousinage données par les compagnies de tests génétiques avec des gens avec lesquels on a certainement aucun lien familial depuis un grand nombre de siècles et cela sur plusieurs segments de plus de 5cM, je me demande si le fonctionnement des recombinaisons génétiques est si bien compris que cela.¨
Un segment pourrait ëtre un cas limite entrant encore dans la loi de probabilité mais plusieurs ?

généralement on parle d'ADN anciens, les termes ADN archaiques étatnt réservés aux races dites archaiques (Neanderthal, Denisovien, Homo Erectus) et à la petite part d'ADN qu'ils ont transmises par hybridation aux Homo Sapiens Sapiens anciens ou contemporains.

Helgenes50
05-01-2016, 03:53 PM
Je n'arrive pas à comprendre comment on trouve des taux partagés d'ancêtres si élevés en cumulant les segments communs de plus de 2 centimorgan (environ 2 millions de paires de base), ceci avec des ancêtres lointains ceci après des milliers de méîoses avec recombinaison génétique qui devraient avoir fragmenter en morceaux encore plus petits, et en plus les mutations qui ont du se produire sur la plupart de ces fragments de plus de 2 cM.

Parfois quand je vois les degrés de cousinage données par les compagnies de tests génétiques avec des gens avec lesquels on a certainement aucun lien familial depuis un grand nombre de siècles et cela sur plusieurs segments de plus de 5cM, je me demande si le fonctionnement des recombinaisons génétiques est si bien compris que cela.¨
Un segment pourrait ëtre un cas limite entrant encore dans la loi de probabilité mais plusieurs ?

Et cela dépend beaucoup aussi de la couverture du génome, si on regarde bien on descend presque toujours des mêmes et jamais des autres.

Tolan
05-01-2016, 06:25 PM
Je n'arrive pas à comprendre comment on trouve des taux partagés d'ancêtres si élevés en cumulant les segments communs de plus de 2 centimorgan (environ 2 millions de paires de base), ceci avec des ancêtres lointains ceci après des milliers de méîoses avec recombinaison génétique qui devraient avoir fragmenter en morceaux encore plus petits, et en plus les mutations qui ont du se produire sur la plupart de ces fragments de plus de 2 cM.

Parfois quand je vois les degrés de cousinage données par les compagnies de tests génétiques avec des gens avec lesquels on a certainement aucun lien familial depuis un grand nombre de siècles et cela sur plusieurs segments de plus de 5cM, je me demande si le fonctionnement des recombinaisons génétiques est si bien compris que cela.¨
Un segment pourrait ëtre un cas limite entrant encore dans la loi de probabilité mais plusieurs ?

généralement on parle d'ADN anciens, les termes ADN archaiques étatnt réservés aux races dites archaiques (Neanderthal, Denisovien, Homo Erectus) et à la petite part d'ADN qu'ils ont transmises par hybridation aux Homo Sapiens Sapiens anciens ou contemporains.

Je n'ai pas beaucoup de confiance dans la comparaison des segments d'ADN...
Personne ne parle du fait que nous avons deux segments aux mêmes emplacements (l'un venant du père l'autre de la mère) et je me demande comment ils font pour séparer les deux puisque nos fichiers d'ADN ne le font pas!
Donc il est possible qu'avec une combinaison des deux, on puisse avoir un segment identique avec une personne ou un vieux squelette.
En tout cas, on augmente nos chances d'en avoir...

Titane
05-01-2016, 07:21 PM
Je n'ai pas beaucoup de confiance dans la comparaison des segments d'ADN...
Personne ne parle du fait que nous avons deux segments aux mêmes emplacements (l'un venant du père l'autre de la mère) et je me demande comment ils font pour séparer les deux puisque nos fichiers d'ADN ne le font pas!
Donc il est possible qu'avec une combinaison des deux, on puisse avoir un segment identique avec une personne ou un vieux squelette.
En tout cas, on augmente nos chances d'en avoir...

Surtout quand papa et maman viennent du même village depuis plusieurs générations, les segments a et b ne sont souvent pas si différents que ça.
Moi j'aime bien les images, parce que ça donne la perspective de beaucoup (Lochsbourg et BR2) ou pas la peine d'en parler (Altai, Denisova)
9113
Il ne faut pas se leurrer, le taux d'erreur est très élevé dans des analyses. Ensuite, si on compare plusieurs individus, on peut tracer des grandes lignes, mais pas plus!

Theconqueror
05-02-2016, 01:12 AM
Oui on parle bien d'adn dits ancien et non archaique, sorry mon post fut ecrit entre deux telephones. Les resultats du ancient calculator (trouver sur Google+) sont assez different (inflation) de l'analyse sur Gedmatch. Je me posais la question car je n'ai pas vraiment de reference pour me pononcer sur la validite de ces resultats qui me semble tires par le cheveux.

anglesqueville
05-03-2016, 12:00 PM
Je n'ai pas beaucoup de confiance dans la comparaison des segments d'ADN...
Personne ne parle du fait que nous avons deux segments aux mêmes emplacements (l'un venant du père l'autre de la mère) et je me demande comment ils font pour séparer les deux puisque nos fichiers d'ADN ne le font pas!
Donc il est possible qu'avec une combinaison des deux, on puisse avoir un segment identique avec une personne ou un vieux squelette.
En tout cas, on augmente nos chances d'en avoir...


The companies' matching algorithms do not treat the paternal and maternal chromosomes separately. Consequently consecutive SNP results for a short segment of DNA may appear to be half-identical in two individuals when in actuality the DNA sequences are not identical because the SNPs match on opposing chromosomes or because of errors in the matching algorithms. False matches can be the result of pseudosegments (matching alleles zig-zagging backwards and forwards between the maternal side and the paternal side), compound segments and fuzzy boundaries.[3][4] For a good illustration and explanation of a pseudosegment (also known as a spurious segment, an erroneous segment or a phantom segment) see Don Worth's diagram.
( http://isogg.org/wiki/Identical_by_descent )
D'où l'intérêt, quand c'est possible, de faire tester ses deux parents, et de procéder à un phasing triangulaire (phaser avec un seul ne marche pas bien, je crois que c'est maintenant avéré). Cela étant, il faut relativiser. Beaucoup de configurations, même en l'absence de phasing, permettent de rendre un certain segment à sa source effective.