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Thread: Résultats des Français sur GEDMatch

  1. #901
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    France
    Je ne comprends pas cette obsession à vouloir homogénéiser la population française. Notre variabilité génétique est presque en concordance totale avec notre position géographique, qu'est ce qu'il y a de mal à ça ? Nos profils génétiques sont principalement Western, c'est un fait, mais sa variabilité Nord/Sud est sans conteste possible. Et puis qui a dit que l'Italie et l'Allemagne étaient homogènes....
    Last edited by jstephan; 11-21-2020 at 04:14 PM.

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  3. #902
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    H5a1

    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    ^^ Jugée sur l'axe Nord-Sud, et modulo les précautions que j'énonçais sur toute mesure de variabilité, je suis tenté de penser que la France est de loin la nation européenne moderne la plus hétérogène. Mes petites cartes G25+sparsePCA+UMAP peuvent évidemment être contestées, mais j'ai été le premier impressionné par la dispersion des French, qui sont en particulier présents sur toute l'étendue du grand cluster Centre-Nord-Ouest. La grande différence avec les Allemands est que ceux-ci ne s'aventurent pas dans les clusters ibériques et italiens (peut-être un ou deux cas marginaux, non significatifs), et vont évidemment beaucoup plus loin sur l'axe Est-Ouest. Quant au cas italien, il est très différent.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  5. #903
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    Arvern
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    French
    Y-DNA (P)
    R-L2-DF103/FGC4183
    mtDNA (M)
    H1bm

    European Union France
    Rien de très étonnant à ce qu'un pays de 550 000 km2 occupe un peu plus de place que d'autres sur les PCAs. De là à parler d'extrême hétérogénéité...

    Nous sommes juste à notre place dans notre espace géographique. Il suffit pour s'en apercevoir de regarder "vers l'intérieur" plutôt que de mettre en exergue ce qui marginalise les marges.

    Immi uiros rios toutias rias

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  7. #904
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    Y-DNA (P)
    E-M183
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    H1

    France Morocco Occitania
    je me suis amusé un peu avec R.
    j'ai pris l'ensemble des individus Français de la base VAHADUO et les moyennes des pays limitrophes (Espagne, Italie, Allemagne, GB ).
    J'obtiens alors 6 clusters identifiés comme ci:
    Cluster 1 -> Italie centrale
    Cluster 2 -> Espagne
    Cluster 3 -> Basque
    Cluster 4 -> France méridionale
    Cluster 5 -> Allemagne
    Cluster 6 -> Grande Bretagne

    je classe ensuite chaque individus selon les clusters identifiés et j'obtiens les jolis graphiques ci-joints.
    CLUSTER FRENCH EUROPE 1.png
    CLUSTER FRENCH EUROPE.png
    Last edited by Itrane2000; 11-21-2020 at 10:18 PM.

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  9. #905
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    Y-DNA (P)
    R-BY3604-Z275
    mtDNA (M)
    H5a1

    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Pour info: les distances maximales entre individus de la feuille G25 (unscaled). Ce ne serait guère plus difficile de faire cela sur les données brutes, mais à quoi bon?
    distG25.jpg
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  11. #906
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    Y-DNA (P)
    E-M183
    mtDNA (M)
    H1

    France Morocco Occitania
    il aurait aussi été intéressant de se figurer la distance moyenne entre individus, et la médiane.
    Mais ton graphique permet déja d'avoir une idée, la France et l'Italie sont parmi les pays les plus hétérogènes d'Europe occidentale.

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  13. #907
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Quote Originally Posted by Itrane2000 View Post
    il aurait aussi été intéressant de se figurer la distance moyenne entre individus, et la médiane.
    Mais ton graphique permet déja d'avoir une idée, la France et l'Italie sont parmi les pays les plus hétérogènes d'Europe occidentale.
    Moyennes:
    Fr 0.0265
    Germ 0.0312
    Italy 0.025
    Span 0.023
    Engl 0.02
    En North alom, de North venom
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    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  15. #908
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    France
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Pour info: les distances maximales entre individus de la feuille G25 (unscaled). Ce ne serait guère plus difficile de faire cela sur les données brutes, mais à quoi bon?
    distG25.jpg
    Tu y a inclus la Corse ? Ce serait intéressant de voir ce que ça donne sans.

  16. The Following 2 Users Say Thank You to jstephan For This Useful Post:

     Andour (11-22-2020),  Itrane2000 (11-22-2020)

  17. #909
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    mtDNA (P)
    H3s

    Normandie France Bretagne
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Pour info: les distances maximales entre individus de la feuille G25 (unscaled). Ce ne serait guère plus difficile de faire cela sur les données brutes, mais à quoi bon?
    distG25.jpg
    Très parlant, un petit graphique vaut mieux qu'un long discours !!!
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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     Itrane2000 (11-22-2020),  JMcB (11-22-2020),  Massam (11-22-2020)

  19. #910
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    Quote Originally Posted by jstephan View Post
    Tu y a inclus la Corse ? Ce serait intéressant de voir ce que ça donne sans.
    Tous les Français publics de G25, sans distinction, sauf les Basques (simplement oubliés). Mes Dieppois n'y sont pas, car ils ne sont pas publics.

    edit: sous R c'est élémentaire. Chargez la matrice voulue, disons M. La matrice des distances s'obtient avec d<-dist(M), et dist(M[I,]) sur la partie de M dont les indices de lignes parcourent l'ensemble I. Ensuite vous jouez avec le max (max), la moyenne (mean), la médiane (median), et plus si ça vous chante. Si j'ai le loisir un de ces jours je calculerai les Fst directement sur les données alléliques de Reich+Biagini après avoir clusterisé par UMAP. Cela ressemblera plus à un vrai travail. Mais l'issue est sans aucun mystère. La variabilité genome-wide (si le mot "hétérogénéité" défrise) sur le groupe Français a été observée depuis des lustres, y compris avec des moyens très particuliers, comme les AIMs. A cet égard, au passage, toutes les valeurs de Fst qui traînent sur le réseau (en particulier Wiki) sont complètement dépassées (elles datent des temps héroïques où les Fst étaient calculés sur une poignée de variants).
    En North alom, de North venom
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    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  20. The Following 6 Users Say Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

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