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Thread: cartes "Multidimensional Scaling" pour génomes diploïdes

  1. #241
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    Catégoriquement non! Mon avis là-dessus, que j'ai exprimé et défendu souvent, au point de friser l'engueulade avec mon ami Finn, est qu'il n'y a rien à attendre de ce genre d'outils pour faire apparaître des structures fines. Si encore un petit quelque chose apparaissait dans les dimensions supérieures, mais là même pas. Et si par extraordinaire quelque chose de significatif apparaissait, cela ne concernerait que Finn et Elske, il n'y aurait pas matière à interprétation. Et de toute manière, faire apparaître des structures fines exige qu'on travaille sur des échantillons, pas sur des individus. Enfin! Nous savons depuis Gauss que toute mesure réelle est sujette à variabilité, idéalement représentée justement par une courbe de Gauss. Avant de décider qu'une différence traduit un phénomène particulier, il faut se demander si simplement elle ne s'inscrit pas dans l'intervalle normal de variation. Non, décidément non.
    A conflict with me, angles and xerxez? Pas du tout! You know that I have at least more than a few Chauci lines....An didn't Tacititus already wrote about the Chauci:'they were the noblest of the Germans, preferring justice to violence, being neither aggressive nor predatory, but militarily capable and always prepared for war if the need arose.'

    (I would not disturb this image of course, so I would not mention the devastating 'viking'/pirate actions along the Channel )

    Seriously xerxez I guess that Elske and I are both pretty indigenous North Dutch. I know it's teasing for Elske (provincial proud but when we take the biggest city of the North Groningen in the middle then the ancestors of Elske lived in Drachten, as the crow flies, 25 kilometer westwards of Groningen and nearly all my ancestors 25 kilometer eastwards of Groningen. So we are taking differences on a poststamp. The distance between Lille and Arras (about 50 kilometer)covers the distance between Elske and me, c'est ca. And it's most likely that in a distant past we crossed many ancestral lines.....

    When you take it on a microlevel is that slightly differences are due to the fact that in my area there was somewhat more interaction with the German border region (East-Frisia/Emsland) and in the province of Friesland there was a certain tendency to marry entre nous. But that's very fine tuned....I guess....

    But Angles just when I thought you stood on the tail of the North Sea cline, a Hungarian woman SAR rushed in, a late member of the Steppe pusta warriors....what's going on here, I see no sails, just deep into the continent ...explain, please!

    You know that sarren in Dutch means heavily, cynical, teasing, coincidence?
    Last edited by Finn; 03-07-2021 at 09:16 AM.

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  3. #242
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    Quote Originally Posted by Finn View Post
    A conflict with me, angles and xerxez? Pas du tout! You know that I have a lest more than a few Chauci lines....An didn't Tacititus already wrote about the Chauci:'they were the noblest of the Germans, preferring justice to violence, being neither aggressive nor predatory, but militarily capable and always prepared for war if the need arose.'

    (I would not disturb this image of course, so I would not mention the devastating 'viking'/pirate actions along the Channel )

    Seriously xerxez I guess that Elske and I are both pretty indigenous North Dutch. I know it's teasing for Elske (provincial proud but when we take the biggest city of the North Groningen in the middle then the ancestors of Elske lived in Drachten, as the crow flies, 25 kilometer westwards of Groningen and nearly all my ancestors 25 kilometer eastwards of Groningen. So we are taking differences on a poststamp. The distance between Lille and Arras (about 50 kilometer)covers the distance between Elske and me, c'est ca. And it's most likely that in a distant past we crossed many ancestral lines.....

    When you take it on a microlevel is that slightly differences are due to the fact that in my area there was somewhat more interaction with the German border region (East-Frisia/Emsland) and in the province of Friesland there was a certain tendency to marry entre nous. But that's very fine tuned....I guess....

    But Angles just when I thought you stood on the tail of the North Sea cline, a Hungarian woman SAR rushed in, a late member of the Steppe pusta warriors....what's going on here, I see no sails, just deep into the continent ...explain, please!

    You know that sarren in Dutch means heavily, cynical, teasing, coincidence?
    Linguistic problem, or my post was confusing. The Hungarian woman is coded "Od_Hung_rel", she is inside the Hungarian cluster, as expected. The three individuals coded "sar" are from "Val de Saire" (SARnes in old Nordic language), Cotentin peninsula, NW Normandy.
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  5. #243
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Linguistic problem, or my post was confusing. The Hungarian woman is coded "Od_Hung_rel", she is inside the Hungarian cluster, as expected. The three individuals coded "sar" are from "Val de Saire" (SARnes in old Nordic language), Cotentin peninsula, NW Normandy.
    sorry my bad!!! all clear....

    Ok Val de Saire is the 'liason' between Elske and me (immigrant from the-in between- city of Groningen?

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  7. #244
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    Tant pis pour le hors sujet. Quand j'ai répondu à Xerxez hier soir, j'étais dans une humeur terrible. Je venais de lire
    les conneries de Mac***o sur Eup***a
    ( https://www.eupedia.com/genetics/ancient_gaul.shtml ) , dans la foulée de celles écrites sur AG ( dans le style "bon, on nous dit que ces génomes sont de basse couverture, et d'ailleurs David ne les a pas intégrés à G25, mais on a leurs coordonnées alors faisons comme si de rien n'était"). Tout cela me renforce dans la décision que j'ai prise, de mettre sous embargo tout ce qui se présente sous la forme d'une combinaison de pourcentages, à la seule et unique exception de qpAdm, accompagné d'une exposition exhaustive des données et paramètres (nombre de SNPs utilisés par l'analyse, nombre de transversions restantes après filtrage, erreurs standards, tail probs, et si nécessaire modèles alternatifs avec leurs p values). Tout cela pour amener ma réponse à une question qui m'était posée par PM il y a quelques jours: "Pourrait-on faire passer dans Vahaduo les composantes de ce MDS? Et si oui, pourrais-je publier ces composantes?"

    Réponse: 1) bien sûr qu'on pourrait. D'ailleurs je l'ai fait une fois. C'était pour rigoler, il n'empêche que j'ai eu tort. 2) Non, je ne les publierai pas, parce que j'aurais trop peur que quelqu'un les utilise.
    Il y a déjà bien assez d'absurdité comme ça, inutile d'en ajouter.
    Après nos tant attendus Gaulois d'Ancestra, c'est au tour de toutes les tribus germaniques de débarquer sur ce site , en y incluant les Franks dont je ne connais provenance, https://www.eupedia.com/genetics/anc...c_people.shtml

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  9. #245
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    Quote Originally Posted by jstephan View Post
    Après nos tant attendus Gaulois d'Ancestra, c'est au tour de toutes les tribus germaniques de débarquer sur ce site , en y incluant les Franks dont je ne connais provenance, https://www.eupedia.com/genetics/anc...c_people.shtml
    Oui, et toujours avec Dodecad K12b
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  11. #246
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    Dans l'absolu, ce que je vais raconter ici est vraiment anecdotique. Mais d'un autre côté, cela illustrera peut-être un peu la précision de cette méthode. J'étais depuis que j'ai commencé (un peu à contrecoeur) à publier des tracés "globaux", ennuyé par ma position par rapport à mes parents. Qu'il y ait des déviations par rapport au point moyen, c'est, comme je l'ai déjà dit, normal. Mais là, mon intuition me disait que c'était trop. Comme les données de mon père venaient d'un vieux dna.land, alors que les deux autres avaient été refaits après les changements opérés sur le site, je me suis dit que peut-être... J'ai repris les données initiales, et fait l'imputation moi-même. Les points pour ma mère et moi étaient virtuellement identiques, mais celui de mon père venait se superposer à celui de son frère que je n'ai pas publié. Donc clairement, il y a eu une simple erreur d'étiquetage (sans doute dans un de mes fichiers .fam), entre les trois frangins. Le trio parents fils a maintenant une figure plus raisonnable (voir copie écran ci-dessous). Maintenant pourquoi mon père est-il à distance de ses frères (dieppe9 seulement sur les MDS publiés)? Comme je le disais dans un autre post: magie des recombinaisons, voilà tout.

    Capture.JPG
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  13. #247
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    Oui, et toujours avec Dodecad K12b
    On sait que sur Eupedia, Eurogenes n'a jamais été leur truc.... mais continuer à utiliser Dodecad K12b !!!!
    Et surtout un calculateur qui a été conçu à partir de modernes pour modéliser des anciens
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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  15. #248
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    Finn, zou je graag je ouders op deze kaart willen zien? Schroom niet om het mij te vragen (wachten is niet nodig na dna.land, ik beheer de imputatie procedure nu heel goed).
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  17. #249
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Finn, zou je graag je ouders op deze kaart willen zien? Schroom niet om het mij te vragen (wachten is niet nodig na dna.land, ik beheer de imputatie procedure nu heel goed).
    Fine says Finn!

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  19. #250
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    Finn's parents are in the box. Finn, I put their son with them on the graphic file, but they got, of course, their own separated MDS. Imputation around 28 million SNPs.

    finnsp_mds_1-2.pdf

    Capture12.JPG
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