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Thread: Scott BA I3130 et York 03

  1. #11
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    Juste pour vérif: c'est 6DRIF-3 que tu appelles York3?
    oui

  2. #12
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    ok, merci
    je vais m’entraîner à lire les résultats qui traînent ici où là pour voir si j'arrive à lire de façon "fluide"
    Question sur le right pop : quels sont les grands principes pour construire une liste ?
    https://anthrogenica.com/showthread....ighlight=qpAdm
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  4. #13
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    il est super ce post ! merci

  5. #14
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    Fabrice, j'ai regardé un peu york3 (England_Roman_6dt3 dans la grosse base Reich récemment mise à disposition). Je n'ai pas essayé de reproduire tes modèles nMonte, je sais a priori que ça ne marchera pas. Avec qpAdm il faut (c'est du moins mon avis) privilégier les modèles simples et éviter l'overlapping comme la peste. En particulier tes triplettes de références néolithiques/ChL très proches vont à coup sûr donner des erreurs standards astronomiques. Donc allons au plus simple:

    left pops:
    England_Roman.SG_6dt3
    Russia_Yamnaya_Samara
    Poland_Globular_Amphora

    right pops:
    Ethiopia_4500BP.SG
    Ust_Ishim_HG_published.DG
    Russia_Kostenki14
    Russia_MA1_HG.SG
    Iberia_HG_published.SG
    Russia_EHG
    Russia_Karelia_HG
    Russia_Samara_HG
    Romania_Iron_Gates_HG
    Iran_Ganj_Dareh_N
    Anatolia_N.SG
    Serbia_EN
    Georgia_Kotias.SG
    Georgia_Satsurblia.SG
    Italy_Villabruna
    Onge.DG
    numsnps used: 302648
    best coefficients: 0.465 0.535
    Jackknife mean: 0.464756940 0.535243060
    std. errors: 0.048 0.048

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 14 10.186 0.748436 0.465 0.535


    left pops:
    England_Roman.SG_6dt3
    Netherlands_Bell_Beaker
    England_N
    numsnps used: 336694
    codimension 1

    best coefficients: 0.834 0.166
    Jackknife mean: 0.832206500 0.167793500
    std. errors: 0.073 0.073


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 14 8.731 0.8479 0.834 0.166


    Voilà. A en croire ces modèles, qui réalisent d'excellents ajustements sur un nombre assez imposant de SNPs, ce gars était (après tout ce temps passé) la copie conforme des premiers campaniformes britanniques.
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  7. #15
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    Voilà. A en croire ces modèles, qui réalisent d'excellents ajustements sur un nombre assez imposant de SNPs, ce gars était (après tout ce temps passé) la copie conforme des premiers campaniformes britanniques.
    Merci Angles....tu peux continuer sur des modèles fin age du bronze et surtout age du Fer ?
    Car pour le moment, qu'il soit compatible avec les campaniformes britanniques, est compatible avec une hypothèse îlienne comme continentale.
    Avec le G25, c'est idem, il est un peu éloigné de la configuration de ses petits camarades (York 18 et 22) plus proche de certains (York 16) mais parfaitement en "accord" avec un bon paquet de beaker britannique et ensuite de"scott et anglais" du bronze final. (d’ailleurs quand tu fais tes groupes, tu as un seul individu ou tout un groupe ?).
    Le bemol vient de l'analyse chimique qui place sa naissance plus sur le continent et surtout sur l'étude à partir des allèles rares qui leplace plus avec le groupe des Dutch....d'où l'incertitude autour de l'origine du gus-gus. (et comme je l'ai déjà dit, comme dans tout les travaux d'histoire et archéologie, aucune étude ne peut se passer de tout l'appareil d'analyse : datation/culture/chimie et maintenant ADN).
    S'il s’avérerait que le gus est bel et bien du continent (difficile de toute façon d'avoir autre chose que des hypothèses) on aurait une population assez similaire, au moins certains groupes, des deux cotés de la manche (ce qui finalement n'est pas si différent d’aujourd’hui)

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  9. #16
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    Merci Angles....tu peux continuer sur des modèles fin age du bronze et surtout age du Fer ?
    Car pour le moment, qu'il soit compatible avec les campaniformes britanniques, est compatible avec une hypothèse îlienne comme continentale.
    Avec le G25, c'est idem, il est un peu éloigné de la configuration de ses petits camarades (York 18 et 22) plus proche de certains (York 16) mais parfaitement en "accord" avec un bon paquet de beaker britannique et ensuite de"scott et anglais" du bronze final. (d’ailleurs quand tu fais tes groupes, tu as un seul individu ou tout un groupe ?).
    Le bemol vient de l'analyse chimique qui place sa naissance plus sur le continent et surtout sur l'étude à partir des allèles rares qui leplace plus avec le groupe des Dutch....d'où l'incertitude autour de l'origine du gus-gus. (et comme je l'ai déjà dit, comme dans tout les travaux d'histoire et archéologie, aucune étude ne peut se passer de tout l'appareil d'analyse : datation/culture/chimie et maintenant ADN).
    S'il s’avérerait que le gus est bel et bien du continent (difficile de toute façon d'avoir autre chose que des hypothèses) on aurait une population assez similaire, au moins certains groupes, des deux cotés de la manche (ce qui finalement n'est pas si différent d’aujourd’hui)
    De toute manière l'hypothèse qui fait des premiers campaniformes britanniques une émanation directe des campaniformes néerlandais est tellement solide qu'elle peut être considérée comme un quasi fait. Pour qpAdm, ils sont virtuellement indistinguables. Je ne doute pas qu'une étude par segments IBD, si elle était possible, apporterait une confirmation définitive. Mais tu sais bien qu'imputer l'aDNA ne va pas de soi, et à ma connaissance le seul à l'avoir fait sur un échantillon conséquent est Martiniano (dans son étude ibérique). Maintenant entre eux et notre sujet beaucoup d'eau a coulé dans le Channel et la Tamise, et je t'avouerai que tomber sur une telle similarité après tellement de temps m'a plutôt étonné. Cela dit rien dans ces résultats ne constitue un argument en faveur d'une origine continentale, ni en défaveur non plus. N'oublie jamais que ces outils d'analyse ont pour matière des tableaux de fréquences d'allèles (sur des snps pseudo-haploides qui plus est), donc ne donnent jamais directement d'indications sur la provenance génétique d'un individu. Bien sûr s'il s'agit de comparer des groupes, la donne est différente, ne serait-ce que parce qu'alors des arguments statistiques peuvent souvent être invoqués. Mais même dans ce cas, les conclusions sont toujours assorties de précautions (liées justement à leur caractère statistique": le genre "il ressort de notre étude que la seule explication plausible est un lien génétique avec le groupe Yamnaya, ou avec un autre encore non découvert, qui lui serait génétiquement très proche". Tu pourras sans mal trouver dans les textes des tas de variations autour de cet énoncé). Question de groupes/individus: dans qpAdm les analyses font intervenir tous les individus fédérés sous un même nom de groupe. Tu verras dans les analyses complètes (j'en posterai une la prochaine fois) que les outputs indiquent à chaque fois le nombre d'individus constituant chaque groupe. Enfin, quant à poursuivre ces examens avec des références du fer, je suis un peu réticent car ces références sont peu nombreuses et souvent de mauvaise qualité. De plus leur rattachement à une culture donnée est souvent un peu rock-n-roll (genre Hallstatt-Bilany<-->celtique, ou Collegno<-->lombards).
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  11. #17
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    Enfin, quant à poursuivre ces examens avec des références du fer, je suis un peu réticent car ces références sont peu nombreuses et souvent de mauvaise qualité. De plus leur rattachement à une culture donnée est souvent un peu rock-n-roll (genre Hallstatt-Bilany<-->celtique, ou Collegno<-->lombards).
    Merci pour ta réponse, en particulier sur les groupes. Il va vraiment falloir que je m'y colle à cette méthode (mais je suis un peu inquiet du temps que ça va me prendre)
    Complètement d'accord avec ta dernière remarque. On manque cruellement d'échantillons pour cette période, et ce n'est pourtant pas le matériel qui manque. Au niveau indices complémentaires, un des effets secondaires de l'ADN est d'avoir rendu incertaine l'attribution d'une "culture archéologique"avec une pseudo origine ethnique. C'est un truc qui commence à faire des vagues chez nos voisins mais n'a pas encore beaucoup touché la France qui n'est franchement pas connu pour ses qualités de synthèse.Les implications sont potentiellement destructrices pour nos vieux modèle théorique (comme les recalibration du C14). Pour moi, le premier outils complémentaire auquel les pro, et donc nous amateur devons nous référer pour chercher des modèles, c'est la chimie : le gars est-il originaire du coin, Y-a-t-il vécu comme adulte? Ces outils sont encore imprécis, mais là pour le coup.leur recours commence à rentrer dans les mœurs de nos archéologues. (Mais je galère beaucoup pour en trouver qui soient en corrélation avec nos échantillons)
    Pour l'étude des croisés par exemple, une étude isotopes pourrait aider à faire un tri entre un Italien/grec et un mixte levant/franc.
    De mémoire, york 3 malgré les imprécisions ne semblait pas être un local. Je vais retourner voir l'étude car un truc m'avait interpellé sur York 18 que j'avais laissé de côté.
    Niveau beaker et bronze brittaniques, il y a beaucoup de matériels mais je n'ai pas encore pris le temps de creuser.
    Encore merci pour tes lumières que je ne manquerais pas de solliciter à nouveau.

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     Camulogène Rix (04-27-2019),  Ruderico (04-27-2019)

  13. #18
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    Il va vraiment falloir que je m'y colle à cette méthode (mais je suis un peu inquiet du temps que ça va me prendre)
    Ne fais pas la bêtise que font beaucoup d'amateurs impatients: commence par le commencement. L'essentiel des difficultés techniques que l'on rencontre avec qpAdm (et les autres) est de l'ordre de la manipulation de fichiers: conversions entre formats, filtrage, merging, etc. Tout cela se fait sous PLINK (et éventuellement VCFtools, sans parler de l'analyse des Fastq, BAMs, etc). Il faut commencer par PLINK, c'est impératif, et EIGENSOFT (pour les conversions). Ce n'est pas enthousiasmant, mais absolument primordial. Quant au temps, tout dépend de ton rapport à l'informatique. Si tu es un mouse-Windows addict, oui c'est dur. Mais si tu sais un peu travailler par lignes de commandes sous Linux, ce n'est pas terrifiant.
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     fabrice E (04-27-2019),  Helgenes50 (04-27-2019),  Ruderico (04-27-2019)

  15. #19
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    Merci pour ta réponse, en particulier sur les groupes. Il va vraiment falloir que je m'y colle à cette méthode (mais je suis un peu inquiet du temps que ça va me prendre)
    Complètement d'accord avec ta dernière remarque. On manque cruellement d'échantillons pour cette période, et ce n'est pourtant pas le matériel qui manque. Au niveau indices complémentaires, un des effets secondaires de l'ADN est d'avoir rendu incertaine l'attribution d'une "culture archéologique"avec une pseudo origine ethnique. C'est un truc qui commence à faire des vagues chez nos voisins mais n'a pas encore beaucoup touché la France qui n'est franchement pas connu pour ses qualités de synthèse.Les implications sont potentiellement destructrices pour nos vieux modèle théorique (comme les recalibration du C14). Pour moi, le premier outils complémentaire auquel les pro, et donc nous amateur devons nous référer pour chercher des modèles, c'est la chimie : le gars est-il originaire du coin, Y-a-t-il vécu comme adulte? Ces outils sont encore imprécis, mais là pour le coup.leur recours commence à rentrer dans les mœurs de nos archéologues. (Mais je galère beaucoup pour en trouver qui soient en corrélation avec nos échantillons)
    Pour l'étude des croisés par exemple, une étude isotopes pourrait aider à faire un tri entre un Italien/grec et un mixte levant/franc.
    De mémoire, york 3 malgré les imprécisions ne semblait pas être un local. Je vais retourner voir l'étude car un truc m'avait interpellé sur York 18 que j'avais laissé de côté.
    Niveau beaker et bronze brittaniques, il y a beaucoup de matériels mais je n'ai pas encore pris le temps de creuser.
    Encore merci pour tes lumières que je ne manquerais pas de solliciter à nouveau.
    Connais-tu les travaux de Philippe Jouët qui a écrit un "Atlas historique des pays et terroirs de Bretagne"?

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     Ruderico (04-27-2019)

  17. #20
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    Merci pour ta réponse, en particulier sur les groupes. Il va vraiment falloir que je m'y colle à cette méthode (mais je suis un peu inquiet du temps que ça va me prendre)
    En effet c'est bien les conversions le plus dures,mais si j'y suis ( plus ou moins !!!) arrivé, cela ne devrait pas te poser de problèmes. IL faut dire que je n'avais jamais touché un ordi avant 2009...heureusement que j'ai pu bénéficier d'un très bon prof et surtout possédant une énorme patience !!!!
    My results from David Wesolowski's Ancestry Detective Service:

    West British (Britonic?) 42.3%
    Continental Northern and Eastern European 36.6%
    Central French 21.1%

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     fabrice E (04-27-2019)

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