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Thread: Un vieux ADNmt poitevin à la grotte des Cottes

  1. #1
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    Un vieux ADNmt poitevin à la grotte des Cottes

    Signalé par Jean Lohizun dans les nouveautés "ancients DNA"

    Quote Originally Posted by jeanL View Post
    From the The American Society of Human Genetics (ASHG) annual meetings Abstracts:
    Patterns of ancient DNA preservation in a Palaeolithic human tooth from Les Cottéscave, France
    Mateja Hajdinjak 1,Marie Soressi 2,Jean-Jacques Hublin 3,Matthias Meyer1

    [...]

    After restricting the analyses to putatively deaminated DNA fragments, we were able to reconstruct 97% of the mitochondrial genome of the specimen. Interestingly, the reconstructed genome falls within the variation of modern humans and basal to the haplogroup R, a macrohaplogroup that includes Ust’-Ishim, Fumane 2 and other pre-agricultural Europeans. Furthermore, using 10 securely dated ancient modern humans as calibration, we estimated the tooth to be 46,060 years old,albeit with wide confidence intervals (95%HPD:31,098 to 62,221yearsBP).
    Si l'haplogroup mt est R , c'est un adn d'homme moderne. La plupart des ADNmt français sont dans le macrohaplogroupe R qui s'oppose aux macrohgs L0-6(xL3), L3(xM,N) , M et N(xR). il y a Rx, HVx, H, V, U,K, J, T, ce qui fait plus de 90% (si ce n'est plus de 95% des Hgs français et européens. X, I, W sont dans N(xR).

    ils donnent une date moyenne de 46000BP qui correspondrait au Castelperronien généralement attribué à Néandertal, parfois considéré comme non seulement influencé culturellement, mas aussi hybridé avec l'homme moderne. Les dates les plus anciennes nous mettent dans le Moustérien considéré comme une culture purement Néandertal en Europe et les plus récentes à l'Aurignacien considérés comme purement homme moderne.
    Parfois les dents de Néandertal et de l'homme moderne peuvent se distinguer, mais ici il n'y a pas de précision donnée. Non plus n'est pas précisée la couche où a été trouvée la dent.

    J'ai retrouvé un vieil article de François Lévêque datant d'octobre 88:
    "Très connue, la grotte des Cottès qui s'ouvre à l'est sur le flanc d'une falaise située sur la rive gauche de la Gartempe, a fourni une stratigraphie d'un grand intérêt. Les premières fouilles qui y ont été effectuées vers 1880 par R. de Rochebrune et seront décrites par l'abbé H. Breuil en 1906 intéressent l'intérieur de la grotte puis le voisinage immédiat du porche. De nouvelles recherches sont entreprises à partir de 1957 par L. Pradel à l'entrée de la grotte et sur la terrasse en avant de celle-ci et permettent d'établir la stratigraphie du gisement qui comprend successivement à partir du haut, un mince niveau de Paléolithique supérieur, peut-être gravettien, de l'Aurignacien ancien, un niveau de Castelperronien et enfin du Moustérien, chacune des couches archéologiques étaient séparées de la suivante par un niveau stérile. L'industrie castelperronienne (niveau G) comprend des pointes à dos relativement redressées, constituant parfois un intermédiaire morphologique entre pointes de châtelperron à dos courbe et pointes de la Gravette à dos rectiligne et parfois appelées pointes de Cottès, des burins en nombre assez élevé, parfois de beaux grattoirs. Il semble que l'on soit ici en présence d'un Castelperronien évolué. De nouveaux sondages réalisés à partir de 1974 ont permis de confirmer cette stratigraphie, et de mettre en évidence dans la couche H sous-jacente à ce niveau castelperronien une amélioration climatique nette, dont témoignent les spectres polliniques mis en évidence par B. Bastin, amélioration climatique connue désormais sous le nom d'interstade des Cottés qu'on peut synchroniser avc l'interstade würm II-III."
    Last edited by palamede; 10-16-2018 at 12:34 PM.

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     Camulogène Rix (10-16-2018),  E_M81_I3A (10-16-2018),  JMcB (01-01-2019),  Vrump (10-16-2018)

  3. #2
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    https://fr.wikipedia.org/wiki/Grotte...e-Maill%C3%A9)

    En 2006, Marie Soressi entreprend de nouvelles fouilles7.

    Vestiges humains
    En 1881, les couches récentes livrent un squelette d’Homme moderne, en position fœtale. Perdu à la fin des années 1960, Marie Soressi retrouve ce squelette dans les années 2000.


    Marie Soressi est dans les auteurs du papier.
    Last edited by palamede; 10-16-2018 at 01:06 PM.

  4. #3
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    Je n'ai pas encore retrouvé le papier cité par JeanL disant que le squelette des Cottés avait un adn mitochondrial de l'homme moderne hg R.
    Jusqu'ici j'ai vu deux articles du printemps dernier disant qu'il était entièrement Néandertal sans hybridation trouvée avec l'homme moderne.

    https://www.seeker.com/archaeology/a...omplex-history
    The remains, representing both male and female Neanderthals, came from the Goyet Caves of Belgium, Spy Cave in Belgium, Les Cottés Cave in France, Vindija Cave in Croatia, and Mezmaiskaya Cave in the Russian Caucasus.

    .........
    One of the most surprising findings from the new study is that the genome for one of the two early-modern humans that was analyzed "had large amounts of Neanderthal ancestry, suggesting quite recent Neanderthal admixture happening in Europe," Kelso said. "But we do not detect any indication of a recent gene flow from modern humans in the five late Neanderthals analyzed in this study."

    It is possible that Neanderthal DNA affected anatomically modern humans more than the other way around. Future research could help to solve that puzzle.


    https://www.universiteitleiden.nl/en...site-sequenced

    Ajout : http://secher.bernard.free.fr/blog/i...C3%A9andertals
    Last edited by palamede; 10-17-2018 at 09:30 AM. Reason: Ajout

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     Camulogène Rix (10-18-2018)

  6. #4
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    Thumbs up

    Dans Archeologia de janvier 2018, un article d'une demi-page commence par

    L'équipe de Svante Pääbo à 'institut Max Planck pour l'anthropologie évolutive à Leipzig, change en profondeur notre idée de l'évolution humaine. .....

    Il se termine par :

    Par ailleurs les comparaisons des versions différentes de gènes (ou allèles) entre la Néandertalienne de Vindija (Croatie), une Néandertalienne de Denisova (Altaï, 122.000 ans), un Néandertalien de Metzmaïskaya (Caucase, environ 70.000 ans) et l'homme de Denisova (72.000ans) ainsi qu'avec des populations africaines ont montré diverses dates de divergence. L'information principale étant que ces Néandertaliens présentent la même distance génétique avec les Africains (descendants d'Homo Sapiens non métissés), ce qui sous-entend que le métissage serait intervenu avant que les populations néandertaliennes de Croatie et de l'AltaÏ n'aient divergé, événement qui se serait produit entre 145.000 et 130.000 ans. Voila dans le temps le métissage estimé auparavant autour de 100.000 ans. On voit donc que l'histoire du peuplement de l'Europe se complexifie de plus en plus, la population néandertalienne n'étant pas un groupe homogène.
    Jacques Daniel


    Il faut rester prudent avec les datations génétiques qui ont encore des bases incertaines . Ici, cela privilégierait une datation très longue , au moins 2 fois plus longue que le fameux "consensus général"

    Quand je prends une hypothèse hardie (et peu acceptée) qu'il faudrait mutiplier les dates Yfull par 1.75 pour approcher les dates vraies
    La date de formation de haplogroupe-Y CT, donc de séparation de BT en B paléoafricain et CT (eurasien et néoafricain) est pour YFull 88.000ans . 1.75 donne 154000 ans, 24000 ans avant l'interglaciaire Eemien (130-122.000 ans qui correspond certainement à l'"Out of Africa", peut-être pas le tout premier, mais celui fécond des ancêtres de Eurasiens 154.000 doit plus ou moins correspondre au début de ce que les archéologues, spécialistes de ces époques, appellent la culture nubienne qui migra vers l'Arabie.

    La divergence de CT en CF et DE est pour YFull 68500 . 1.75 donne 120.000 ans fin de l'interglaciaire Eemien qui correspond peut-être à une séparation due la reprise du froid et de la sécheresse.

    D eurasien et E néo-africain se séparent pour Yfull 65200 . 1.75 donne 114.000 ans période qui doit précéder le retour en Afrique de E et du hg mt L3(xM,N).

    Les Eurasiens C et F se séparent pour Yfull 65900 . 1.75 donne 115.000 ans . Il est probable que C et D (avec l'hg mt M) précèdent F (et le mt N) vers la Péninsule Indienne et l'Extrême Orient , mais cela ne semble pas s'être fait immédiatement, et il y aurait eu une stase en Palestine (hommes de Kafzeh), au Yemen/Asir/Dhofar et sur le Golfe Persique, avant de franchir les plateaux et côtes désertiques de l'Iran. Il peut y avoir eu des isolés qui sont passés avant les branches survivantes, ceci avant 90.000 ans et s'y sont mêlés aux races archaïques et ont disparu avec.

    Le TMRCA de C qui indiquerait le début de sa dispersion dans le sud et l'est de l'Asie est pour Yfull 48.300 . 1.75 donne 84.500 ans, ce qui correspond au début de l'Odderade (85-75000BP), forte période interstadiaire de réchauffement et d'humidité qui aurait rendu plus aisément franchissable le plateau iranien pour des populations primitives d'origine tropicale.
    Le TMRCA de D qui indiquerait le début de sa dispersion dans l'est de l'Asie est pour Yfull 46.400 . 1.75 donne 81.200 ans dans l'Odderade.
    Le TMRCA de E qui indiquerait le début de sa dispersion en Afrique est pour Yfull 48.300 . 1.75 donne 92.000 ans, donc retour en Afrique entre 114 et 92.000 ans.

    Le TMRCA de F qui indiquerait le début de sa dispersion est pour Yfull 48.800 . 1.75 donne 85.400 ans, le TMRCA de GHIJK et celui de HIJK 48500 (84900), celui de G bien plus tardif 26200 (45900 au dela du 1er pléniglaciaire), mais toujours dans l'Odderade sont ceux de H 46500 (81400), IJK 47200 (82600), de IJ 42900 (75100), de K et K2 45400 (79500),de K2b, K2b1 et S 44300 (77500). Peu après, LT 42600 (74600), K-M2335 41500 (72500), naissance de N et O, dont les TMRCAs N 22100 (38700) et O 30900 (54100) sont après la fin du pléniglaciaire .

    Il semble qu'avec la formation de branches à l'Odderade (85-75000) assez solides pour résister au premier pléniglaciaire (75-60.000 avec l'explosion du volcan Toba à Sumatra ), la formation de branches ralentit sérieusement au premier pléniglaciaire pour reprendre à la période suivante de 60000BP à 30000BP entre les deux pléniglaciaires.
    Wiki The Toba eruption (the Toba event) occurred at what is now Lake Toba about 75,000±900 years ago.[10] It was the last in a series of at least four caldera-forming eruptions at this location, with earlier calderas having formed around 788,000±2,200 years ago.[11] This last eruption had an estimated VEI=8, making it the largest-known explosive volcanic eruption within the last 25 million years.

    De nombreuses estimations de TMRCA des branches et sous-branches faites par Yfull et d'autres sont trop faibles pour être réalistes, dues à une valeur trop élevée des taux moyens de mutations. En plus on surestime gravement les possibilités d'expansion démographiques des populations préhistoriques même avec des conditions favorables (une certaine immunité contre des épidémies qui déciment les populations voisines, alimentation favorable, polygamie avec les femmes des populations dominées, ...).

    Le TMRCA de I est 27500 (48100) , celui de I1 4600 (8050 avec le néolithique initial), I2 21800 (38150), il semble que I2 soit le porteur de la culture gravettienne (33-22000) venue de Russie (I serait passé en Russie du Moyen-Orient par le Caucase)
    wiki The oldest I-M170 found is that of an individual known as Krems WA3 (lower Austria), dating from circa 33,000-24,000 BP. .....
    In 2016, the 31,210–34,580-year-old remains of a hunter-gatherer from Paglicci Cave, Apulia, Italy were found to carry I-M170.


    P né probablement en Indonésie vers 44300(77500) a un TMRCA de 31900(55800). Comme I et d'autres haplogroupes, on voit une stase sans développement de branches survivantes pendant le premier pléniglaciaire du début vers 75000BP (correspondant plus ou moins à l'explosion du Toba et ses conséquences climatiques) et la rémission vers 60.000BP. On peut penser qu'avec le premier pléniglaciaire si l'homo sapiens sapiens ne put survivre aux hautes latitudes, il commença son adaptation au froid dans des latitudes moyennes avec peut-être l'introgression de gènes favorables à la résistence au froid (et à l'altitude pour les Tibétains) des races archaïques. (Néandertal, Denisova, ..).

    Q a un TMRCA 28700 (50200), probablement né à des latitudes assez élevées de l'Asie, passa en Amérique après le TMRCA de Q-L54 16000 (28000), les sites abondent en technologies américaines évoluées entre 28000 et 16000BP. Les sites datant de plus de 27500BP plus paléolithique moyen sont probablement ceux des porteurs de l'hg-Y C2b (xP39), ne pas confondre avec les P39 venus vers 16-10000 en Amérique. Ici je précise que je ne crois pas du tout aux migration préhistoriques transocéaniques et toutes ces migrations sont passées par le détroit de Béring et les Iles Aléoutiennes.

    R a un TMRCA de 28200 (49350), on a probablement sous-évalué le temps des 35 mutations recensées de Mal'ta (24000BP)qui ne sont pas dans R (5 de R ne sont pas dans Mal'ta); R2 16300 (28500); R1 22800 (39900); R1a 18200 (31850); R1b 20400 (35700).

    Dans R1b, TMRCA de R-L279 18900 (33100), L754 17100 (29900), V88 11700 (20500); Y7771 5100 (8925) semble correspondre au passage en Afrique du nord de V88 au Cardial .
    L389 15600 (27300), P297 13300 (23300), M73 7300 (12800)
    M269 6400 (11200 début de l'Holocène, l'interglaciaire actuel), L23 6100 (10700), Z2103 et Z2106 et Z2108 5600 (9800), Z584 4900 (8600) , Z2110 5400 (9450).
    L51 5700 (10000), L11 4800 (8400 néolithique initial), U106 4700 (8200), P312, L238, DF19, U152, Z36, L2, DF17, Z225, FGC20747, Z195, Z198, Z292, Z262, Z272, Z209, Z295, Z216, S461 4500 (7900 début néolithique ancien et les ressources agricoles) .
    Z56, L21, A5846, L63, DF23 et quelques subclades de L23 4200 (7350).

    Je n'ai guère d'autres possibilités que supposer que les descendants de L51 furent réfugiés et isolés dans plusieurs vallées des Carpathes et en contact avec les populations des steppes entre 6000-4500 av JC venues de la steppe, chassées par la sécheresse et des tribus hosties à 3500-3000 av JC pour combler le hiatus entre une naissance des clades vers 6000 av JC et une réapparition en des groupes nombreux et majoritaires vers 2500 av JC couvrant la République tchèque (Bohème et Moravie) , l'Autriche, l'Allemagne , les Pays-Bas, le nord de l'Italie, la Suisse, le nord-est et le sud-est de la France, peut-être atteignant déjà les Pyrénées, et devenant quelques siècles plus tard ultra-majoritaire dans les Iles Britanniques, le reste de la France et au moins le nord de l'Espagne , ce qui suppose qu'un fort potentiel démographique a commencé à se développer dans les Carpathes au 4e millénaire de la Moravie à l'Ukraine occidentale qui a migré vers l'ouest par les zones de collines et de basses montagnes pendant la période cordée (3000-2500BC) en parallèle avec les R1a qui s'étendaient dans la plaine nord-européenne. Ils se sont distingués des R1a cordés en adaptant un équipement particulier emprunté à des populations voisines, tel que le gobelet campaniforme et d'autres traits.
    Last edited by palamede; 11-13-2018 at 10:46 AM. Reason: Corrections et restitution de textes perdus

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     Camulogène Rix (11-14-2018),  lukelucky (11-13-2018)

  8. #5
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    Correction de détail:

    Z56, L21, A5846, L63, DF23 et quelques subclades de L23 4200 (7350).

    est réellement

    Z56, L21, A5846, L63, DF13 et quelques subclades de DF13 4200 (7350).

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     Camulogène Rix (11-23-2018)

  10. #6
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    Dans https://en.wikipedia.org/wiki/History_of_India
    Archaeological evidence of anatomically modern humans in the Indian subcontinent is claimed to be as old as 78,000–74,000 years.

    Michael D. Petraglia, Bridget Allchin. The Evolution and History of Human Populations in South Asia: Inter-disciplinary Studies in Archaeology, Biological Anthropology, Linguistics and Genetics. Springer Science & Business Media. p. 6. ISBN 9781402055621.

    Cela renforcerait l' hypothèse d'arrivée de l'homme moderne (AMH) en Inde et Sud-est Asiatique à partir du début de l'Odderade il y a 84000 ans( 48000x1.75) et on peut faire correspondre à cette date le râteau sous Y-F qui donne G , H, IJ et K, sous Y-C qui donne C1, C1, C1 C1a, C1a1, C1a2, C1b, ..., C2, C2a, C2b, sous Y-D donne D1, D2, D3 et sous les mt hgs M et N leurs nombreuses dizaines de sous-clades. Ce qui n'a guère pu se faire dans le Premier Pleniglaciaire et ses étendues froides et désertiques de 75000 à 60.000ans, ensuite après 60000 ans c'est trop tard pour expliquer le peuplement de Sahul (Australie+ Nouvelle-Guinée+ plate-forme émergée à l'époque dont la trace reste par d'innombrables îles actuellement) .

    Ajout il y a aussi
    https://en.wikipedia.org/wiki/Fuyan_Cave dans le sud de la Chine qui peut dater de 84-80000 ans

    https://en.wikipedia.org/wiki/Zhiren_Cave aussi dans le sud de la Chine qui pourrait correspondre à une arrivée de l'AMH dans le direct prolongement de la sortie d'Afrique à la fin de L'Eemien mais qui s'est trouvé isolé par les premiers refroidissements avant l' Odderade et peut-être dilué dans les races archaîques locales et la descendance a disparu dans les races archaîques.
    Last edited by palamede; 01-01-2019 at 11:21 AM.

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     Camulogène Rix (01-01-2019),  JMcB (01-01-2019)

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