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Thread: cartes "Multidimensional Scaling" pour génomes diploïdes

  1. #131
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Je sors de deux rounds d'imputation "en masse" sur la base de fichiers 23&me sortis des bas-fonds de mes disques durs externes (incl. des ftdna convertis). Je crois que je maîtrise maintenant ce pipe-line sur ce type de données, pénible du fait de nombreuses choses "sales" (SNPs flippés, indels, etc). J'ai évidemment fait subir aux données post-imputation l'épreuve du MDS, et je crois que je vais m'offrir un whisky ce soir pour me récompenser. Je suis vraiment content, parce que ce n'était pas gagné.

    D'abord des données que je croyais avoir perdues depuis longtemps, enfermées dans un répertoire "ffoucart", bien que 2 individus soient, ou mal étiquetés, ou inconnus. Je ne vais pas poster les 10 MDS, seulement ceux de l'ami Foucart (cherchez "ff") de sa compagne Isaure (cherchez "ff_isaure"), et de son père (ff_jeanpaul). Il rectifiera si je me trompe, mais je crois que tout ce monde-là est de la région Nord, avec de profondes racines flamandes. MDS les localise à la lisière de la zone CEU/GB, dans une région qui serait à coup sûr occupée par les Allemands si j'en avais plus que 3 (2 des 3 Allemands d'EGDP y sont).

    Attachment 43646
    Attachment 43647
    Attachment 43648

    Ensuite des données que j'ignorais avoir, parmi lesquelles celles de notre ami celticgerman, d'un de ses amis (ou relatifs) étiqueté "germandane" (Allemand du nord):
    Attachment 43649
    Attachment 43650
    Have you been able to integrate the Dutchies in these map or is this 'don't mention the war'

  2. #132
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    France Lyon Switzerland Chile France Bourgogne
    Comme je n'ai toujours pas de news de DNA.land, et que je suis très curieux de voir où je pourrais être placé, je me permet de t'envoyer mes données par mail pour un futur run.
    Dis moi si ça foire ou si le fichier est ok vennen min!
    G25
    Barcin 48.2; Yamnaya 41.2; WHG 9.4; LapaDoSanto 1.2

    K36 nMonte3
    1 Rheinland-Pfalz 1.17
    2 Baden-Wurttemberg 1.22
    3 Swiss_German 1.22
    4 Saarland 1.23
    5 Tirol 1.24
    6 Ile-de-France 1.26
    7 FR_Swiss 1.27
    8 Alsace 1.31

    Oracles
    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+South_Dutch 5,600388
    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+Norway_south-east 5,625698

    67% DE_Rheinland-Pfalz + 33% FR_Savoie
    62.7% FR_Normandy + 37.3% IT_Lombardia
    73% DE_Saarland + 27% IT_Lombardia

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  4. #133
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Je sors de deux rounds d'imputation "en masse" sur la base de fichiers 23&me sortis des bas-fonds de mes disques durs externes (incl. des ftdna convertis). Je crois que je maîtrise maintenant ce pipe-line sur ce type de données, pénible du fait de nombreuses choses "sales" (SNPs flippés, indels, etc). J'ai évidemment fait subir aux données post-imputation l'épreuve du MDS, et je crois que je vais m'offrir un whisky ce soir pour me récompenser. Je suis vraiment content, parce que ce n'était pas gagné.

    D'abord des données que je croyais avoir perdues depuis longtemps, enfermées dans un répertoire "ffoucart", bien que 2 individus soient, ou mal étiquetés, ou inconnus. Je ne vais pas poster les 10 MDS, seulement ceux de l'ami Foucart (cherchez "ff") de sa compagne Isaure (cherchez "ff_isaure"), et de son père (ff_jeanpaul). Il rectifiera si je me trompe, mais je crois que tout ce monde-là est de la région Nord, avec de profondes racines flamandes. MDS les localise à la lisière de la zone CEU/GB, dans une région qui serait à coup sûr occupée par les Allemands si j'en avais plus que 3 (2 des 3 Allemands d'EGDP y sont).

    Attachment 43646
    Attachment 43647
    Attachment 43648

    Ensuite des données que j'ignorais avoir, parmi lesquelles celles de notre ami celticgerman, d'un de ses amis (ou relatifs) étiqueté "germandane" (Allemand du nord):
    Attachment 43649
    Attachment 43650
    May be I'm too fast...But through the eye lashes I see based on this results a (North) North-West European cline (germandane-celticgerman-finn for example) and a Central-West European cline with ff and friends. The last one could be a 'Rhine-Meuse cline' (South Dutch, Belgium, Northern France, SW Germany) what could make sense because of the Gallo-Roman-Germanic mixture....

  5. #134
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    H95a
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    mtDNA (P)
    T2b17

    Australia Italy Veneto Friuli Italy Trentino Alto Adige Italy Ladinia Austria Tirol
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Enfin les données de deux autres amis forumers, vettor et vestri:

    Attachment 43651
    Attachment 43652

    Voilà. Les fichiers imputés par mes soins comptent autour de 30 millions de SNPs, contre les 40 de dna.land (de mémoire). Sur ces 30 millions, et sur les cas que j'ai testés, la coïncidence avec l'imputation dna.land n'est jamais inférieure à 99%. Ce n'est pas extraordinaire, mais ce n'est pas mal. Si vous en avez marre d'attendre le réveil de dna.land, vous pouvez m'envoyer des données de compagnies (23&me seulement svp, convertissez les autres), mais sachez que comme j'impute par paquets de 10 (ou plus), je ne ferai pas tourner la machine pour une personne isolée, donc il risque d'y avoir là aussi un temps d'attente.
    i do not understand french....but , the plot for myself being a mix of Alsace/swiss-french, catalan and north-italian is what promethease give me


    My Path = ( K-M9+, TL-P326+, T-M184+, L490+, M70+, PF5664+, L131+, L446+, CTS933+, CTS3767+, CTS8862+, Z19945+, BY143483+ )


    Grandfather via paternal grandmother = I1-Y33791 ydna
    Great grandmother paternal side = T1a1e mtdna

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     anglesqueville (03-03-2021)

  7. #135
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Quote Originally Posted by Arnfried View Post
    Comme je n'ai toujours pas de news de DNA.land, et que je suis très curieux de voir où je pourrais être placé, je me permet de t'envoyer mes données par mail pour un futur run.
    Dis moi si ça foire ou si le fichier est ok vennen min!
    Tous les génomes que j'ai imputés jusqu'à présent l'ont été sur des références européennes seulement (la dernière version de 1kg, la phase 5). Est-ce que dans ton cas j'élargis aux références globales? Je suis perplexe. Si tu n'y vois pas d'inconvénient, on va attendre tes fichiers dna.land, quitte ensuite à refaire un run avec mon pipeline.
    Last edited by anglesqueville; 03-03-2021 at 07:10 AM.
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  8. #136
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    Quote Originally Posted by Finn View Post
    Have you been able to integrate the Dutchies in these map or is this 'don't mention the war'
    Unfortunately, no Dutchies and no Germans (apart from the trio from EGDP). I had some hope with a dozen of Germans from an old study devoted to Turkic DNA (on evolbio), but their genomes are definitely too poor. About your post #133, your proposition seems to make sense. But we would need people from western Germany and the south Netherlands to get a better view of this large intermediary region. At this point, the global picture that I get with MDS is very close to those we have often seen with smartpca (especially the actual original Global25). Nothing revolutionary (the reason why Mokordo said that I'm breaking my head for nothing). But this "nothing" is for me more than something, in fact, a great victory. If something very different had appeared, it would have been dramatic.
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  10. #137
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    Isaure est ma fille. Ma compagne c’est Céline. Sinon, Jeanine là grand mère de Céline, à des origines en Flandre Orientale, à la frontière des Pays Bas, et en Zélande (par son grand père). Mais sa mère est originaire des environs de Cambrai, dans le Nord.

    Pour des exemples de Nordistes, il vaut mieux prendre mon père et André. Tous leurs ancêtres sont au pire à 100 kms de Lille sur les 200 dernières années, voire plus longtemps (le plus lointain pour mon père, c’est un ancêtre venu du Brabant Flamand à la Révolution, soit la distance extraordinaire de 150kms à vol d’oiseau).

    Personnellement, je suis tiré vers le Sud par ma grand mère Auvergnate. Et Nicole est 1/8ème Normande

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     anglesqueville (03-03-2021),  Finn (03-03-2021),  JMcB (03-03-2021)

  12. #138
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    Quote Originally Posted by ffoucart View Post
    Isaure est ma fille. Ma compagne c’est Céline. Sinon, Jeanine là grand mère de Céline, à des origines en Flandre Orientale, à la frontière des Pays Bas, et en Zélande (par son grand père). Mais sa mère est originaire des environs de Cambrai, dans le Nord.

    Pour des exemples de Nordistes, il vaut mieux prendre mon père et André. Tous leurs ancêtres sont au pire à 100 kms de Lille sur les 200 dernières années, voire plus longtemps (le plus lointain pour mon père, c’est un ancêtre venu du Brabant Flamand à la Révolution, soit la distance extraordinaire de 150kms à vol d’oiseau).

    Personnellement, je suis tiré vers le Sud par ma grand mère Auvergnate. Et Nicole est 1/8ème Normande
    Pardon pour mes confusions. Je poste donc, dans l'ordre, Céline, Jeanine, et André (en espérant qu'il n'y a pas eu d'erreur d'étiquettes), et enfin Nicole:


    celine_mds_1-2.pdf
    janine_mds_1-2.pdf
    andre_mds_1-2.pdf
    nicole_mds_1-2.pdf

    edit: André est à un jet de pierre des deux Allemands de EGDP. J'enrage vraiment de ne pas avoir plus d'Allemands pour baliser cette région.
    Last edited by anglesqueville; 03-03-2021 at 08:09 AM.
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     JMcB (03-03-2021)

  14. #139
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Tous les génomes que j'ai imputés jusqu'à présent l'ont été sur des références européennes seulement (la dernière version de 1kg, la phase 5). Est-ce que dans ton cas j'élargis aux références globales? Je suis perplexe. Si tu n'y vois pas d'inconvénient, on va attendre tes fichiers dna.land, quitte ensuite à refaire un run avec mon pipeline.
    D'accord, c'est toi qui vois. Tu penses qu'environ 2.5% d'Amérindiens changerait significativement le résultat? Je suis perplexe là dessus
    G25
    Barcin 48.2; Yamnaya 41.2; WHG 9.4; LapaDoSanto 1.2

    K36 nMonte3
    1 Rheinland-Pfalz 1.17
    2 Baden-Wurttemberg 1.22
    3 Swiss_German 1.22
    4 Saarland 1.23
    5 Tirol 1.24
    6 Ile-de-France 1.26
    7 FR_Swiss 1.27
    8 Alsace 1.31

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    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+South_Dutch 5,600388
    FR_Savoie+FR_Savoie+Ukraine_Bukovina+Norway_south-east 5,625698

    67% DE_Rheinland-Pfalz + 33% FR_Savoie
    62.7% FR_Normandy + 37.3% IT_Lombardia
    73% DE_Saarland + 27% IT_Lombardia

  15. The Following User Says Thank You to Arnfried For This Useful Post:

     JMcB (03-03-2021)

  16. #140
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    Quote Originally Posted by Arnfried View Post
    D'accord, c'est toi qui vois. Tu penses qu'environ 2.5% d'Amérindiens changerait significativement le résultat? Je suis perplexe là dessus
    Si avec G25 tu chopes 1.2% de LapaDoSanto, c'est que ta localisation par smartpca a subi un shift suffisant pour être capté par nMonte. Il n'y a aucune raison pour que le MDS y soit insensible. D'un autre côté si je t'impute avec des références seulement européennes j'ignore ce qui restera de ça sur les données résultantes. Je me tâte.
    En North alom, de North venom
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