Résultats des Français sur GEDMatch

[Helgenes50]

En tout cas je me sens incapable de faire quelque chose, ou de dire quelque chose, de Tepe avec G25. Ce groupe est trop proche de Barcin sur les représentations des composantes lourdes pour que les modèles prenant les deux comme références soient observables en confiance. Et au-delà de ça, sa position tirée vers CHG produit avec G25 des résultats aberrants pour certains groupes, comme les Ukrainiens. Avec qpAdm c'est encore pire, les erreurs standards de Barcin et Tepe sont gigantesques. Tout ce que je peux dire c'est qu'il semble que Tepe améliore légèrement les ajustements pour certains modèles qpAdm, si on le prend comme vecteur de bonus néolithique pour certains groupes. Je publierai les détails plus tard, si je trouve le temps. Bref, quand il y a quelques mois j'étais à la recherche d'une composante supplémentaire à ajouter à mes modèles qpAdm pour le sud de l'Europe, j'avais commencé avec Minoan Lassithi, pour finalement me fixer sur Anatolia_MLBA. Je n'avais pas songé à Tepecik. Finalement ce n'est pas plus mal. Ma conclusion: méfiez-vous de Tepecik dans vos modèles G25.

Tu obtiens quand même de bons résultats avec Anatolia CA ou BA ? comparé à Tepe

[jstephan]

Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N est plus tardif et plus à l'est que Anatolia_Barcin_N, donc avec plus d'influences levantines , iraniennes et caucasiennes qui joueront durant tout le néolithique pour aboutir aux populations du bronze anatolien.
Plusieurs articles ont essayé d'expliquer l'influence du Bronze anatolien sur la Mediterranée occidentale à partir du 2e millénaires av JC par les Minoens, les Mycéniens, les Pélasges ou peuples de la mer), les Phéniciens, les Grecs, les Byzantins et tout l'apport de populations orientales (spécialement d'anatolie durant l'empire romain et mëme déjà avant pendant la république romaine).

Donc en gros les East med sont très largement influencés par une seconde vague venue d'Anatolie à l'âge de Bronze et beaucoup plus orientale que les Barcin.

[fabrice E]

Alors ça, ce sont des hypothèses possibles, et il faut juste garder ce stade des hypothèses.

Ne pas oublier que toutes ces analyses doivent être croisé avec les autres analyses chimiques, l'archéologie, les témoignages ecrits quand ils existent (postérieurs le plus souvent)
L'analyse croisée est l'alpha et l' oméga de la démarche historique

[anglesqueville]

Tu obtiens quand même de bons résultats avec Anatolia CA ou BA ? comparé à Tepe

Pour qpfstats, avec Anatolia_MLBA ou Minoan_Lassithi, oui, sans commune mesure. Avec G25, le modèle Swedish_BAC, Lithuania_BA, Swedish_Mega, Anatolian_MLBA, Baikal donne des résultats au moins cohérents. Je te renvoie au gros fil ouvert pour lui dans le forum autosomal. Ce qui me conforte dans cette idée c'est que les représentations spca+umap de ce modèle sont presque superposables à celles de G25 hors-modèle. Cela étant ne me fais pas dire ce que je ne dis pas. J'avais proposé d'essayer ce modèle ... pour passer le temps. Je garde entières mes suspicions à l'encontre des soupes de pourcentages G25.

[anglesqueville]

Alors ça, ce sont des hypothèses possibles, et il faut juste garder ce stade des hypothèses.

Ne pas oublier que toutes ces analyses doivent être croisé avec les autres analyses chimiques, l'archéologie, les témoignages ecrits quand ils existent (postérieurs le plus souvent)
L'analyse croisée est l'alpha et l' oméga de la démarche historique

Bien sûr. Mais ce phénomène, pour lequel Anatolian_MLBA et Minoan_Lassithi ne sont peut-être que des proxys (et pour lequel finalement Tepecik n'est sans doute qu'une fausse piste d'explication), n'a sûrement aucune corrélation avec le couple néolithique Cardial-Linear. Mon intuition parle dans le même sens que celle de Palamede, en faveur d'un phénomène complexe et relativement tardif (en tout cas postérieur au néolithique). Pour moi, ce qui est solide, c'est ce gradient centré sur la Grèce.

[fabrice E]

Complètement,
Comme je disais plus haut, une petite vérification même avec le G25 invalide l'hypothèse cardial.
Je penche également pour un lien très indirect pour Tepecik, et je suis plus tôt d'accord avec le fait de voir ça du coté de la Grèce, au vu du lien Minoen Pulo-N et Tepe.
Le quand et comment c'est une autre histoire on pourrait peut-être chercher un modèle à base de Neo ibérique ou français du sud,+ du minoen +un complément steppe par exemple, et tester les ancien postérieurs par tranches chrono.
En archeo ill y a de plus e plus l'idée que les pop de type mycénienne ont été plus loin que ce que l'on pensait mais bon, ça reste léger.

[anglesqueville]

Complètement,
Comme je disais plus haut, une petite vérification même avec le G25 invalide l'hypothèse cardial.
Je penche également pour un lien très indirect pour Tepecik, et je suis plus tôt d'accord avec le fait de voir ça du coté de la Grèce, au vu du lien Minoen Pulo-N et Tepe.
Le quand et comment c'est une autre histoire on pourrait peut-être chercher un modèle à base de Neo ibérique ou français du sud,+ du minoen +un complément steppe par exemple, et tester les ancien postérieurs par tranches chrono.
En archeo ill y a de plus e plus l'idée que les pop de type mycénienne ont été plus loin que ce que l'on pensait mais bon, ça reste léger.

Il faudrait aussi estimer la réalité de la présence de cette composante dans des groupes d'Europe orientale. Certains modèles G25 que j'ai testés la font exploser sur les Ukrainiens. Je n'y crois pas du tout, mais j'ai peut-être tort. S'il s'avère que cette composante est effectivement présente à des taux significatifs dans des populations slavophones, un modèle simple de diffusion monocentrée est exclu.

[Gab the Gaul]

Je pense que l'étude de St Pierre n'est pas aussi si mauvaise que ça. Elle semble dresser les grandes lignes des clusters génétiques français de façon assez pertinente. Et leurs résultats rejoignent presque toujours ceux que l'on peut observer dans les tests individuels des français.

Qu'il y ait des sous-clusters, comme ces fameux profils assez fortement proches des populations germaniques dans le nord ouest ne remet pas ça en cause (d'ailleurs l'étude reconnaît la plus grande proximité génétique du nord de la France avec l'Europe du Nord ouest)
Il y a toujours des sous-clusters éventuels ici et là. L'étude italienne aussi se permet de grosses généralisations, alors que l'on trouve des sous-clusters au sein-même des clusters qu'ils ont établi.
Ces généralisations (pouvant passer outre quelques nuances locales) me paraissent obligatoires dans des études à grande échelle de ce genre.

[Gab the Gaul]

Je viens de rencontrer un gars sur un forum dont la famille est originaire de Vendée. Il a fait un test génétique (my heritage je crois). Il a obtenu environ 20% "ibérique" (ça l'a surpris un peu. Perso je ne trouve pas ça trop étonnant). Quoiqu'il en soit ça serait intéressant de l'ajouter aux bases de données amateurs.
Je lui ai conseillé de venir sur anthrogenica

[anglesqueville]

Bon, alors, retour sur les histoires de distance génétique. Oubliez G25. J'ai sorti mon PLINK et la base HumanOrigins (autour de 500.000 SNPs après filtrage). J'ai fait calculer les "vraies distances génétiques". Les guillemets sont là pour rappeler que ce ne sont pas des distances au sens mathématique du mot, car l'inégalité triangulaire n'est pas respectée. Ce que PLINK sort c'est en fait un indice de similarité, calculé sur le genome entier, à savoir la proportion de SNPs de même génotype. Deux individus identiques (en fait un génome dupliqué) donnent 1, deux génomes sans aucun allèle commun (ce qui bien sûr n'arrive jamais) donneraient 0. Pour que ce soit plus parlant j'applique à cet indice d la fonction -log. Ce -log d varie donc de 0 à +infini. Théoriquement bien sûr, parce que dans la réalité même un Chinois Han et un Pygmée Biaka partagent une très large fraction de leurs génotypes. Voilà quelques valeurs (max de chaque matrice):

Orcadians: 0.2056143
Spanish (includ. Spanish_North): 0.212196
French (includ. French_South): 0.2142904
Italians (includ. Sicilians): 0.2158217

J'ai regardé tous les groupes d'Europe occidentale présents sur HO, et les French représentent ici encore la seconde plus grande variabilité après les Italiens. Ensuite j'ai fait une petite expérience. J'ai ajouté aux Spanish_North les Orcadians. Ce groupe atteint la variabilité de 0.2082. Inférieur à notre 0.21429... A ce groupe j'ai ajouté les Norvégiens. Résultat: 0.2093. Encore inférieur. Conclusion: il y a plus de variabilité (ainsi mesurée) dans le groupe français (HGDP+Lazaridis) que dans le groupe Spanish_North+Norwegian.

Helgi, si tu veux vérifier: ./plink --bfile .......... --distance square ibs . Le résultat est une matrice de distances plink.mibs et la liste plink.mibs.id des individus codés comme sur le fichier .fam. Tu renommes ta matrice, éventuellement sous .csv, et tu l'envoies dans R pour la manipuler.