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Thread: Global 25 PCA divers et variés

  1. #1631
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    Bonjour
    Pour G25, tu as utilisé les SCALED ou UNSCALED ?

  2. #1632
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Je n'utilise jamais le "scaling".
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  4. #1633
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Toujours sur ces fichues distances et "distances", j'ai fait une expérience bête. J'ai pris une poignée de groupes modernes de G25 dont je posséde les données d'origines: les Français de Biagini (à contrecoeur, mais j'ai eu la flemme de rechercher le groupe Lazaridis+HGDP dans les vieilles versions de G25), Les Estoniens, les Islandais, les Orcadiens, les Italiens et les Espagnols (qui s'avèrent tous deux inutiles). J'ai donc construit un joli fichier PLINK, très propre, avec un taux de genotyping global de 0.90 pour environs 450.000 SNPs. J'ai ajouté mon propre genome et j'ai fait calculer la statistique 1-ibs, où ibs est le taux d'allèles partagés (donc une pseudo-distance "vraiment" génétique, qui varie de 0 (pure identité) à 1 (aucun allèle partagé)). Et j'ai comparé à la liste des distances euclidiennes issues de G25. Voilà:
    G25
    0.01531143 French_Nord:N_22
    0.01608353 Orcadian:HGDP00796
    0.01725456 French_Alsace:A_27
    0.01727657 French_Nord:N_52
    0.01737585 French_Brittany:Rennes_B_6
    0.01786029 Orcadian:HGDP00798
    0.01793488 Orcadian:HGDP00799
    0.01827211 French_Nord:N_42
    0.01831502 Icelandic:NA15762
    0.01836437 Orcadian:HGDP00797
    0.01857498 French_Occitanie:T_67
    0.01874140 French_Brittany:French23833
    0.01896839 French_Alsace:A_76
    0.01907485 French_Alsace:A_69
    0.01918411 French_Brittany:French24120
    0.01949077 French_Brittany:French24061
    0.01960918 French_Occitanie:T_65
    0.01966749 French_Alsace:A_60
    0.02005841 French_Alsace:A_45
    0.02010895 French_Alsace:A_12
    0.02017127 French_Seine-Maritime:French24408
    0.02031625 French_Brittany:Rennes_B_78

    1-ibs

    Orcadian:HGDP00808
    Orcadian:HGDP00806
    Orcadian:HGDP00805
    NO:N_25
    Orcadian:HGDP00810
    IeV:B_8
    Icelandic:NA15757
    NO:N_56
    IeV:B_102
    HG:T_110
    BdR:S_10
    NO:N_15
    Estonian:Est394
    NO:N_18
    HG:T_53
    Estonian:Est400
    BR:A_14
    IeV:B_91
    BR:A_32
    NO:N_33

    On m'accordera qu'à première vue c'est ... bof... A seconde vue, c'est pire. Si en particulier on s'intéresse aux placements dans le classement génétique des têtes de liste du classement G25, on n'est pas franchement rassuré:
    N_22: 1 contre 123
    A_27: 3 contre 299
    N_52: 4 contre 230
    B_6: 5 contre 35
    N_42: 8 contre 243

    Plus grave à mon avis il y a 2 Estoniens dans les 20 premiers du classement génétique, ce qui est la moindre des choses, et ... aucun dans les 200 premiers du classement G25.

    J'espère qu'on ne lira pas ici une critique idiote de G25. Ce serait assez comique, alors qu'il y a quelques jours encore je prenais sa défense contre quelqu'un qui l'accusait de souffrir de je ne sais plus quel "biais", défense jugée excessive par un ami (j'avais utilisé l'adjectif "magnificent"). Ce n'est pas du tout mon propos. Qu'on me permette quand même de penser que la confiance dans les distances euclidiennes issues de G25 est pour le moins irréfléchie.
    Vrai seulement pour les distances calculées avec les coordonnées UNSCALED. Les distances euclidiennes issues de G25 UNSCALED sont problématiques, c'est un problème connu. Par exemple en Unscaled la distance English/Yoruba est plus faible que la distance English/Saudi. Voir aussi : https://anthrogenica.com/showthread....-UNSCALED-data

    C'est, entre autres, pour cela que l'auteur de G25, et d'autres, ont maintes et maintes fois préconisé d'être pragmatique et d'utiliser les coordonnées SCALED. Peut-être un bon exemple de plus pour convaincre les sceptiques...
    Last edited by E_M81_I3A; 12-02-2020 at 07:46 PM.
    G25 scaled:Hidden Content Hidden Content Hidden Content
    Commercial:Hidden Content Hidden Content Hidden Content


    G25 Scaled Ancient (Distance: 2.6158%):
    50.6 Anatolia_Barcin_N
    26.6 Yamnaya_RUS_Samara
    11.9 MAR_Taforalt
    5.8 WHG
    5.1 Yoruba


    The genetic history of the people of Europe has not ended, it never will. Ethnogenesis is a process of the present and future as much as it is the past.

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  6. #1634
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Très amusant. Voici donc la liste correspondante des distances "scaled" (sur les mêmes données exactement, cela va de soi). Je ne saurais dire si c'est meilleur ou pire, je laisse cette importante question aux amateurs.

    0.02660868 Orcadian:HGDP00796
    0.02725262 French_Brittany:French23833
    0.02754181 French_Nord:N_22
    0.02771062 Orcadian:HGDP00797
    0.02776274 French_Brittany:French24120
    0.02795710 Orcadian:HGDP00799
    0.02935829 Orcadian:HGDP00798
    0.03023421 French_Brittany:Rennes_B_8
    0.03039057 Orcadian:HGDP00800
    0.03056428 French_Brittany:Rennes_B_6
    0.03098283 French_Brittany:Rennes_B_78
    0.03161850 Icelandic:NA15756
    0.03189538 French_Nord:N_52
    0.03210257 French_Brittany:Rennes_B_98
    0.03224837 French_Brittany:Rennes_B_82
    0.03267671 Icelandic:NA15762
    0.03344636 French_Brittany:French24090
    0.03351393 French_Brittany:Rennes_B_11
    0.03371869 Icelandic:NA15757
    0.03403635 French_Brittany:Rennes_B_20
    0.03446373 French_Brittany:Rennes_B_2
    0.03446952 Orcadian:HGDP00803
    0.03463209 Orcadian:HGDP00794
    0.03476654 French_Brittany:Rennes_B_95
    0.03512581 French_Brittany:French24400

    Mais mon propos n'était pas de rallumer la guerre des Scalistes. Quant à celle-ci, ce qui me laissera toujours perplexe, c'est que personne n'ait suggéré autre chose que la multiplication par la racine des valeurs propres. Mais passons, car mon propos était seulement de signaler à mon interlocuteur que, quoiqu'il en fasse, les distances issues d'une manière quelconque de G25 ne sont pas des distances génétiques. Quant à quantifier la corrélation des distances géométriques de G25 avec une des distances génétiques utilisées classiquement (ce que ma "petite expérience" n'ambitionnait évidemment pas), ce serait élémentaire dans le principe, et concrètement pas commode, pour les raisons que j'évoquais dans un précédent post. (*) De toute manière, mais évidemment cet avis n'engage que moi, G25 ne sera jamais rien de plus que ce qu'il est, à savoir un remarquable PCA. Utilisé comme PCA, à savoir comme instrument de visualisation de données non intrinsèquement visuelles, il a rendu et rendra encore d'inestimables services. Pour le reste, n'étant pas Don Quichotte, je m'abstiendrai de lutter contre des moulins à vent.
    (*) la tentation est grance de construire un nuage de points avec ma "petite expérience", et de calculer son coeff de cor. Je crois que je vais lui résister.
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  8. #1635
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    Je n'ai pas lu toute la la discussion, donc je n'ai peut-être pas tout capté mais il me semble que comparer "la statistique 1-ibs, où ibs est le taux d'allèles partagés (donc une pseudo-distance "vraiment" génétique, qui varie de 0 (pure identité) à 1 (aucun allèle partagé))" et les distances G25 n'est pas très pertinent... En effet juste un exemple, si je me compare avec ma mère iséroise selon cette stat ibs, je suis beaucoup plus proche d'elle que tu ne l'es, normal puisque c'est ma mère, et que je partage bcp plus d'alleles avec elle que n'importe qui d'autre. Par contre avec les distances G25, tu es bien "plus proche" de ma mère que je ne le suis, ce qui tout à fait correct d'un point de vue "ethno-racial".... Donc tout dépend de ce qu'on souhaite "mesurer"...

    EDIT: je l'ai vérifié avec le génome d'un Français du Nord ce qui revient au même. Les 3 fichiers sont en format 23andme V2 . En comparant mon génome, sur environ 550k SNPs, avec celui de ma mère on obtient un IBS score (ici 0=aucun allèle partagé, 1=pure identité) de 0.8347 alors qu'entre le Français du Nord et ma mère on a un IBS score de 0.7418.
    Last edited by E_M81_I3A; 12-04-2020 at 04:02 PM.
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    G25 Scaled Ancient (Distance: 2.6158%):
    50.6 Anatolia_Barcin_N
    26.6 Yamnaya_RUS_Samara
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  10. #1636
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    Quote Originally Posted by E_M81_I3A View Post
    Je n'ai pas lu toute la la discussion, donc je n'ai peut-être pas tout capté mais il me semble que comparer "la statistique 1-ibs, où ibs est le taux d'allèles partagés (donc une pseudo-distance "vraiment" génétique, qui varie de 0 (pure identité) à 1 (aucun allèle partagé))" et les distances G25 n'est pas très pertinent... En effet juste un exemple, si je me compare avec ma mère iséroise selon cette stat ibs, je suis beaucoup plus proche d'elle que tu ne l'es, normal puisque c'est ma mère, et que je partage bcp plus d'alleles avec elle que n'importe qui d'autre. Par contre avec les distances G25, tu es bien "plus proche" de ma mère que je ne le suis, ce qui tout à fait correct d'un point de vue "ethno-racial".... Donc tout dépend de ce qu'on "mesure"...
    Tu as vérifié? Bon, quoiqu'il en soit la comparaison de distances génétiques inter-individuelles est un exercice classique (lis par exemple https://onlinelibrary.wiley.com/doi/...755-0998.12684 ), et si comme tous ici le croient les distances issues de G25 sont des "distances génétiques", je ne vois pas bien pourquoi elles devraient être mises à l'écart de ces comparaisons. Surtout je réitère ce qui est à mes yeux une totale évidence: si nous parlons de distances génétiques inter-individuelles, les seules données disponibles sont les relevés d'allèles des individus impliqués. ibs est la manière la plus simple de les prendre en compte, mais il y en a bien d'autres (lis ce texte, ou d'autres, ou bien va dans PLINK pour voir des manières de moduler ibs, en particulier par des coefficients liés aux fréquences). Si nous parlons de distances inter-groupes (de loin le contexte dominant en génétique des populations), les allèles seront inévitablement accompagnés de leurs fréquences (vois pour cela n'importe quelle page sur les distances génétiques). Avec G25 je ne vois pas bien comment intervenir sur ce terrain, sinon en bricolant avec des moyennes, puisque les seules distances sont ici les distances euclidienne sur les points. Donc, quel que soit le contexte, G25 ne contient aucune donnée qui puisse être immédiatement acceptée comme distance génétique et utilisée comme telle, par exemple pour faire de la stratification hierarchique, ce que voulait faire itrane2000, et ce pourquoi je me suis lancé dans cette discussion. Voilà, c'est tout.
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  11. #1637
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    Angles,
    Tout ce que je retiens c'est ce que tu as un dit dans un post précédent, G25 est un outil pour amateur de qualité professionnelle.
    IL suffit de voir qu'avec une personne à moitié d'Afrique du Nord et moitié Européenne sort comme telle, ce qui est loin d'être le cas avec ces gros labos qui eux aussi sont des pros. OU les Cartes de phTer faites à partir de ces données qui sont d'une précision, il suffit de prendre par exemple l'exemple de Rinema qui sort moitié algérie, moitié bretagne comme ça l'est pour son ascendance.
    Même si ce n'est pas basé directement sur des flux de gènes ( même si ces derniers sont convertis en données géométriques) je ne remercierai jamais assez David pour nous avoir donné un tel outil.
    En ce qui concerne la version scaled, je la préfère tout simplement parce que les moyennes sortaient plus proches des études officielles. Mais je ne parle que pour moi.
    Quant au reste, merci pour toutes les précisions techniques que tu donnes sur le forum, même si pour moi c'est souvent du chinois, mais je n'avais qu'à travailler un peu plus au lieu de rêvasser sur les bancs du collège et du lycée.
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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  13. #1638
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    https://anthrogenica.com/showthread....830#post725830

    Dura lex sed lex, vae victis, et tout ça.
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  14. The Following User Says Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     JMcB (12-06-2020)

  15. #1639
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    K1c1
    mtDNA (P)
    U4b1b

    Wallonia Flanders Belgium European Union
    Bonjour,
    je lis régulièrement ce fil auquel, j'avoue, je ne comprend pas grand chose..
    finalement après de nombreuses hésiations j'ai franchi le pas.. et je viens de recevoir de "David", les résultats du fameux "Global25" je viens juste d'y jeter un oeil (j'essaierai d'analyser dans la journée), et en fait je me demande si ce n'est pas du trop lourd pour ma vieille caboche (je frise les 3/4 de siècle)..
    Alors si cela intéresse quelqu'un qui puisse en tirer quelquechose, je pourrais les déposer ici..
    je suis belge (si pas d'accident génétique, ou erreur de ma part d'interpretation) 100% .. +ou-"halve-halve" wallon55% flamand 45% le premion chainon manquant ce trouvant 6 generation avant moi #92 que je soupsonne avoir apporté à certain de ses decendants (dont moi) ces gros sourcils très marqués "Caucase" et le pourcentage Est-Européén (faible pour moi... plus élevé pour quelques cousins qui en descendent)..
    merci

  16. The Following 2 Users Say Thank You to lukelucky For This Useful Post:

     JMcB (12-12-2020),  palamede (12-12-2020)

  17. #1640
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    mtDNA (M)
    T1a1

    France Bretagne France France Bretagne Kroaz Du
    Pas de problème, c'est effectivement un exercice d'apprivoiser ce G25.
    Dépose tes coordonnés ici, je t’intégrerais sur le PCA "french" et nul doute que nous serons plusieurs à proposer des analyses.
    est ce que tu as un lieu, plus précis que Belge ? Charleroi est ta région d'origine ? les 4 GP dans la même zone (environ 80km de rayon) ?

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     JMcB (12-12-2020),  palamede (12-12-2020)

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