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Thread: Arab World - Autosomal map - PCA

  1. #1
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    North Africa
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    French
    Y-DNA (P)
    E-M183
    mtDNA (M)
    H1

    France Morocco Occitania

    Arab World - Autosomal map - PCA

    Hello
    I have made a map of the Arab World (PCA map).

    Arab World map.png

    if you want to reproduce the graph, here are the 2D coordinates
    Code:
    Population	X	Y
    Alger	0,001956675	0,038470075
    Alger	0,014226895	0,05135794
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    Mozabite	0,014128499	0,07051203
    Mozabite	0,014170611	0,080025668
    Nador	0,017628161	0,055178764
    Nador	0,0296479	0,056018627
    Nador	0,030751575	0,05187527
    Nador	0,024133873	0,059974596
    Nador	0,001897281	0,044143801
    Nador	0,009762899	0,043926703
    Ouarzazate	0,013237895	0,090759189
    Ouarzazate	0,004275524	0,10930254
    Ouarzazate	0,00354173	0,08191271
    Ouarzazate	0,003797655	0,087478443
    Ouarzazate	0,008121984	0,090104109
    Ouarzazate	0,005797964	0,082699733
    Ouarzazate	0,008752727	0,082183382
    Ouarzazate	-0,001687167	0,103396868
    Ouarzazate	-0,004129776	0,096744746
    Ouarzazate	-0,002753712	0,074660132
    Ouarzazate	0,001140148	0,074136957
    Ouarzazate	-0,00709898	0,080606438
    Oujda	0,02356899	0,033334959
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    Oujda	0,021568484	0,049541577
    Oujda	0,001687048	0,046486936
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    Palestinian	0,007064654	-0,064904305
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    Palestinian	-0,002562398	-0,049622979
    Palestinian	0,031137091	-0,06324894
    Palestinian	0,008711326	-0,065168195
    Palestinian	0,012840869	-0,064907306
    Palestinian_Christian	0,026196403	-0,067205874
    Palestinian_Christian	0,029512997	-0,075482663
    Saharawi	-0,011530881	0,095570935
    Saharawi	-0,004558104	0,087062804
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    Saharawi	-0,007055184	0,101742624
    Saharawi	-0,010281425	0,111345752
    Saharawi	-0,014645149	0,0705686
    Saharawi	-0,001120145	0,087022159
    Saharawi	-0,009500934	0,093339562
    Saharawi	-0,008873972	0,089288428
    Saharawi	-0,007938666	0,092408331
    Saharawi	-0,014916676	0,085248672
    Saharawi	-0,022035744	0,080642328
    Saharawi	-0,005976882	0,101007427
    Saharawi	0,005381833	0,108907528
    Saharawi	-0,009150615	0,095629529
    Saharawi	-0,002284708	0,105762987
    Saharawi	-0,001377546	0,086496125
    Saharawi	-0,005765769	0,095480104
    Saharawi	-0,02342977	0,064458579
    Saharawi	-0,018717806	0,088710134
    Saharawi	-0,014825053	0,089902865
    Saharawi	-0,024562513	0,066892423
    Saharawi	-0,004603137	0,059491136
    Saharawi	-0,013979529	0,082057413
    Saudi	-0,076629562	-0,050607971
    Saudi	-0,087108397	-0,054138036
    Saudi	-0,077713235	-0,062045902
    Saudi	-0,075097424	-0,051051555
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    Saudi	-0,076360764	-0,057088864
    Saudi	-0,049258033	-0,062635716
    Saudi	-0,062739581	-0,06098672
    Saudi	-0,075078088	-0,05240279
    Sened	0,005565861	0,029690841
    Sened	-0,003810386	0,031766386
    Sened	-0,008632585	0,029836533
    Sened	0,017201028	0,03645903
    Sened	-0,010107623	0,040285207
    Sened	-0,012262715	0,034154892
    Sened	-0,008029349	0,036650603
    Sened	0,008988507	0,052723299
    Sened	-0,008907553	0,037169117
    Sened	0,00728288	0,037204271
    Sened	0,000312352	0,040148274
    Sened	0,003336823	0,028729173
    Sened	0,002441136	0,035360089
    Sened	-0,009761001	0,038360441
    Sened	-0,007785624	0,038484864
    Sened	-0,010711484	0,023065464
    Sened	-0,010841898	0,045834346
    Syrian	0,047105438	-0,091744989
    Syrian	0,066904916	-0,087128077
    Syrian	0,007226975	-0,072090352
    Syrian	0,014567171	-0,07114065
    Syrian	0,048327087	-0,069186061
    Syrian	0,04087577	-0,082012393
    Syrian	0,048980023	-0,080119533
    Syrian	0,044306018	-0,087519419
    Syrian	0,032149309	-0,08886292
    Syrian	0,0261364	-0,077937626
    Syrian	0,048492101	-0,084584746
    Syrian	0,050892919	-0,088105829
    Syrian	0,083012393	-0,110183068
    Syrian	0,024429617	-0,066988754
    Syrian	0,029664903	-0,0780601
    Syrian	0,029385028	-0,056676432
    Syrian	0,01015444	-0,074348307
    Syrian	0,063749502	-0,079740498
    Syrian	0,042407876	-0,060515666
    Syrian_Jew	0,056630254	-0,057636093
    Syrian_Jew	0,045516885	-0,069915806
    Timimoun	-0,003595248	0,063953528
    Timimoun	0,004933147	0,090118512
    Timimoun	-0,005959042	0,081430366
    Timimoun	-0,009228575	0,04212627
    Timimoun	-0,011701705	0,047391913
    Timimoun	-0,003516037	0,06141854
    Timimoun	0,006785802	0,074191056
    Timimoun	-0,004558104	0,087062804
    Timimoun	-0,004924162	0,058043183
    Timimoun	-0,000362224	0,065466094
    Timimoun	0,008493862	0,073062994
    Timimoun	0,004611663	0,061556867
    Timimoun	-0,002421895	0,070250182
    Timimoun	7,93161E-05	0,043935923
    Timimoun	0,01636821	0,080339341
    Timimoun	-0,001210915	0,085078275
    Timimoun	-0,007990762	0,078435228
    Timimoun	-0,002373593	0,047803185
    Timimoun	-0,002577409	0,084746838
    Timimoun	-0,014466392	0,037237698
    Tiznit	-0,00196994	0,079343761
    Tiznit	-0,007381265	0,110397761
    Tiznit	0,005628058	0,11084078
    Tiznit	0,008065313	0,095295592
    Tiznit	0,000988233	0,0990536
    Tiznit	0,007446082	0,095307481
    Tiznit	0,005505901	0,109002112
    Tiznit	-0,003392132	0,119709191
    Tiznit	0,012002137	0,099313408
    Tiznit	-0,018534867	0,109831913
    Tiznit	-0,001321467	0,09619902
    Tiznit	0,007361981	0,081697654
    Tiznit	-0,002020128	0,121942563
    Tiznit	0,006773202	0,101510649
    Tunis	-0,004622776	0,029200075
    Tunis	0,007649973	0,0483864
    Tunis	0,007173396	0,026076211
    Tunis	-0,023802272	0,020189537
    Tunis	-0,001726856	0,054834135
    Tunis	0,00900704	0,041830575
    Tunis	0,014584309	0,035835372
    Tunis	0,020170781	0,041618203
    Tunisian_Jew	0,044701364	-0,03794869
    Tunisian_Jew	0,044698154	-0,039601615
    Tunisian_Jew	0,029536511	-0,033575818
    Tunisian_Jew	0,051280933	-0,041943714
    Tunisian_Jew	0,03573447	-0,038011604
    Tunisian_Jew	0,042393536	-0,037126384
    Tunisian_Jew	0,03054043	-0,031593288
    Yemenite	-0,062866761	-0,051387394
    Yemenite	-0,05699975	-0,048790866
    Yemenite	-0,05480082	-0,050606009
    Yemenite	-0,069307925	-0,053422765
    Yemenite	-0,065012229	-0,052857376
    Yemenite	-0,053075307	-0,057875564
    Yemenite	-0,065998276	-0,052005911
    Yemenite	-0,068986827	-0,046852019
    Yemenite	-0,069095354	-0,065409182
    Yemenite	-0,067122359	-0,047681818
    Yemenite	-0,041215409	-0,058429206
    Yemenite	-0,039892881	-0,058212486
    Yemenite	-0,034084434	-0,052935506
    Yemenite	-0,052010959	-0,06346995
    Yemenite	-0,037179329	-0,060052644
    Yemenite	-0,039708094	-0,051550054
    Yemenite	-0,040376735	-0,053944961
    Yemenite	-0,045771243	-0,058982642
    Yemenite	-0,042346173	-0,060423094
    Yemenite	-0,047731075	-0,056692098
    Yemenite	-0,043178712	-0,060020254
    Yemenite	-0,056306022	-0,048527752
    Yemenite	-0,043869097	-0,056595708
    Yemenite	-0,033592205	-0,061883448
    Yemenite	-0,053975144	-0,050849427
    Yemenite	-0,037021799	-0,053250887
    Yemenite	-0,048717675	-0,04789846
    Yemenite	-0,052941828	-0,054262555
    Yemenite	-0,065779072	-0,039473414
    Yemenite	-0,049154573	-0,063003689
    Yemenite	-0,062372693	-0,043272848
    Yemenite	-0,065759159	-0,042108836
    Yemenite	-0,059447064	-0,05397824
    Yemenite	-0,078759704	-0,058537896
    Yemenite	-0,061704219	-0,058643279
    Yemenite	-0,060274821	-0,051313544
    Yemenite	-0,06022055	-0,06389133
    Yemenite	-0,051385932	-0,060507465
    Yemenite	-0,054077972	-0,05423081
    Yemenite	-0,06604252	-0,060364548
    Yemenite	-0,065620802	-0,053821115
    Yemenite	-0,065968425	-0,054876029
    Yemenite	-0,057977769	-0,045550398
    Yemenite	-0,063191127	-0,056156896
    Yemenite	-0,059630259	-0,051909621
    Yemenite	-0,078935191	-0,056789744
    Yemenite	-0,088656457	-0,050265424
    Yemenite	-0,067526321	-0,049793389
    Yemenite	-0,087584312	-0,046044657
    Yemenite	-0,074989953	-0,046385686
    Yemenite	-0,085729787	-0,048019534
    Yemenite	-0,088687321	-0,042150614
    Yemenite	-0,080113376	-0,042628898
    Yemenite	-0,072434022	-0,047836394

  2. The Following 8 Users Say Thank You to Itrane2000 For This Useful Post:

     anglesqueville (11-28-2020),  Angoliga (11-28-2020),  Echo (11-29-2020),  Nino90 (11-28-2020),  Norfern-Ostrobothnian (11-27-2020),  okarinaofsteiner (12-02-2020),  Seabass (11-27-2020),  Táltos (11-28-2020)

  3. #2
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    North Africa
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    Y-DNA (P)
    E-M183
    mtDNA (M)
    H1

    France Morocco Occitania
    mistake
    Last edited by Itrane2000; 11-28-2020 at 12:14 AM.

  4. #3
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    Y-DNA (P)
    E-M183
    mtDNA (M)
    H1

    France Morocco Occitania
    what is very interesting in this map, is
    1. We can identify 4 clusters:
    -North Africa (Berbers and Arabs)
    -Arabian Peninsula
    - Egypt
    -Middle East

    2. Libya is inbetween arabian peninsula and North Africa (half of the samples are in North african cluster and half of the samples are shifted toward Arabia)

    3. Jews are all clustering in Middle-east. North African Jews are slighty shifted toward North Africa (I think I will built a jewish map)

    Arab World map explanation.png
    Last edited by Itrane2000; 11-28-2020 at 12:15 AM.

  5. The Following 2 Users Say Thank You to Itrane2000 For This Useful Post:

     jstephan (11-28-2020),  Seabass (11-28-2020)

  6. #4
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    mtDNA (M)
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    France Morocco Occitania
    here is the same with average value
    Arab World map avg.png

    blue dots -> arab speaking population
    red dots -> berber speaking population
    brown dots -> jewish population

  7. The Following User Says Thank You to Itrane2000 For This Useful Post:

     Seabass (11-28-2020)

  8. #5
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    Y-DNA (P)
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    mtDNA (M)
    T2b - Tara

    Very cool thank you

  9. #6
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    Quote Originally Posted by Itrane2000 View Post
    Hello
    I have made a map of the Arab World (PCA map).

    Arab World map.png

    if you want to reproduce the graph, here are the 2D coordinates
    Code:
    Population	X	Y
    Alger	0,001956675	0,038470075
    Alger	0,014226895	0,05135794
    Alger	-0,000507628	0,055629274
    Alger	0,032076264	0,042740775
    Alger	0,01655158	0,041168026
    Alger	0,017062974	0,046839641
    Alger	0,010943362	0,052397214
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    Ouarzazate	-0,001687167	0,103396868
    Ouarzazate	-0,004129776	0,096744746
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    Ouarzazate	0,001140148	0,074136957
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    Oujda	0,02356899	0,033334959
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    Oujda	0,001687048	0,046486936
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    Saharawi	-0,022035744	0,080642328
    Saharawi	-0,005976882	0,101007427
    Saharawi	0,005381833	0,108907528
    Saharawi	-0,009150615	0,095629529
    Saharawi	-0,002284708	0,105762987
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    Saharawi	-0,005765769	0,095480104
    Saharawi	-0,02342977	0,064458579
    Saharawi	-0,018717806	0,088710134
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    Saharawi	-0,024562513	0,066892423
    Saharawi	-0,004603137	0,059491136
    Saharawi	-0,013979529	0,082057413
    Saudi	-0,076629562	-0,050607971
    Saudi	-0,087108397	-0,054138036
    Saudi	-0,077713235	-0,062045902
    Saudi	-0,075097424	-0,051051555
    Saudi	-0,078890155	-0,055467553
    Saudi	-0,076360764	-0,057088864
    Saudi	-0,049258033	-0,062635716
    Saudi	-0,062739581	-0,06098672
    Saudi	-0,075078088	-0,05240279
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    Sened	-0,003810386	0,031766386
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    Sened	0,017201028	0,03645903
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    Sened	-0,008029349	0,036650603
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    Sened	-0,008907553	0,037169117
    Sened	0,00728288	0,037204271
    Sened	0,000312352	0,040148274
    Sened	0,003336823	0,028729173
    Sened	0,002441136	0,035360089
    Sened	-0,009761001	0,038360441
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    Syrian	0,014567171	-0,07114065
    Syrian	0,048327087	-0,069186061
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    Syrian	0,048980023	-0,080119533
    Syrian	0,044306018	-0,087519419
    Syrian	0,032149309	-0,08886292
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    Syrian	0,083012393	-0,110183068
    Syrian	0,024429617	-0,066988754
    Syrian	0,029664903	-0,0780601
    Syrian	0,029385028	-0,056676432
    Syrian	0,01015444	-0,074348307
    Syrian	0,063749502	-0,079740498
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    Syrian_Jew	0,045516885	-0,069915806
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    Timimoun	-0,011701705	0,047391913
    Timimoun	-0,003516037	0,06141854
    Timimoun	0,006785802	0,074191056
    Timimoun	-0,004558104	0,087062804
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    Timimoun	0,008493862	0,073062994
    Timimoun	0,004611663	0,061556867
    Timimoun	-0,002421895	0,070250182
    Timimoun	7,93161E-05	0,043935923
    Timimoun	0,01636821	0,080339341
    Timimoun	-0,001210915	0,085078275
    Timimoun	-0,007990762	0,078435228
    Timimoun	-0,002373593	0,047803185
    Timimoun	-0,002577409	0,084746838
    Timimoun	-0,014466392	0,037237698
    Tiznit	-0,00196994	0,079343761
    Tiznit	-0,007381265	0,110397761
    Tiznit	0,005628058	0,11084078
    Tiznit	0,008065313	0,095295592
    Tiznit	0,000988233	0,0990536
    Tiznit	0,007446082	0,095307481
    Tiznit	0,005505901	0,109002112
    Tiznit	-0,003392132	0,119709191
    Tiznit	0,012002137	0,099313408
    Tiznit	-0,018534867	0,109831913
    Tiznit	-0,001321467	0,09619902
    Tiznit	0,007361981	0,081697654
    Tiznit	-0,002020128	0,121942563
    Tiznit	0,006773202	0,101510649
    Tunis	-0,004622776	0,029200075
    Tunis	0,007649973	0,0483864
    Tunis	0,007173396	0,026076211
    Tunis	-0,023802272	0,020189537
    Tunis	-0,001726856	0,054834135
    Tunis	0,00900704	0,041830575
    Tunis	0,014584309	0,035835372
    Tunis	0,020170781	0,041618203
    Tunisian_Jew	0,044701364	-0,03794869
    Tunisian_Jew	0,044698154	-0,039601615
    Tunisian_Jew	0,029536511	-0,033575818
    Tunisian_Jew	0,051280933	-0,041943714
    Tunisian_Jew	0,03573447	-0,038011604
    Tunisian_Jew	0,042393536	-0,037126384
    Tunisian_Jew	0,03054043	-0,031593288
    Yemenite	-0,062866761	-0,051387394
    Yemenite	-0,05699975	-0,048790866
    Yemenite	-0,05480082	-0,050606009
    Yemenite	-0,069307925	-0,053422765
    Yemenite	-0,065012229	-0,052857376
    Yemenite	-0,053075307	-0,057875564
    Yemenite	-0,065998276	-0,052005911
    Yemenite	-0,068986827	-0,046852019
    Yemenite	-0,069095354	-0,065409182
    Yemenite	-0,067122359	-0,047681818
    Yemenite	-0,041215409	-0,058429206
    Yemenite	-0,039892881	-0,058212486
    Yemenite	-0,034084434	-0,052935506
    Yemenite	-0,052010959	-0,06346995
    Yemenite	-0,037179329	-0,060052644
    Yemenite	-0,039708094	-0,051550054
    Yemenite	-0,040376735	-0,053944961
    Yemenite	-0,045771243	-0,058982642
    Yemenite	-0,042346173	-0,060423094
    Yemenite	-0,047731075	-0,056692098
    Yemenite	-0,043178712	-0,060020254
    Yemenite	-0,056306022	-0,048527752
    Yemenite	-0,043869097	-0,056595708
    Yemenite	-0,033592205	-0,061883448
    Yemenite	-0,053975144	-0,050849427
    Yemenite	-0,037021799	-0,053250887
    Yemenite	-0,048717675	-0,04789846
    Yemenite	-0,052941828	-0,054262555
    Yemenite	-0,065779072	-0,039473414
    Yemenite	-0,049154573	-0,063003689
    Yemenite	-0,062372693	-0,043272848
    Yemenite	-0,065759159	-0,042108836
    Yemenite	-0,059447064	-0,05397824
    Yemenite	-0,078759704	-0,058537896
    Yemenite	-0,061704219	-0,058643279
    Yemenite	-0,060274821	-0,051313544
    Yemenite	-0,06022055	-0,06389133
    Yemenite	-0,051385932	-0,060507465
    Yemenite	-0,054077972	-0,05423081
    Yemenite	-0,06604252	-0,060364548
    Yemenite	-0,065620802	-0,053821115
    Yemenite	-0,065968425	-0,054876029
    Yemenite	-0,057977769	-0,045550398
    Yemenite	-0,063191127	-0,056156896
    Yemenite	-0,059630259	-0,051909621
    Yemenite	-0,078935191	-0,056789744
    Yemenite	-0,088656457	-0,050265424
    Yemenite	-0,067526321	-0,049793389
    Yemenite	-0,087584312	-0,046044657
    Yemenite	-0,074989953	-0,046385686
    Yemenite	-0,085729787	-0,048019534
    Yemenite	-0,088687321	-0,042150614
    Yemenite	-0,080113376	-0,042628898
    Yemenite	-0,072434022	-0,047836394
    How can I compare myself in this pca

  10. The Following User Says Thank You to lifeisdandy For This Useful Post:

     Itrane2000 (11-28-2020)

  11. #7
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    North Africa
    Nationality
    French
    Y-DNA (P)
    E-M183
    mtDNA (M)
    H1

    France Morocco Occitania
    It is not easy:
    1st step: I have taken all the arab individual from Vahaduo.
    2nd step: I run a PCA on the samples (around 460 individuals)
    3rd step: I took the 3 dimensions of the PCA and I identified the Sub-saharan dimensions.
    4th step: I deleted the sub-saharan dimensions by making a vectorial transformation
    5th step: I put this transformation in a 2d dimensions.

    here is the link to the G25 of all the 460 samples
    https://docs.google.com/spreadsheets...it?usp=sharing

    What I propose to you is:
    1. add your G25
    2. launch a PCA with Vahaduo tool: https://vahaduo.github.io/custompca/
    3. go on PCA data and copy this data in a google drive link, after that I will do the transformation myself.

  12. The Following 2 Users Say Thank You to Itrane2000 For This Useful Post:

     lifeisdandy (11-28-2020),  TheIncredibleHulk (11-29-2020)

  13. #8
    Quote Originally Posted by Itrane2000 View Post
    It is not easy:
    1st step: I have taken all the arab individual from Vahaduo.
    2nd step: I run a PCA on the samples (around 460 individuals)
    3rd step: I took the 3 dimensions of the PCA and I identified the Sub-saharan dimensions.
    4th step: I deleted the sub-saharan dimensions by making a vectorial transformation
    5th step: I put this transformation in a 2d dimensions.

    here is the link to the G25 of all the 460 samples
    https://docs.google.com/spreadsheets...it?usp=sharing

    What I propose to you is:
    1. add your G25
    2. launch a PCA with Vahaduo tool: https://vahaduo.github.io/custompca/
    3. go on PCA data and copy this data in a google drive link, after that I will do the transformation myself.
    As usual, it would seem that I cluster the closest to Syrians and Lebanese Muslims while lifeisdandy clusters in between Egyptian Muslims and Southern Levantines/Arabians:



    Honestly, Palestinian Muslims, Bedouin A, Arabians including Bedouin B and Egyptians including lifeisdandy do belong in the same bio-geographical region or clustering for me. I've added both the late period Egyptians and the Egyptian woman from Beirut, and as expected, they cluster pretty closely with NA Jews and etc(they're the orange squares in the graph):
    Last edited by TheIncredibleHulk; 11-29-2020 at 04:07 AM.

  14. The Following User Says Thank You to TheIncredibleHulk For This Useful Post:

     Itrane2000 (11-29-2020)

  15. #9
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    North Africa
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    French
    Y-DNA (P)
    E-M183
    mtDNA (M)
    H1

    France Morocco Occitania
    what is your genetic distance with those populations ?

  16. #10
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    Coptic Egyptian
    Y-DNA (P)
    J-ZS12454
    mtDNA (M)
    T2b - Tara

    Quote Originally Posted by TheIncredibleHulk View Post
    As usual, it would seem that I cluster the closest to Syrians and Lebanese Muslims while lifeisdandy clusters in between Egyptian Muslims and Southern Levantines/Arabians:



    Honestly, Palestinian Muslims, Bedouin A, Arabians including Bedouin B and Egyptians including lifeisdandy do belong in the same bio-geographical region or clustering for me. I've added both the late period Egyptians and the Egyptian woman from Beirut, and as expected, they cluster pretty closely with NA Jews and etc(they're the orange squares in the graph):
    im all by myself hahahah... I wish we had more coptic results.

  17. The Following User Says Thank You to lifeisdandy For This Useful Post:

     TheIncredibleHulk (11-30-2020)

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