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Thread: Le Grenier indo-européen

  1. #2321
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    Quote Originally Posted by Bernard View Post
    Claire-Elise FISCHER soutiendra publiquement sa thèse de doctorat intitulée: Apports de l’archéogénétique à l’étude des groupes du Second âge du Fer en France: Approche multi-scalaire le mardi 17 décembre 2019 à 14h00 à l’Université de Bordeaux.


    S'il y a un Bordelais par ici, ne pas hésiter à y aller...
    Je me demande s'il y aura beaucoup plus que dans l'article publié plus tôt cette année:
    http://secher.bernard.free.fr/blog/i...C3%82ge-du-Fer
    Multi-scale archaeogenetic study of two French Iron Age communities: From internal social- to broad-scale population dynamics
    Author links open overlay panelClaire-EliseFischeraMarie-HélènePemongeaFrédéricSantosaHarmonyHouzelotaChris tineCouture-VeschambreaAnthonyLefortbStéphaneRottieraMarie-FranceDeguillouxa
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    https://doi.org/10.1016/j.jasrep.2019.101942Get rights and content
    Highlights

    Multidisciplinary study of Late Iron age groups from Northern France


    Population-scale DNA-based approach permitted the documentation of communities' internal social dynamics.


    Gallic groups were characterized by patrilocal residence and patrilinearity rules.


    Distinct necropolis welcomed distinct biological and social groups.


    Local-scale communities' features were essential to address broad-scale phylogeographical issues.


    Abstract
    Ancient DNA (aDNA) research can address anthropological questions at both the broad continental scale to provide elements of discussion regarding ancient human population dynamics and the very small spatial scale to document population social functioning. In the present study, we propose an original approach combining local- and broad-scale issues, applied to two contemporaneous groups dated from the Late Iron Age period and originating from Northern France. Our analyses targeted uniparental markers (mitochondrial DNA (mtDNA) and the Y chromosome) and permitted the characterization of 43 maternal and 17 paternal lineages for the Urville-Nacqueville necropolis (UN) as well as 27 maternal and 19 paternal lineages for the Gurgy ‘Les Noisats’ (GLN) tumulus. Data in hand provided a unique opportunity to document Gallic communities' genetic diversities and discuss their internal social dynamics as well as their genetic affinities with other ancient European groups. At the local scale, our study first highlighted patrilocal residence rules and patrilinearity for these Gallic groups, in concordance with textual sources and archaeological data. Second, the gene pool characterization indicated that the UN necropolis welcomed a more cosmopolitan community than did the GLN tumulus and that the funerary space organization in the UN was correlated to the genetic structuration of the community. These local scale characteristics were put into perspective for broad-scale discussions and highlighted different genetic affinities of the UN and GLN communities with ancient European groups. Both communities appeared inserted in distinct exchange networks that may have been responsible for the slight differentiation of their maternal gene pools. Finally, we demonstrated that the sub-groups encountered in the UN necropolis (maternally differentiated) presented very distinct genetic affinities with ancient or contemporaneous human groups from other Western European regions. Consequently, our study reinforces the idea that the identification of genetically differentiated groups within archaeological sites and discussion concerning their specific composition constitute a clear prerequisite before addressing broad-scale phylogeographical issues.
    Avatar: carte G25 Map par/by ph2ter
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R U-152> R-Z193, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 (Z387) and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

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  3. #2322
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    Quote Originally Posted by ffoucart View Post
    Je me demande si cela vaut la peine de citer ses sources! Un des apports majeurs de Wang et al. 2019 est justement ce point extrêmement important: la différence dans les populations des Steppes entre le Véme millénaire et la fin du IVème millénaire est justement un apport minoritaire Néolithique européen, modelisé comme un apport GAC ou Ibérique (donc riche en WHG). La source exacte reste problématique. Ce qui confirme les résultats de David. Et les CT on certainement contribué à cet apport, compte tenu des influences culturelles bien connues en archéologie.
    Les échanges semblent avoir eu lieu dans les 2 sens (p-ê échanges de femmes pour commencer: cela semble le cas en tout cas dans CT, si on se fie (et je le fais) à l'anthropologie physique. Mais avec le temps, les modalités des échanges et des rapports de force on pu changer.
    L'étude génétique récente de femmes (4) du CT est trop réduite (échantillon) et ne compare pas les deux chromos X entre eux ni avec le reste des autosomes pour faire une analyse fine. Elle montre seulement une déviation légère vers les gens des Steppes.

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  5. #2323
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    Quote Originally Posted by moesan View Post
    Les échanges semblent avoir eu lieu dans les 2 sens (p-ê échanges de femmes pour commencer: cela semble le cas en tout cas dans CT, si on se fie (et je le fais) à l'anthropologie physique. Mais avec le temps, les modalités des échanges et des rapports de force on pu changer.
    L'étude génétique récente de femmes (4) du CT est trop réduite (échantillon) et ne compare pas les deux chromos X entre eux ni avec le reste des autosomes pour faire une analyse fine. Elle montre seulement une déviation légère vers les gens des Steppes.
    Difficile à dire ce qu’il est sur les modalités des apports génétiques. Il semble cependant clair que dans les populations des Steppes, l’apport Néolithique Européen a massivement été transmis par des femmes. Les haplogroupes Y sont clairs sur ce point (archidominance des R1, et quelques sous clades spécifiques de I2 et Q).

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  7. #2324
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    Last edited by Helgenes50; 12-13-2019 at 06:38 AM.
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

  8. #2325
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    Quote Originally Posted by Bernard View Post
    Claire-Elise FISCHER soutiendra publiquement sa thèse de doctorat intitulée: Apports de l’archéogénétique à l’étude des groupes du Second âge du Fer en France: Approche multi-scalaire le mardi 17 décembre 2019 à 14h00 à l’Université de Bordeaux.


    S'il y a un Bordelais par ici, ne pas hésiter à y aller...
    En effet. C'est important.

  9. #2326
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Je reviens rapidement sur la question que posait Camu hier (post #2313). Il ne semble pas que l'affinité (toujours au sens de partage d'un stock de génotypes, il n'est pas question ici d'IBDs) avec nos deux Rise soit très spécifique. Par exemple ma mère, qui décidément tire toujours la couverture à elle dans ces analyses, écrase tout encore une fois avec une tail prob infernale:
    left pops:
    mom
    Sweden_LN.SG1
    Sweden_LN.SG2
    numsnps used: 326216

    best coefficients: 0.720 0.280
    Jackknife mean: 0.706815297 0.293184703
    std. errors: 0.281 0.281
    chisq tail prob 3.906 0.951472
    Petit exercice avec les qpAdms, pour voir si je pouvais obtenir une meilleure prob_

    left pops:
    Helgi
    Beaker_Southern_FranceI3875
    Alsace_no_Steppe

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 9 1.487 0.997242 0.843 0.157
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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  11. #2327
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Petit exercice avec les qpAdms, pour voir si je pouvais obtenir une meilleure prob_

    left pops:
    Helgi
    Beaker_Southern_FranceI3875
    Alsace_no_Steppe

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 9 1.487 0.997242 0.843 0.157
    Helgi, stp donne aussi le nombre de SNPs et les erreurs-standard, à défaut de quoi il est difficile d'évaluer la solidité d'un modèle. Par exemple j'avais trouvé pour toi (me souvenant de tes histoires d'Eats_med, auxquelles je ne crois guère comme tu le sais), un modèle apparemment bon avec de l'Anatolian_IA:

    left pops:
    helgi
    Sweden_LN.SG1
    Anatolia_IA

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 10 4.304 0.932574 0.836 0.164

    Je ne te l'ai pas envoyé. Pourquoi? L'erreur standard est de 0.129, donc le risque est important qu'il ne reste de ce 16% qu'un petit machin très incertain. De plus la p_value du modèle nested sans Anatolian est vraiment élevée (0.22), ce qui accentue l'incertitude. Comme l'étude utilise un nombre de SNPs quand même pas négligeable, même s'il n'est pas énorme (235.881), on ne peut accuser celui-ci d'en être la cause. Donc tu vois qu'un modèle qui vu de loin semblait prometteur est loin de l'être vu de près. Cela dit, le modèle que tu publies serait assez satisfaisant, plus en tout cas qu'un mélange de Suédois du premier Bronze et d'Anatolien du Fer...
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  13. #2328
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Helgi, stp donne aussi le nombre de SNPs et les erreurs-standard, à défaut de quoi il est difficile d'évaluer la solidité d'un modèle. Par exemple j'avais trouvé pour toi (me souvenant de tes histoires d'Eats_med, auxquelles je ne crois guère comme tu le sais), un modèle apparemment bon avec de l'Anatolian_IA:

    left pops:
    helgi
    Sweden_LN.SG1
    Anatolia_IA

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 10 4.304 0.932574 0.836 0.164

    Je ne te l'ai pas envoyé. Pourquoi? L'erreur standard est de 0.129, donc le risque est important qu'il ne reste de ce 16% qu'un petit machin très incertain. De plus la p_value du modèle nested sans Anatolian est vraiment élevée (0.22), ce qui accentue l'incertitude. Comme l'étude utilise un nombre de SNPs quand même pas négligeable, même s'il n'est pas énorme (235.881), on ne peut accuser celui-ci d'en être la cause. Donc tu vois qu'un modèle qui vu de loin semblait prometteur est loin de l'être vu de près. Cela dit, le modèle que tu publies serait assez satisfaisant, plus en tout cas qu'un mélange de Suédois du premier Bronze et d'Anatolien du Fer...
    De toutes les manières, je sais très bien que cela ne correspond pas à mon ascendance, c'était juste pour montrer ce que cela donnait en tail_prob.
    Le choix de ces individus, je me suis servi du PCA WestEurasia, j'ai pris les deux Beakers les plus proches et j'ai voulu voir ce que cela donnait
    et j'ai obtenu ce résultat avec un nombre en effet vraiment faible de SNPs


    left pops:
    Helgi
    Beaker_Southern_FranceI3875
    Alsace

    right pops:
    MA1
    Anatolia_Boncuklu
    Iran_N
    EHG
    Kostenki14
    Levant_N
    Natufian
    KK1.SG
    Villabruna
    Vestonice16
    WHG

    0 Helgi 1
    1 Beaker_Southern_FranceI3875 1
    2 Alsace 1
    3 MA1 1
    4 Anatolia_Boncuklu 4
    5 Iran_N 9
    6 EHG 3
    7 Kostenki14 1
    8 Levant_N 13
    9 Natufian 6
    10 KK1.SG 1
    11 Villabruna 1
    12 Vestonice16 1
    13 WHG 6
    jackknife block size: 0.050
    snps: 1150202 indivs: 49
    number of blocks for block jackknife: 713
    dof (jackknife): 633.229
    numsnps used: 158133
    codimension 1
    f4info:
    f4rank: 1 dof: 9 chisq: 1.487 tail: 0.997241864 dofdiff: 11 chisqdiff: -1.487 taildiff: 1
    B:
    scale 1.000
    Anatolia_Boncuklu 1.409
    Iran_N 0.719
    EHG 0.130
    Kostenki14 1.023
    Levant_N 1.535
    Natufian 1.120
    KK1.SG 0.882
    Villabruna 0.808
    Vestonice16 0.939
    WHG 0.714
    A:
    scale 389.120
    Beaker_Southern_FranceI3875 -0.260
    Alsace 1.390


    full rank 1
    f4info:
    f4rank: 2 dof: 0 chisq: 0.000 tail: 1 dofdiff: 9 chisqdiff: 1.487 taildiff: 0.997241864
    B:
    scale 1.000 1.000
    Anatolia_Boncuklu 1.376 -1.348
    Iran_N 0.727 0.242
    EHG 0.097 -1.341
    Kostenki14 1.000 -0.565
    Levant_N 1.538 -0.325
    Natufian 1.128 0.476
    KK1.SG 0.863 -0.495
    Villabruna 0.854 1.968
    Vestonice16 0.949 0.171
    WHG 0.746 1.235
    A:
    scale 390.264 5476.339
    Beaker_Southern_FranceI3875 -0.238 1.394
    Alsace 1.394 0.238


    best coefficients: 0.843 0.157
    ssres:
    -0.000230852 0.000089215 -0.000292045 -0.000075890 0.000003721 0.000160858 -0.000067250 0.000477564 0.000084567 0.000310048
    -1.018181323 0.393487491 -1.288078574 -0.334717974 0.016412318 0.709473605 -0.296610493 2.106315281 0.372986195 1.367482776

    Jackknife mean: 0.837020927 0.162979073
    std. errors: 0.095 0.095

    error covariance (* 1000000)
    8961 -8961
    -8961 8961


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 9 1.487 0.997242 0.843 0.157
    01 1 10 3.872 0.952942 1.000 0.000
    10 1 10 74.624 5.63099e-12 0.000 1.000
    best pat: 00 0.997242 - -
    best pat: 01 0.952942 chi(nested): 2.385 p-value for nested model: 0.122517
    Last edited by Helgenes50; 12-13-2019 at 12:08 PM.
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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  15. #2329
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Petit exercice avec les qpAdms, pour voir si je pouvais obtenir une meilleure prob_

    left pops:
    Helgi
    Beaker_Southern_FranceI3875
    Alsace_no_Steppe

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 9 1.487 0.997242 0.843 0.157
    Pour comparer avec les mêmes en utilisant G25
    ce que cela donne en pourcentage

    Target: Helgi
    Distance: 4.7061% / 0.04706130
    87.2 Bell_Beaker_FRA_C
    12.8 Bell_Beaker_FRA_lowSteppe
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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  17. #2330
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    Helgi, les erreurs standard sont faibles, ce qui est plutôt engageant. Le nombre de SNPs effectivement n'est pas fantastique, mais on a vu pire. Cela dit il est sûrement pour quelque chose dans cette tail_prob faramineuse. Quoiqu'il en soit ce modèle est plus crédible que celui que j'ai posté ce matin (avec l'Anatolian) que perso je ne retiendrais pas. Un mélange de Beakers français est de toute manière un choix de sources tout à fait raisonnable à mon sens. Pourquoi je ne parviens pas à garder un bon ajustement en montant au cran supérieur (avec les Beakers néerlandais)? Je ne sais pas. Peut-être tout simplement parce que la source sans steppes (France_MN) ne te convient pas. Essaie à l'occasion avec les Beakers_NL et le Beaker alsacien low steppe (je ne l'ai pas mis dans ma feuille du Bronze).
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