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Thread: Scott BA I3130 et York 03

  1. #1
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    Scott BA I3130 et York 03

    Petite exercice, travail complémentaire,défi pour ceux qui savent modélisé avec qpadm (je pense à Angle et Helgi)
    Pourriez-vous trouver des modèles pour nos personnages en titre le scottLBA 3130 et notre "romano-germain" york3 ?
    Ce sont des personnages essentiels (particulièrement le romain) dans mes modèles Armoricains, mais j'aile plus grand mal à trouver des hypothèses chronologiques satisfaisantes.

    Seul contrainte : au moins 3 tableaux : Neolithique pré-CW et BB, CW et BB et enfin age du bronze.

    Je voudrais voir si ça colle avec mes tableaux du G25.
    Pour résumé ce que je soupçonne pour eux. Les deux gars ont de très fortes affinités avec les Irlandais et les orcadiens modernes. Une forte affinité avec les néolithiques du sud de la France et brittanique, du CW plutôt "centre germanie" etdu Beaker plutôt rhénan (Sud/East french), une forte affinité avec le tcheque BA.

    Je soupçonne aussi de plus en plus york3 d'être un mixte entre un"dutch"et un sud england, ce qui pourrait expliquer certaines de ses singularités chimiques. Même s'il a des affinités avec les germains, lui et le Scott font quand même bien ancien îles britanniques nord et nord Est

    merci

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     Helgenes50 (04-22-2019),  JMcB (04-23-2019),  Ruderico (04-22-2019)

  3. #2
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    Petite exercice, travail complémentaire,défi pour ceux qui savent modélisé avec qpadm (je pense à Angle et Helgi)
    Pourriez-vous trouver des modèles pour nos personnages en titre le scottLBA 3130 et notre "romano-germain" york3 ?
    Ce sont des personnages essentiels (particulièrement le romain) dans mes modèles Armoricains, mais j'aile plus grand mal à trouver des hypothèses chronologiques satisfaisantes.

    Seul contrainte : au moins 3 tableaux : Neolithique pré-CW et BB, CW et BB et enfin age du bronze.

    Je voudrais voir si ça colle avec mes tableaux du G25.
    Pour résumé ce que je soupçonne pour eux. Les deux gars ont de très fortes affinités avec les Irlandais et les orcadiens modernes. Une forte affinité avec les néolithiques du sud de la France et brittanique, du CW plutôt "centre germanie" etdu Beaker plutôt rhénan (Sud/East french), une forte affinité avec le tcheque BA.

    Je soupçonne aussi de plus en plus york3 d'être un mixte entre un"dutch"et un sud england, ce qui pourrait expliquer certaines de ses singularités chimiques. Même s'il a des affinités avec les germains, lui et le Scott font quand même bien ancien îles britanniques nord et nord Est

    merci
    STP pourrais-tu donner les modèles G25 explicites que tu voudrais voir reproduire avec qpAdm?
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     Helgenes50 (04-22-2019)

  5. #3
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    Petite exercice, travail complémentaire,défi pour ceux qui savent modélisé avec qpadm (je pense à Angle et Helgi)
    Pourriez-vous trouver des modèles pour nos personnages en titre le scottLBA 3130 et notre "romano-germain" york3 ?
    Ce sont des personnages essentiels (particulièrement le romain) dans mes modèles Armoricains, mais j'aile plus grand mal à trouver des hypothèses chronologiques satisfaisantes.

    Seul contrainte : au moins 3 tableaux : Neolithique pré-CW et BB, CW et BB et enfin age du bronze.

    Je voudrais voir si ça colle avec mes tableaux du G25.
    Pour résumé ce que je soupçonne pour eux. Les deux gars ont de très fortes affinités avec les Irlandais et les orcadiens modernes. Une forte affinité avec les néolithiques du sud de la France et brittanique, du CW plutôt "centre germanie" etdu Beaker plutôt rhénan (Sud/East french), une forte affinité avec le tcheque BA.

    Je soupçonne aussi de plus en plus york3 d'être un mixte entre un"dutch"et un sud england, ce qui pourrait expliquer certaines de ses singularités chimiques. Même s'il a des affinités avec les germains, lui et le Scott font quand même bien ancien îles britanniques nord et nord Est

    merci
    Je vais regarder aussi de mon côté, j'ai du temps cet après midi. Mais en effet avec tes modèles cela gagnerait du temps
    My results from David Wesolowski's Ancestry Detective Service:

    West British (Britonic?) 42.3%
    Continental Northern and Eastern European 36.6%
    Central French 21.1%

  6. #4
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    En fait, je ne voulais pas trop influencer vos modèles et intuitions

    mais par exemple sur le neo ils me sortent :

    pop/scott/york

    yamana 56,2/56,4
    FR_MLN 33/30,2
    scott N 10, 8/0
    Eng N 0/13,4

    CW/BW
    pop/scott/york
    BB_S-FR 36,4/31,6
    CW Germany 29,2/37,6
    BB Czech 16,4/22,4
    BB_Nether 8,4/1,8
    BB_BAV 6/0
    FR_MLN 3,6/1,4
    ENG_N 0/5,2

    Bronze :
    pop/scott/york3
    Czech EBA 54/60,8
    Nether BA 20,8/0
    Iberia BA 14,8/15,2
    Wales CA 10,4/24

    De façon un peu hérétique, si je reprend le tableaux UU (urnfield/Unetice), ça donne :
    Pop/scott/York
    Wales CA 51/60,2
    Unetice 43/33,6
    Iberia BA 6/6,2

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     Helgenes50 (04-22-2019)

  8. #5
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Je vais regarder aussi de mon côté, j'ai du temps cet après midi. Mais en effet avec tes modèles cela gagnerait du temps
    Bon, alors je te laisse ce job. Mon PC est en train de convertir en EIGENSTRAT le plink obtenu en mergeant le HG anatolien avec ma base à 2036 individus. Ensuite je commencerai à bosser dessus (ce soir et demain). Pour info AHG overlappe avec la base sur environ 700.000 SNPs. Pas le Pérou, mais passable.
    Last edited by anglesqueville; 04-22-2019 at 12:08 PM.
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     Helgenes50 (04-22-2019)

  10. #6
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    En fait, je ne voulais pas trop influencer vos modèles et intuitions

    mais par exemple sur le neo ils me sortent :

    pop/scott/york

    yamana 56,2/56,4
    FR_MLN 33/30,2
    scott N 10, 8/0
    Eng N 0/13,4

    CW/BW
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    BB_S-FR 36,4/31,6
    CW Germany 29,2/37,6
    BB Czech 16,4/22,4
    BB_Nether 8,4/1,8
    BB_BAV 6/0
    FR_MLN 3,6/1,4
    ENG_N 0/5,2
    Quelques résultats uniquement pour Scotland I3130, pour York je n'arrive à rien pour l'instant
    ( J'ai mis en gras le chisq et la prob )
    < en reprenant ton modèle, infaisable >

    left pops:
    Scotland_I3130
    Steppe_EMBA
    France_MLN
    Scotland_N


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    000 0 11 10.772 0 0.523 -1.020 1.497 infeasible


    < avec seulement France_MLN, faisable mais un très mauvais ajustement >

    left pops:
    Scotland_I3130
    Steppe_EMBA
    France_MLN


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 12 20.395 0.0599728 0.536 0.464

    Avec les Cordés et les Beakers la probabilté n'a plus rien à voir


    left pops:
    Scotland_I3130
    CWC_Germany
    Scotland_N


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 12 9.266 0.680078 0.755 0.245

    < Il préfére les Neolitiques Ecossais >

    left pops:
    Scotland_I3130
    CWC_Germany
    France_MLN


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 12 12.204 0.429435 0.763 0.237

    left pops:
    Scotland_I3130
    Beaker_The_Netherlands
    France_MLN


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 12 10.255 0.593575 0.921 0.079
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     anglesqueville (04-22-2019),  Camulogène Rix (04-22-2019),  fabrice E (04-22-2019),  JMcB (04-23-2019),  palamede (04-22-2019)

  12. #7
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    Bon ben décidément, il va me falloir une explication de texte.
    J'ai encore vachement de mal à lire ces résultats

  13. The Following User Says Thank You to fabrice E For This Useful Post:

     JMcB (04-23-2019)

  14. #8
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    Juste pour vérif: c'est 6DRIF-3 que tu appelles York3?
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  15. #9
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    Bon ben décidément, il va me falloir une explication de texte.
    J'ai encore vachement de mal à lire ces résultats

    left pops:
    Scotland_I3130
    CWC_Germany
    Scotland_N


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 12 9.266 0.680078 0.755 0.245

    En rouge la tail_prob, en bleu les coeffs du modèle. Toutes les tail_prob entre 0.5 et 1 sont bonnes à excellentes. Les tail_prob entre 0.2 et 0.5 sont passables, autrement dit le modèle mérite qu'on le prenne en considération, mais demande à être amélioré. Ici les coefficients sont 0.755 et 0.245, c'est-à-dire que le modèle réalisé est: Scotland_I3130 = 0.755(CWC_Germany) + 0.245(Scotland_N)

    Voilà pour l'élémentaire. Ensuite d'autres données peuvent s'avérer précieuses, que Helgi n'a pas indiquées pour ne pas t'affoler: les erreurs-standard sur les coefficients (cruciales pour détecter un trop grand overlapping entre les populations de référence), le nombre de SNPs utilisé pour l'analyse (qui dépend des populations impliquées, y compris celles de la ...) liste des right pops (par rapport auxquelles les référence sont comparées par l'intermédiaire de formal stats), et enfin les modèles alternatifs et leurs valeurs-p. Pour tout cela il entre une part de compréhension théorique, et une part (importante) d'expérience pragmatique. Donc, pour tout cela, continue à interroger dès que l'occasion se présente.
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     Helgenes50 (04-23-2019),  JMcB (04-23-2019)

  17. #10
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    ok, merci
    je vais m’entraîner à lire les résultats qui traînent ici où là pour voir si j'arrive à lire de façon "fluide"
    Question sur le right pop : quels sont les grands principes pour construire une liste ?

  18. The Following User Says Thank You to fabrice E For This Useful Post:

     JMcB (04-23-2019)

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