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Thread: 23andMe - Mise à jour

  1. #21
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    Quote Originally Posted by Rinema View Post
    Oui de toute façon, leur "200 ans" n'ont pas de sens pour moi si ils se basent sur les pays de naissance des grands parents de nos matchs. Donc certains doivent avoir des pays ou régions qui viennent de beaucoup beaucoup plus loin que 200 ans.
    J'ai mon arbre où j'ai pu remonter des branches jusqu'au XVIème siècle et les noms semblent bien français, après oui on sait que des noms de famille peuvent être modifiés à tout va.. Mais bon, pas de preuve à l'heure actuelle. Et je préfère croire ma généalogie que cet outil de 23andme. J'ai une cousine éloignée qui elle a "Likely Match" pour la Grande Bretagne par contre.
    Je pense aussi que leur 200 ans sort tout droit du chapeau du magicien du marketing. C’est probable que 90% de leurs clients sont des habitants des USA, pour qui les origines «*anciennes*» équivalent à «*arrivée en Amérique du Nord*» et pour qui 200 ans peut vouloir dire quelque chose. Là où le bât blesse, c’est le choix de génocousins supposément représentatifs de cette origine. Pour mon fils 50% Italien du Nord, on présente des personnes qui comme lui sont d’origine mixte italien-français, mais... ils sont tous parents avec moi, donc le lien n’est pas par ses origines italiennes. En fait, de tous ses «*DNA-relatives*» aucun n’est pas de mon côté (not your mother’s side). Alors, si la carte présentée est le lieu d’origine de ces «*cousins*», elle n’a aucune base génétique.
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

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  3. #22
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    Je pense que la pseudo-datation des parts d'ancestry chez 23&me dérive entièrement des longueurs des segments attribués à cette ancestry. Là où le bât blesse, et cela vaut pour l'ensemble de leur machine à gaz, c'est la manière dont ils obtiennent ces segments, qui rend leur réalité extrêmement douteuse. Tout tient dans le texte théorique écrit par Durand (le "White Paper"), et en particulier dans ce qui manque à ce schéma:
    Capture.JPG
    Le phasing initial est décrit dans "Rapid and Accurate Haplotype Phasing and Missing-Data Inference for Whole-Genome Association Studies By Use of Localized Haplotype Clustering" (Sharon R. Browning* and Brian L. Browning*). Le programme de phasing-infering est un des programmes d'imputation les plus connus (BEAGLE). Dans le texte ils invoquent la version alors d'actualité (de mémoire la 2.1 mais je peux me tromper), et j'ignore s'ils ont suivi les diverses mises à jour. Pour info j'utilise moi-même la version 5 pour mes travaux de phasing-imputation. Ce qui est assez amusant, au moins de mon point de vue, c'est que certains adorateurs de l'AC de 23&me vomissent dès qu'ils lisent le mot "imputation", alors que toute la méthodologie de 23&me est basée sur le phasing-imputing des segments diploïdes obtenus après hachage du génotype global. L'ennui aussi c'est que ce génotype global ne compte guère qu'autour de 600.000 snps autosomaux (et moins pour la V5), et que cela ne fait vraiment pas beaucoup, en tout cas sûrement pas assez pour affirmer qu'il sort de chaque étape un couple de vrais haplotypes, que l'on va effectivement pouvoir faire tourner dans un programme de déconvolution avec de vrais haplotypes, qu'ils soient ceux de HapMap ou de 1000genomes. Avant même qu'on entre dans le second domaine flou, à savoir ce lissage statistique dont le résultat est ces pseudo-segments obtenus par concaténation de ces haplotypes (ou pseudo-haplotypes), on voit bien qu'on a affaire à du mouvant, voire du branlant. Non que la méthode soit en soi à rejeter. Mais prétendre l'appliquer à des génotypes effectifs aussi pauvres, c'est de l'abus de confiance. J'ai moi-même ces derniers mois phasé-imputé un certain nombre de datas venant de 23&me (v3 et v4). La différence c'est que je ne les utilise que dans des programmes sensibles seulement aux fréquences alléliques (admixture, qpAdm, smartpca), et indifférents à un supposé caractère haploïde des données. La seule exception: j'ai fait tourner refined IBD sur le génome imputé de mon père (et les datas ouraliennes de l'EstonianBioCenter). Ce programme est la suite logique de BEAGLE pour la recherche de segments IBD. Vous voyez qu'avec lui on est dans la même famille de méthodes que 23&me. C'est un très lourd travail (pour l'ordinateur), qui demande des datas phasées et le plus complètes possibles (en l'occurence autour de 40 millions de snps GW). Malgré cela je ne jouerais pas ma vie pour défendre la réalité des segments IBD que j'ai obtenus, raison pour laquelle je n'ai pas publié de résultats, et n'en publierai pas. Raison aussi pour laquelle je continuerai à défendre FTDNA, qui au-moins ne fait pas de promesses impossibles à tenir avec aussi peu de SNPS génotypés.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  5. #23
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    R1b L21>Z253>FGC8244
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    M4"67 > M30

    France Bretagne Kroaz Du France Bretagne Ireland France Italy
    En ce qui me concerne, la partie Bretagne et Italie sont en parfaite corrélation avec mes ancêtres, cependant, la partie Britannique/Irlande, c'est le vide, ils n'ont pu donner quoi que ce soit malgré les 70% de mon père. Surement pas assez de match significatifs pour faire évoluer une localisation.

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     cercle (12-27-2018)

  7. #24
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    R1b L21>DF13
    mtDNA
    K1

    France Belgium Flanders Wallonia Occitania France Bretagne
    Je suis aller faire un tour du côté du profil de Céline, et je n’ai été déçu. En sus du traditionnel Flandre + Hauts de France (logique) Hubert (il est tiré vers l’Angleterre dans les projections) se retrouve avec des régions anglaises et Irlandaises. Sa mère, avec le Bade-Wurtemberg et l’Italie.
    Je vais éviter de juger trop vite, car une bonne partie de leurs généalogies reste à faire, et qu’il restera des blancs (dont un très proche).
    Si l’Angleterre me laisse dubitatif, l’Allemagne pourrait s’expliquer: je creuse un couple HOFxALBRECHT marié en 1831, qui pourrait ne pas être 100% Flamand.
    Pas de matches allemands évidents, mais ça ne veut rien dire, trop de cousins proches aux US.

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