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Thread: Hilo de Spam II pero del bueno

  1. #301
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    Voy a comprarle un test de adn a un amigo, y ahora y el de ancestry ahora mismo esta mas barato. Por lo que veo la raw de myheritage no es nada mala, pero igual por cambiar le compro este. Sabes si este te da el haplogrupo paterno directamente?
    Creo que no:

    What do I get with the Family Finder DNA Test?
    Our signature Family Finder test focuses on autosomal DNA, which is inherited from both parents, four grandparents, eight great-grandparents, etc. This test is designed to find matches in our massive DNA database on all of your ancestral lines within the last five generations. Family Finder includes:

    myOrigins – mapping tool that provides a detailed ethnic and geographic breakdown of where your ancestors came from

    ancientOrigins – tool that maps your ancient ancestors’ migration routes and shows the amount of autosomal DNA you still carry from ancient European civilizations.

    Family Matching – enhanced feature that enables users to sort confirmed DNA matches by maternal and paternal lines

    Chromosome Browser – exclusive tool for comparing matching segments of DNA (blocks) with your genetic matches
    ¿El de AncestryDna no está más focalizado en gente Anglo?

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     estesiquesabe (04-19-2021)

  3. #302
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    Eso creo.

    Sobre los PCAs y su validez, por si os interesa
    https://www.biorxiv.org/content/10.1...F6peBsHfsNavBo
    Las MASCARILLAS obligatorias en ESPAÑA debido al CORONAVIRUS

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     mokordo (04-19-2021)

  5. #303
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    Eso creo.

    Sobre los PCAs y su validez, por si os interesa
    https://www.biorxiv.org/content/10.1...F6peBsHfsNavBo
    Algo que ya sabíamos (o intuíamos), pero viene bien que haya un estudio que respalde eso.

    Our findings raise concerns on the validity of results reported in the literature of population genetics and related fields that place a disproportionate reliance upon PCA outcomes and the insights derived from them. We conclude that PCA may have a biasing role in genetic investigations. An alternative mixed-admixture population genetic model is discussed.

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     estesiquesabe (04-19-2021)

  7. #304
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    Algo que ya sabíamos (o intuíamos), pero viene bien que haya un estudio que respalde eso.
    Bueno, si. Es algo evidente, donde plotea una persona mixta no da mucha información sobre sus antepasados.

    Hablan de nosotros
    It is easy to show why PCA cannot be used to reach such conclusions. We first replicated Need et al.’s (2009) primary results (Figure 7A) showing that AJs cluster separately from Europeans. However, such an outcome is typical to any non-European population like Turks (Figure 7. It is not unique to AJs, nor does it prove that they are genetically detectable. A slightly modified design shows that most AJs overlap with Turks and allows us to promote the claim that AJs have a Turkic origin (Figure 7C). We can easily refute our conclusion by including continental populations and showing that most AJs cluster with Iberians rather than Turks (Figure 7D). This last design explains more of the variance than all the previous analyses together. This analysis questions PCA’s use as a discriminatory genetic utility.
    There are more reasons to be concerned about using projections. They can be shown to correctly align with continental populations when the base and the projected populations are very similar (Figure 22A) and gain trust in their accuracy. However, even in the simplest scenario of using three continental populations, it is unclear how to interpret the overlap between the base and projected populations since the Spanish cannot be considered genetically closer to Finns than they are closer to Italians, as suggested by PCA. In another simple scenario, where Europeans are projected onto other Europeans, distinct populations like AJs, Iberians, French, CEU, and British overlap entirely (Figure 22, whereas Finns and Italians are separate. Not only do the results share no apparent resemblance to the geographical distribution, but they also misrepresent the genetic distances between these populations – two properties that PCA has been flaunted to represent. Adding more populations, even if only with the projected populations, contributes towards further distortion of the results with previously distinct populations (Figure 22 now clustering together (Figure 22C). In a different dataset, projecting Japanese onto a base dataset of Africans and Europeans places them as an admixed African-European population. The projected Finns cluster with other Europeans (Figure 22D), at odds with the previous results (Figure 22 that singled them out.
    Different marker types represent the population structure differently, with coding markers carrying the least and non-coding the most information. To illustrate the extent to which marker types represent the population structure, we studied the relationships between UK British and other Europeans (Italians and Iberians) using different types of 30,000 SNPs, a number consistent with the number of SNPs typically analyzed (e.g., Hyde et al. 2016; Watkins et al. 2016; Wright et al. 2019). According to the full SNP set, the British do not overlap with Europeans (Figure 26A). However, coding SNPs show considerable overlap (Figure 26 compared with intronic SNPs (Figure 26C). Protein coding SNPs, RNA molecules, and upstream or downstream SNPs (Figure 26D-F, respectively) also show small overlap. The identification of “outliers,” already a subjective measure, may also differ based on the proportions of each marker type. These results not only illustrate how the choice of markers and populations profoundly affect PCA results but also the difficulties in recovering the population structure in exome datasets.
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     mokordo (04-19-2021)

  9. #305
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    Me refería más a que cambiando configuraciones, se pueden variar tanto los PCAs que uno puede arrimar con mucha facilidad el ascua a su sardina.

    El finlandés del otro foro ponía unos estupendos PCAs donde los sudeuropeos se alejaban extrañamente demasiado de los noreuropeos, y alguno en este foro ponía fantásticos PCAs donde su etnia estaba delimitada claramente de otras vecinas, porque el área delimitada por una línea dejaba montones de individuos de su etnia fuera del cluster, a cosas así me refería.

    Por eso cuando me metí con los PCAs para las muestras de K13 que estamos recopilando no hacía más que preguntar a todos los "expertos": "Pero qué configuración tengo que usar para que mis PCAs se parezcan en algo a los PCAs que estamos acostumbrados a ver?" y todavía ninguno me ha respondido.

    Hay tantas variaciones, que puedes hacer lo que te dé la gana.Los subes, los bajas, de un lado , del otro, los juntas más o menos etc...

    No interesa una convención de su uso aquí, pero habría que buscar un PCA base para uso común, porque si no es imposible tener una referencia con la que comparar PCAs.

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     estesiquesabe (04-19-2021),  Shadogowah (04-20-2021)

  11. #306
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    Por supeusto si se te ocurre comentar algo de que in PCA es sospechoso de estar manipulado a conveniencia, se meten en consideraciones técnicas con rebuscados argumentos profundísimos y términos en inglés que no sé ni si ellos mismos comprenden, intentándolo hacer lo más complejo e ininteligible que puedan para que no puedas rebatirles.

    Para acabar con la manida falacia "...la ciencia no engaña...", la ciencia no engaña, pero si engañan los que la usan como coartada. No es ciencia si trabajamos desde el principio con la idea de reafirmarnos en lo que nos gusta, de dirigir los resultados a lo que queremos, doblarlos, retorcerlos, hasta que indiquen lo que queremos.

    A eso venía la frase que usaba como signature en TA.

    Todo esto vengo contándolo desde que entré por primera vez en estos foros.
    Last edited by mokordo; 04-20-2021 at 08:25 AM.

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     estesiquesabe (04-19-2021)

  13. #307
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    Por supeusto si se te ocurre comentar algo de que in PCA es sospechoso de estar manipulado a conveniencia, se meten en consideraciones técnicas con rebuscados argumentos profundísimos y términos en inglés que no sé ni si ellos mismos comprenden, intentándolo hacer lo más complejo e ininteligible que puedan para que puedas rebatirles.

    Para acabar con la manida falacia "...la ciencia no engaña...", la ciencia no engaña, pero si engañan los que la usan como coartada. No es ciencia si trabajamos desde el principio con la idea de reafirmarnos en lo que nos gusta, de dirigir los resultados a lo que queremos, doblarlos, retorcerlos, hasta que indiquen lo que queremos.

    A eso venía la frase que usaba como signature en TA.

    Todo esto vengo contándolo desde que entré por primera vez en estos foros.
    Pero afortunadamente la mayor parte de la gente es imparcial
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  14. #308
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    Pero afortunadamente la mayor parte de la gente es imparcial
    ¿En serio?

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  16. #309
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    Quote Originally Posted by mokordo View Post
    ¿En serio?
    Yo creo que la mayoría de las personas son imparciales (incluso en el otro foro), solo que el resto se hace notar más ��
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  17. #310
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    Creo que no:



    ¿El de AncestryDna no está más focalizado en gente Anglo?
    AncestryDNA no hace envíos aquí.

    [1] "distance%=1.9178"

    JJJ

    NW_Iberia_IA,79.8
    Roman_Colonial,12.4
    Berber_EMA,7.8

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     mokordo (04-20-2021)

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