Arab World - Autosomal map - PCA

**Itrane2000** · 11-27-2020, 10:07 PM

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I have made a map of the Arab World (PCA map).

Arab World map.png

if you want to reproduce the graph, here are the 2D coordinates

Code:

Population	X	Y
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Palestinian	0,012840869	-0,064907306
Palestinian_Christian	0,026196403	-0,067205874
Palestinian_Christian	0,029512997	-0,075482663
Saharawi	-0,011530881	0,095570935
Saharawi	-0,004558104	0,087062804
Saharawi	-0,006994462	0,079928428
Saharawi	-0,007055184	0,101742624
Saharawi	-0,010281425	0,111345752
Saharawi	-0,014645149	0,0705686
Saharawi	-0,001120145	0,087022159
Saharawi	-0,009500934	0,093339562
Saharawi	-0,008873972	0,089288428
Saharawi	-0,007938666	0,092408331
Saharawi	-0,014916676	0,085248672
Saharawi	-0,022035744	0,080642328
Saharawi	-0,005976882	0,101007427
Saharawi	0,005381833	0,108907528
Saharawi	-0,009150615	0,095629529
Saharawi	-0,002284708	0,105762987
Saharawi	-0,001377546	0,086496125
Saharawi	-0,005765769	0,095480104
Saharawi	-0,02342977	0,064458579
Saharawi	-0,018717806	0,088710134
Saharawi	-0,014825053	0,089902865
Saharawi	-0,024562513	0,066892423
Saharawi	-0,004603137	0,059491136
Saharawi	-0,013979529	0,082057413
Saudi	-0,076629562	-0,050607971
Saudi	-0,087108397	-0,054138036
Saudi	-0,077713235	-0,062045902
Saudi	-0,075097424	-0,051051555
Saudi	-0,078890155	-0,055467553
Saudi	-0,076360764	-0,057088864
Saudi	-0,049258033	-0,062635716
Saudi	-0,062739581	-0,06098672
Saudi	-0,075078088	-0,05240279
Sened	0,005565861	0,029690841
Sened	-0,003810386	0,031766386
Sened	-0,008632585	0,029836533
Sened	0,017201028	0,03645903
Sened	-0,010107623	0,040285207
Sened	-0,012262715	0,034154892
Sened	-0,008029349	0,036650603
Sened	0,008988507	0,052723299
Sened	-0,008907553	0,037169117
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Sened	0,000312352	0,040148274
Sened	0,003336823	0,028729173
Sened	0,002441136	0,035360089
Sened	-0,009761001	0,038360441
Sened	-0,007785624	0,038484864
Sened	-0,010711484	0,023065464
Sened	-0,010841898	0,045834346
Syrian	0,047105438	-0,091744989
Syrian	0,066904916	-0,087128077
Syrian	0,007226975	-0,072090352
Syrian	0,014567171	-0,07114065
Syrian	0,048327087	-0,069186061
Syrian	0,04087577	-0,082012393
Syrian	0,048980023	-0,080119533
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Syrian	0,032149309	-0,08886292
Syrian	0,0261364	-0,077937626
Syrian	0,048492101	-0,084584746
Syrian	0,050892919	-0,088105829
Syrian	0,083012393	-0,110183068
Syrian	0,024429617	-0,066988754
Syrian	0,029664903	-0,0780601
Syrian	0,029385028	-0,056676432
Syrian	0,01015444	-0,074348307
Syrian	0,063749502	-0,079740498
Syrian	0,042407876	-0,060515666
Syrian_Jew	0,056630254	-0,057636093
Syrian_Jew	0,045516885	-0,069915806
Timimoun	-0,003595248	0,063953528
Timimoun	0,004933147	0,090118512
Timimoun	-0,005959042	0,081430366
Timimoun	-0,009228575	0,04212627
Timimoun	-0,011701705	0,047391913
Timimoun	-0,003516037	0,06141854
Timimoun	0,006785802	0,074191056
Timimoun	-0,004558104	0,087062804
Timimoun	-0,004924162	0,058043183
Timimoun	-0,000362224	0,065466094
Timimoun	0,008493862	0,073062994
Timimoun	0,004611663	0,061556867
Timimoun	-0,002421895	0,070250182
Timimoun	7,93161E-05	0,043935923
Timimoun	0,01636821	0,080339341
Timimoun	-0,001210915	0,085078275
Timimoun	-0,007990762	0,078435228
Timimoun	-0,002373593	0,047803185
Timimoun	-0,002577409	0,084746838
Timimoun	-0,014466392	0,037237698
Tiznit	-0,00196994	0,079343761
Tiznit	-0,007381265	0,110397761
Tiznit	0,005628058	0,11084078
Tiznit	0,008065313	0,095295592
Tiznit	0,000988233	0,0990536
Tiznit	0,007446082	0,095307481
Tiznit	0,005505901	0,109002112
Tiznit	-0,003392132	0,119709191
Tiznit	0,012002137	0,099313408
Tiznit	-0,018534867	0,109831913
Tiznit	-0,001321467	0,09619902
Tiznit	0,007361981	0,081697654
Tiznit	-0,002020128	0,121942563
Tiznit	0,006773202	0,101510649
Tunis	-0,004622776	0,029200075
Tunis	0,007649973	0,0483864
Tunis	0,007173396	0,026076211
Tunis	-0,023802272	0,020189537
Tunis	-0,001726856	0,054834135
Tunis	0,00900704	0,041830575
Tunis	0,014584309	0,035835372
Tunis	0,020170781	0,041618203
Tunisian_Jew	0,044701364	-0,03794869
Tunisian_Jew	0,044698154	-0,039601615
Tunisian_Jew	0,029536511	-0,033575818
Tunisian_Jew	0,051280933	-0,041943714
Tunisian_Jew	0,03573447	-0,038011604
Tunisian_Jew	0,042393536	-0,037126384
Tunisian_Jew	0,03054043	-0,031593288
Yemenite	-0,062866761	-0,051387394
Yemenite	-0,05699975	-0,048790866
Yemenite	-0,05480082	-0,050606009
Yemenite	-0,069307925	-0,053422765
Yemenite	-0,065012229	-0,052857376
Yemenite	-0,053075307	-0,057875564
Yemenite	-0,065998276	-0,052005911
Yemenite	-0,068986827	-0,046852019
Yemenite	-0,069095354	-0,065409182
Yemenite	-0,067122359	-0,047681818
Yemenite	-0,041215409	-0,058429206
Yemenite	-0,039892881	-0,058212486
Yemenite	-0,034084434	-0,052935506
Yemenite	-0,052010959	-0,06346995
Yemenite	-0,037179329	-0,060052644
Yemenite	-0,039708094	-0,051550054
Yemenite	-0,040376735	-0,053944961
Yemenite	-0,045771243	-0,058982642
Yemenite	-0,042346173	-0,060423094
Yemenite	-0,047731075	-0,056692098
Yemenite	-0,043178712	-0,060020254
Yemenite	-0,056306022	-0,048527752
Yemenite	-0,043869097	-0,056595708
Yemenite	-0,033592205	-0,061883448
Yemenite	-0,053975144	-0,050849427
Yemenite	-0,037021799	-0,053250887
Yemenite	-0,048717675	-0,04789846
Yemenite	-0,052941828	-0,054262555
Yemenite	-0,065779072	-0,039473414
Yemenite	-0,049154573	-0,063003689
Yemenite	-0,062372693	-0,043272848
Yemenite	-0,065759159	-0,042108836
Yemenite	-0,059447064	-0,05397824
Yemenite	-0,078759704	-0,058537896
Yemenite	-0,061704219	-0,058643279
Yemenite	-0,060274821	-0,051313544
Yemenite	-0,06022055	-0,06389133
Yemenite	-0,051385932	-0,060507465
Yemenite	-0,054077972	-0,05423081
Yemenite	-0,06604252	-0,060364548
Yemenite	-0,065620802	-0,053821115
Yemenite	-0,065968425	-0,054876029
Yemenite	-0,057977769	-0,045550398
Yemenite	-0,063191127	-0,056156896
Yemenite	-0,059630259	-0,051909621
Yemenite	-0,078935191	-0,056789744
Yemenite	-0,088656457	-0,050265424
Yemenite	-0,067526321	-0,049793389
Yemenite	-0,087584312	-0,046044657
Yemenite	-0,074989953	-0,046385686
Yemenite	-0,085729787	-0,048019534
Yemenite	-0,088687321	-0,042150614
Yemenite	-0,080113376	-0,042628898
Yemenite	-0,072434022	-0,047836394

**Itrane2000** · 11-28-2020, 12:06 AM

mistake

**Itrane2000** · 11-28-2020, 12:10 AM

what is very interesting in this map, is
1. We can identify 4 clusters:
-North Africa (Berbers and Arabs)
-Arabian Peninsula
- Egypt
-Middle East

2. Libya is inbetween arabian peninsula and North Africa (half of the samples are in North african cluster and half of the samples are shifted toward Arabia)

3. Jews are all clustering in Middle-east. North African Jews are slighty shifted toward North Africa (I think I will built a jewish map)

Arab World map explanation.png

**Itrane2000** · 11-28-2020, 06:07 PM

here is the same with average value
Arab World map avg.png

blue dots -> arab speaking population
red dots -> berber speaking population
brown dots -> jewish population

**lifeisdandy** · 11-28-2020, 06:25 PM

Very cool thank you

**lifeisdandy** · 11-28-2020, 06:26 PM

Originally Posted by Itrane2000

Hello
I have made a map of the Arab World (PCA map).

Arab World map.png

if you want to reproduce the graph, here are the 2D coordinates

Code:

Population	X	Y
Alger	0,001956675	0,038470075
Alger	0,014226895	0,05135794
Alger	-0,000507628	0,055629274
Alger	0,032076264	0,042740775
Alger	0,01655158	0,041168026
Alger	0,017062974	0,046839641
Alger	0,010943362	0,052397214
Alger	0,037381054	0,047046922
Alger	-0,006849602	0,029458215
Alger	0,01019048	0,063242712
Alger	0,018126463	0,0521109
Alger	0,020079918	0,049499439
Alger	0,016118421	0,056132033
Alger	0,003574893	0,040265419
Alger	0,00233599	0,061684042
Alger	0,014444886	0,046277517
Alger	0,015256398	0,049699188
Alger	0,015041473	0,050750867
Alger	0,024545899	0,062281132
Alger	-0,0034724	0,044397988
Alger	-0,001540571	0,06315649
Alger	0,005969833	0,055587118
Alger	0,005913092	0,035012953
Alger	0,006789137	0,03293627
Assyrian	0,057417998	-0,108142053
Assyrian	0,056088632	-0,110799599
Assyrian	0,060529786	-0,10037586
Assyrian	0,048797101	-0,098940978
Assyrian	0,047990338	-0,096755293
Assyrian	0,077038752	-0,11634331
Assyrian	0,06260888	-0,110185126
Assyrian	0,047712568	-0,115301039
Assyrian	0,062242885	-0,101695119
Assyrian	0,050863307	-0,100634132
Assyrian	0,056662507	-0,112689302
BedouinA	0,000320259	-0,054871391
BedouinA	0,00899455	-0,055145269
BedouinA	0,008104695	-0,049966725
BedouinA	-0,006813295	-0,038368127
BedouinA	0,012761926	-0,053722617
BedouinA	0,009133406	-0,058945635
BedouinA	0,006590759	-0,046677511
BedouinA	-0,026168985	-0,046273297
BedouinA	-0,010624558	-0,054988311
BedouinB	-0,073628428	-0,048238591
BedouinB	-0,050588432	-0,044896696
BedouinB	-0,084413961	-0,049156208
BedouinB	-0,089476307	-0,059031253
BedouinB	-0,081569647	-0,043537136
BedouinB	-0,075237462	-0,053205776
BedouinB	-0,075097823	-0,045256375
BedouinB	-0,06016565	-0,041961262
BedouinB	-0,081203125	-0,053153256
BedouinB	-0,081386952	-0,049809333
BedouinB	-0,060693816	-0,047450698
BedouinB	-0,058617305	-0,058353794
BedouinB	-0,079342363	-0,045444192
BedouinB	-0,073189635	-0,052436618
BedouinB	-0,076861404	-0,048239933
BedouinB	-0,060133757	-0,050232456
BedouinB	-0,062926406	-0,04300181
BedouinB	-0,069145643	-0,056821381
Casablanca	-0,007716553	0,047550081
Casablanca	-0,002706862	0,048080435
Casablanca	0,007903851	0,058706117
Casablanca	0,002680408	0,052926309
Casablanca	-0,003957244	0,039471168
Casablanca	-0,003926703	0,058489669
Casablanca	0,001451874	0,055381848
Casablanca	0,000637844	0,061195276
Casablanca	0,00937115	0,087083249
Chefchaouen	0,024521987	0,0671581
Chefchaouen	0,012670501	0,076113145
Chefchaouen	0,030498815	0,064526118
Chefchaouen	0,028717982	0,075317377
Chefchaouen	0,020615985	0,067487989
Chefchaouen	0,024088553	0,075321777
Chefchaouen	0,028788637	0,068859681
Chefchaouen	0,026740941	0,070569807
Chenini	0,007725896	0,072099174
Chenini	0,003433154	0,070421822
Chenini	0,010425748	0,07349241
Chenini	0,016377417	0,072839839
Chenini	0,016872266	0,071501207
Chenini	0,023374661	0,076347292
Chenini	0,016302491	0,069033719
Chenini	0,019457918	0,065457705
Chenini	0,017214078	0,083015283
Chenini	0,022187749	0,061335657
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Timimoun	-0,002373593	0,047803185
Timimoun	-0,002577409	0,084746838
Timimoun	-0,014466392	0,037237698
Tiznit	-0,00196994	0,079343761
Tiznit	-0,007381265	0,110397761
Tiznit	0,005628058	0,11084078
Tiznit	0,008065313	0,095295592
Tiznit	0,000988233	0,0990536
Tiznit	0,007446082	0,095307481
Tiznit	0,005505901	0,109002112
Tiznit	-0,003392132	0,119709191
Tiznit	0,012002137	0,099313408
Tiznit	-0,018534867	0,109831913
Tiznit	-0,001321467	0,09619902
Tiznit	0,007361981	0,081697654
Tiznit	-0,002020128	0,121942563
Tiznit	0,006773202	0,101510649
Tunis	-0,004622776	0,029200075
Tunis	0,007649973	0,0483864
Tunis	0,007173396	0,026076211
Tunis	-0,023802272	0,020189537
Tunis	-0,001726856	0,054834135
Tunis	0,00900704	0,041830575
Tunis	0,014584309	0,035835372
Tunis	0,020170781	0,041618203
Tunisian_Jew	0,044701364	-0,03794869
Tunisian_Jew	0,044698154	-0,039601615
Tunisian_Jew	0,029536511	-0,033575818
Tunisian_Jew	0,051280933	-0,041943714
Tunisian_Jew	0,03573447	-0,038011604
Tunisian_Jew	0,042393536	-0,037126384
Tunisian_Jew	0,03054043	-0,031593288
Yemenite	-0,062866761	-0,051387394
Yemenite	-0,05699975	-0,048790866
Yemenite	-0,05480082	-0,050606009
Yemenite	-0,069307925	-0,053422765
Yemenite	-0,065012229	-0,052857376
Yemenite	-0,053075307	-0,057875564
Yemenite	-0,065998276	-0,052005911
Yemenite	-0,068986827	-0,046852019
Yemenite	-0,069095354	-0,065409182
Yemenite	-0,067122359	-0,047681818
Yemenite	-0,041215409	-0,058429206
Yemenite	-0,039892881	-0,058212486
Yemenite	-0,034084434	-0,052935506
Yemenite	-0,052010959	-0,06346995
Yemenite	-0,037179329	-0,060052644
Yemenite	-0,039708094	-0,051550054
Yemenite	-0,040376735	-0,053944961
Yemenite	-0,045771243	-0,058982642
Yemenite	-0,042346173	-0,060423094
Yemenite	-0,047731075	-0,056692098
Yemenite	-0,043178712	-0,060020254
Yemenite	-0,056306022	-0,048527752
Yemenite	-0,043869097	-0,056595708
Yemenite	-0,033592205	-0,061883448
Yemenite	-0,053975144	-0,050849427
Yemenite	-0,037021799	-0,053250887
Yemenite	-0,048717675	-0,04789846
Yemenite	-0,052941828	-0,054262555
Yemenite	-0,065779072	-0,039473414
Yemenite	-0,049154573	-0,063003689
Yemenite	-0,062372693	-0,043272848
Yemenite	-0,065759159	-0,042108836
Yemenite	-0,059447064	-0,05397824
Yemenite	-0,078759704	-0,058537896
Yemenite	-0,061704219	-0,058643279
Yemenite	-0,060274821	-0,051313544
Yemenite	-0,06022055	-0,06389133
Yemenite	-0,051385932	-0,060507465
Yemenite	-0,054077972	-0,05423081
Yemenite	-0,06604252	-0,060364548
Yemenite	-0,065620802	-0,053821115
Yemenite	-0,065968425	-0,054876029
Yemenite	-0,057977769	-0,045550398
Yemenite	-0,063191127	-0,056156896
Yemenite	-0,059630259	-0,051909621
Yemenite	-0,078935191	-0,056789744
Yemenite	-0,088656457	-0,050265424
Yemenite	-0,067526321	-0,049793389
Yemenite	-0,087584312	-0,046044657
Yemenite	-0,074989953	-0,046385686
Yemenite	-0,085729787	-0,048019534
Yemenite	-0,088687321	-0,042150614
Yemenite	-0,080113376	-0,042628898
Yemenite	-0,072434022	-0,047836394

How can I compare myself in this pca

**Itrane2000** · 11-28-2020, 08:29 PM

It is not easy:
1st step: I have taken all the arab individual from Vahaduo.
2nd step: I run a PCA on the samples (around 460 individuals)
3rd step: I took the 3 dimensions of the PCA and I identified the Sub-saharan dimensions.
4th step: I deleted the sub-saharan dimensions by making a vectorial transformation
5th step: I put this transformation in a 2d dimensions.

here is the link to the G25 of all the 460 samples
https://docs.google.com/spreadsheets...it?usp=sharing

What I propose to you is:
1. add your G25
2. launch a PCA with Vahaduo tool: https://vahaduo.github.io/custompca/
3. go on PCA data and copy this data in a google drive link, after that I will do the transformation myself.

**TheIncredibleHulk** · 11-29-2020, 03:54 AM

Originally Posted by Itrane2000

It is not easy:
1st step: I have taken all the arab individual from Vahaduo.
2nd step: I run a PCA on the samples (around 460 individuals)
3rd step: I took the 3 dimensions of the PCA and I identified the Sub-saharan dimensions.
4th step: I deleted the sub-saharan dimensions by making a vectorial transformation
5th step: I put this transformation in a 2d dimensions.

here is the link to the G25 of all the 460 samples
https://docs.google.com/spreadsheets...it?usp=sharing

What I propose to you is:
1. add your G25
2. launch a PCA with Vahaduo tool: https://vahaduo.github.io/custompca/
3. go on PCA data and copy this data in a google drive link, after that I will do the transformation myself.

As usual, it would seem that I cluster the closest to Syrians and Lebanese Muslims while lifeisdandy clusters in between Egyptian Muslims and Southern Levantines/Arabians:

Honestly, Palestinian Muslims, Bedouin A, Arabians including Bedouin B and Egyptians including lifeisdandy do belong in the same bio-geographical region or clustering for me. I've added both the late period Egyptians and the Egyptian woman from Beirut, and as expected, they cluster pretty closely with NA Jews and etc(they're the orange squares in the graph):

**Itrane2000** · 11-29-2020, 09:50 PM

what is your genetic distance with those populations ?

**lifeisdandy** · 11-30-2020, 12:17 AM

Originally Posted by TheIncredibleHulk

As usual, it would seem that I cluster the closest to Syrians and Lebanese Muslims while lifeisdandy clusters in between Egyptian Muslims and Southern Levantines/Arabians:

Honestly, Palestinian Muslims, Bedouin A, Arabians including Bedouin B and Egyptians including lifeisdandy do belong in the same bio-geographical region or clustering for me. I've added both the late period Egyptians and the Egyptian woman from Beirut, and as expected, they cluster pretty closely with NA Jews and etc(they're the orange squares in the graph):

im all by myself hahahah... I wish we had more coptic results.

Thread: Arab World - Autosomal map - PCA

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Arab World - Autosomal map - PCA

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