Anadolu Türklerindeki Orta Asya Etkisi Üzerine

[Anabasis]

Genetikle ilgilenen bir çok Türk vatandaşının kafasındaki temel sorulardan biri anadoluya yerleşen ön Türklerin genetik olarak günümüz Türkiye populasyonlarına nasıl bir etkide bulunduğu üzerine. Bu sorunun genetik bulgular üzerinden cevabının bir çok zorluğu var. Bu zorluğun başında Anadoluya Yerleşen ilk Türklerin nasıl bir genetik kompozisyona sahip olduğunu henüz bilmememiz yatıyor. Bunun cevabını bulmak antik DNA çalışmalarından çıkarmak dahi zor olabilir. Keza ilk yerleşen Türklerin homojen bir genetik yapıya sahip olup olmadığı üstüne de net bir bilgimiz yok. Genellikle ADMIXTURE sonuçları üzerinden yapılan yorumlarda Anadolu Türklerinin yaklaşık olarak %0-%15 aralığında Orta - Uzak Asya'ya özgü genetik yapıya sahip olduğu görülüyor. Bunun da muhtemelen ön Türk ve Moğolların etkisiyle oluştuğu varsayımından çıkartılan bazı sonuçlar var. Yalnız ön Türklerin de %100 doğu avrasyalı olmadığı ve Batı ve Doğu avrasyalı karışımı olduğu düşünüldüğünde iş karmaşıklaşıyor. ADMIXTURE oracılları sadece 1-2-4 lü populasyon ortalamaları verdiği için Oracllar üzerinden bir modelleme yapmak zorlaşıyor. ADMIXTURE sonuçlarının diğer dez avantajı ise Kalkulatör effect dediğimiz populasyon ortalamaların oluşturulmasında yaşanan büyük sapmalardan kaynaklı elde edilen anlamsız sonuçlar. Ben bu nedenle sonsuz sayıda populasyonların modern anadolu populasyonlarıngenetik yapısına olan katkısını ölçme adına nMonte kullanılması taraftarıyım. Kalkulatör Effect ten korunmak adına da nMonte nin dtsats değerleri üzerinden yapılandırılmasının daha sağlıklı sonuçlar vereceğini düşünüyorum. Bu nedenle eurogenes.blogspot ta çıkan şu makalede (http://eurogenes.blogspot.com.tr/2016/10/a-fresh-look-at-global-genetic-diversity.html) verilen PCA değerlerine göre nMonte modellemesi yaptım. nMonteyi çalıştırırken modelimde test etmek istediğim Uzak asyalı populasyon hariç (Özbek yada Türkmen) diğer tüm uzak ve Orta asyalı populasyonları listeden çıkardım.

Modeli iki farklı kurguya göre test ettiğimde elde ettiğim sonuçlar şu şekilde.

Model -1
Ön Türkler günümüz Türkmenlerine daha yakın olduğu varsayımı yaptığımızda PCA daki "Turkish" örneği aşağıdaki populasyonarın birleşiminde oluşmakta

PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7
Turkish 0.0157222000 0.0206667000 8.111000e-04 0.0038333000 0.0018444000 0.0014889000 -0.0022889000
fitted 0.0156593825 0.0206401808 7.369605e-04 0.0038389055 0.0019398661 0.0014999479 -0.0022496534
dif -0.0000628175 -0.0000265192 -7.413955e-05 0.0000056055 0.0000954661 0.0000110479 0.0000392466
PC8 PC9 PC10
Turkish -0.0007222000 0.0094000000 1.14440e-03
fitted -0.0006405114 0.0093685527 1.08375e-03
dif 0.0000816886 -0.0000314473 -6.06498e-05
[1] "distance%=0.018 / distance=0.00018"


Turkish
"Armenian_Yegvard" 25.05
"Turkmen" 19
"Spanish_Castilla_la_Mancha" 18.7
"Ashkenazi_Jew" 8.9
"Adygei" 7.35
"Sardinian" 5.25
"Greek" 4.45
"Armenian_Martuni" 3.75
"Sephardi_Jew" 3.4
"Armenian_Dprabak" 0.7
"Spanish_Cataluna" 0.7
"Georgian" 0.55
"Lezgin" 0.4
"Swedish" 0.4
"Basque_Spanish" 0.3
"Mordovian" 0.2
"Russian_Kostroma" 0.15
"Assyrian" 0.1
"French_South" 0.1
"Icelandic" 0.1
"Papuan" 0.1
"Spanish_Pais_Vasco" 0.1
"Armenian_Gavar" 0.05
"Iranian_Jew" 0.05
"Italian_Tuscan" 0.05
"Norwegian" 0.05
"Russian_Kargopol" 0.05
"Albanian

Model -2
Ön Türkler günümüz Özbeklerine daha yakın olduğu varsayımı yaptığımızda PCA daki "Turkish" örneği aşağıdaki populasyonarın birleşiminden oluşmakta


[1] "Ncycles= 1000"
PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7 PC8
Turkish 0.0157222000 0.0206667000 8.111000e-04 3.833300e-03 0.0018444000 0.001488900 -2.28890e-03 -0.00072220
fitted 0.0156890919 0.0206622503 7.908057e-04 3.826928e-03 0.0018898853 0.001493952 -2.28354e-03 -0.00070492
dif -0.0000331081 -0.0000044497 -2.029425e-05 -6.371550e-06 0.0000454853 0.000005052 5.36035e-06 0.00001728
PC9 PC10
Turkish 9.40000e-03 0.0011444000
fitted 9.39652e-03 0.0011353335
dif -3.48025e-06 -0.0000090665
[1] "distance%=0.0064 / distance=6.4e-05"


Turkish
"Armenian_Yegvard" 17.25
"Spanish_Castilla_la_Mancha" 13.45
"Uzbek" 12.55
"Ashkenazi_Jew" 7.3
"Armenian_Martuni" 6.95
"Adygei" 6.5
"Sephardi_Jew" 4.4
"Armenian_Dprabak" 4.25
"Sardinian" 4.1
"Greek" 3.5
"Armenian_Gavar" 3.4
"Basque_Spanish" 2.5
"Mordovian" 1.95
"Italian_Tuscan" 1.65
"Iranian_Jew" 1.4
"Spanish_Cataluna" 1.25
"Georgian" 1.2
"Samaritan" 0.85
"Assyrian" 0.8
"Icelandic" 0.65
"Russian_Kostroma" 0.6
"Lezgin" 0.45
"BedouinB" 0.3
"Serbian" 0.3
"Arab_Israel_1" 0.25
"French_South" 0.2
"Georgian_Jew" 0.2
"Iranian_Lor" 0.2
"Russian_Kargopol" 0.2
"Swedish" 0.2
"Papuan" 0.15
"Albanian" 0.1
"Chechen" 0.1
"English_Kent" 0.1
"Lebanese_Christian" 0.1
"Macedonian" 0.1
"Slovakian" 0.1


Fitscorelara baktığımızda Model-2 Model 1 e göre daha yakın sonuç vermekte (0.0064--0.018) yani ön Türkler günümüz Özbeklerine göre modellendiğinde Türkmenlere nazaran daha anlamlı sonuçlar vermekte. Bu çalışmayı yaparkenki temel sorunlardan beri günümüz anadolu Türkü olarak referans alınan "Turkish" örneğinin ne derecede anadolu türkü ortalamasını yansıtıp yansıtmadığını da bilmememiz. David'e Turkish_Kayseri, Turkish_Aydin, Turkish_balikesir, Turkish_Trabzon, Turkish_Adana PCA dstats değerlerini de listeye eklemesini yada bana vermesini istedim. Eğer bu değerleri de elde edersem her bir Anadolulu örnek için ayrı ayrı nMonte sonuçlarını sizlerle paylaşacağım.

Tartışma başlatmak adına açtığım bu başlıkta amacım herkesin ön yargılardan uzak bir şekilde bu konuyu sadece bilimsel bulgular üzerine tartışabileceğimiz bir ortam yaratmak.

Saygılar

[Afshar]

Bu tur gelismeleri cani gonulden destekliyor ve basarilar diliyorum.

[Anabasis]

Turk_Adana
Model 1-Turkmen

PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7
Turkish_Adana 0.0147625000 0.0198000000 0.0012000000 0.0109125000 0.0033875000 -7.062500e-03 -0.0083500000
fitted 0.0145190635 0.0194812939 0.0005420673 0.0110132512 0.0038492361 -6.966160e-03 -0.0079346639
dif -0.0002434365 -0.0003187061 -0.0006579327 0.0001007512 0.0004617361 9.633995e-05 0.0004153361
PC8 PC9 PC10
Turkish_Adana -0.0006875000 0.0120500000 0.0014000000
fitted 0.0003270439 0.0118860999 0.0010160265
dif 0.0010145439 -0.0001639001 -0.0003839735
[1] "distance%=0.1484 / distance=0.001484"


Turkish_Adana
"Armenian_Yegvard" 28.1
"Turkmen" 22.6
"Armenian_Martuni" 15
"Arab_Israel_1" 10.15
"Ashkenazi_Jew" 10
"Spanish_Castilla_la_Mancha" 7.95
"Adygei" 4.65
"Mozabite" 1.55

Model-2 Özbek
Özbek

Turkish_Adana 0.0147625000 0.0198000000 0.001200000 1.091250e-02 0.0033875000 -0.007062500 -0.0083500000
fitted 0.0145896923 0.0194857335 0.000709267 1.097285e-02 0.0036388014 -0.006943536 -0.0081099071
dif -0.0001728077 -0.0003142666 -0.000490733 6.034835e-05 0.0002513014 0.000118964 0.0002400929
PC8 PC9 PC10
Turkish_Adana -6.875000e-04 0.0120500000 0.0014000000
fitted 4.445575e-05 0.0119903465 0.0012037100
dif 7.319557e-04 -0.0000596535 -0.0001962899
[1] "distance%=0.1042 / distance=0.001042"


Turkish_Adana
"Armenian_Martuni" 31.25
"Armenian_Yegvard" 24.65
"Uzbek" 16.1
"Spanish_Castilla_la_Mancha" 12.3
"Arab_Israel_1" 8.6
"Mozabite" 1.75
"Adygei" 1.5
"Ashkenazi_Jew" 1.35
"Iranian_Lor" 0.65
"Spanish_Cataluna" 0.6
"Swedish" 0.5
"Armenian_Gavar" 0.4
"Lezgin" 0.1
"Assyrian" 0.05
"Georgian" 0.05
"Georgian_Jew" 0.05
"Greek" 0.05
"Iraqi_Jew" 0.05

Özbekler yine daha iyi bir ön Türk referansı gibi duruyor.
%0,148-%0,104

Diğer yandan Turk-adana için Turkmenler %22,6 gibi bir sonuç veriyor.

[Anabasis]

Turk_Aydın
Model 1-Turkmen


PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7
Turkish_Aydin 0.0140167000 0.0185833000 0.0018500000 0.00976670 0.0027333000 -3.46670e-03 -0.00971670
fitted 0.0138136284 0.0182417801 0.0011983033 0.01009744 0.0032316233 -3.54531e-03 -0.00890297
dif -0.0002030716 -0.0003415199 -0.0006516968 0.00033074 0.0004983233 -7.86101e-05 0.00081373
PC8 PC9 PC10
Turkish_Aydin -0.0003167000 0.0122833000 0.0009333000
fitted 0.0008690117 0.0117759633 0.0003905851
dif 0.0011857117 -0.0005073368 -0.0005427149
[1] "distance%=0.1889 / distance=0.001889"


Turkish_Aydin
"Turkmen" 24.75
"Sephardi_Jew" 21.7
"Greek" 19.1
"Armenian_Martuni" 11.45
"Druze" 9.65
"Adygei" 5.75
"BedouinB" 4.5
"Georgian" 1.45
"Ashkenazi_Jew" 0.65
"Gambian" 0.5
"Arab_Israel_1" 0.25
"Sardinian" 0.15
"Armenian_Yegvard" 0.05
"Samaritan" 0.05


Turkish_Aydın
Model -2 Uzbek

Turkish_Aydin 0.0140167000 0.0185833000 0.0018500000 0.0097667000 0.0027333000 -3.466700e-03 -0.009716700
fitted 0.0139031109 0.0182462877 0.0014349357 0.0099966066 0.0030468491 -3.500838e-03 -0.009184595
dif -0.0001135891 -0.0003370123 -0.0004150643 0.0002299067 0.0003135491 -3.413765e-05 0.000532105
PC8 PC9 PC10
Turkish_Aydin -0.0003167000 0.012283300 0.000933300
fitted 0.0004362909 0.011958874 0.000573601
dif 0.0007529909 -0.000324426 -0.000359699
[1] "distance%=0.1239 / distance=0.001239"


Turkish_Aydin
"Armenian_Martuni" 31.75
"Greek" 26.45
"Uzbek" 19.7
"Druze" 7.6
"BedouinB" 4.5
"Georgian" 3.35
"Arab_Israel_1" 2.85
"Ashkenazi_Jew" 1.9
"Gambian" 0.65
"Sephardi_Jew" 0.35
"Sardinian" 0.3
"Adygei" 0.25
"Armenian_Yegvard" 0.2
"Samaritan" 0.1
"Spanish_Castilla_la_Mancha" 0.05

[Anabasis]

Turk Balıkesir Model -1 Turkmen
Turkish_Balikesir 0.014850000 0.01403330 0.003383300 0.002750000 0.00078330 -0.002716700 -0.007966700
fitted 0.014506445 0.01419919 0.002807355 0.003336445 0.00211354 -0.003709355 -0.006632985
dif -0.000343555 0.00016589 -0.000575945 0.000586445 0.00133024 -0.000992655 0.001333715
PC8 PC9 PC10
Turkish_Balikesir 0.00150000 0.01253330 -1.6700e-05
fitted 0.00089704 0.01067579 -3.1965e-05
dif -0.00060296 -0.00185751 -1.5265e-05
[1] "distance%=0.3028 / distance=0.003028"


Turkish_Balikesir
"Turkmen" 40.15
"Greek" 33.7
"Georgian" 15.75
"BedouinB" 7.05
"Adygei" 2.2
"Ingrian" 0.85
"Gambian" 0.3




Turk Balıkesir Model -2 Özbek PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7 PC8
Turkish_Balikesir 0.01485000 0.01403330 0.00338330 0.00275000 0.00078330 -0.00271670 -0.007966700 0.00150000
fitted 0.01456194 0.01395185 0.00324647 0.00320708 0.00185931 -0.00330105 -0.006973665 0.00088319
dif -0.00028806 -0.00008145 -0.00013683 0.00045708 0.00107601 -0.00058435 0.000993035 -0.00061681
PC9 PC10
Turkish_Balikesir 0.012533300 -0.00001670
fitted 0.011308845 -0.00015228
dif -0.001224455 -0.00013558
[1] "distance%=0.2168 / distance=0.002168"


Turkish_Balikesir
"Georgian" 28.55
"Uzbek" 27
"Greek" 25.75
"BedouinB" 10.75
"Ingrian" 7
"Adygei" 0.75
"Gambian" 0.2

Balıkesir örneğinde Balıkesirli örneğin Uzbek ve Türkmen oranları gayet yükseliyor %27- ve %40. Fakat yine de Uzbek referansı daha gerçekçi bir sonuç veriyor.

[Anabasis]

Turk Trabzon Model -1 Turkmen PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7 PC8
Turkish_Trabzon 0.01578890 0.02462220 -0.00100000 0.01684440 0.00648890 -0.00943330 -0.00718890 0.00156670
fitted 0.01533962 0.02464853 -0.00106897 0.01682933 0.00654354 -0.00948131 -0.00708631 0.00133828
dif -0.00044928 0.00002633 -0.00006897 -0.00001507 0.00005464 -0.00004801 0.00010259 -0.00022842
PC9 PC10
Turkish_Trabzon 0.0203667 0.00045560
fitted 0.0202997 0.00038917
dif -0.0000670 -0.00006643
[1] "distance%=0.0533 / distance=0.000533"


Turkish_Trabzon
"Georgian" 27.6
"Armenian_Martuni" 21.5
"Armenian_Yegvard" 14.2
"Armenian_Chambarak" 7.4
"Turkmen" 6.85
"Sardinian" 6
"Sephardi_Jew" 5.4
"BedouinB" 4.2
"Greek" 3.9
"Armenian_Gavar" 1.3
"Italian_Tuscan" 0.9
"Armenian_Dprabak" 0.45
"Lapita_Tonga:CP30" 0.3




Turk Trabzon Model -2 Özbek Turkish_Trabzon 0.01578890 0.02462220 -0.00100000 0.0168444 0.0064889 -0.00943330 -0.00718890 0.0015667
fitted 0.01536915 0.02464474 -0.00102613 0.0168359 0.0065310 -0.00947978 -0.00709145 0.0013483
dif -0.00041975 0.00002254 -0.00002613 -0.0000085 0.0000421 -0.00004648 0.00009745 -0.0002184
PC9 PC10
Turkish_Trabzon 0.02036670 0.00045560
fitted 0.02030516 0.00038535
dif -0.00006154 -0.00007025
[1] "distance%=0.0497 / distance=0.000497"


Turkish_Trabzon
"Armenian_Martuni" 27.15
"Georgian" 24.75
"Armenian_Yegvard" 13.3
"Armenian_Chambarak" 10
"Sardinian" 5.45
"Uzbek" 4.7
"Greek" 4.3
"BedouinB" 4
"Sephardi_Jew" 2.6
"Italian_Tuscan" 2
"Armenian_Gavar" 0.7
"Armenian_Dprabak" 0.45
"Lapita_Tonga:CP30" 0.4
"Chechen" 0.1
"Adygei" 0.05
"Montenegrin" 0.05

[cylnlts]

ben kendi sonuçlarıma baktığımda yorumlamakta güçlük çektim bir Kafkasya geni var evet ama bunu Kafkasyanın kuzeyine Gürcistan veya Ermenistan olabilecek bir yere bağlamış görünüyor çoğunlukla Asia Minor geni demiş ama bunun içinde de ne ararsan var öte yandan % 20 gibi bir çoğunlukta orta Avrupa demiş bana çok karışık geldi Family Finder in bir safsata olduğunu düşünmeye başladım.

[Caspian]

Central Asian influence should be highest among Turks from Giresun, Ordu, Amasya and Tokat in Turkey according to my observations. Human phenotypes, autosomal results etc. Am I right?

[Anabasis]

Central Asian influence should be highest among Turks from Giresun, Ordu, Amasya and Tokat in Turkey according to my observations. Human phenotypes, autosomal results etc. Am I right?

Yes you are right but not highest but higher then average.

[Onur Dincer]

Central Asian influence should be highest among Turks from Giresun, Ordu, Amasya and Tokat in Turkey according to my observations. Human phenotypes, autosomal results etc. Am I right?

Not among Tokat or Amasya Turks probably, but could be true for Giresun Turks, and maybe also Ordu Turks (I am not so sure about Ordu Turks though). We can also add Aydın, Muğla and Balıkesir Turks to your list (but certainly not the Balkan Turkish immigrants living in Aydın, Muğla and Balıkesir).

[Theodore Gavras]

Safsata değil, sonuçlarını gedmatch'e yüklersen daha doğru analizler alırsın.