Page 2 of 175 FirstFirst 12341252102 ... LastLast
Results 11 to 20 of 1742

Thread: Le Grenier indo-européen

  1. #11
    Moderator
    Posts
    5,181
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland Orkney
    Quote Originally Posted by palamede View Post
    Pour la liste de gauche, proposition en plus de 1) Samara-EG et 2) Satsurblia

    3) un WHG : I9030 Villabruna ou Bichon ou Loschbour
    4) un ANE : I9050_damage pour AG3
    5) un vieux neolithique du sud de l'Europe ou Anatolia-Barcin d'avant 5000BC


    J'espère qu'il n'y a pas conflit car Samara-EG serait déjà un mélange de WHG et ANE. Ce qui m'intéresserait c'est la part WHG et ANE qui se surajoute à Samara-EG.
    Attention à ne pas confondre la logique des flux de gênes probabilisés, qui est celle de qpAdm, avec celle des similitudes statistiques, qui est celle des admixtures. Villabruna et AG3 sont bien trop lointains pour pouvoir servir de left pops ( d'ailleurs Villabruna et AG2 sont ici des outgroups). Pour tout cela, cf les textes de Patterson, et les multiples expériences faites sur Eurogenes. D'ailleurs sur son post du 10 mars ( premier essai de qpAdm version 5) David note: " the best statistical fits are clearly those with the spatiotemporally closest genomes". J'essaierai de glisser de l'EN, mais mon petit doigt me dit qu'il sera refusé pour les cultures du Nord-Est où jamais aucun EEF n'avait mis les pieds avant le Bronze ( le soi-disant néolithique du SE-Baltique/NO-Russie n'a rigoureusement rien à voir avec le néolithique de l'Europe centrale et occidentale). Plus tard ( j'ai un France-Galle dans quelques minutes... je soutiens évidemment les Gallois!)
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  2. The Following 3 Users Say Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     Camulogène Rix (03-18-2017),  ffoucart (03-19-2017),  Power77 (03-18-2017)

  3. #12
    Registered Users
    Posts
    896
    Sex
    Location
    France
    Ethnicity
    Franchouillard
    Y-DNA
    G2a2b2a1b1a2a1-S2808
    mtDNA
    H2a2a1

    Normandie Wallonia
    Quote Originally Posted by palamede View Post
    Pour la liste de gauche, proposition en plus de 1) Samara-EG et 2) Satsurblia

    3) un WHG : I9030 Villabruna ou Bichon ou Loschbour
    4) un ANE : I9050_damage pour AG3
    5) un vieux neolithique du sud de l'Europe ou Anatolia-Barcin d'avant 5000BC


    J'espère qu'il n'y a pas conflit car Samara-EG serait déjà un mélange de WHG et ANE. Ce qui m'intéresserait c'est la part WHG et ANE qui se surajoute à Samara-EG.
    Je m'aperçois que je n'avais pas compté dans les 5 la population à tester

    Donc on peut enlever ANE pour les populations d'Europe peu utiles et simplement le garder pour Afanasievo et Andronovo ou cela est utile et en contrepartie pour tester Afanasievo et Andronovo, enlever le vieux néolithique.

    Addito : je n'avais pas lu le post Anglesqueville de 03;41PM

    Pouvez quand mëme essayer AG pour Afanasievo et Andronovo ?

    Comme WHG si vous avez Letton- HG, cela serait plus direct et permettrait de voir la part venue de l'ouest qui est importante dans les dérivés de la culture de Fatanasievo comme Sintasha, Andronovo, Potapovska et Srubna . A mon avis , la composante nord-européenne est importante chez les Indo-Aryens initiaux (encore visibles dans Eurogénes K13 et K15) et elle est venue par l'intermédiaire de Fatanasievo :
    Sintashta material culture also shows the influence of the late Abashevo culture, derived from the Fatyanovo-Balanovo culture, a collection of Corded Ware settlements in the forest steppe zone north of the Sintashta region that were also predominantly pastoralist
    Last edited by palamede; 03-18-2017 at 03:09 PM.

  4. The Following 2 Users Say Thank You to palamede For This Useful Post:

     Camulogène Rix (03-18-2017),  Power77 (03-18-2017)

  5. #13
    Moderator
    Posts
    5,181
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland Orkney
    Si quelqu'un pouvait me trouver la banque de données où ont été déposés les ADNs analysés pour le papier de Jones ( "The neolithic transition in the Baltic etc ..."), je lui en serais reconnaissant. Essayer un AG comme left pop ? Je doute que cela marche, mais j'essaierai.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  6. #14
    Registered Users
    Posts
    1,216
    Sex
    Location
    France
    Ethnicity
    Britanny/Maine border
    Nationality
    French
    Y-DNA
    R-L21 (DF13*)
    mtDNA
    U4c1a

    France France Bretagne
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    A mon tour d'être surpris. Voilà un excellent modèle pour Vatya, avec un énorme taux d'EN et pas un poil de caucasien:

    left pops:
    Vatya.SG
    Samara_HG
    Hungary_EN
    WHG

    best coefficients: 0.136 0.697 0.167
    std. errors: 0.096 0.065 0.076
    chisq/tail prob 2.072/0.912933

    Je ne comprends pas grand chose à tes essais, mais oui Vatya n'a pas ou peu de CHG, comme Poltvaka Outlier et Potapovka, normalement.

    Cela montre que Yamnaya n'est pas homogène. Certains n'ont pratiquement pas été influencé par le Caucase..
    Y haplogroup: R1b: L21+ DF13+ (L1335- DF21- DF49- FGC11134- L513- Z251- Z253- CTS1751- CTS3386- DF41- FGC5496- L371- MC14- S1026- S1051- S16264- Z16500- Z16502- Z255-)
    For my autosomal analyses, see Hidden Content

  7. The Following 2 Users Say Thank You to Tolan For This Useful Post:

     anglesqueville (03-18-2017),  Power77 (03-19-2017)

  8. #15
    Moderator
    Posts
    5,181
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland Orkney
    left pops:
    Vatya.SG
    Satsurblia
    WHG
    Lengyel
    AfontovaGora2

    Best coeff: 0.008 0.289 0.703 0.000
    2.440 0.785472
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  9. The Following User Says Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     Power77 (03-19-2017)

  10. #16
    Registered Users
    Posts
    1,216
    Sex
    Location
    France
    Ethnicity
    Britanny/Maine border
    Nationality
    French
    Y-DNA
    R-L21 (DF13*)
    mtDNA
    U4c1a

    France France Bretagne
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    A mon tour d'être surpris. Voilà un excellent modèle pour Vatya, avec un énorme taux d'EN et pas un poil de caucasien:

    left pops:
    Vatya.SG
    Samara_HG
    Hungary_EN
    WHG

    best coefficients: 0.136 0.697 0.167
    std. errors: 0.096 0.065 0.076
    chisq/tail prob 2.072/0.912933
    J'ai passé Vatya dans mon calculateur aménagé K36 :
    http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/K36expe2.htm

    Il n'y a que 16% de néolithiques récents!

    Du paléolithique

    Europe:
    88

    Anatolie
    12

    Levant
    0

    Caucase + Zagros:
    0

    Asie:
    0

    Afrique:
    0
    _____________________

    Du néolithique

    Chasseurs-Cueilleurs d'Europe:
    83

    Fermiers Anatoliens et Européens:
    17
    dont Euro South-East:
    6
    et Anatolian:
    12

    Fermiers du Levant:
    0

    Fermiers du Caucase et des Monts Zagros:
    0

    Asie:
    0

    Afrique:
    0
    _____________________

    De l'âge des métaux

    Europe du NE: Correspond à une partie d'anciens chasseurs-cueilleurs essentiellement restés dans le Nord-Est de l'Europe.
    3

    Indo-européens et assimilés: Correspond en partie aux anciens chasseurs-cueilleurs d'Europe et du caucase, ayant migrés avec les expansions indo-européennes.
    80

    Fermiers Européens: Correspond aux agriculteurs Européens de la fin du Néolithique.
    16

    Anatolian/Caucasian du Chalcolithique: Correspond aux Anatoliens du Chalcolithique ou âge du cuivre.
    1

    Levant/Arabie: Correspond au Levant et péninsule Arabique à la fin du Néolithique.
    0


    Iran CHL: Correspond à l'Iran au chalcolithique.
    0


    Indian: Correspond au sous-continent Indien.
    0


    Asie:
    0


    Afrique:
    0
    Last edited by Tolan; 03-18-2017 at 06:47 PM.
    Y haplogroup: R1b: L21+ DF13+ (L1335- DF21- DF49- FGC11134- L513- Z251- Z253- CTS1751- CTS3386- DF41- FGC5496- L371- MC14- S1026- S1051- S16264- Z16500- Z16502- Z255-)
    For my autosomal analyses, see Hidden Content

  11. The Following 2 Users Say Thank You to Tolan For This Useful Post:

     kikkk (03-18-2017),  Power77 (03-19-2017)

  12. #17
    Registered Users
    Posts
    2,220
    Sex
    Location
    Paris
    Ethnicity
    Western European
    Y-DNA
    R1b-DF27>ZZ12>ZZ39
    mtDNA
    K1a4a1

    Italy 1861-1946 France-Ile-de-France Lorraine
    L’impact numérique des migrations d’origine IE sur les populations protohistoriques françaises reste un point d’interrogation majeur et l’on manque cruellement d’études génomiques ou même archéologiques sur le sujet, à la différence de nos voisins. Dans l’attente d’en savoir plus, voici en rapide résumé de l’histoire démographique de la France sur la période (source : « Histoire de la population française » (T1) de Jacques Dupâquier (1988)):

    -à la fin du Mésolithique, la population ne dépasse pas 25 000 hab. Puis des vagues de fermiers du Néolithique s’établissent sur notre territoire autour de 4 000 av JC, ce sont les cultures du Cardial (au sud) et du Rubané (au nord), ainsi que le Mégalithique sur la façade Atlantique. Vers 3 700 av JC la population de la France atteint environ 100 000 hab. Grâce à la puissante industrie du Chasséen (adoption de l’araire) et au défrichage des terres cultivables, la population passe à 1 000 000 hab en 2 700 av JC.
    -vers 2 000 av JC, introduits par le commerce maritime, les gobelets campaniforme (céramique de grande qualité) apparaissent, accompagnés d’objets en cuivre. L’essor démographique se poursuit et la population atteint alors 4 000 000 hab.
    -à partir du Bronze ancien, on observe un recul du peuplement issu du Néolithique, dans un contexte climatique de sécheresse constante qui fait péricliter les rendements céréaliers et l’élevage. C’est à ce moment qu’apparaissent les premiers IE (« Proto-Celtes »), qui apportent avec eux les épées de bronze, et enterrent leurs chefs dans de riches sépultures individuelles sous tumulus. Au Bronze moyen (1 800 – 1 250 av JC), l’archéologie témoigne d’un recul du peuplement, le Bassin parisien est quasi dépeuplé. La population de la France est retombée à 1 000 000 hab.
    -au Bronze final la pluviosité redevient normale, l’agriculture et l’élevage progressent et la population remonte à environ 4 000 000 hab. Puis le climat se détériore de nouveau et le paludisme d’étend. De plus, c’est le moment de la seconde vague d’invasions IE issue de la culture de Hallstatt, les Celtes, qui sont munis d’armes en fer beaucoup plus résistantes que le bronze et qui disposent d’escadrons de cavalerie. Vers 500 av JC, ne vit plus sur notre territoire qu’une population d’environ 2 500 000 hab.
    -enfin, à partir de la culture de La Tène, de très nombreuses tribus « gauloises » (Boïens, Belges, Helvètes, Gaëls etc) s’installent durablement sur notre sol et y font souche. Lorsque César envahit la Gaule en 52 av JC, on estime la population totale dans une fourchette entre 4 500 000 et 6 800 000 hab.

    Un esprit logique déduirait de ces divers mouvements de population que les souches mésolithiques et néolithiques originelles ont dû, au moins partiellement, être remplacées par celles issues de la Steppe, même si ces dernières s’étaient elle-même mélangées avec des peuples autochtones depuis leurs longues migrations depuis les bords de la Mer Noire.
    Le fait que le R1b représente aujourd'hui près de 60% des haplogroupes patrilinéaires de la population française native n’en n’est-il pas la meilleure preuve ?

  13. The Following 13 Users Say Thank You to Camulogène Rix For This Useful Post:

     Agamemnon (03-19-2017),  anglesqueville (03-19-2017),  E_M81_I3A (03-19-2017),  ffoucart (03-19-2017),  Helgenes50 (03-19-2017),  JMcB (12-19-2018),  kikkk (03-18-2017),  Massam (03-19-2017),  Power77 (03-19-2017),  Ravai (03-22-2017),  Ric (03-19-2017),  Titane (03-18-2017),  Tolan (03-19-2017)

  14. #18
    Registered Users
    Posts
    2,559
    Sex
    Location
    French Flanders
    Ethnicity
    Northwestern European
    Y-DNA
    R1b L21>DF13
    mtDNA
    K1

    France Belgium Flanders Wallonia Occitania France Bretagne
    Je relativiserai toutefois les estimations de populations qui me semblent exagérées. Il faut bien se rendre compte qu'il s'agit d'extrapolations basées sur des données fragmentaires.En fait, les fourchettes sont très larges avec d'importantes variations régionales.
    Je pense que c'est d'ailleurs l'un des problèmes dans les discussions entre archéologues et les paléogénéticiens: les premiers considèrent souvent que la taille des populations limite l'impact des migrations. Or, selon toute vraisemblance, on a affaire à des "poches" de populations séparées par des zones de faible peuplement. Il subsistait encore au Moyen Age de vastes étendues arborées, qui formaient d'ailleurs souvent les limites des "civitas" romaines.

    Alors, quand on lit les estimations, on arrive pour la Gaule à une population comprise entre 4 et 15 millions d'habitants à la conquête romaine. Vu la fourchette, cela donne une idée de l'incertitude. Et si on se place 2000 ans plus tôt, on a encore moins d'information, donc une incertitude encore plus grande.

    Pour ma part, je pense que la génétique donnera des indications sur la taille des populations, par un biais ou un autre.

    Et la taille respective des populations donnera probablement des indications assez claire sur le niveau de remplacement.

    En tout cas, une chose paraît assez probable désormais: la migration des Steppes a dû se produire de manière assez rapide. On n'est pas dans un processus de migration graduelle, mais plutôt de mouvements de groupes entiers vers l'Ouest, en plusieurs événements successifs.

  15. The Following 6 Users Say Thank You to ffoucart For This Useful Post:

     anglesqueville (03-19-2017),  Camulogène Rix (03-19-2017),  Helgenes50 (03-19-2017),  JMcB (12-19-2018),  Power77 (03-19-2017),  Titane (03-19-2017)

  16. #19
    Moderator
    Posts
    5,181
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland Orkney
    Suite.

    left pops:
    Corded_Ware_Germany
    Yamnaya_Samara
    WHG
    Lengyel

    best coefficients: 0.674 0.046 0.280
    12.033 0.061239 : modèle rejeté.

    left pops:
    Corded_Ware_Germany
    Samara_Eneolithic
    Samara_HG
    Europe_EN
    chisq tail prob coefficients
    5.536 0.594788 0.594 0.000 0.406
    médiocre

    left pops:
    Corded_Ware_Germany
    Yamnaya_Samara
    Samara_HG
    Lengyel

    best coefficients: 0.342 0.238 0.421
    4.070 0.667176
    acceptable

    ************************************************** ******
    left pops:
    Unetice_EBA.SG
    Yamnaya_Samara
    Lengyel
    WHG

    best coefficients: 0.583 0.310 0.107
    4.382 0.6251
    acceptable

    ************************************************** ******
    Bell_Beaker_Germany
    Yamnaya_Samara
    Lengyel
    WHG

    best coefficients: 0.475 0.429 0.096
    std. errors: 0.061 0.055 0.037
    5.249 0.512248
    juste passable
    ************************************************** ***
    left pops:
    Bell_Beaker_Germany
    Unetice_EBA.SG
    Lengyel
    WHG
    best coefficients: 0.809 0.185 0.006
    std. errors: 0.122 0.095 0.049
    3.596 0.731138
    Ajustement satisfaisant, et bien dans l'idée que je me fais des liens de parenté des Beakers centre-européens et d'Unetice.
    ************************************************** **
    left pops:
    Bell_Beaker_Czech.SG
    Unetice_EBA.SG
    Lengyel
    WHG
    3.501 0.835082 0.762 0.238 0.000
    Même remarque. Les Beakers tchèques semblent, si l'on prend ces résultats à la lettre, un poil plus mixés avec les agriculteurs que leurs cousins d'Allemagne.
    ************************************************** **

    Pour ceux qui ne connaissent pas encore qpAdm ( et qui devraient se réveiller, étant donnée l'importance que cet outil est en train de prendre dans toutes les études), j'extrais une page du petit texte de Patterson présent dans le pack Admixtools.

     

    Here is a sample parameter file.
    DIR: /home/np29/broaddata/bl14
    S1: honjp
    indivname: DIR/S1.ind
    snpname: DIR/S1.snp
    genotypename: DIR/S1.geno
    badsnpname: ./cpgmf
    popleft: pleftx
    popright: pright
    maxrank: 4
    ## not needed here
    The format of the parameter file is identical to that for qpWave . qpop1 is a
    file of populations 1/line, superpops also. We have
    pleftx:
    5
    CordedWareNeolithic
    WHG
    LBKNeolithic
    YamnayaEBA
    while the right population list was the same as pright described in the section
    on parameters of qpWave .
    BY convention the first population of the left list is the target. So here we are
    examining CordedWareNeolithic as a mixture of the other three populations.
    Extracts from the output: We begin by testing using qpWave methodology
    whether a rank 2 matrix can be accepted. Here we get a p-value of 0.07 and
    proceed.
    f4rank: 2 dof: 4 chisq: 8.647 tail: 0.0705644793
    dofdiff: 6 chisqdiff: -8.647 taildiff: 1
    f4rank: 3 dof: 0 chisq: 0.000 tail: i 1
    dofdiff: 4 chisqdiff: 8.647 taildiff: 0.0705644793
    Next we give the mixture coefficients and standard errors, which are typically
    far from independent. Then an error covariance matrix, computed with the
    block jackknife.
    best coefficients: 0.322 0.053 0.625
    std. errors: 0.177 0.114 0.099
    error covariance (* 1000000)
    31255 -17297 -13957
    -17297 13044 4253
    -13957 4253 9704
    We finally give an ‘all subsets analysis’ where the coefficient under a ’1’ is forced
    zero.
    fixed pat dof chisq tail prob
    000 0 4 5.833 0.211948 0.322 0.053 0.625
    001 1 5 30.207 0 1.365 -0.365 0.000 infeasible
    010 1 5 6.101 0.296519 0.386 0.000 0.614
    100 1 5 9.903 0.078038 0.000 0.226 0.774
    011 2 6 37.560 1.36904e-06 1.000 -0.000 0.000
    101 2 6 158.115 0 0.000 1.000 0.000
    110 2 6 22.327 0.00105618 0.000 -0.000 1.000
    Here we see that, at least in this analysis there are reasonable models with Cord-
    edWareNeolithic is a mix of either WHG or LBKNeolithic and YamnayaEBA.
    6
    This is unsurprising, given the standard errors above. The point of this note is
    not to give a serious phylogenetic analysis but the results here certainly support
    a major Steppe contribution to the Corded Ware population, which is entirely
    concordant with the archaeology [?].

    <remarque: vous voyez que Patterson consiède comme acceptables des modèles avec une tail_prob <0.3 .Il est ici beaucoup moins exigeant que David, la plupart du temps. Pour ma part, sauf exception, je ne retiendrai que des modèles avec tail_prob >0.5 >


    Last edited by anglesqueville; 03-19-2017 at 02:49 PM.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  17. The Following 4 Users Say Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     Camulogène Rix (03-19-2017),  Helgenes50 (03-19-2017),  palamede (03-19-2017),  Power77 (03-19-2017)

  18. #20
    Registered Users
    Posts
    2,220
    Sex
    Location
    Paris
    Ethnicity
    Western European
    Y-DNA
    R1b-DF27>ZZ12>ZZ39
    mtDNA
    K1a4a1

    Italy 1861-1946 France-Ile-de-France Lorraine
    Quote Originally Posted by ffoucart View Post
    Je relativiserai toutefois les estimations de populations qui me semblent exagérées. Il faut bien se rendre compte qu'il s'agit d'extrapolations basées sur des données fragmentaires.En fait, les fourchettes sont très larges avec d'importantes variations régionales.
    Je pense que c'est d'ailleurs l'un des problèmes dans les discussions entre archéologues et les paléogénéticiens: les premiers considèrent souvent que la taille des populations limite l'impact des migrations. Or, selon toute vraisemblance, on a affaire à des "poches" de populations séparées par des zones de faible peuplement. Il subsistait encore au Moyen Age de vastes étendues arborées, qui formaient d'ailleurs souvent les limites des "civitas" romaines.

    Alors, quand on lit les estimations, on arrive pour la Gaule à une population comprise entre 4 et 15 millions d'habitants à la conquête romaine. Vu la fourchette, cela donne une idée de l'incertitude. Et si on se place 2000 ans plus tôt, on a encore moins d'information, donc une incertitude encore plus grande.
    En tout cas, une chose paraît assez probable désormais: la migration des Steppes a dû se produire de manière assez rapide. On n'est pas dans un processus de migration graduelle, mais plutôt de mouvements de groupes entiers vers l'Ouest, en plusieurs événements successifs.
    Camille Jullian estime les invasions/migrations gauloises à l'age du Fer à environ 500 000 têtes, dont 300 000 guerriers.
    A l'arrivée des troupes romaines, la densité de peuplement était en effet assez différente selon les poches: 12 hab/km2 dans la Narbonnaise, 9 chez les Arvernes et 4 en Armorique. Il y avait une particulière densité le long du Rhône et de la Loire.

  19. The Following 3 Users Say Thank You to Camulogène Rix For This Useful Post:

     Helgenes50 (03-19-2017),  JMcB (12-19-2018),  Power77 (03-19-2017)

Page 2 of 175 FirstFirst 12341252102 ... LastLast

Similar Threads

  1. INdo Iranian and Tocherian? DNA
    By Fire Haired in forum Other
    Replies: 20
    Last Post: 01-11-2017, 01:58 PM
  2. Indo European(ization)
    By Barellalee in forum I
    Replies: 29
    Last Post: 10-22-2015, 07:00 PM
  3. Indo-Iranian Archaeology
    By DMXX in forum Archaeology (Prehistory)
    Replies: 25
    Last Post: 04-23-2015, 12:58 AM
  4. Are Anatolians Indo European?
    By Anatolian Fighter in forum General Sociology/Ethnology
    Replies: 14
    Last Post: 06-18-2014, 10:18 PM
  5. Indo-European Language SPA Map
    By Humanist in forum Autosomal (auDNA)
    Replies: 6
    Last Post: 12-28-2013, 12:19 PM

Posting Permissions

  • You may not post new threads
  • You may not post replies
  • You may not post attachments
  • You may not edit your posts
  •