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Thread: cartes "Multidimensional Scaling" pour génomes diploïdes

  1. #231
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    R-BY3604-Z275
    mtDNA (M)
    H5a1

    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Quote Originally Posted by Finn View Post
    Ok and the Germanic Dane, do you you anything about his ancestry, ok obviously partly Jute but Germany is more complex makes a difference if it is Bayern or Schleswig.....
    He is in Celticgerman's group, I don't remember whether he's a relative or a friend. In my memories, he's from Schleswig.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  3. #232
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    Y-DNA (P)
    R-CTS4333 (U152/Z36)
    mtDNA (M)
    H
    Y-DNA (M)
    I1-L22
    mtDNA (P)
    U5a1b2

    Germany Denmark Czech Republic Switzerland Austria European Union
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    He is in Celticgerman's group, I don't remember whether he's a relative or a friend. In my memories, he's from Schleswig.
    "Germanic Dane" is a fourth degree cousin of mine (genetic and paper trail) from the Tonder area in South Jutland. You cannot clearly say if people there are Danish or German. Somehow they are both with additional Frisian. I don't have a complete tree of him, just some ancestry lines. There is Schleswig-Holstein, Denmark, Mecklenburg, Lower Saxony, a bit Bavaria and Prague. Nevertheless there are good reasons to consider his ancestry as North German/Danish/Frisian/Dutch above all. Y-DNA: I1-L573.

    His K13 New:
    Dutch_North 0.247
    North_German 0.275
    Dutch_Central 0.299
    Dutch 0.343
    Denmark 0.346
    Norwegian 0.388
    Norway_South_Central 0.392
    Sweden_Götaland 0.394

    G25 World K134:
    0.03343430 Danish-Swedish-Norwegian
    0.03475407 German-Austrian
    0.03565247 Irish-Scottish-Welsh
    0.03958095 Belgian-Dutch
    0.04596342 Paris-Alsace-Nord
    0.04765599 Slovenian-Czech-Hungarian
    0.06019903 Bosnian-Croatian-Serbian-Montenegrin
    0.06125630 Provence-Occitanie-Auvergne
    0.06631977 Polish-Ukrainian-Belarusian
    Known ancestry: 92.6% German (66.8% North German), 4.7% Danish, 1.8% Czech, 0.8% Austrian, 0.1% Swiss.
    EUROGENES K13: N German, N Dutch, DNK, SWE, NOR. Ancestry: Germanic 75%, Sweden 13%, Norway 11%, Baltic 1%. LM: NOR, DNK, NLD, N-DEU, SWE.
    23andMe: NW Europe 82.5% (French/German 50.2%, Scandinavian 9.1%, British/Irish 3.2%), East Europe 11.5%, South Europe 1.5%. DNAL: NW Euro 81%, NE Euro 11%, Med 6.5%
    Y-DNA: R1b/U152/Z36/CTS4333, Thuringia 1634, probably Alsace 1552, -- mt-DNA: H

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  5. #233
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    49% Nord France, 18% Bretagne/Basse Normandie, 16% Pologne, 9% Allemagne/Alsace, 7% Hte Normandie
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    Y-DNA (P)
    I-M72
    mtDNA (M)
    H6a1a

    France Normandie France Bretagne Poland
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Bon, j'ai été plus efficace que je ne le craignais. Je ne suis vraiment pas un champion de ggplot2, donc les couleurs sont ce qu'elles sont. J'espère que tout le monde y est (les codes d'identification sont dans la légende, à droite de la carte).
    Attachment 43687
    C'est moi ou je ne me retrouve plus sur la carte globale ? :/

    Si on peut avoir une mouture intégrant les petits nouveaux (Elske notamment) ça serait royal
    Last edited by xerxez; 03-06-2021 at 06:33 PM.

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  7. #234
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    He is in Celticgerman's group, I don't remember whether he's a relative or a friend. In my memories, he's from Schleswig.
    Quote Originally Posted by CelticGerman View Post
    "Germanic Dane" is a fourth degree cousin of mine (genetic and paper trail) from the Tonder area in South Jutland. You cannot clearly say if people there are Danish or German. Somehow they are both with additional Frisian. I don't have a complete tree of him, just some ancestry lines. There is Schleswig-Holstein, Denmark, Mecklenburg, Lower Saxony, a bit Bavaria and Prague. Nevertheless there are good reasons to consider his ancestry as North German/Danish/Frisian/Dutch above all. Y-DNA: I1-L573.

    His K13 New:
    Dutch_North 0.247
    North_German 0.275
    Dutch_Central 0.299
    Dutch 0.343
    Denmark 0.346
    Norwegian 0.388
    Norway_South_Central 0.392
    Sweden_Götaland 0.394

    G25 World K134:
    0.03343430 Danish-Swedish-Norwegian
    0.03475407 German-Austrian
    0.03565247 Irish-Scottish-Welsh
    0.03958095 Belgian-Dutch
    0.04596342 Paris-Alsace-Nord
    0.04765599 Slovenian-Czech-Hungarian
    0.06019903 Bosnian-Croatian-Serbian-Montenegrin
    0.06125630 Provence-Occitanie-Auvergne
    0.06631977 Polish-Ukrainian-Belarusian
    My updated K13

    Danish 0.185105

    North_Dutch 0.257396

    Icelandic 0.3041

    Norwegian 0.307911

    North_German 0.454089

    Orcadian 0.463108

    Swedish 0.512629

    Irish 0.556342


    With regard to Jenny:
    We estimate the total of Norwegian-like ancestry in Orkney and Shetland to be about 20 to 25%. The proportion of Norwegian-like ancestry also tends to be higher in individuals with ancestry from the north of Orkney and of Shetland.
    https://www.pnas.org/content/pnas/116/38/19064.full.pdf

    Seen this all I guess we indeed stepped the old North Sea cline on the tail...
    Last edited by Finn; 03-06-2021 at 07:42 PM.

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     CelticGerman (03-07-2021),  JMcB (03-07-2021),  xerxez (03-06-2021)

  9. #235
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    Hopefully everybody is here. There are also 5 new individuals (imputation by me). DIEPPE 7 and 8 are the two last ones in my DIEPPE sample ( no G25 for them). Their initial coverage is rather low (23&me V5) but after imputation, they plot where they were expected. "Sar 3" is from the same family as Sar 1 and 2. Roughly same descent, roughly same localisation. Btw, Finn, you got a new neighbour. "Od_Hung_rel" is a distant/speculative relative of my wife, who sent me her raw data (23&me V4) years ago. I imputed her out of curiosity. She plots with the Hungarians, which is normal, as she is Hungarian (near the Ukrainian border). To finish "cg_mu" is for "Celticgerman's maternal uncle" (and a neighbour more for Finn!). Here it is, it is already slipping into the routine. Not a single real surprise, not a single black sheep. It is almost disappointing.

    test_new_global_mds_1-2.pdf
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  11. #236
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Hopefully everybody is here. There are also 5 new individuals (imputation by me). DIEPPE 7 and 8 are the two last ones in my DIEPPE sample ( no G25 for them). Their initial coverage is rather low (23&me V5) but after imputation, they plot where they were expected. "Sar 3" is from the same family as Sar 1 and 2. Roughly same descent, roughly same localisation. Btw, Finn, you got a new neighbour. "Od_Hung_rel" is a distant/speculative relative of my wife, who sent me her raw data (23&me V4) years ago. I imputed her out of curiosity. She plots with the Hungarians, which is normal, as she is Hungarian (near the Ukrainian border). To finish "cg_mu" is for "Celticgerman's maternal uncle" (and a neighbour more for Finn!). Here it is, it is already slipping into the routine. Not a single real surprise, not a single black sheep. It is almost disappointing.

    test_new_global_mds_1-2.pdf
    Super merci. Elske et Finn sont bien voisins. Leurs différences de positions sont elles assez significatives pour qu'on puisse en faire une interprétation ?

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     Finn (03-07-2021),  JMcB (03-07-2021)

  13. #237
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    Quote Originally Posted by xerxez View Post
    Super merci. Elske et Finn sont bien voisins. Leurs différences de positions sont elles assez significatives pour qu'on puisse en faire une interprétation ?
    Catégoriquement non! Mon avis là-dessus, que j'ai exprimé et défendu souvent, au point de friser l'engueulade avec mon ami Finn, est qu'il n'y a rien à attendre de ce genre d'outils pour faire apparaître des structures fines. Si encore un petit quelque chose apparaissait dans les dimensions supérieures, mais là même pas. Et si par extraordinaire quelque chose de significatif apparaissait, cela ne concernerait que Finn et Elske, il n'y aurait pas matière à interprétation. Et de toute manière, faire apparaître des structures fines exige qu'on travaille sur des échantillons, pas sur des individus. Enfin! Nous savons depuis Gauss que toute mesure réelle est sujette à variabilité, idéalement représentée justement par une courbe de Gauss. Avant de décider qu'une différence traduit un phénomène particulier, il faut se demander si simplement elle ne s'inscrit pas dans l'intervalle normal de variation. Non, décidément non.
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     Finn (03-07-2021),  JMcB (03-07-2021),  jstephan (03-07-2021),  xerxez (03-06-2021)

  15. #238
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Catégoriquement non! Mon avis là-dessus, que j'ai exprimé et défendu souvent, au point de friser l'engueulade avec mon ami Finn, est qu'il n'y a rien à attendre de ce genre d'outils pour faire apparaître des structures fines. Si encore un petit quelque chose apparaissait dans les dimensions supérieures, mais là même pas. Et si par extraordinaire quelque chose de significatif apparaissait, cela ne concernerait que Finn et Elske, il n'y aurait pas matière à interprétation. Et de toute manière, faire apparaître des structures fines exige qu'on travaille sur des échantillons, pas sur des individus. Enfin! Nous savons depuis Gauss que toute mesure réelle est sujette à variabilité, idéalement représentée justement par une courbe de Gauss. Avant de décider qu'une différence traduit un phénomène particulier, il faut se demander si simplement elle ne s'inscrit pas dans l'intervalle normal de variation. Non, décidément non.
    Merci et désolé pour l'énergie à te faire répéter des choses déjà dites mais je pense que c'est utile à tous

  16. #239
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    Quote Originally Posted by xerxez View Post
    Merci et désolé pour l'énergie à te faire répéter des choses déjà dites mais je pense que c'est utile à tous
    Tu n'as pas à être désolé, et puis mon avis n'est que mon avis, encore que sur ce sujet je ne fais surtout que répéter ce qui a été écrit, tellement mieux, par les professionnels, en particulier Mathieson (de mémoire). Je ne suis malheureusement pas sûr que ce soit très utile. Quand je vois les trucs ineptes écrits, sur ce forum et sur d'autres (*), sur les échantillons ridicules de "Gaulois" de l'Âge du Fer sortis par Brunel et consoeur, je me dis que rien n'y fera jamais.

    edit: oui, c'est bien Mathieson: "Differential confounding of rare and common variants in spatially structured populations"
    Iain Mathieson and Gil McVean
    Last edited by anglesqueville; 03-07-2021 at 07:43 AM.
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  18. #240
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Tant pis pour le hors sujet. Quand j'ai répondu à Xerxez hier soir, j'étais dans une humeur terrible. Je venais de lire les conneries de Mac***o sur Eup***a ( https://www.eupedia.com/genetics/ancient_gaul.shtml ) , dans la foulée de celles écrites sur AG ( dans le style "bon, on nous dit que ces génomes sont de basse couverture, et d'ailleurs David ne les a pas intégrés à G25, mais on a leurs coordonnées alors faisons comme si de rien n'était"). Tout cela me renforce dans la décision que j'ai prise, de mettre sous embargo tout ce qui se présente sous la forme d'une combinaison de pourcentages, à la seule et unique exception de qpAdm, accompagné d'une exposition exhaustive des données et paramètres (nombre de SNPs utilisés par l'analyse, nombre de transversions restantes après filtrage, erreurs standards, tail probs, et si nécessaire modèles alternatifs avec leurs p values). Tout cela pour amener ma réponse à une question qui m'était posée par PM il y a quelques jours: "Pourrait-on faire passer dans Vahaduo les composantes de ce MDS? Et si oui, pourrais-je publier ces composantes?"

    Réponse: 1) bien sûr qu'on pourrait. D'ailleurs je l'ai fait une fois. C'était pour rigoler, il n'empêche que j'ai eu tort. 2) Non, je ne les publierai pas, parce que j'aurais trop peur que quelqu'un les utilise.
    Il y a déjà bien assez d'absurdité comme ça, inutile d'en ajouter.
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     fabrice E (03-07-2021),  Finn (03-07-2021),  JMcB (03-07-2021),  jstephan (03-07-2021)

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