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View Full Version : 23and me: AC par chromosomes: faibles % et demi segments



ffoucart
05-27-2016, 09:45 AM
J'ai remarqué un truc dernièrement:

Quand on affiche l'AC par chromosome et qu'on clique sur les petites admixture (0,1%) on voit parfois apparaître des demi-segment qui ne s'affichent pas autrement.

Ça vous fait la même chose?

Par ailleurs, si de mon côté le phasing est cohérent, pour Céline c'est trés bizarre: son Scandinavian est surtout sur le 1, mais aucun de ses parents n'en a sur ce chromosome (et inversement). Pour sa mère, je peux comprendre (elle a été phasée postérieurement avec ses propres parents), mais cela reste assez anormal.

anglesqueville
05-27-2016, 12:21 PM
J'ai remarqué un truc dernièrement:

Quand on affiche l'AC par chromosome et qu'on clique sur les petites admixture (0,1%) on voit parfois apparaître des demi-segment qui ne s'affichent pas autrement.

Ça vous fait la même chose?

Par ailleurs, si de mon côté le phasing est cohérent, pour Céline c'est trés bizarre: son Scandinavian est surtout sur le 1, mais aucun de ses parents n'en a sur ce chromosome (et inversement). Pour sa mère, je peux comprendre (elle a été phasée postérieurement avec ses propres parents), mais cela reste assez anormal.

J'ai sur cette question des idées, hélas invérifiables. 23&me "phase", de toute manière, même si aucun parent ou enfant n'a été testé, auquel cas le phasing est fait sur une base purement statistique, j'imagine de la même nature que le processus qui est utilisé pour l'"imputation". Je me demande si ces deux processus ne rentrent pas en concurrence. J'insiste: je me demande. Il faudrait par ailleurs savoir si le phasing est fait snp par snp, et donne lieu à un nouveau calcul d'admixtures par fenêtres glissantes de 100snps, ou s'il est fait fenêtre par fenêtre et lissé. Dans tous les cas, je ne peux absolument pas m'expliquer les effets du phasing dans mon cas. Et de toute manière, quand je rentre dans l'examen de détail, nos trois AC en speculative subregional sont pourries d'incohérences. Par exemple: les supports de nos pourcentages de scandinave respectifs sont deux à deux disjoints ( et cela ne joue pas sur 0.1%... je ne parle pas des tout petits segments, là c'est n'importe quoi). Je n'ai pas encore essayé le phasing complet sur gedmatch. Je vais faire cela, tiens...
Sans rapport, mais je sais que cela t'intéresse. Mon cousin, ou plutôt le généalogiste qu'il paie, a réussi à monter de deux étages dans la généalogie de mon arrière grand'mère, l'épouse du Frison. Bof, apparemment c'est du frison pur porc, pas un poil de finlandais. Donc, si finlandais il y a ( et à en croire son haplo il doit y en avoir, sans compter qu'avec l'update de ftdna il me pleut des nouveaux relatifs de là-bas), c'est avant. Il m'est venu une idée lumineuse à ce propos, j'en parlerai si elle aboutit.

Titane
05-27-2016, 12:28 PM
J'ai remarqué un truc dernièrement:

Quand on affiche l'AC par chromosome et qu'on clique sur les petites admixture (0,1%) on voit parfois apparaître des demi-segment qui ne s'affichent pas autrement.

Ça vous fait la même chose?

Par ailleurs, si de mon côté le phasing est cohérent, pour Céline c'est trés bizarre: son Scandinavian est surtout sur le 1, mais aucun de ses parents n'en a sur ce chromosome (et inversement). Pour sa mère, je peux comprendre (elle a été phasée postérieurement avec ses propres parents), mais cela reste assez anormal.

Il semble avoir un problème d'attribution du Scandinave. On m'attribue 0,4% sur le rapport split de mon fils et sur sa fiche par chromosome on montre ce segment sur le 6, tandis que moi, le seul seulement scandinave est sur le 4 et me vaut 1.3 %, identique à celui de ma mère.

ffoucart
05-27-2016, 01:46 PM
Merci des infos. Je précise que quand j'évoque le 0,1%, je parle pas du Scandinave (Céline doit en avoir entre 1 et 2%, moins que son père ou sa mere).

Sinon, pour Angles: vu ton AC, un ancêtre Finlandais trés récent paraît peu probable. Effectivement, il va vous falloir creuser. Mais, au moins historiquement, les frisons étaient de grands marins, qui ont ouvert la voie aux Vikings et à la Hanse. Je crois qu'Eric Vanneufville a publié un bouquin sur le commerce anglo-frison.

anglesqueville
05-27-2016, 02:57 PM
vu ton AC, un ancêtre Finlandais trés récent paraît peu probable

Moins que peu probable. Un petit calcul tout simple, en prenant pour acquise l'hypothèse la plus défavorable: la quantité d'allèles "finlandais" pèse 0.1% de mon bagage génétique global ( donc en faisant l'impasse sur les autres, par exemple DNALand). En fixant à 100% la part de "finnish" chez un Finn, ce qui n'est pas loin de la réalité, le nombre de générations qui me séparent de mon dernier ancêtre finlandais n'est pas 5, ou 6, ou 7 (gedmatch) mais le plus petit entier n tel que 2^n>1000, soit tel que n>ln(1000)/ln(2)=9.96. Conclusion: n=10. Début du XVIIe siècle. Cela posé, mon intuition se rebelle contre le fait qu'une aussi lointaine ascendance puisse me procurer une telle quantité de génocousins. Mais on sait ce que vaut l'intuition dans ces domaines...

ffoucart
05-27-2016, 04:25 PM
Vu le nombre de genocousins anglo-saxons, et le nombre de générations qui nous séparent, 300 ans ou 10 générations est loin d'être une distance insurmontable d'un point de vue genetique.

Mais c'est toujours pareil: si tu veux trouver un ancêtre finlandais, il va bien falloir que ton arbre généalogique soit fait. Sinon, comment veux-tu t'y retrouver?

Entre nous, je ne serais pas surpris que tu trouves au XVIIIeme un soldat ou marin suédois. Peut-être un marchand? Quoiqu'il fin doit, les XVIIème et XVIIWieme siècles sont l'Age d'Or de l'émigration Scandinave vers les Pays Bas. Il suffirait que tu ais Suédois de Finlande à cette époque pour que tu ais ton lien.

Sinon, je me suis repéré un segment germano-balto-finnois que je m'explique mal. Au fait Reiko c'est masculin ou féminin? Juho ou Pennti c'est assez clair.

ffoucart
05-27-2016, 04:26 PM
Vu le nombre de genocousins anglo-saxons, et le nombre de générations qui nous séparent, 300 ans ou 10 générations est loin d'être une distance insurmontable d'un point de vue genetique.

Mais c'est toujours pareil: si tu veux trouver un ancêtre finlandais, il va bien falloir que ton arbre généalogique soit fait. Sinon, comment veux-tu t'y retrouver?

Entre nous, je ne serais pas surpris que tu trouves au XVIIIeme un soldat ou marin suédois. Peut-être un marchand? Quoiqu'il fin doit, les XVIIème et XVIIWieme siècles sont l'Age d'Or de l'émigration Scandinave vers les Pays Bas. Il suffirait que tu ais Suédois de Finlande à cette époque pour que tu ais ton lien.

Sinon, je me suis repéré un segment germano-balto-finnois que je m'explique mal. Au fait Reiko c'est masculin ou féminin? Juho ou Pennti c'est assez clair.

Titane
05-27-2016, 05:38 PM
Moins que peu probable. Un petit calcul tout simple, en prenant pour acquise l'hypothèse la plus défavorable: la quantité d'allèles "finlandais" pèse 0.1% de mon bagage génétique global ( donc en faisant l'impasse sur les autres, par exemple DNALand). En fixant à 100% la part de "finnish" chez un Finn, ce qui n'est pas loin de la réalité, le nombre de générations qui me séparent de mon dernier ancêtre finlandais n'est pas 5, ou 6, ou 7 (gedmatch) mais le plus petit entier n tel que 2^n>1000, soit tel que n>ln(1000)/ln(2)=9.96. Conclusion: n=10. Début du XVIIe siècle. Cela posé, mon intuition se rebelle contre le fait qu'une aussi lointaine ascendance puisse me procurer une telle quantité de génocousins. Mais on sait ce que vaut l'intuition dans ces domaines...

Un peu d'endogamie au passage peut aider ta cause. J'ai bien retrouvé mon amérindienne à 0,2% - il y a 12 générations.
Un appel à tous sur 23andMe m'a valu plus d'une douzaine de réponses de genocousins ayant la même ancêtre. On peut imaginer qu'il y en ait 100 fois plus. Si tu fais ton calcul à l'inverse, avec ton ancêtre comme base lui donnant disons 5 descendants par générations, ça commence à faire un bon bassin.

Helgenes50
05-27-2016, 05:44 PM
Un peu d'endogamie au passage peut aider ta cause. J'ai bien retrouvé mon amérindienne à 0,2% - il y a 12 générations.
Un appel à tous sur 23andMe m'a valu plus d'une douzaine de réponses de genocousins ayant la même ancêtre. On peut imaginer qu'il y en ait 100 fois plus. Si tu fais ton calcul à l'inverse, avec ton ancêtre comme base lui donnant disons 5 descendants par générations, ça commence à faire un bon bassin.

Combien d'années entre chaque génération, 30 ? 35 ?
Je pense que tu as pas mal étudié la question à travers la généalogie.
Dans ma famille cela tourne plutôt autour de 35 ans

Titane
05-27-2016, 05:53 PM
Combien d'années entre chaque génération, 30 ? 35 ?
Je pense que tu as pas mal étudié la question à travers la généalogie.
Dans ma famille cela tourne plutôt autour de 35 ans
Dans ce cas elle est née vers 1628, moi environ 325 plus tard, donc 27 ans par génération.

anglesqueville
05-27-2016, 06:25 PM
Vu le nombre de genocousins anglo-saxons, et le nombre de générations qui nous séparent, 300 ans ou 10 générations est loin d'être une distance insurmontable d'un point de vue genetique.

Mais c'est toujours pareil: si tu veux trouver un ancêtre finlandais, il va bien falloir que ton arbre généalogique soit fait. Sinon, comment veux-tu t'y retrouver?

Entre nous, je ne serais pas surpris que tu trouves au XVIIIeme un soldat ou marin suédois. Peut-être un marchand? Quoiqu'il fin doit, les XVIIème et XVIIWieme siècles sont l'Age d'Or de l'émigration Scandinave vers les Pays Bas. Il suffirait que tu ais Suédois de Finlande à cette époque pour que tu ais ton lien.

Sinon, je me suis repéré un segment germano-balto-finnois que je m'explique mal. Au fait Reiko c'est masculin ou féminin? Juho ou Pennti c'est assez clair.


Mais c'est toujours pareil: si tu veux trouver un ancêtre finlandais, il va bien falloir que ton arbre généalogique soit fait Evidemment, mais pas question pour moi de m'en charger. Quant à "Reiko", c'est louche comme prénom finlandais.

Helgenes50
05-27-2016, 06:44 PM
Evidemment, mais pas question pour moi de m'en charger. Quant à "Reiko", c'est louche comme prénom finlandais.

Les ancêtres ne laissent pas toujours de traces dans les papiers.....d'où l'intérêt de s'intéresser à la génétique.

ffoucart
05-27-2016, 07:39 PM
Evidemment, mais pas question pour moi de m'en charger. Quant à "Reiko", c'est louche comme prénom finlandais.

De mémoire car tombé dessus ce matin. Peut-être Rejko ou Reijko. Vais verifier mais le nom semble finlandais, et je suis passé par les matches communs avec un suédois.

anglesqueville
05-27-2016, 07:50 PM
De mémoire car tombé dessus ce matin. Peut-être Rejko ou Reijko. Vais verifier mais le nom semble finlandais, et je suis passé par les matches communs avec un suédois.

Reikko peut-être, mais c'est un nom de famille, pas un prénom.

ffoucart
05-28-2016, 12:45 AM
Reijo K....nen
ch 2
début 84,224,401
fin 102,055,285
7.6 cM
1,995 SNPs

Pas d'autres matches sur ce segment par la recherche de segments

C'est un prénom masculin car le M figure avant l'adresse mail (avec une adresse avec un nom plutôt Suédois)

anglesqueville
05-28-2016, 08:01 AM
Dense, ce segment ...