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Thread: Le Grenier des Néolithiques Européens

  1. #171
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    Quote Originally Posted by Piquerobi View Post
    Anybody who read Lazaridis ( I.Lazaridis et al. "The genetic structure of the world's first farmers" doi: 10.1038/nature19310) :

    We reject the hypothesis that the spread of agriculture in the Near East was achieved by the dispersal of a single farming population displacing the hunter-gatherers they encountered. Instead, the spread of ideas and farming technology moved faster than the spread of people, as we can determine from the fact that the population structure of the Near East was maintained throughout the transition to agriculture.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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     Piquerobi (04-12-2019)

  3. #172
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    Premier travail avec le chasseur-cueilleur anatolien qui est le coeur de l'étude https://www.nature.com/articles/s41467-019-09209-7 récemment parue, à laquelle Piquerobi faisait allusion. Je suppose que tous ceux parmi vous qui sont intéressés par le sujet de ce fil l'ont lue, mais je rappelle seulement l'essentiel: situé à Pınarbaşı, il est daté de 13,642–13,073 cal BCE, haplo Y C1a2, haplo Mt K2b. Et surtout:
    We find that the AHG is genetically distinct from other reported late Pleistocene populations. We reveal that Neolithic Anatolian populations derive a large fraction of their ancestry from the Epipaleolithic Anatolian population, suggesting that farming was adopted locally by the hunter-gatherers of central Anatolia.
    Il est labellé AHG (Anatolian Hunter Gatherer).
    Il est très difficile de travailler avec qpAdm sur des génomes très anciens (faute d'autres qui leur soient ancestraux). Donc vous comprendrez que ma right_list soit plutôt "rocknroll", et que les tail_probs soient seulement passables (mais pas scandaleuses). De plus il va falloir être encore plus attentif que d'habitude aux erreurs standards.

    1) Anatolia_N comme mixe de AHG et de Natufian

    left pops:
    Anatolia_N
    AHG
    Natufian

    right pops:
    Mota
    Ust_Ishim
    Kostenki14
    MA1
    WHG
    EHG
    CHG
    Iron_Gates_HG
    West_Siberia_N
    Villabruna
    Vestonice16
    Karitiana
    Mbuti
    Papuan


    numsnps used: 162926

    best coefficients: 0.829 0.171
    std. errors: 0.075 0.075

    chi2:17.859 tail_prob: 0.120031

    2) Europe_EN comme mixe de AHG, WHG et Natufian

    left pops:
    Europe_EN
    AHG
    WHG
    Natufian

    numsnps used: 152230

    best coefficients: 0.935 0.012 0.053
    Jackknife mean: 0.915669459 0.015924460 0.068406082
    std. errors: 0.131 0.034 0.106


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    000 0 10 11.608 0.312114 0.935 0.012 0.053
    001 1 11 11.832 0.37639 0.999 0.001 -0.000
    010 1 11 12.080 0.357693 0.969 0.000 0.031
    100 1 11 88.506 3.26998e-14 -0.000 0.180 0.820
    011 2 12 12.819 0.382353 1.000 0.000 -0.000
    101 2 12 1964.320 0 0.000 1.000 -0.000
    110 2 12 156.417 2.81729e-27 0.000 0.000 1.000
    best pat: 000 0.312114 - -
    best pat: 001 0.37639 chi(nested): 0.224 p-value for nested model: 0.636244
    best pat: 011 0.382353 chi(nested): 0.987 p-value for nested model: 0.320584

    Vous voyez que la fluctuation sur le coeff de Natufian et WHG rend ceux-ci virtuellement possiblement absents. D'ailleurs le modèle 001 a une p-value écrasante. Bref, nos primo-arrivants du Néolithique étaient virtuellement des AHG, ou des AHG purs à plus de 90%.

    3) Europe_MNChL comme mixe de AHG, WHG, et Natufian (où l'on s'attend à voir le peu de Natufian des précédents disparaître corps et bien).

    left pops:
    Europe_MNChL
    AHG
    WHG
    Natufian

    numsnps used: 157721

    best coefficients: 0.762 0.164 0.074
    Jackknife mean: 0.746069793 0.167694699 0.086235508
    std. errors: 0.117 0.029 0.095

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    000 0 10 13.246 0.210256 0.762 0.164 0.074
    001 1 11 13.861 0.240803 0.852 0.148 -0.000

    Même observation. Confirmons-la en virant les Natuf, pour comparer les ajustements:

    left pops:
    Europe_MNChL
    AHG
    WHG

    numsnps used: 300074

    best coefficients: 0.854 0.146
    Jackknife mean: 0.853906680 0.146093320
    std. errors: 0.020 0.020

    (vous voyez au passage que les erreurs standard sont petites, ce qui assure que l'overlapping entre AHG et WHG est relativement réduit).

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 11 13.237 0.278091 0.854 0.146

    Le gain en tail_prob est substantiel, d'autant plus que l'analyse a été faite sur le double de SNPs. Conclusion brutale, qui bien sûr demanderait sans doute à être affinée: dès le Néolithique moyen, l'influx des Natufians avait virtuellement disparu, usé par la dilution et la dérive génétique. Il va falloir s'habituer à voir ce AHG dans les analyses. Espérons que certains de ses copains/copines le rejoindront, avec peut-être de meilleures couvertures (celui-ci overlappe avec les bases de Harvard sur environ 700.000 SNPs)
    Last edited by anglesqueville; 04-22-2019 at 07:55 PM.
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     Camulogène Rix (04-22-2019),  etrusco (04-22-2019),  fabrice E (04-22-2019),  Helgenes50 (04-22-2019),  palamede (04-22-2019),  Piquerobi (04-22-2019),  Tomenable (05-05-2019)

  5. #173
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
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    I meant it in the sense that before DNA testing researchers were not sure the Neolithic revolution was accompanied by genetic replacement in such a large scale in Europe, much less that the ancestral component involved was so much deeply rooted in Ancient Anatolia.

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     anglesqueville (04-26-2019)

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