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Thread: Le Grenier indo-européen

  1. #1751
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    Ça a l'air super intéressant, mais il me manque des clefs de lecture (et je ne dois pas être le seul)
    A quoi correspond les left et right pop ?
    Comment comprendre/ lire les chiffres
    C'est quoi la tail_prob ?
    Merci ��

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  3. #1752
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    En écho au très enthousiasmant dernier post d'Eurogenes, J'ai tenté ed voir s'il était possible d'obtenir des modèles qpAdm des Beakers français comme combinaisons des Beakers néerlandais et d'une source néolithique tardive. Réponse: oui.
    Remarque: ma right liste ne coïncide pas exactement avec celle de David (il me manque 2 références), donc par exemple il n'est pas étonnant que le modèle que j'obtiens pour les Beakers_The_Netherlands ne soit pas identique au sien (mais dans la même veine)

    C'est une bonne idée que tu as eu de prendre Alsace no Steppe, c'est plus local que les Français du sud qui doivent être légèrement différents.
    My results from David Wesolowski's Ancestry Detective Service:

    West British (Britonic?) 42.3%
    Continental Northern and Eastern European 36.6%
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  4. #1753
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    Ça a l'air super intéressant, mais il me manque des clefs de lecture (et je ne dois pas être le seul)
    A quoi correspond les left et right pop ?
    Comment comprendre/ lire les chiffres
    C'est quoi la tail_prob ?
    Merci ��
    d) Le programme qpAdm

    Le programme qpAdm fut introduit par Nick Patterson en 2016 sur la base d'une idée de I. Lazaridis (in Genomic insights into the origin of farming in the ancient Near East ). Étant données une liste de populations (L1, L2, L3, ...) dite «*liste de gauche*» et une autre (R1, R2, R3, R4, ...) dite «*de droite*», qpAdm calcule toute les statistiques f4 de la forme f4( Li, Lj, L1,Rk), et en déduit un modèle exprimant L1 en fonction des autres populations de la liste de gauche. (détails dans la notice pdoc,pdf écrite par Nick Patterson pour le package admixtools5, in: https://github.com/DReichLab/AdmixTools ).

    Exemple:
    Avec la base de données de I. Lazaridis (disponible sur https://reich.hms.harvard.edu/datasets)
    Liste de gauche*:
    Yamnaya_Samara
    Satsurblia
    Samara_HG

    Liste de droite:
    Ust_Ishim.DG
    Kostenki14_UP.SG
    MA1.SG
    Mota
    GoyetQ116-1
    Vestonice16
    AfontovaGora2
    Villabruna
    Levant_N
    Best coefficients*: 0.404 0.596 (à 0.03 près)
    Chi2: 3.746 tail_prob: 0.808489

    On peut traduire ces résultats de la manière suivante:
    Yamnaya_Samara = Satsurblia 40,4% + Samara_HG 59,6%
    Chi2 et tail_prob peuvent être compris comme des indicateurs d'ajustement du modèle obtenu avec la réalité: on espère un chi2 minimal et une tail_prob la plus proche possible de 1. Les valeurs de tail_prob entre 0,5 et 1 sont acceptables (mais certains auteurs retiennent des modèles avec des valeurs de l'ordre de 0,2). Notre modèle, avec tail_prob = 0,8 est excellent. Yamnaya_Samara étant un échantillon d'individus de la culture Yamnaya, Satsurblia un des deux exemplaires de chasseurs-cueilleurs caucasiens, et Samara_HG un chasseur-cueilleur de la région de la rivière Samara, un tel modèle est tout sauf formel, et est au contraire lourd de sens dans le contexte de l'âge du bronze de la région ponto-caspienne (voir 3. c: Le creuset des steppes)
    Quant à la manière d'interpréter les p-values dans la liste des modèles obtenus, il y a eu naguères des polémiques amusantes. Disons que la p-value attribuée à un modèle alternatif donne une indication sur le risque que l'on fasse erreur en choisissant ce modèle alternatif au détriment du modèle principal. Plus la p-value est grande, plus ce risque est petit, et on considère en général que les modèles alternatifs de p-value<0.05 sont rejetés. Ainsi dans l'analyse de I1381:

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 10 5.958 0 1.010 -0.010 infeasible
    01 1 11 6.009 0.872731 1.000 -0.000
    10 1 11 435.632 0 0.000 1.000
    best pat: 00 0 - -
    best pat: 01 0.872731 chi(nested): 0.051 p-value for nested model: 0.820613

    Le modèle principal, où les deux références sont utilisées, n'est pas viable (infeasible), mais un des modèles alternatifs ( le 01, qui ne garde que Beakers_NL) a une p-value énorme (0.82), et peut donc sans risque être choisi.
    En North alom, de North venom
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  6. #1754
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    Excellent merci beaucoup !

  7. #1755
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    Fabrice: pas de quoi. Il faut un peu de bouteille et pas mal de pragmatisme pour interpréter les indicateurs d'ajustement. En particulier la tail_prob. Lors de mes débuts, sans doute à cause de vagues souvenirs de théorie des modèles statistiques ( vagues, ce n'est vraiment pas ma tasse de thé), j'étais trop dogmatique et brutal, et rejetais sans examen tout modèle de tail_prob<0.5. C'est en lisant les textes eux-mêmes, et en particulier l'exemple donné par Patterson lui-même dans le pdf de présentation, que j'ai fini par admettre qu'il fallait prendre ces choses avec plus de tact. De toute manière, qpAdm, pas plus qu'aucun autre programme, ne donne de PREUVES, mais seulement des modèles. Mais le fait qu'il soit possible de donner un modèle, ou qu'à l'inverse tous les modèles soient rejetés, est néanmoins un signe fort.
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  9. #1756
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    Quand on regarde les résultats, même si la tail_prob varie le pourcentage lui reste souvent le même, il semble surtout varier en fonction de la population de droite avec plus ou moins de SNPs, c'est surtout là que la différence semble se faire.

    EDIT: Angles, je t'ai envoyé un message en privé comme quoi les français obtenaient plus de CWC Germany que moi, avec les qpAdms, ce qui n'etait pas le cas avec nMOnte. La raison un nombre trop faible de SNPs, en raison d'un mauvais choix avec la population de droite. En passant en gros de 100000 à 500000 SNPs, le problème s'est résolu et le pourcentage s'est inversé en devenant identique dans les deux cas.
    Last edited by Helgenes50; 01-22-2019 at 11:12 AM.
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  11. #1757
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Quand on regarde les résultats, même si la tail_prob varie le pourcentage lui reste souvent le même, il semble surtout varier en fonction de la population de droite avec plus ou moins de SNPs, c'est surtout là que la différence semble se faire.

    EDIT: Angles, je t'ai envoyé un message en privé comme quoi les français obtenaient plus de CWC Germany que moi, avec les qpAdms, ce qui n'etait pas le cas avec nMOnte. La raison un nombre trop faible de SNPs, en raison d'un mauvais choix avec la population de droite. En passant en gros de 100000 à 500000 SNPs, le problème s'est résolu et le pourcentage s'est inversé en devenant identique dans les deux cas.
    C'est souvent le cas, et la question de l'optimisation du nombre de SNPs par un bon choix de right pops est vraiment sensible. La right list utilisée par David dans les runs qpAdm de l'avant-dernier post semble vraiment optimale. Je ne l'ai retenue qu'imparfaitement, car je n'ai jamais pris la peine de merger les Iberomaurusians et les sud-américains (Nakatsuka) à mes datas, donc deux références me manquent.

    Note: je pars vers 15h et ne devrais refaire apparition que tard dans la soirée, ou même demain. Donc si je ne donne pas signe de vie durant cette période, ce n'est pas que je fais la gueule...
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  13. #1758
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    C'est souvent le cas, et la question de l'optimisation du nombre de SNPs par un bon choix de right pops est vraiment sensible. La right list utilisée par David dans les runs qpAdm de l'avant-dernier post semble vraiment optimale. Je ne l'ai retenue qu'imparfaitement, car je n'ai jamais pris la peine de merger les Iberomaurusians et les sud-américains (Nakatsuka) à mes datas, donc deux références me manquent.

    Note: je pars vers 15h et ne devrais refaire apparition que tard dans la soirée, ou même demain. Donc si je ne donne pas signe de vie durant cette période, ce n'est pas que je fais la gueule...
    Encore merci pour toute l'aide apportée, j'avais noté la date.
    Demain cela fera un an que je suis capable grâce à toi d'exécuter les programmes d'Admixtools
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  15. #1759
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    Italy 1861-1946 France-Ile-de-France Lorraine
    Presentation by Hannah Moots. No pictures, not allowed. Paper coming out in a couple of months, done with Pinhasi and Pritchard.
    134 genomes, spanning 12000s BP to Renaissance and enlightenment. 0.5-3.5X coverage.

    Vast majority of sampling sites concentrated in Rome and surrounds, lowlands of Latium around the Tiber River, up to Ostia, almost all restricted to Lazio. Some extend to Abruzzo, South Le Marche, none, or maybe one, in Tuscany, and on the South of Tuscany if that.

    Couple of samples from Sardinia.

    I'll give a PCA position and a ADMIXTURE description for each time period. Note that the ADMIXTURE only had Iranian, EEF, WHG, EHG and Levant_N, no CHG. Where Iran N appears, it may be a stand-in for CHG. There is something quite puzzling in the list below, mislabeling in the slides? But that doesn't explain it either.

    UPPER PALEOLITHIC
    All WHG

    NEOLITHIC
    Mostly EEF, some WHG. Some Iran_N, quite a significant quantity, as much as WHG. PCA position Between Sardinia and Maltese, east of Sardinia, closer to Sardinia than to Maltese. Very homogeneous.

    BRONZE AGE (EARLY)
    Overlaps modern-day Sardinia, Iran_N percentage declines, WHG and EEF increases
    (Note that this represents a Europeanisation of the gene pool!) Very homogeneous.

    IRON AGE TO REPUBLICAN PERIOD (700-20BC)
    Note: Separated from previous period by 1000 year gap.
    Fewer samples, of those that exist 60% overlap with North Italy, 40% overlap with South Italy and Sicily, centroid of overall cluster in central Italy but no samples occur there, very wide spread.
    EHG appears, Levant N Appears for the first time, sporadic and inhomogeneous distribution, Iran_N increases further.

    IMPERIAL PERIOD
    Dense cluster centroid between Greeks, Cypriots, South Italians/Sicilians, and Syrians, closest to Sicilians. Long tail stretching from central cluster to Syrians and Iraqi Jews. Couple of Northern-shifted samples overlapping N Italy, France, Spain.
    Iran_N increases further, Levant N again sporadic and inhomogeneous.

    LATE ANTIQUITY
    Tight cluster centroid in S Italy, in the same place as in the previous period. Southern tail to Middle East disappears. N Italian, Northern European and NW European outliers exist.

    AFTER
    Resemble modern central Italians.

    Lactase persistence alleles appear abruptly after 0 AD.

    Heterozygosity reaches modern level after Iron Age.

    No information given on uniparentals.
    Isotope information not available yet, no way apart from archaeological context to tell between migrants and locals.

    Represents a preliminary effort, more work coming later.

    Questions to Hannah:
    Why is Italian Neolithic different from all other European Neolithic??? Eastern shifted with Iranian ancestry since the beginning
    Ans: Dunno

    Do the movements of the different cluster centroids between each time period (N, S, S, N again) represent migratory fluxes within Italy and also from outside?
    Ans: Probably

    More sampling is needed, much more, populations much more inhomogeneous than in other archaeogenetic studies.
    Tout cela est bouleversant...En gros Rome fut la New-York de l'ère chrétienne.

    Je me demande toutefois comment on peut faire une étude sur l'histoire génétique de la plus grande civilisation occidentale sans analyser les marqueurs uniparentaux, sans se pencher sur le problème Etrusque et en faisant l'impasse sur toute la période du Bronze récent...

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  17. #1760
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    Quote Originally Posted by Camulogène Rix View Post
    Tout cela est bouleversant...En gros Rome fut la New-York de l'ère chrétienne.

    Je me demande toutefois comment on peut faire une étude sur l'histoire génétique de la plus grande civilisation occidentale sans analyser les marqueurs uniparentaux, sans se pencher sur le problème Etrusque et en faisant l'impasse sur toute la période du Bronze récent...
    D"autant plus d'accord que pour la Rome impériale, cela va enfoncer une porte ouverte et on apprendra rien de nouveau.
    https://fr.wikipedia.org/wiki/Juv%C3%A9nal

    Et quelques cas à Ostie ne nous donneront pas d'information sur la composition de la Rome impériale et ne fera que renforcer le clou sur l'immigration orientale alors que peut-être il faut relativiser les propos des auteurs antiques
    https://fr.wikipedia.org/wiki/Oronte
    Juvénal en fait un symbole de l'Orient dans une de ses Satires, qui dénonce les dérives du syncrétisme romain : in Tiberim defluxit Orontes, « L'Oronte s'est déversé dans le Tibre » (III, 62).

    Satire III : http://remacle.org/bloodwolf/satire/...l/satire3b.htm

    Par la marqueurs autosomaux, on ne peut apprendre quelque chose d'intéressant statistiquement sur quelques individus que dans une population qui a déjà commencé à s'homogénéiser, sinon ce ne sont que des cas particuliers dont il est même pas sur qu'ils nous donnent une idée exacte de la population d'Ostie. Il est aussi probable que dans le cimetière , il y avait des regroupements par ethnie et par religion, donc peu aisé d'en avoir une vue statistique correcte.
    Last edited by palamede; 02-08-2019 at 09:16 PM.

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