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Thread: Eurogenes Matrice de f3-statistiques

  1. #11
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    Expérience ouralienne .... Même observation en pire avec le score de Nganasan. Je ne cacherai pas que les scores affichés par f3-pca me semblent peu réalistes, c'est-à-dire encore moins que ceux de "G25". J'avais toujours eu du mal à digérer les scores des Saamis, là 31% cela ne passe pas. Mais encore une fois, pas d'emballement.

    f3+pca+nMonte


    [1] "distance%=21.1459"

    Finnish

    Yamnaya_Samara,42
    Barcin_N,28
    WHG,19.8
    Nganasan,10.2

    [1] "distance%=20.1343"

    Estonian

    Yamnaya_Samara,44.6
    Barcin_N,29.6
    WHG,20.8
    Nganasan,5

    [1] "distance%=20.2262"

    Saami

    Yamnaya_Samara,35
    Nganasan,31.2
    WHG,17.4
    Barcin_N,16.4

    smartpca+nMonte

    [1] "distance%=3.4557"

    Finnish

    Yamnaya_Samara,56.8
    Barcin_N,28
    WHG,9.2
    Nganassan,6

    [1] "distance%=4.4519"

    Estonian

    Yamnaya_Samara,57.2
    Barcin_N,31.4
    WHG,10.4
    Nganassan,1

    [1] "distance%=3.2909"

    Saami

    Yamnaya_Samara,51.8
    Nganassan,22.4
    Barcin_N,16
    WHG,9.8

    >
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

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  3. #12
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    Les distances avec F3 sont quand même sacrement énorme non ?

  4. #13
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    Les distances avec F3 sont quand même sacrement énorme non ?
    Les distances n'ont de sens qu'à l'intérieur de chaque méthode d'analyse, puisqu'elles dépendent des valeurs propres elles-mêmes. Pour faire simple, disons que ces deux PCAs n'utilisent pas les mêmes unités. Je ne suis pas sûr d'être clair, je prends un exemple. Le Kent avec f3-pca:

    [1] "1. CLOSEST SINGLE ITEM DISTANCE%"
    Yamnaya_Samara Barcin_N WHG
    33.35317 34.93333 49.72798

    Le même avec G25

    [1] "1. CLOSEST SINGLE ITEM DISTANCE%"

    Yamnaya_Samara Barcin_N WHG
    6.928282 9.193340 19.814804

    Non, moi ce qui m'a surpris, c'est au contraire que deux méthodes aussi différentes puissent donner des résultats aussi similaires. C'est vraiment rassurant. D'un autre côté le diable est toujours dans les détails, comme ici ce WHG et ce Nganassan. Je ne sais pas quoi en penser. Cela dit je ne crois pas que l'heure soit encore venue de faire un bilan. Je ne sais pas où en est David de ses expérimentations. J'ai cru comprendre qu'il avait été d'abord assez enthousiaste, et puis plutôt circonspect, ce qui est grosso modo ma propre évolution. IL ne semble pas y avoir eu beaucoup d'essais ni de propositions alternatives d'utilisation sur Eurogenes. Dommage.
    Last edited by anglesqueville; 03-20-2019 at 07:37 AM.
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  6. #14
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Donc, si l'on se tient à des interprétations internes à chaque outil d'analyse, rien de nouveau sous le soleil. C'est déjà ça. Quant à savoir d'où les Basques tirent leur WHG, j'imagine qu'il y a un tas de gars savants qui peuvent répondre. Moi je n'en sais rien.

    La question que je me pose, et à laquelle je ne suis pas capable de répondre, est: ce f3-pca-nMonte est-il effectivement plus sensible que smartpca-nMonte à des affinités génétiques très éloignées? Comme toujours... prudence.
    Il faudrait étudier soigneusement ce thread
    https://anthrogenica.com/showthread....rian-Peninsula

    Mais des pbs familiaux m'empèchent d'en faire un résumé , A toi de le faire ?
    Le post 7 a un excellent graphe comparent les specimens paleo/Meso avec Villabruna et Goyet-Q2. Il montre nettement une expansion venu du Bassin Carpathique par l'Italie du Nord, puis la Suisse, peut-être en plusieurs vagues dont la plus importante correspond à l'Azilien (Villabruna, Bichon, Rochedane), les mésolithiques en étant la conséquence. Elle semble avoir recouvert les Magdaléniens . Ce qui en partie contredit l'explication des archéologues qui voyaient dans la transition Magdalénien/Azilien une simple conséquence de la modification climatique Pleistocène/Holocène. En fait, quand je regardais en détail, cela paraissait curieux car le Magdalénien se maintenait en France durant la phase tempérée/assez chaude Bolling , la transition se faisant dans phase tempérée/moins chaude Bolling , puis la phase très froide à son début e Dryas III. Il est possible que des clans magdaléniens ont migré vers le nord suivant les rennes . il faudrait avoir des résultats pour le Hamburgien , le Creswellien et le Federmesser.

    https://en.wikipedia.org/wiki/Azilian
    https://en.wikipedia.org/wiki/B%C3%B8lling_oscillation
    https://en.wikipedia.org/wiki/Aller%C3%B8d_oscillation
    https://en.wikipedia.org/wiki/Younger_Dryas

    il y a quelques années, Davidski avait fait un comparatif des affinités de Villabruna et El Miron au populations modernes , Villabruna ayant une affinité nettement supérieure à El Miron dans toutes , Les Lettons arrivaient en tête pour les deux avec tous proches les Lithuaniens et les Estoniens, puis les Finlandais, les Biélorusses, les Polonais, les Russes de l'ouest, les Scandinaves (un peu imprégnés par les Mégalithiques du 4e millenaire av JC), puis les Brittaniques, Irlandais,Néerlandais , Allemands, Tchèques , Slovaques, Ukrainiens, les Basques Français étaient à peu près à la hauteur de ces derniers pour Villabruna , mais connaissait un ressaut visible pour El Miron ensuite venaientà peu près à la mëme hauteur les Francais, les Hongrois et le Slovènes,(aussi un léger ressaut pour les Français mais moins perceptible que pour les Basques). Je vais onner les résultats numériques.

    La plus forte distance du résultat (environ 25%) pour f3-pca-nMonte semble montrer une plus forte sévérité pour l'affinité spécialement avec Yamnaya (normal l'ascendance Europe de L'est ne vient que très partiellement de Yamnaya lui mëme et plus de populations foret-steppe du Dniepr supèrieure , certes assez mélangés de Yamnaya/Catacomb/Poltavska pour donner les Cordés et Sintasha/Andronovo/Srubnaya/Potapovska) , et la sévérité plus importante avec Barcin_N que pour WHG.

    Ajout :
    Latvian : Villabruna9030 0.300024 - El Miron0907 0.278235 - Anatolia Néolithic 0.281047
    Lithuanian : 0.299009 - 0.276937 - 0.282188
    Estonian : 0.297886 - 0.276181- 0.280933
    Finnish 0.295509 - 0.275275 - 0.279015
    Belarussian 0.294461 - 0.272911 - 0.281615
    Basque_French 0.292692 - 0.27453 - 0.288778
    French 0.290228 - 0.272208 - 0.285653
    Spanish 0.284271 - 0.267435 - 0.283486

    Turkish 0.265389 - 0.253922 - 0.27696 Turkish a moins d'affinité 'Anatolian Neolithic' que les Européens (même les Finladnais), cela tient aux arrivées Iraniennes et Levantines depuis.

    Han 0.238114 - 0.239912 - 0.230305 effet de "Basic Eurasian" sur "Anatolia Néolithic" compared to Villabruna et El Miron
    Papuan 0.226456 - 0.229455 - 0.218797 mëme chose

    Ajout2 : la fonction pour l'affinité était f3 (population moderne, population ancienne, Mbuti)
    Normalement les Nord-Africains vers 0.160-0.200
    Les Neo-Africains vers 0.100-0.160 pour les Paleo/Mesolithiques Européens.
    Les Paleo-Africains vers 0-100 pour les Paleo/Mesolithiques Européens.
    Last edited by palamede; 03-20-2019 at 03:31 PM.

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