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Thread: cartes "Multidimensional Scaling" pour génomes diploïdes

  1. #501
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Même chose, mais sans les Italiens de 1000Genomes et Lazaridis, dont on peut se passer maintenant. Je vais garder les données imputées de Raveane (qui pèsent quand même quelques Gb... ), j'ai l'impression que finalement j'ai fait un bon boulot d'imputation, contrairement à l'impression mitigée que me causait le positionnement des gens de Trentino.
    test_proj_global_raveane_mds_1-2.pdf

    Sans vouloir me faire ma propre pub, que de boulot pour des gens avec lesquels j'ai si peu de connexions: j'ai en tout et pour tout UN match italien sur MyHeritage, et avec un faible niveau de confiance de surcroît.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  3. #502
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    France Lyon Switzerland Chile France Bourgogne
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Même chose, mais sans les Italiens de 1000Genomes et Lazaridis, dont on peut se passer maintenant. Je vais garder les données imputées de Raveane (qui pèsent quand même quelques Gb... ), j'ai l'impression que finalement j'ai fait un bon boulot d'imputation, contrairement à l'impression mitigée que me causait le positionnement des gens de Trentino.
    test_proj_global_raveane_mds_1-2.pdf

    Sans vouloir me faire ma propre pub, que de boulot pour des gens avec lesquels j'ai si peu de connexions: j'ai en tout et pour tout UN match italien sur MyHeritage, et avec un faible niveau de confiance de surcroît.
    Joli boulot, et si tu peux te faire ta pub!
    Ça a l'air juste en tout cas, si je me base sur la position du petit cluster Val d'Aoste flirtant avec le cluster Centre; les Valdôtains sont proches culturellement et géographiquement des Savoyards et des Suisses francophones, alors pourquoi pas aussi génétiquement ? Sans compter les Walser, descendants des Alamans, qui forment une communauté non-négligeable de cette région et qui tire peut-être un peu plus ce cluster vers le Centre.
    Last edited by Arnfried; 04-14-2021 at 02:22 PM.
    G25
    Barcin 48.2; Yamnaya 41.2; WHG 9.4; LapaDoSanto 1.2

    K36 nMonte3
    1 Rheinland-Pfalz 1.17
    2 Baden-Wurttemberg 1.22
    3 Swiss_German 1.22
    4 Saarland 1.23
    5 Tirol 1.24
    6 Ile-de-France 1.26
    7 FR_Swiss 1.27
    8 Alsace 1.31

    Oracles
    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+South_Dutch 5,600388
    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+Norway_south-east 5,625698

    67% DE_Rheinland-Pfalz + 33% FR_Savoie
    62.7% FR_Normandy + 37.3% IT_Lombardia
    73% DE_Saarland + 27% IT_Lombardia

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  5. #503
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
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    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  7. #504
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    France Lyon Switzerland Chile France Bourgogne
    Et les Suisses dans tout ça?
    G25
    Barcin 48.2; Yamnaya 41.2; WHG 9.4; LapaDoSanto 1.2

    K36 nMonte3
    1 Rheinland-Pfalz 1.17
    2 Baden-Wurttemberg 1.22
    3 Swiss_German 1.22
    4 Saarland 1.23
    5 Tirol 1.24
    6 Ile-de-France 1.26
    7 FR_Swiss 1.27
    8 Alsace 1.31

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    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+South_Dutch 5,600388
    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+Norway_south-east 5,625698

    67% DE_Rheinland-Pfalz + 33% FR_Savoie
    62.7% FR_Normandy + 37.3% IT_Lombardia
    73% DE_Saarland + 27% IT_Lombardia

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  9. #505
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    Quote Originally Posted by Arnfried View Post
    Et les Suisses dans tout ça?
    Je n'ai pas accès aux données. Je cherche.
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  11. #506
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    My database was enriched by the 295 Lithuanians from the study "Inferring effective population size and divergence time in the Lithuanian population according to high-density genotyping data", Alina Urnikyte et al. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32164396/ . I had to resort to imputation.

    test_proj_global_LIT_mds_1-2.pdf
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  13. #507
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    I eventually managed to invite the 30 Germans (+ 4 German-Austrians) from Busby et al. 2015. Some work (lift to Hg37, imputation), but it was worth the pain. I believe they are those who are on G25. I'll very likely tomorrow add a big bunch of Poles.

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  15. #508
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    Merci à toi. A l'occasion, preneur des coordonnées mises à jour

  16. #509
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    Voilà avec les Polonais de Busby, plus quelques Norvégiens supplémentaires et une poignée d'Écossais et de Gallois. Au passage, je me suis aperçu que le filtrage des individus apparentés chez les derniers Lituaniens avait été mal fait, j'ai encore plein de Phi_Hat de l'ordre de 0.5. Il va falloir que j'écrême leur cluster, je pense que toute la périphérie va sauter. Je donne deux pdf, l'un avec des clusters non convexes (pour l'oeil), et un autre plus conforme à la réalité avec de vrais convexes.

    test_proj_global_mds_1-2.pdf
    test_proj_global_mds_conc100_1-2.pdf
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  18. #510
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Dernier ajout, dernier pour aujourd'hui et sans doute pour un moment, à moins d'un événement heureux (comme par exemple un gros paquet de données suédoises de bonne qualité). J'avais hésité à intégrer les sept Irlandais, car des valeurs de Pi_Hat autour de 0.3 font signe vers des relations généalogiques proches entre certains d'entre eux. En général on préfère exploser les couples avec un pi_hat>0.2, mais finalement j'ai regardé et cela ne semble pas trop affecter leurs localisations. Pendant que j'y suis, on me demande ce que sont les quelques GB tout en bas du cluster britannique, aux abords du cluster orcadien. Réponse: je n'en sais rien. Ils viennent de 1kG, donc ils peuvent être écossais, voire tout simplement orcadiens (encore que ne sache pas que quand la base 1kG a été assemblée d'autres Orcadiens aient été analysés que ceux qui l'ont été pour HGDP). Voilà, j'ai sorti de Busby tout ce qui présentait un intérêt pour moi.

    test_proj_global_mds_1-2.pdf
    test_proj_global_mds_conv_1-2.pdf
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