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Thread: Global 25 PCA divers et variés

  1. #1591
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    Quote Originally Posted by Kellebel View Post
    Donc pratiquement à jeter en espèrant que les échantillons d'Ancestra seront mieux ? Y en aura d'autres, non ? Ou y a plus d'espoir ?

    (Edit pour une note off topic: mon Dieu, qu'il devient beau ton chat !!)
    Plus d'espoir d'après ce que j'ai compris. Oui c'est très frustrant, ils servent tout juste à se faire une idée.

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  3. #1592
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    Quote Originally Posted by jstephan View Post
    Plus d'espoir d'après ce que j'ai compris. Oui c'est très frustrant, ils servent tout juste à se faire une idée.
    Han non, sérieux ? Mais quel dommage..

    Targeted results for me, dad, mom, MGM & MGF Ghost (in that order):
    __________________________________________________

    Kellebel: 59.0 Belgian // 34.6 Dutch // 6.4 S French (@0.01279988)
    Kae: 66.8 Dutch // 25.8 N+W French // 7.4 E German (@0.01632655)
    Ella: 86.4 Belgian // 9.6 W German // 4.0 S Italian (@0.01501236)
    Pao: 58.2 Belgian // 41.8 W German (@0.01636705)
    Jean: 89.0 Belgian // 11.0 S Italian (@0.02640833)


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  5. #1593
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    Quote Originally Posted by Kellebel View Post
    Han non, sérieux ? Mais quel dommage..
    Oui, je ne peux m'empêcher d'admirer le caractère très français (disons franchouillard) de ce Projet Ancestra. Des annonces théatrales, beaucoup de mots, et puis .... pshhhhh... du vent. Passons.

    edit: oui, mon Roméo est chez nous depuis deux semaines. J'avais lu et on m'avait dit que ces Norvégiens étaient des chats plutôt calmes. C'était sans compter sur le passé Viking. Il a déjà commencé à mettre la maison à feu et à sang. Et oui, il est déjà très beau. Rien d'étonnant car les parents sont magnifiques.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  7. #1594
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Oui, je ne peux m'empêcher d'admirer le caractère très français (disons franchouillard) de ce Projet Ancestra. Des annonces théatrales, beaucoup de mots, et puis .... pshhhhh... du vent. Passons.

    edit: oui, mon Roméo est chez nous depuis deux semaines. J'avais lu et on m'avait dit que ces Norvégiens étaient des chats plutôt calmes. C'était sans compter sur le passé Viking. Il a déjà commencé à mettre la maison à feu et à sang. Et oui, il est déjà très beau. Rien d'étonnant car les parents sont magnifiques.
    Are huggin ad munnin swallowed up by.....a cat?
    Last edited by Finn; 10-25-2020 at 08:01 AM.

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  9. #1595
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    Quote Originally Posted by Finn View Post
    Are huggin ad munnin swallowed up by.....a cat?
    Freya's cat.
    Rhinegold_and_the_Valkyries_p_022.jpg.
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     Finn (10-25-2020),  JMcB (10-25-2020),  Massam (11-01-2020)

  11. #1596
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    Bonjour Angle,
    j'ai réalisé quelques petits graphes avec R et l'algo UMAP. Sais tu me dire s'il faut utiliser les données SCALED ou UNSCALED ?

  12. #1597
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    Quote Originally Posted by Itrane2000 View Post
    Bonjour Angle,
    j'ai réalisé quelques petits graphes avec R et l'algo UMAP. Sais tu me dire s'il faut utiliser les données SCALED ou UNSCALED ?
    Salut! Moi, quel que soit le contexte, je n'utilise les coordonnées "scaled" que si l'on me met un revolver sur la tempe, mais c'est personnel. Le seul intérêt du "scaling", est que, comme il renforce artificiellement les premières composantes principales, il donne des visualisations plus claires quand on les représente par un deuxième PCA (ce qui est devenu une sorte de tradition, surtout depuis la popularisation d'outils comme PAST, mais est quand même une pratique très "limite"). Comme ici tu fais cela pour appliquer UMAP, qui n'a rien à voir, je ne vois vraiment pas l'intérêt de "scaler". Cela dit, je n'ai pas fait l'expérience, alors je ne sais pas si cela change grand'chose.
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  14. #1598
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    Je re-poste ici mon post d'hier, encore dans le mauvais fil, décidément...
    Petite nouveauté dans ma base d'échantillon une Catalane montagnarde académique, je vous partage ses coordonnées qui pourraient intéressés certains.

    Code:
    Catalane_scaled,0.125205,0.155376,0.042992,-0.000969,0.034468,0.006972,0.001645,0.003231,0.027 202,0.034625,-0.004709,0.008542,-0.013677,-0.012661,0.00855,0.000928,0.000913,0.003167,-0.00088,-0.003627,0.001123,0.006059,0.003328,-0.004579,-0.003832

    Catalane,0.011,0.0153,0.0114,-0.0003,0.0112,0.0025,0.0007,0.0014,0.0133,0.019,-0.0029,0.0057,-0.0092,-0.0092,0.0063,0.0007,0.0007,0.0025,-0.0007,-0.0029,0.0009,0.0049,0.0027,-0.0038,-0.0032

    Elle est originaire de Saint Laurent de Cerdans et ses ancêtres couvrent la zone Saint Laurens de Cerdans-Tapis (versant espagnol) sur au moins 6 à 7 générations. C'est d’ailleurs un phénomène intéressant, mais les liens entre ces deux communes de chaque coté d'un col de frontière sont très forts et les "échanges de conjoints" extrêmement fréquent. Elle est donc pour le moment la seule académique catalane française que je connaisse.

    Quelques résultats pour donner une idée
    Target: Lulu
    Distance: 1.8932% / 0.01893171 | ADC: 0.5x RC
    54.8 Espagne_NordEst
    27.0 Spanish_Baleares
    12.4 Basque_French
    5.8 Espagne_centre

    La distance aux moyennes :
    Distance to: Catalane
    0.01992936 Espagne_NordEst:Spanish_Girona
    0.02004465 Espagne_NordEst:Spanish_Peri-Barcelona
    0.02188499 Spanish_Baleares
    0.02264853 Espagne_NordEst:Spanish_Penedes
    0.02300410 Espagne_centre:Spanish_Castilla_La_Mancha
    0.02323662 Espagne_NordEst:Spanish_Barcelones
    0.02341638 Espagne_NordEst:Spanish_Aragon

    Coté ancien, c'est intéressant, si je m'en tiens aux échantillons aux distances inférieures à 0.3, il ne m'en reste que 2 :
    Iberia_Northeast_c.8-12CE:I10895 0.02985629, cet échantillon du moyen-age central est de la région de Gérone, à mettre en rapport avec sa distance à la moyenne moderne de la même région, idée d'une stabilité génitique dans les montagnes catalanes ?
    mais encore plus intéressant, son ancien le plus proche est ITA_Prenestini_tribe_IA:RMPR435b 0.02533078
    Je crois que cet échantillon match avec de nombreux modernes de la région Catalane/Français du Sud, mais contrairement à ce que j'ai pu lire à droite à gauche il ne faudrait pas le classer trop vite comme cisalpin d'origine, même s'il plot dans cette zone sur les PCA, ça me rappelle un peu fn2, classé un temps comme hispanique mais qui finalement peu parfaitement être compatible à un provincial romain, un cis ou trans-alpin, voir même un "bon" Romain. ça serait refaire l'histoire à l'envers et oublier un peu vite que Narbonne peut être considérée comme la première colonie romaine de gaule, qu'elle est considéré comme la plus peuplée de Gaule au début de notre ére, et qu'y fut établie entre autre les vétérans de la Xième (Légion d'élite de Césars de bon latins) et qu'elle a été favorisé parles premiers Empereur. Si une région de gaule fut peuplée "massivement" par des Latins, c'est bien celle là. Bref, je pense qu'il y a encore beaucoup à chercher sur toute cette zone.
    quelques petits résultats :
    Liste Rome en pen=0.001 :

    Catalane
    [1] "distance%=2.3448"
    Tarraco_Provincia,42.4
    Italie,39.6
    Gaule,11.6
    Hispanie_Baetique,3
    Tractus_Armor_Britt,3
    Pun,0.4

    Un liste "simple" Bronze :

    Catalane
    [1] "distance%=2.7083"
    Italique,44.8
    IberiaBA,38.4
    Halberstadt_LBA_I0099,14.8
    ISRL,2

    Et j'en profites pour réagir ici au post d'Angles sur un fil ancien
    Merci pour ce boulot Angles, qui, à mes yeux, confirme au moins une chose : l’extrême dispersion des french. on les trouve effectivement à la croisée des différentes tendances mais aussi un peu partout sur le graphique. Ceux qui cherche un "français" génétique peuvent toujours chercher.....
    En dehors de "frontières" et/ou regroupement plus marqué facilitant la lecture (et d'une orientation différente) , je ne vois pas de grandes différences avec ce que j'observe habituellement avec un le PCA "classique", via past, du G25. On retrouve grosso-modo le même schéma.

    https://anthrogenica.com/showthread....l=1#post715841

    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    I realized yesterday a little map of some modern European groups, from G25 data (unscaled of course), and a combination of relatively new technics ( sparsePCA reduced to 10 components+ UMAP). I have thought that it could be interesting for you, according to your debates about what some among you call the "southern shift". It's a large pdf. Download it, open it and zoom.

    Attachment 40862

  15. The Following 2 Users Say Thank You to fabrice E For This Useful Post:

     JMcB (11-01-2020),  Massam (11-01-2020)

  16. #1599
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    Et j'en profites pour réagir ici au post d'Angles sur un fil ancien
    Merci pour ce boulot Angles, qui, à mes yeux, confirme au moins une chose : l’extrême dispersion des french. on les trouve effectivement à la croisée des différentes tendances mais aussi un peu partout sur le graphique. Ceux qui cherche un "français" génétique peuvent toujours chercher.....
    En dehors de "frontières" et/ou regroupement plus marqué facilitant la lecture (et d'une orientation différente) , je ne vois pas de grandes différences avec ce que j'observe habituellement avec un le PCA "classique", via past, du G25. On retrouve grosso-modo le même schéma.
    Il est encore trop tôt pour affirmer sans risque que ce "sparse PCA" apporte effectivement qq chose dans nos contextes. De toute manière pour nous tout commence par un PCA "classique", à savoir celui dont résultent les composantes G25. Mais je viens de passer deux jours à jouer avec les différents paramètres de sparsePCA et de UMAP. J'avais assemblé pour cela ce micro-panel G25 d'une dizaine de populations modernes. Les diverses représentations que j'ai obtenues (je ne les ai pas comptées, beaucoup...), partagent toutes les mêmes caractéristiques de base: nette séparation de trois clusters (Italiens, Ibériques, et les autres), et présence significative des Français partout. Pour moi, s'il s'agit de poser une conclusion quant à l'empreinte génétique des invasions romaines (comme sur l'autre fil), ce n'est certainement pas à partir des populations modernes qu'il faut chercher. Cette histoire de "southern shift" est simplement une connerie.
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     fabrice E (11-01-2020),  JMcB (11-01-2020)

  18. #1600
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    Je crois que je suis d'accord qu'est ce qu'ils entendent par southern shift exactement ? Une influence ou plutôt une cause d'origine romaine pour expliquer cette partition ?

  19. The Following User Says Thank You to fabrice E For This Useful Post:

     JMcB (11-01-2020)

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