Résultats des Français sur GEDMatch

[Itrane2000]

J'ai fait calculer des D-stats de la forme (Norwegian, X, Anatolia_MLBA/Tepecik, Mbuti), sur Reich_HO. Le résultat est pourri par des Z-scores souvent très bas, qui rendent une étude de corrélation illusoire. Donc, voilà, je ne sais pas.

suis je le seul a avoir l'impression qu'Anglesqueville parle chinois ?

-> Pourrais tu s'il te plait expliquer ce que signifie "D-stats" et "Z-scores" ?

[jstephan]

suis je le seul a avoir l'impression qu'Anglesqueville parle chinois ?

-> Pourrais tu s'il te plait expliquer ce que signifie "D-stats" et "Z-scores" ?

Attention, tu es entrain de critiquer le chef Son vocabulaire est assez technique des fois, il oublie parfois que beaucoup d'entre nous sommes des amateurs, mais cela n'enlève rien à son excellent boulot et qui fait que beaucoup d'entre nous soyons accrocs à ce forum ! Mais je pense que c'est à nous de nous former sur ces différents outils pour en acquérir le vocabulaire associé, la génétique c'est très mathématique après tout !

[fabrice E]

Oui, perso je commence à suivre. Ca prend du temps et beaucoup de lecture mais il y a largement de quoi commencer à s'informer sur le forum et Angles n'est absolument pas avare d'explication.
Mon ambition est d'apprendre à jouer avec ces outils (même si je suis bien plus confiant dans les capacités du G25 qu'Angles )

[Itrane2000]

moi je me débrouille assez bien avec G25. Mais j'aimerais bien qu'Angles nous fasse un petit tuto sur comment construire sa propre base PCA a partir des Raw Data et de l'outil SmartPCA.

[Helgenes50]

Oui, mais c'est aussi principalement car ces études ont ete faites pour l'essentielles à partir de Barcin....et qu'au final les deux tiennent d'un point de vue génétique dans un mouchoir de poche
En tout cas, le principal fait archéologique qui colle avec ce que vous décrivez, est ce phénomène archéologique tres net.
si je devais tester un truc avec les outils académique, j'irais plutôt tester les premiers neo du west med.
Génétiquement on observe quoi en fait ? Un excès de levant et/ou d'irano -caucasien ?

Si les basques sont ceux qui sont le plus près des neo west med c'est le contraire qu'on observe chez eux , c'est à dire une plus faible fréquence de CHG... mais ces derniers ne sont pas les premiers néo west med

[fabrice E]

Si je m'en tiens au G25, ma proposition n'a effectivement pas l'air de fonctionner (pas du tout même, mais la répartition cardial/linar reste vrai )
si je prend le problème à l'envers, avec ce qu'il y a de plus "fiable" et simple pour le G25, la distance euclidienne, voilà ce que ça donne pour nos Tepecik avec toute la liste ancien:

Distance to: TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep002
0.03399882 TUR_Barcin_N:I1098
0.03687600 TUR_Barcin_N:I1103
0.04088118 TUR_Barcin_N:I0736
0.04131332 GRC_Peloponnese_N:I3708
0.04336829 TUR_Barcin_N:I1580
0.04375531 TUR_Barcin_N:I0708
0.04417340 GRC_Peloponnese_N:I2318
0.04498871 TUR_Barcin_N:I1102
0.04499339 TUR_Boncuklu_N:ZMOJ_BON014
0.04592628 BGR_N:I2529
0.04617913 TUR_Barcin_N:I1583
0.04787237 TUR_Barcin_N:I1581
0.04826367 DEU_LBK_HBS:I0048
0.04826716 HUN_Vinca_MN:I1896
0.04862732 GRC_Minoan_Lassithi:I0070
0.04877690 GRC_Peloponnese_N:I3709
0.04877703 TUR_Barcin_N:I1097
0.04908443 GRC_Minoan_Lassithi:I9005
0.04912982 BGR_C:I2519
0.04936038 GRC_Peloponnese_N:I3920
0.04971527 DEU_LBK_SMH:XN167
0.04994823 DEU_LBK_SMH:SMH004.A0101
0.05067681 GRC_Minoan_Lassithi:I0071
0.05072004 TUR_Barcin_N:I0724
0.05072214 TUR_Barcin_N:I1101

Distance to: TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep003
0.04252004 TUR_Buyukkaya_EC:CBT018
0.04361842 GRC_Peloponnese_N:I3920
0.04897423 GRC_Minoan_Lassithi:I0071
0.04912375 GRC_Minoan_Lassithi:I0073
0.05051103 TUR_Kumtepe_N:kum6
0.05136456 GRC_Minoan_Lassithi:I0070
0.05153747 GRC_Mycenaean:I9010
0.05285335 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep004
0.05307362 GRC_Minoan_Lassithi:I0074
0.05383395 GRC_Peloponnese_N:I3709
0.05399713 TUR_Isparta_EBA:I2495
0.05490606 TUR_Camlibel_Tarlasi_LC:CBT001
0.05527649 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD006
0.05558585 ITA_Rome_Imperial:RMPR44
0.05574338 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep006
0.05602871 GRC_Mycenaean:I9006
0.05718795 GRC_Minoan_Lassithi:I9005
0.05771162 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep002
0.05818373 TUR_Camlibel_Tarlasi_LC:CBT005
0.05821675 Iberia_Northeast_Empuries2:I8215
0.05838496 TUR_Isparta_EBA:I2683
0.05902416 GRC_Mycenaean:I9041
0.05903283 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD001
0.05945848 TUR_Camlibel_Tarlasi_LC:CBT004
0.05963288 TUR_Kaman-Kalehoyuk_MLBA:MA2203

Distance to: TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep004
0.04232858 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD006
0.04711915 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep006
0.04821181 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD003
0.04943092 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD001
0.04945387 TUR_Kumtepe_N:kum6
0.05083390 TUR_Barcin_N:I0745
0.05285335 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep003
0.05337630 GRC_Minoan_Lassithi:I0074
0.05355367 GRC_Minoan_Lassithi:I0073
0.05391950 GRC_Peloponnese_N:I3709
0.05658492 TUR_Barcin_N:I1103
0.05799886 TUR_Barcin_N:I1099
0.05896769 BGR_C:I2519
0.05916145 TUR_Barcin_N:I0746
0.05953613 BGR_Late_C:I2427
0.05954778 GRC_Minoan_Lassithi:I0071
0.05988712 GRC_Peloponnese_N:I3920
0.06009140 BGR_C:I2509
0.06060674 GRC_Minoan_Lassithi:I0070
0.06125538 TUR_Barcin_N:I1098
0.06156553 Iberia_Northeast_Empuries2:I8208
0.06189196 GRC_Peloponnese_N:I2937
0.06205536 HUN_Vinca_MN:I1887
0.06234167 ITA_Grotta_Continenza_N:RMPR9
0.06261101 BGR_C:I0781

Distance to: TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep006
0.04711915 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep004
0.04804235 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD003
0.04914816 GRC_Minoan_Lassithi:I0074
0.05095830 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD006
0.05145144 GRC_Peloponnese_N:I3709
0.05499984 GRC_Peloponnese_N:I3920
0.05574338 TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep003
0.05639880 TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD001
0.05742172 BGR_C:I2519
0.05750036 GRC_Minoan_Lassithi:I0073
0.05840345 TUR_Barcin_N:I1103
0.05866954 GRC_Minoan_Lassithi:I0070
0.05935569 GRC_Minoan_Lassithi:I0071
0.06153420 BGR_C:I2509
0.06185934 TUR_Barcin_N:I0745
0.06316835 TUR_Buyukkaya_EC:CBT018
0.06505577 TUR_Kumtepe_N:kum6
0.06512763 TUR_Barcin_N:I0708
0.06521437 TUR_Barcin_N:I0746
0.06533157 GRC_Peloponnese_N:I3708
0.06579827 TUR_Barcin_N:I1098
0.06582115 BGR_C:I0781
0.06618466 GRC_Peloponnese_N:I2937
0.06644176 TUR_Barcin_N:I1099
0.06651611 BGR_N:I2529

Ce qui est un peu étonnant c'est la distance importante même entre eux ce qui pose question.
02 semble très lié aux Barcin et un peu au pelo..Un barcin en visite ?
d'ailleurs, c'est rigolo :

Target: TUR_Tepecik_Ciftlik_N:Tep002
Distance: 3.0893% / 0.03089258
81.8 Anatolia_Barcin_N
9.0 Levant_PPNB
6.6 IRN_Ganj_Dareh_N
2.2 Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N
0.4 WHG

03, les distances sont importantes (mais normal vu les écarts en années/générations) mais le lien semble fort avec les minoens de crête
04 le lien se fait avec Tell Kurdu, on est quasi dans la zone du levant là non ?
06 aussi Tell Kurdu et dans une moindre mesure les minoan et les pelo.


Mais même s'il semble y avoir un lien avec les îles grecques, il est sans doute indirect, car les minoens eux aussi on une préférence pour Barcin.

Target: GRC_Minoan_Lassithi:I0074
Distance: 2.9648% / 0.02964782
70.8 Anatolia_Barcin_N
18.2 Kura-Araxes_ARM_Kaps
10.4 Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N
0.4 Nganassan
0.2 Han

Les plus gros scores sont à rechercher vers la zone de Kell Kurdu, mais ne sont pas une généralité :

Target: TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD006
Distance: 3.0236% / 0.03023580
60.6 Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N
26.6 Levant_PPNB
10.4 Anatolia_Barcin_N
2.4 Kura-Araxes_ARM_Kaps

Target: TUR_Tell_Kurdu_EC:KRD003
Distance: 4.0777% / 0.04077659
65.0 Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N
26.0 Levant_PPNB
9.0 Anatolia_Barcin_N

Au final plus de question que de réponse sur leur influence sur les populations moderne du sud Med
On pourrait continuer à essayer de suivre leur traces, en cherchant vers l'ouest de façon chronologique mais c'est un sacré travail et on peut aussi se poser des question sur la validité du modèle ou du moins de leur place dans ce modèle.
En j'aurai plus tendance à me demander l'origine du manque qu'ils viennent combler plus que d'un lien qui me semble très hypothétique.

[anglesqueville]

moi je me débrouille assez bien avec G25. Mais j'aimerais bien qu'Angles nous fasse un petit tuto sur comment construire sa propre base PCA a partir des Raw Data et de l'outil SmartPCA.

Il faut beaucoup beaucoup plus qu'un petit tuto pour ça. D'une manière générale, tu as beaucoup à lire, comme disait Fabrice. Le langage que je parle est simplement celui des études, et celles-ci sont ce qu'il faut lire en priorité. Sinon, tu peux te faire les dents sur https://gaworkshop.readthedocs.io/en...5_pca/pca.html . Mais il faut avant tout que tu te formes sur l'utilisation de PLINK, sans lequel tu ne pourras pas manipuler les fichiers de données. https://www.cog-genomics.org/plink/2.0/ . J'y pense: tu travailles bien sur Linux? Parce que rien de tout cela ne tourne sur Windows (et n'y tournera jamais).

[jstephan]

C'est justement mon soucis, tous les outils que vous utilisez tournent sous Linux, et j'ai abandonné Linux il y a des lustres, jusqu'à que je trouve la volonté de m'y remettre donc pour l'instant je me limite aux outils online, mais ça risque de ne pas tarder car ça devient frustrant.

[palamede]

Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N est plus tardif et plus à l'est que Anatolia_Barcin_N, donc avec plus d'influences levantines , iraniennes et caucasiennes qui joueront durant tout le néolithique pour aboutir aux populations du bronze anatolien.
Plusieurs articles ont essayé d'expliquer l'influence du Bronze anatolien sur la Mediterranée occidentale à partir du 2e millénaires av JC par les Minoens, les Mycéniens, les Pélasges ou peuples de la mer), les Phéniciens, les Grecs, les Byzantins et tout l'apport de populations orientales (spécialement d'anatolie durant l'empire romain et mëme déjà avant pendant la république romaine).

[anglesqueville]

En tout cas je me sens incapable de faire quelque chose, ou de dire quelque chose, de Tepe avec G25. Ce groupe est trop proche de Barcin sur les représentations des composantes lourdes pour que les modèles prenant les deux comme références soient observables en confiance. Et au-delà de ça, sa position tirée vers CHG produit avec G25 des résultats aberrants pour certains groupes, comme les Ukrainiens. Avec qpAdm c'est encore pire, les erreurs standards de Barcin et Tepe sont gigantesques. Tout ce que je peux dire c'est qu'il semble que Tepe améliore légèrement les ajustements pour certains modèles qpAdm, si on le prend comme vecteur de bonus néolithique pour certains groupes. Je publierai les détails plus tard, si je trouve le temps. Bref, quand il y a quelques mois j'étais à la recherche d'une composante supplémentaire à ajouter à mes modèles qpAdm pour le sud de l'Europe, j'avais commencé avec Minoan Lassithi, pour finalement me fixer sur Anatolia_MLBA. Je n'avais pas songé à Tepecik. Finalement ce n'est pas plus mal. Ma conclusion: méfiez-vous de Tepecik dans vos modèles G25.