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Thread: Le Grenier indo-européen

  1. #1
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    Le Grenier indo-européen

    LE GRENIER INDO-EUROPEEN

    Et oui, je l'ouvre ce sous-forum indo-européen! C'est Camu qui va être content! Il a, comme nous en avions parlé il y a quelques semaines, vocation de recueillir tout ce qui concerne les cultures indo-européennes. C'est à la fois assez large: génétique, archéologie, linguistique, pourquoi pas métapolitique ( Demoule and co); et restrictif: ici pas de discussion sur le football, le cinéma érotique ou la culture des chrysanthèmes. Vous savez tous mes réserves quant au fait de faire des choses intéressantes dans une langue autre que la langue commune, donc si des perles viennent à trouver le jour ici, il y aura bien un(e) volontaire pour traduire et en faire profiter les non francophones.
    J'ouvre le bal avec une série d'analyses qpAdm toutes fraîches des principale cultures apparentées Yamna, en termes de balance CHG/EHG ( pour dire ça vite, en fait Satsurblia/SamaraHG).


    Dans qpAdm, la première des left pops est modélisée en fonction des suivantes. J'indique sous les coefficients le chi carré ( plus il est petit, meilleur est l'ajustement), et la probabilité de queue ( tail prob en Anglais, j'ignore quelle est l'appellation courante en French, les rares livres de stat que j'ai lus étaient en Anglais). L'habitude est de retenir des modèles avec tail prob > 0.5, mais j'ai vu David laisser passer des tail prob de l'ordre de 0.3. Dans ma compréhension, un modèle avec petit chi2 et tail prob entre 0.3 et 0.5 n'est pas monstrueux, mais il lui manque quelque chose. C'est ici le cas de Yamaya_Samara (limite), Andronovo et Afanasievo. Si vous avez une idée de ce qu'il faudrait ajouter dans ces trois cas, n'hésitez pas à le suggérer ( j'ai mon idée, mais j'aimerais avoir la vôtre). Je n'ai pas indiqué les erreurs standards pour les coefficients, car elles sont dans tous les cas très réduites. Pour tous ces modèles, j'aimerais savoir s'ils sont en phase avec ce que vous savez des cultures concernées.





    left pops:
    Yamnaya_Samara
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.448 0.552
    5.837 0.441664
    ************************************************** **
    left pops:
    Srubnaya
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.977 0.023
    3.349 0.763969
    ************************************************** **
    left pops:
    Poltavka
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.503 0.497
    3.726 0.713758
    ************************************************** **
    left pops:
    Potapovka
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 1.000 0.000
    4.050 0.774001
    ************************************************** ***
    left pops:
    Yamnaya_Kalmykia.SG
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.738 0.262
    4.425 0.619359

    ************************************************** ***
    left pops:
    Vatya.SG
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 1.000 0.000
    6.068 0.53182

    ************************************************** *****
    left pops:
    Sintashta_MBA_RISE.SG
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.972 0.028
    3.003 0.808473

    ************************************************** ****
    left pops:
    Andronovo.SG
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.831 0.169
    6.567 0.362704
    ************************************************** ******
    left pops:
    Afanasievo.SG
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.676 0.324
    7.030 0.318125
    En North alom, de North venom
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    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  3. #2
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    A la bonne heure! on va commencer gentiment mais je suis sûr que cela va marcher et attirer de nombreux aficionados. En tout cas ce sera le seul fil en français sur la question, avec intervention de gens de qualité, vocation interdisciplinaire et liberté de ton.
    Nul doute que la parution prochaine de l'article sur les BB ("Kossina's smile") viendra nourrir les discussions.
    Afin de placer ce fil sous l'égide d'un parrain prestigieux (l'anti Demoule), voici un texte fort bien fait sur la question, même si l'on est pas obligé d'adhérer à tous ses postulats:
    https://fr.scribd.com/document/39612...peens-d-europe

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  5. #3
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    Encore un autre texte de référence (mais dont il conviendrait d'avoir une mise à jour à la lumière des découvertes génétiques):
    http://alaindebenoist.s3.amazonaws.c...he_origine.pdf

    Sinon je recommande comme bouquin récent "Les Indo-Européens. Faits, débats, solutions" de Iaroslav Lebedynsky (ed Errance, 2014), bonne synthèse historico-archéologique avec une belle iconographie.
    Il y a aussi "Les Indo-Européens, histoire, langue, mythes" de Bernard Sergent. Le livre est paru chez Payot en 1995 mais je crois qu'il est épuisé.
    Et bien sur, dans le domaine de la linguistique et de la mythologie comparée, les incontournables de Dumézil, pour la plupart réédités chez Gallimard.

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  7. #4
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    REPRISE AVEC ADMIXTOOLS 5

    left pops:
    Yamnaya_Samara
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.404 0.596
    3.746 0.808489

    Même modèle, mais l'ajustement est bien meilleur qu'avec la version 4
    ************************************************** **
    left pops:
    Srubnaya
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.563 0.437
    6.592 0.472607
    std. errors: 0.104 0.104
    Les deux versions sont en désaccord. A suivre.

    ************************************************** **
    left pops:
    Poltavka
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.368 0.632
    1.834 0.968452
    La version 5 voit Poltavka plus Samara que la 4, et donne un ajustement presque optimal.
    ************************************************** **
    left pops:
    Potapovka
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.554 0.446 std. errors: 0.235 0.235
    9.093 0.246019

    Net désaccord entre les deux versions. A suivre 2.

    ************************************************** ***
    left pops:
    Yamnaya_Kalmykia.SG
    Satsurblia
    Samara_HG

    best coefficients: 0.613 0.387
    3.463 0.839136

    Compte tenu des erreurs standard, ce modèle est similaire à celui donné par la version 4 (avec un léger bonus pour Samara), avec un ajustement excellent.


    ************************************************** ***
    left pops:
    Vatya.SG
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.880 0.120
    std. errors: 0.224 0.224
    chisq tail prob
    16.582 0.0203018
    Autant dire que la V5 refuse de modéliser Vatya avec ces pops. A suivre 3.
    ************************************************** *****
    left pops:
    Sintashta_MBA_RISE.SG
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.626 0.374
    std. errors: 0.134 0.134

    chisq tail prob: 5.364 0.615603

    Moins bon ajustement qu'avec la V4, pour un modèle bien plus crédible.

    ************************************************** ****
    left pops:
    Andronovo.SG
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.533 0.467
    std. errors: 0.100 0.100

    chisq tail prob
    3.029 0.882268 : modèle plus équilibré, ajustement excellent.
    ************************************************** ******
    left pops:
    Afanasievo.SG
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.564 0.436
    std. errors: 0.116 0.116
    chisq tail prob
    5.093 0.648662 Pas mauvais du tout

    ************************************************** ******
    left pops:
    Corded_Ware_Estonia.SG
    Satsurblia
    Samara_HG
    best coefficients: 0.699 0.301
    std. errors: 0.162 0.162

    chisq tail prob
    3.170 0.868849
    Modèle plus équilibré© qu'avec V4, excellent ajustement.

    Bilan: la balance penche nettement en faveur de la dernière version d'admixtools. Reste une interrogation au sujet de Potapovka, et surtout le mystère de Vatya. I've seen that jean M read this thread. I would be happy if she had an idea about Vatya, in regard to the balance EHG/CHG.
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  9. #5
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  10. #6
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    I've seen that jean M read this thread. I would be happy if she had an idea about Vatya, in regard to the balance EHG/CHG.
    I am flattered that you think I understand this type of thing, but I'm afraid that I leave all the statistics relating to genome-wide comparisons to other people.

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  12. #7
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    Je ne comprends pas grand chose à ces etudes statistiques, mais il me semble que l'"outgroup" avait son importance (je ne sais pas laquelle) et là il n'y en pas ou pas donné.

    Si j'admets que certaines populations sont principalement issues d'un mélange EHG (samara-hg) CHG (satsurblia) comme
    Résultats de Anglesqueville avec ADMIXTOOLS 5
    Yamnaya-Samara 59.6% EHG (E like East) 40.4% CHG (C like Caucasian, HG like Hunter-Gatherer, chasseur-cueilleur en français)
    Yamaya-Kalmykia 61.3% EHG 38.7% CHG (dans la République autonome de Kalmoukie actuelle, mais pas de rapport avec les Kalmouks arrivés vers 1630de notre ère)
    Poltavka 63.2 EHG 36.8% CHG
    mais déjà moins avec Afanasievo certainement proche parent de Yamnaya-Samara mais probablement quelque peu métissé de Sibérien (plus d'ANE) et de centre-asiatique (plus de caucasien ?)dans son voyage vers la Sibérie Centrale sur le cours supérieur de l'Ienissei vers Krasnoiarsk et Minussinsk.
    Afanasievo 43.6% EHG 56.4 CHG

    et je n'admets pas ces 2 uniques composantes pour les populations après 2200 av JC , certainement une date charnière en Europe comme au Moyen-Orient et en Egypte, ceci pour Srubnaya, Vatya, Sintasha, Potapovska, Andronovo et CW-Estonie . Ils ont certainement eu des apports importants de WHG (Western and Central Europe) et de fermiers néolithiques du sud-est et du centre de l'Europe. Ils n'ont certainement pas les taux de CHG trouvés.

    Ajout : Je viens de m'apercevoir que mon désaccord est confirmé par des taux de chisq (plus bas chisq est, meilleur la répartition est)

    Poltavka 1.834 (96.84% d'exactitude)
    CW-Estonia 3.170 (86.88%) ??? je suis surpris mais les purs cordés seraient de récent immigrants de l'Ukraine (par la culture des Amphores Globulaires et des haches de bataille?).
    Andronovo 3.029 (apport nouveau de centre-asiatique/caucasien dans sa migration vers l'Asie centrale au 2e millenaire BC, ceci ne prouve pas une descendance directe de Yamnaya, l'hg-Y y est R1a-Z93)
    Yamaya_Kalmikia 3.463
    Yamaya-Samara 3.746 (80.85% d'exactitude)
    Afanasievo 5.095 (probablement dégradé par le métissage avec les paleo-siberiens à fort ANE)
    Sintasha 5.364
    Srubnaya 6.592 (47.26% exactitude) ce qui montre la substitution de population dans le sud de la Russie par les population ayant survécues au nord sur la moyenne Volga, l'Oka et la Kama pendant le choc climatique de 2200 av JC (longues sécheresses), c'est aussi marqué par la substitution du principal hg R1b-Z2103 yamnaya par R1a-Z93.
    Potapovska 9.093 (24.6%) substitution identique de population sur la Volga vers Samara
    Vatya 16.582 (2.03%) Vatya culture est en Hongrie et Serbie au 2me millénaire, la part néolithique reste encore très importante et il n'y a pas encore de composante caucasienne. Ne diminuera que par des invasions plus tardives illyriennes (?), cimmériennes, scythes, celtiques, germanico/sarmates, hunniques, slaves. avars, magyars, etc ...
    Last edited by palamede; 03-18-2017 at 01:23 PM. Reason: Ajout de commentaires sur chisq

  13. The Following 2 Users Say Thank You to palamede For This Useful Post:

     Camulogène Rix (03-18-2017),  Power77 (03-18-2017)

  14. #8
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    Bien sûr qu'il y a des outgroups:

    rightpops:
    Ust_Ishim.DG
    Kostenki14_UP.SG
    MA1.SG
    Mota
    GoyetQ116-1
    Vestonice16
    AfontovaGora2
    Villabruna
    Levant_N

    Maintenant si tu as des suggestions de modèles à vérifier, voilà le matériel. Pitié: pas plus de 5 left pops, la première étant exprimée en fonction des suivantes:

     

    I0235 F Srubnaya
    I0234 F Srubnaya
    I0421 F Srubnaya_1d_rel_I0430
    I0431 F Srubnaya
    I0430 M Srubnaya
    I0424 M Srubnaya
    I0354 F Srubnaya_Outlier
    I0371 M Poltavka
    I0126 M Poltavka
    I0440 M Poltavka
    I0432 M Poltavka_outlier
    I0418 F Potapovka
    I0419 M Potapovka
    I0246 M Potapovka
    I0434 M Samara_Eneolithic
    I0433 M Samara_Eneolithic
    I0122 M Samara_Eneolithic
    I0124 M Samara_HG
    I0232 M Srubnaya
    I0360 M Srubnaya
    I0358 F Srubnaya
    I0361 M Srubnaya
    I0359 F Srubnaya
    I0231 M Yamnaya_Samara
    I0370 M Yamnaya_Samara
    I0441 F Yamnaya_Samara
    I0444 M Yamnaya_Samara
    I0439 M Yamnaya_Samara
    I0357 F Yamnaya_Samara
    I0429 M Yamnaya_Samara
    I0438 M Yamnaya_Samara
    I1282 M Iberia_Chalcolithic
    I1302 M Iberia_Chalcolithic_1d_rel_I1314
    I1276 F Iberia_Chalcolithic
    I1284 M Iberia_Chalcolithic
    I1274 M Iberia_Chalcolithic_1d_rel_I1277
    I1280 F Iberia_Chalcolithic
    I1314 M Iberia_Chalcolithic
    I1277 M Iberia_Chalcolithic
    I1272 F Iberia_Chalcolithic
    I1281 F Iberia_Chalcolithic
    I1300 F Iberia_Chalcolithic
    I0585 M Iberia_Mesolithic
    I0807 M Baalberge_MN
    I0559 M Baalberge_MN
    I0560 F Baalberge_MN
    I1546 F Bell_Beaker_Germany
    I0806 M Bell_Beaker_Germany
    I0805 M Bell_Beaker_Germany
    I0113 F Bell_Beaker_Germany
    I0112 F Bell_Beaker_Germany
    I1530 M Bell_Beaker_Germany_1d_rel_I0111
    I0060 F Bell_Beaker_Germany
    I0111 F Bell_Beaker_Germany
    I0108 F Bell_Beaker_Germany
    I0171 F BenzigerodeHeimburg_LN
    I0059 F BenzigerodeHeimburg_LN
    I1542 M Corded_Ware_Germany
    I1536 M Corded_Ware_Germany
    I1544 M Corded_Ware_Germany
    I1538 M Corded_Ware_Germany
    I1539 F Corded_Ware_Germany
    I1534 M Corded_Ware_Germany
    I0106 F Corded_Ware_Germany
    I1540 M Corded_Ware_Germany
    I1541 M Corded_Ware_Germany_1d_rel_I1538+I1540
    I1532 M Corded_Ware_Germany
    I0049 F Corded_Ware_Germany
    I0099 M Halberstadt_LBA
    I0211 M Karelia_HG
    I0061 M Karelia_HG
    I0550 F Karsdorf_LN
    I0821 M LBK_EN
    I0057 F LBK_EN
    I0048 M LBK_EN
    I0659 M LBK_EN
    I0046 F LBK_EN
    I0797 M LBK_EN
    I0795 M LBK_EN
    I0176 F LBKT_EN
    I0551 M Salzmuende_MN
    I0409 F Iberia_EN
    I0411 M Iberia_EN_1d_rel_I0410
    I0405 M Iberia_MN
    I0174 M Starcevo_EN
    I0115 F Unetice_EBA
    I0117 F Unetice_EBA
    I0804 M Unetice_EBA
    I0803 F Unetice_EBA
    I0047 F Unetice_EBA
    I0164 F Unetice_EBA
    I0114 M Unetice_EBA_1d_rel_I0117
    I0022 F LBK_EN
    I0026 F LBK_EN
    I0013 M Motala_HG
    I0011 F Motala_HG
    I0015 M Motala_HG
    I0012 M Motala_HG
    I0014 F Motala_HG
    I0017 M Motala_HG
    I1508 F Hungary_EN
    I1500 M Hungary_EN
    I1100 F Anatolia_Neolithic
    I1102 M Anatolia_Neolithic
    I1099 M Anatolia_Neolithic
    I1103 M Anatolia_Neolithic
    I1101 M Anatolia_Neolithic
    I1097 M Anatolia_Neolithic
    I0744 M Anatolia_Neolithic
    I1579 F Anatolia_Neolithic
    I1581 F Anatolia_Neolithic
    I1096 M Anatolia_Neolithic
    I1580 F Anatolia_Neolithic
    I1098 F Anatolia_Neolithic
    I1585 F Anatolia_Neolithic
    I0708 M Anatolia_Neolithic
    I0745 M Anatolia_Neolithic
    I0746 M Anatolia_Neolithic
    I1583 M Anatolia_Neolithic
    I0707 F Anatolia_Neolithic
    I0709 M Anatolia_Neolithic
    I0725 F Anatolia_Neolithic
    I0727 M Anatolia_Neolithic
    I0724 M Anatolia_Neolithic
    I0736 F Anatolia_Neolithic
    I1499 F Hungary_EN
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    I1496 M Hungary_EN
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    S_Mbuti-1 M Mbuti.DG
    S_Mbuti-2 F Mbuti.DG
    S_Mbuti-3 M Mbuti.DG
    Chimp M Chimp
    Href M hg19ref

    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  16. #9
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    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland Orkney
    A mon tour d'être surpris. Voilà un excellent modèle pour Vatya, avec un énorme taux d'EN et pas un poil de caucasien:

    left pops:
    Vatya.SG
    Samara_HG
    Hungary_EN
    WHG

    best coefficients: 0.136 0.697 0.167
    std. errors: 0.096 0.065 0.076
    chisq/tail prob 2.072/0.912933
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  18. #10
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    mtDNA
    H2a2a1

    Normandie Wallonia
    Pour la liste de gauche, proposition en plus de 1) Samara-EG et 2) Satsurblia

    3) un WHG : I9030 Villabruna ou Bichon ou Loschbour
    4) un ANE : I9050_damage pour AG3
    5) un vieux neolithique du sud de l'Europe ou Anatolia-Barcin d'avant 5000BC


    J'espère qu'il n'y a pas conflit car Samara-EG serait déjà un mélange de WHG et ANE. Ce qui m'intéresserait c'est la part WHG et ANE qui se surajoute à Samara-EG.
    Last edited by palamede; 03-18-2017 at 02:06 PM.

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