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Thread: 3 Normands (Orne et Manche)

  1. #1
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland

    3 Normands (Orne et Manche)

    3 génomes imputés (via dna.land): orne7 est du sud de l'Orne, Cot11 et Cot21 sont du nord-Manche (mélanges de Hague et Val-de-Saire). Pour ce premier post je ne donnerai que des représentations. D'abord une projection sur le MDS calculé sur les références englobant 1000Genomes (IBS pour les Espagnols, GBR les Britanniques, TSI les Toscans, CEU les Américains de l'Utah d'origine nord-européenne, FIN les Finlandais), HumanOrigins, plus Biagini, 450.000 SNPs environ, total genotype rate >0.99, 6 composantes. Je donne d'abord la "carte" de fond avec les étiquettes, puis celle avec les trois Normands sans les étiquettes. Ensuite je donne le tracé UMAP (paramètres par défaut) dans un fichier .pdf (cherchez orne7, cot11 et cot21).
    1kghoebia.jpg
    test_cot_mds.jpg
    test_cot_mds6_umap.pdf
    En North alom, de North venom
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    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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  3. #2
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    Normandie Orkney Netherlands Friesland East Frisia Finland
    Je poste quelques modèles, après merging avec Reich_1240k.

    1) Les premiers sont des classiques Steppes/Fermiers/HG. Je ne publie que des extraits des résultats car, comme toujours les tail probs me font froid dans le dos. Cela donnera au moins une idée. J'utilise poz81 comme source de Steppe, et Donkalnis6 comme proxy de WHG.

    left pops:
    cot21/11
    Poland_CWC_early
    Anatolia_N_published
    Lithuania_EMN_Narva_Donkalnis6

    best coefficients: 0.616 0.292 0.092 / 0.593 0.306 0.101

    2) En passant, et uniquement parce que je sais qu'il y a des amateurs, une analyse très simple avec des modernes (des .DG quand même). Ne me demandez pas de quelle région vient ce French.DG, je n'en ai aucune idée. Les erreurs standard sont évidemment stratosphériques.

    left pops:
    cot11
    French.DG
    Norwegian.DG

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 17 19.178 0.318399 0.307 0.693
    01 1 18 24.935 0.126717 1.000 0.000
    10 1 18 20.033 0.330949 0.000 1.000
    best pat: 00 0.318399 - -
    best pat: 10 0.330949 chi(nested): 0.855 p-value for nested model: 0.355121


    left pops:
    cot21
    French.DG
    Norwegian.DG


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 17 15.940 0.528071 0.080 0.920
    01 1 18 27.599 0.0684314 1.000 0.000
    10 1 18 16.010 0.591832 0.000 1.000
    best pat: 00 0.528071 - -
    best pat: 10 0.591832 chi(nested): 0.070 p-value for nested model: 0.79141

    Compte tenu de la maigre consistence de ce genre d'analyses ( pas pire, cela dit, que celle de tous les modèles qui traînent partout), cela vaut ce que cela vaut: remarquez que chaque modèle sans "French" (nested 10) passe la barre sensiblement mieux que le modèle mixé.

    3) Beaucoup plus sérieux maintenant, les 2-ways avec Les Haches de Combat et les Mégalithiques de Suède (mon ... modèle de chevet ... )

    left pops:
    cot11
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG

    best coefficients: 0.864 0.136
    totmean: 0.864 0.136
    boot mean: 0.868 0.132
    std. errors: 0.064 0.064

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 17 16.278 0.504255 0.864 0.136
    01 1 18 20.824 0.288399 1.000 0.000

    left pops:
    cot21
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG

    best coefficients: 0.908 0.092
    totmean: 0.908 0.092
    boot mean: 0.911 0.089
    std. errors: 0.068 0.068

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 17 16.150 0.513218 0.908 0.092
    01 1 18 18.098 0.449237 1.000 0.000
    10 1 18 291.225 0 0.000 1.000
    best pat: 00 0.513218 - -
    best pat: 01 0.449237 chi(nested): 1.948 p-value for nested model: 0.162853

    Pour comparaison:

    left pops:
    Norwegian.DG
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG


    best coefficients: 0.962 0.038
    totmean: 0.962 0.038
    boot mean: 0.966 0.034
    std. errors: 0.072 0.072


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 17 7.386 0.977971 0.962 0.038
    01 1 18 7.701 0.982768 1.000 0.000
    10 1 18 323.461 0 0.000 1.000
    best pat: 00 0.977971 - -
    best pat: 01 0.982768 chi(nested): 0.314 p-value for nested model: 0.575127


    left pops:
    jennyS (voir note (*))
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG

    best coefficients: 0.879 0.121
    totmean: 0.879 0.121
    boot mean: 0.883 0.117
    std. errors: 0.091 0.091


    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 16 9.016 0.912764 0.879 0.121
    01 1 17 10.950 0.859174 1.000 0.000
    10 1 17 160.502 2.11646e-25 0.000 1.000
    best pat: 00 0.912764 - -
    best pat: 01 0.859174 chi(nested): 1.934 p-value for nested model: 0.164341

    (*) Génome privé imputé aussi via dna.land. Orcadienne pure souche, généalogie connue sur 10 générations (de mémoire).

    Ma mère (Val de Saire très dominant, mineure Orkneys)


    left pops:
    mom
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG

    best coefficients: 0.803 0.197
    totmean: 0.803 0.197
    boot mean: 0.807 0.193
    std. errors: 0.085 0.085

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 16 5.081 0.995337 0.803 0.197
    01 1 17 10.350 0.888308 1.000 0.000


    La maman de Helgi (pure Hague, si je ne me trompe pas)

    left pops:
    helgamum
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG

    best coefficients: 0.823 0.177
    totmean: 0.823 0.177
    boot mean: 0.828 0.172
    std. errors: 0.094 0.094

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 16 12.718 0.693273 0.823 0.177
    01 1 17 16.598 0.48188 1.000 0.000

    Résistez à la tentation de faire des comparaisons à la loupe! Les erreurs standard ne sont pas là pour décorer. Et puis les écarts dans les tail probs, sur des données de même provenance, sont sans doute significatives d'une plus ou moins bonne adéquation des références à la cible (difficile d'en dire plus).


    Ces deux Cotentinais refusent l'adjonction d'autres références. Pas de Bolshoi, contrairement à ma ligne paternelle (évidemment à cause de la Finlande), ni d'Anatolian_BA (contrairement à French.DG).
    Last edited by anglesqueville; 02-01-2021 at 03:54 PM.
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  5. #3
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post


    La maman de Helgi (pure Hague, si je ne me trompe pas)

    left pops:
    helgamum
    Sweden_BAC
    Sweden_Megalithic.SG

    best coefficients: 0.823 0.177
    totmean: 0.823 0.177
    boot mean: 0.828 0.172
    std. errors: 0.094 0.094

    fixed pat wt dof chisq tail prob
    00 0 16 12.718 0.693273 0.823 0.177
    01 1 17 16.598 0.48188 1.000 0.000

    Résistez à la tentation de faire des comparaisons à la loupe! Les erreurs standard ne sont pas là pour décorer. Et puis les écarts dans les tail probs, sur des données de même provenance, sont sans doute significatives d'une plus ou moins bonne adéquation des références à la cible (difficile d'en dire plus).


    Ces deux Cotentinais refusent l'adjonction d'autres références. Pas de Bolshoi, contrairement à ma ligne paternelle (évidemment à cause de la Finlande), ni d'Anatolian_BA (contrairement à French.DG).
    Elle l'était de coeur oui, mais qu'en partie. Elle est du quart Nord-ouest de la presqu'ile, Hague et ce qui etait le Helgenes
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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  7. #4
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    3 génomes imputés (via dna.land): orne7 est du sud de l'Orne, Cot11 et Cot21 sont du nord-Manche (mélanges de Hague et Val-de-Saire)
    1kghoebia.jpg
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    Tu es arrivé à trouver deux personnes du Val de Saire, ? du moins en partie
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     Dalluin (02-02-2021)

  9. #5
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Tu es arrivé à trouver deux personnes du Val de Saire, ? du moins en partie
    Je n'y suis pour rien, c'est le travail d'un de mes cousins. Cot21 a trois de ses g-parents de Barfleur, le quatrième de Cherbourg (déclaratif seulement). Tu as vu ses analyses et ses positions? Je pense qu'on va redescendre du Valhalla avec le gars de l'Orne (Domfront et Alençon).
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  10. #6
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Je n'y suis pour rien, c'est le travail d'un de mes cousins. Cot21 a trois de ses g-parents de Barfleur, le quatrième de Cherbourg (déclaratif seulement). Tu as vu ses analyses et ses positions? Je pense qu'on va redescendre du Valhalla avec le gars de l'Orne (Domfront et Alençon).
    Le Val de Saire mérite bien qu'on lui redonne le nom de Sarnes...on pourrait avoir leurs données G25 ?
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  11. #7
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Le Val de Saire mérite bien qu'on lui redonne le nom de Sarnes...on pourrait avoir leurs données G25 ?
    J'attends leur accord.

    edit: tu veux un plink 1240k?
    Last edited by anglesqueville; 02-02-2021 at 05:17 PM.
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     fabrice E (02-02-2021),  xerxez (02-13-2021)

  13. #8
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    J'attends leur accord.

    edit: tu veux un plink 1240k?
    Non non je te remercie....du moins pas pour le moment
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  14. #9
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    Je suis hyper curieux du gars de l'Orne, ça nous en ferait deux ! Vu l'endogamie locale ça devrait être représentatif

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  16. #10
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    Je suis hyper curieux du gars de l'Orne, ça nous en ferait deux ! Vu l'endogamie locale ça devrait être représentatif
    Il va te falloir patienter. Tous mes modèles se plantent misérablement. Je ne sais vraiment pas comment ce gars est fait.
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