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Thread: Résultats des Français sur GEDMatch

  1. #981
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    France
    Quote Originally Posted by Gab the Gaul View Post
    Je viens de rencontrer un gars sur un forum dont la famille est originaire de Vendée. Il a fait un test génétique (my heritage je crois). Il a obtenu environ 20% "ibérique" (ça l'a surpris un peu. Perso je ne trouve pas ça trop étonnant). Quoiqu'il en soit ça serait intéressant de l'ajouter aux bases de données amateurs.
    Je lui ai conseillé de venir sur anthrogenica
    C'est même faible pour un Vendéen je trouve, il obtenait quoi d'autre ?

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  3. #982
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    T1a1

    France Bretagne France France Bretagne Kroaz Du
    Un Vendéen ? Un académique (4 gp dans un rayon de 80km). Tu parles qu'il sera le bienvenu ! On a vraiment très peu d'échantillons du sud-ouest, un gars de la zone frontalière c'est une aubaine
    Comme Stéphane, 20% je trouve ça peu pour un sud loire

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  5. #983
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    mtDNA (M)
    T1a1

    France Bretagne France France Bretagne Kroaz Du
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Bon, alors, retour sur les histoires de distance génétique. Oubliez G25. J'ai sorti mon PLINK et la base HumanOrigins (autour de 500.000 SNPs après filtrage). J'ai fait calculer les "vraies distances génétiques". Les guillemets sont là pour rappeler que ce ne sont pas des distances au sens mathématique du mot, car l'inégalité triangulaire n'est pas respectée. Ce que PLINK sort c'est en fait un indice de similarité, calculé sur le genome entier, à savoir la proportion de SNPs de même génotype. Deux individus identiques (en fait un génome dupliqué) donnent 1, deux génomes sans aucun allèle commun (ce qui bien sûr n'arrive jamais) donneraient 0. Pour que ce soit plus parlant j'applique à cet indice d la fonction -log. Ce -log d varie donc de 0 à +infini. Théoriquement bien sûr, parce que dans la réalité même un Chinois Han et un Pygmée Biaka partagent une très large fraction de leurs génotypes. Voilà quelques valeurs (max de chaque matrice):

    Orcadians: 0.2056143
    Spanish (includ. Spanish_North): 0.212196
    French (includ. French_South): 0.2142904
    Italians (includ. Sicilians): 0.2158217

    J'ai regardé tous les groupes d'Europe occidentale présents sur HO, et les French représentent ici encore la seconde plus grande variabilité après les Italiens. Ensuite j'ai fait une petite expérience. J'ai ajouté aux Spanish_North les Orcadians. Ce groupe atteint la variabilité de 0.2082. Inférieur à notre 0.21429... A ce groupe j'ai ajouté les Norvégiens. Résultat: 0.2093. Encore inférieur. Conclusion: il y a plus de variabilité (ainsi mesurée) dans le groupe français (HGDP+Lazaridis) que dans le groupe Spanish_North+Norwegian.

    Helgi, si tu veux vérifier: ./plink --bfile .......... --distance square ibs . Le résultat est une matrice de distances plink.mibs et la liste plink.mibs.id des individus codés comme sur le fichier .fam. Tu renommes ta matrice, éventuellement sous .csv, et tu l'envoies dans R pour la manipuler.
    J'ai un peu du mal à capter les tenants de cette discussion sur la diversité ou les écarts des français,? Oui, on sait qu'ils sont importants, et c'est en parfaite corrélation avec sa position géographique.
    Perso, je me figure la France génétique comme une galaxie spirale et la vrai question serait de connaitre la composition de son noyau quelle est la partie la plus homogène, car je suis sûr qu'il y en an eu une , et qu'elle est sa couverture géographique ? Peut-on en déduire un "composant" qui viendrait avantageusement remplacer notre moyenne French ?
    Je trouve par exemple super intéressant la proximité existante entre des échantillons "académiques" de la région d'Angers et du Nord , je n'ai pas pris le temps de m'y pencher sérieusement (assez à faire avec l’ouest) mais ça serait vraiment intéressant à faire.

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     JMcB (11-27-2020)

  7. #984
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    Vendée sur gedmatch:


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  9. #985
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    Vendée sur gedmatch:

    Huge gap between North and South Loire, it's impressive.

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     Ruderico (11-27-2020)

  11. #986
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    Plus exactement il a obtenu :

    Europe du Nord et de l'Ouest : 72,1 %
    Ouest et nord européen 56%
    Anglais 16,1%

    Européen du Sud : 25,2%
    Ibère 25,2%

    Europe de l'Est : 2,7%

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  13. #987
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    Quote Originally Posted by fabrice E View Post
    J'ai un peu du mal à capter les tenants de cette discussion sur la diversité ou les écarts des français,? Oui, on sait qu'ils sont importants, et c'est en parfaite corrélation avec sa position géographique.
    Perso, je me figure la France génétique comme une galaxie spirale et la vrai question serait de connaitre la composition de son noyau quelle est la partie la plus homogène, car je suis sûr qu'il y en an eu une , et qu'elle est sa couverture géographique ? Peut-on en déduire un "composant" qui viendrait avantageusement remplacer notre moyenne French ?
    Je trouve par exemple super intéressant la proximité existante entre des échantillons "académiques" de la région d'Angers et du Nord , je n'ai pas pris le temps de m'y pencher sérieusement (assez à faire avec l’ouest) mais ça serait vraiment intéressant à faire.
    Il s'agissait moins pour moi d'alimenter cette discussion que de montrer que le fait discuté est bien "primitif", inscrit dans les données elles-mêmes, à savoir les allèles. J'aurai toujours du mal à comprendre que cette question ne semble créer de problème à personne: quand on observe une quelconque caractéristique d'un quelconque échantillon "via G25" (ou via n'importe quel PCA, sans parler d'Admixture) on n'a plus affaire aux données, mais à une géométrisation. Car les données ne sont pas intrinsèquement géométriques! Les données sont faites de distributions d'allèles, et rien d'autre. Il n'y a pas par exemple à proprement parler de "point moyen" avant qu'on n'ait transformé les données alléliques en représentations vectorielles. Dès lors se pose la question de la fidélité de cette transformation, ou du moins devrait-elle se poser, à moins qu'on ne décide une fois pour toutes de confondre les cartes et le territoire. Bon, voilà, le groupe Français (de HumanOriginsPubic2068, et mesuré dans le contexte de ces données) est bien porteur d'une grande variabilité (en termes d'allèles). C'est tout.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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     JMcB (11-27-2020),  jstephan (11-26-2020),  palamede (11-27-2020)

  15. #988
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    mtDNA (P)
    H3s

    Normandie France Bretagne
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Bon, alors, retour sur les histoires de distance génétique. Oubliez G25. J'ai sorti mon PLINK et la base HumanOrigins (autour de 500.000 SNPs après filtrage). J'ai fait calculer les "vraies distances génétiques". Les guillemets sont là pour rappeler que ce ne sont pas des distances au sens mathématique du mot, car l'inégalité triangulaire n'est pas respectée. Ce que PLINK sort c'est en fait un indice de similarité, calculé sur le genome entier, à savoir la proportion de SNPs de même génotype. Deux individus identiques (en fait un génome dupliqué) donnent 1, deux génomes sans aucun allèle commun (ce qui bien sûr n'arrive jamais) donneraient 0. Pour que ce soit plus parlant j'applique à cet indice d la fonction -log. Ce -log d varie donc de 0 à +infini. Théoriquement bien sûr, parce que dans la réalité même un Chinois Han et un Pygmée Biaka partagent une très large fraction de leurs génotypes. Voilà quelques valeurs (max de chaque matrice):

    Orcadians: 0.2056143
    Spanish (includ. Spanish_North): 0.212196
    French (includ. French_South): 0.2142904
    Italians (includ. Sicilians): 0.2158217

    J'ai regardé tous les groupes d'Europe occidentale présents sur HO, et les French représentent ici encore la seconde plus grande variabilité après les Italiens. Ensuite j'ai fait une petite expérience. J'ai ajouté aux Spanish_North les Orcadians. Ce groupe atteint la variabilité de 0.2082. Inférieur à notre 0.21429... A ce groupe j'ai ajouté les Norvégiens. Résultat: 0.2093. Encore inférieur. Conclusion: il y a plus de variabilité (ainsi mesurée) dans le groupe français (HGDP+Lazaridis) que dans le groupe Spanish_North+Norwegian.

    Helgi, si tu veux vérifier: ./plink --bfile .......... --distance square ibs . Le résultat est une matrice de distances plink.mibs et la liste plink.mibs.id des individus codés comme sur le fichier .fam. Tu renommes ta matrice, éventuellement sous .csv, et tu l'envoies dans R pour la manipuler.
    Là Angles, tu m'en demandes de trop !!!! il va falloir me replonger dans plink, j'e n'y ai pas mis les pieds depuis un bout de temps
    EDIT: Mais je vais aller voir ça
    Last edited by Helgenes50; 11-27-2020 at 06:39 AM.
    Recent Ancestry, full Normand. Known Genealogy 7/8 of the Cotentin peninsula 1/8 region of Coutances. Unfortunately, there are many missing branches on the maternal side.

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     anglesqueville (11-27-2020),  Massam (11-28-2020)

  17. #989
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    Asturias Galicia Portugal 1143 Portugal 1485 Portugal Order of Christ PortugalRoyalFlag1830
    Quote Originally Posted by sweuro View Post
    Vendée sur gedmatch:

    More East Med and West Asian than I have, interesting but weird.
    YDNA E-Y31991>PF4428>Y134097>Y134104>Y168273>FT17866 (TMRCA ~1100AD) - Domingos Rodrigues, b. circa 1690 Hidden Content , Viana do Castelo, Portugal - Stonemason, miller.
    mtDNA H20 - Monica Vieira, b. circa 1700 Hidden Content , Porto, Portugal

    Hidden Content
    Global25 PCA West Eurasia dataset Hidden Content

    [1] "distance%=1.6055"

    Ruderico

    NW_Iberia_IA,81.4
    Berber_EMA,11
    Roman_Colonial,7.6

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     Helgenes50 (11-27-2020),  jstephan (11-27-2020)

  19. #990
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    France
    Quote Originally Posted by Ruderico View Post
    More East Med and West Asian than I have, interesting but weird.
    No need to take a plane to move from Britain to Spain anymore, just cross the Loire

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     Dalluin (12-03-2020),  Helgenes50 (11-28-2020),  Ruderico (11-27-2020)

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