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Thread: Resultats avec nMonte

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    Resultats avec nMonte

    Un script R recent, developpe par un membre de ce forum, permet de faire une simulation Monte Carlo sur les modeles usuels Eurogenes, MDLP, etc.. J'ai decide de le rouler et voici mes resultats (au dessus de 1%) que j'aimerais bien comparer avec les normands presents ici. Je donnerai les liens et les indications pour rouler le script plus tard.

    Eurogenes K13
    "Norwegian" 35.3
    "North_Italian" 24.4
    "North_Dutch" 7.7
    "Spanish_Valencia" 6.05
    "Austrian" 5.65
    "Spanish_Castilla_Y_Leon" 4.9
    "Southeast_English" 3.45
    "Sardinian" 3.4
    "French_Basque" 2.55
    "Tuscan" 2.05
    "Spanish_Cataluna" 1.95
    "Italian_Jewish" 0.95

    PuntDNAL K12 Modern
    "Norwegian" 21.45
    "Dutch_North" 15.2
    "Basque_Spaniard" 13.2
    "Swedish" 10.85
    "Sardinian" 10.3
    "Kurdish" 5.25
    "Iraqi_Jew" 4.85
    "French" 3.05
    "Armenian" 2.45
    "Gujarati" 2.4
    "French_South" 2.35
    "Italian_Bergamo" 1.7

    Eurogenes EuV2 K15
    "Irish" 19.4
    "French_Basque" 14.2
    "Spanish_Cataluna" 12.75
    "West_Norwegian" 11.25
    "South_Italian" 9.75
    "North_Dutch" 7.95
    "Swedish" 7.05
    "Lithuanian" 5.65
    "North_Italian" 5.55
    "Sardinian" 3.3
    "Greek" 2.9
    "Spanish_Valencia" 0.15

    MDLP K23b
    "Belgian" 21.9
    "Sardinian" 17.2
    "Norwegian_West" 14.05
    "Swede" 8.5
    "Greek_Phokaia" 7.1
    "English_Kent_GBR" 4.4
    "Kuban_cossack" 3.25
    "Italian_Piedmont" 2.85
    "Christian_Arabs_Israel" 2.1
    "Serb_Serbia" 2.1
    "Italian_North" 1.9
    "British" 1.35

    PuntDNAL K15
    "Basque" 39.85
    "Swedish" 17.75
    "Irish" 14.95
    "Lithuanian" 7.35
    "Sicilian" 5.7
    "Portuguese" 5.1
    "Georgian" 2.9
    "Polish" 1
    "Tuscan" 1
    "AriBlackSmith" 0.95
    "North_German" 0.6
    "West_Greenlander" 0.5

    Gedrosia K12
    "Sardinian" 14.4
    "Lithuanian" 14.3
    "Stuttgart" 13.9
    "Greek" 13.1
    "Norwegian" 11.55
    "Corded_Ware_LN" 7.15
    "BA_Sintashta" 6.7
    "Assyrian" 5.45
    "Georgian" 3.55
    "Iraqi_Chaldeans" 2.8
    "Turks_Trabzon" 2.1
    "Saudi" 1.5

    MDLP World 22
    "Croatian_V" 23.75
    "Sardinian" 14.15
    "Provancestralal" 11.25
    "Basque" 7.7
    "Orcadian" 7.2
    "Norwegian_V" 6.4
    "German-North" 6
    "Kosovar" 3.85
    "Finnish-South" 2.95
    "Lithuanian_V" 2.5
    "Italian-Center" 2.45
    "British" 2.1

    Eurasia K10
    "Icelandic" 22.4
    "Loschbour" 13.75
    "Tuscan" 11.8
    "Iranian_Jew" 9.65
    "English" 8.35
    "Georgian" 4.5
    "French" 4.3
    "Sardinian" 3.9
    "Stuttgart" 3.9
    "Iceman" 3.65
    "Cypriot" 2.35
    "Anatolia_Neolithic" 2.1

    PuntDNAL K12 Ancient
    "Corded_Ware_Germany_I0104" 37.7
    "Sintashta_MBA_RISE395" 17.15
    "Stuttgart_SG" 13.6
    "LBK_EN_I0054" 10.5
    "Anatolian Neolithic_I0745" 8.75
    "Iberia_Chalcolithic_I0300" 2.5
    "Remedello_BA_SG_RISE489" 2.2
    "LaBrana" 2.1
    "Motala12" 2.05
    "Kostenki14_UP_SG" 1.15
    "Epserstedt_MN_I0172" 0.5
    "Kotias_Kide_KK" 0.5
    K8: French East/German South/Austrian 26%, French North East/Belgian/German West 25%, French North 25%, Irish/Scottish/Welsh 10%, French South/French Basque 9%, German East/Czech/Austrian 5%
    K36: French East/German South/Swiss German 33%, French North East/Belgian/German West 31%, French North Central 21%, Irish/Scottish/Welsh 9%, French South/ French Basque 6%
    K16: German 50%, French North West 19%, French North East 11%, Irish/English 11%, French South 9%

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    Bonne idée de relancer nMonte, magnifique invention de mon quart de compatriote (enfin, quelque chose comme ça) Huijbregts. Au passage, tout le monde sait évidemment qu'en toute discrétion nMonte est devenu un outil incontournable dans l'analyse des adn anciens ( cf eurogenes). Je n'ai pas le temps ce matin, mais plus tard j'apporterai ma contribution à ton fil.
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  5. #3
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    Au boulot! Je ne vais pas poster pour mon père, puisque je ne sais plus vraiment s'il doit être considéré comme "français", ni même normand ( je vais avoir droit à un coup de téléphone s'il me lit, donc je parle bien d'admixtures, pas d'esprit, ni de culture, là plus normand que lui, il n'y a pas), et par contagion héréditaire, je ne sais plus non plus où me mettre moi-même ( et c'est très désagréable). Donc ce que j'ai de plus normand sous la main, c'est ma mère. Avec quand même un doute, bien connu: la foutue ligne inconnue de son grand'père maternel (**). Cela mérite une petite mise au point. Tolan a maintes fois relevé que ses résultats étaient trop "nordiques" pour être "français". Il y voit souvent des résultats écossais, ce qui produit un effet amusant chez les intéressés, compte tenu de la proximité historique concrète de la famille avec l'Ecosse, et très précisément l'Argyll. J'ai toujours défendu qu'il n'y avait là qu'un effet de calculateur. Je m'explique en trois mots, et vous comprendrez que ce long avant-propos est au coeur du topic. Le doute en question se cristallise sur, pour dire cela très vite, la part d'allèles "du sud" (*). 23&me donne à ma mère une composante "suderonne" plutôt importante ( 17% en spec, 4% en standard), dnaland une composante moitié moindre (8.3%). La même incertitude est produite par des oracles sur des calculateurs très proches, par exemple les eurogenes k15 et k13. Le k13 lui donne un 4-oracle caricatural: 1 North_Swedish + West_Scottish + West_Scottish + West_Scottish qui semble peser du côté de dnaland. k15 de son côté fait ressurgir une composante méridionale, quitte à la contrebalancer avec une finlandaise ( alors que je n'ai pas trouvé l'ombre d'un segment finlandais dans le génome en question): 1 French_Basque + Southwest_Finnish + West_Norwegian + West_Scottish @ 5.838828. Et nMonte? Et bien, regardez les composantes "basque" sur les nMonte modernes, et vous verrez que cet outil, comme Huijbregts lui-même l'explique très bien, traduit exactement les défauts et qualités du calculateur. Alors, ma mère, 17% ou 7% de sud (oublions les 3% du k13)? Quelque part entre les deux, mais sans doute beaucoup plus près du plus que du moins, à en juger par les résultats nMonte autres que ceux du k13. Ce qui en fin de compte est tout à fait ordinaire.

    EUROGENES

    k13

    Norwegian 64.65
    west_Scottish 30.5
    French_Basque 3.85
    Irish 0.6
    Swedish 0.35

    k15

    West_Scottish 65.9
    Southwest_Finnish 18.15
    French_Basque 13.5
    Irish 1.78

    MDLP K23b

    Latvian 26.25
    Basque_French 17.15
    Estonian 9.4
    Icelandic 8.5
    Frisian 7.35
    Basque_Spanish 6.4
    Lithuanian 6.1
    Scottish_Argyll_Bute_GBR 5.55
    Norwegian_West 3.25
    Irish 1.85
    Spanish_Pais_Vasco_IBS 1.55
    British 1.4
    ... je passe le reste

    PuntK12Ancient

    BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 43.05
    Anatolian Neolithic_I0745 12.45
    Motala12 10.55
    Hungary_HG_I1507 9.75
    LaBrana 7.95
    Satsurblia_SATP 6.7
    Anatolian Neolithic_I0746 4.25
    Scythian_IA_I0247 3.25
    Karelia_HG_I0061 1.6

    (*) Pour Ric: je parle bien ici d'admixtures, pas de phénotype. S'il s'agissait de chercher une adéquation admixtures/phénotypes, c'est eurogenes k13 qui aurait raison. Bonne raison pour ne pas chercher, et raison pour laquelle j'aurai toujours une extrême méfiance, pour le moins, à l'encontre des "photos de classes", et autres .... aprisottises.

    (**) Pour Titane qui, je crois aime bien mes antiquités: j'ai scanné l'unique photo de mon arrière grand père. Le bonhomme dans ses bras est feu le frère de ma mère.
    IMG.jpg
    Last edited by anglesqueville; 05-23-2016 at 03:41 PM.
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  7. #4
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    Voici les instructions:

    Allez chercher le script R ici:

    https://www.dropbox.com/sh/1iaggxyc2...oKME_3XHa?dl=0

    Ouvrez R et pointer vers le dossier ou vos fichiers sont places.

    Faites rouler le modele Gedmatch qui vous interresse, clicuqre sur "spreadsheet" et copier-coller ce tableau dans un Excel csv (effacer le coin superieur gauche ou se trouve le mot "population". Sauvegarder ce fichier ex: k15.csv. Copier le nom des colonnes et coller dans un nouveau fichier csv qui sera votre target, et taper vos pourcentages pour ce modele sur la deuxieme ligne. Sauvegarder et rouler le sript:

    source('nMonte.R')
    getMonte('k15.csv', 'targetk15.csv')
    K8: French East/German South/Austrian 26%, French North East/Belgian/German West 25%, French North 25%, Irish/Scottish/Welsh 10%, French South/French Basque 9%, German East/Czech/Austrian 5%
    K36: French East/German South/Swiss German 33%, French North East/Belgian/German West 31%, French North Central 21%, Irish/Scottish/Welsh 9%, French South/ French Basque 6%
    K16: German 50%, French North West 19%, French North East 11%, Irish/English 11%, French South 9%

  8. #5
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    Voici deux autres outputs, plus difficile a rouler car il y a duplication des noms des populations dans le fichier de base. Il faut modifier ces noms avant de rouler le script.

    Dodecad V3
    Mixed_Germanic 25.9
    French_Basque 12.05
    Sardinian 11.85
    TSI 6.35
    Kent 5.45
    Swedish 5.1
    German 4.1
    North_Italian 4.1
    Lithuanians 4
    Polish 3.25
    N_Italian 2.7
    Greek 2.5

    Harappa World
    lithuanian 15.1
    orcadian 12.6
    sardinian 11.15
    british 11.1
    italian 10.9
    tuscan3 7.2
    basque 7.05
    utahn-white2 6.95
    french 5.35
    tuscan 2.65
    utahn-white 2.3
    tuscan2 1.55
    K8: French East/German South/Austrian 26%, French North East/Belgian/German West 25%, French North 25%, Irish/Scottish/Welsh 10%, French South/French Basque 9%, German East/Czech/Austrian 5%
    K36: French East/German South/Swiss German 33%, French North East/Belgian/German West 31%, French North Central 21%, Irish/Scottish/Welsh 9%, French South/ French Basque 6%
    K16: German 50%, French North West 19%, French North East 11%, Irish/English 11%, French South 9%

  9. #6
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    car il y a duplication des noms des populations dans le fichier de base
    C'est un truc amusant, non?
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  11. #7
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    avec eurogenesK13
    [1] "distance% = 0.4811 %"
    [1] "percentage ancestors by pop:"

    Hinxton5 Oetzi
    23.10 18.95
    Hinxton2 French_Basque
    16.90 15.90
    Hinxton3 NE1
    13.40 4.05
    Norwegian Loschbour
    2.45 1.60
    Dai Karitiana
    0.90 0.65
    Southeast_English KO1
    0.60 0.35
    North_Dutch She
    0.25 0.20
    Gokhem2 Irish
    0.15 0.10
    Southwest_English Spanish_Murcia
    0.10 0.10
    Spanish_Valencia La_Brana-1
    0.10 0.05
    Spanish_Castilla_La_Mancha West_German
    0.05 0.05


    avec eurogenes k15 populations mondernes:
    [1] "distance% = 0.5576 %"
    [1] "percentage ancestors by pop:"

    West_Norwegian Oetzi
    23.75 23.40
    Hinxton3 Hinxton5
    13.90 13.50
    Hinxton2 French_Basque
    11.90 9.65
    Gokhem2 Dai
    2.25 0.70
    Karitiana Ethiopian_Ari_cultivator
    0.40 0.15
    West_Scottish Ethiopian_Gumuz
    0.15 0.10
    She Southeast_English
    0.10 0.05
    et populations anciennes:

    [1] "distance% = 4.1608 %"
    [1] "percentage ancestors by pop:"

    Bell_Beaker_LNI0113 Bell_Beaker_LNI0112 Oetzi Bell_Beaker_LNI0806
    41.55 26.00 18.70 12.70
    KO1 Karelia_HGI0061 Samara_HGI0124 YamnayaI0429
    1.05 0.00 0.00 0.00
    YamnayaI0444 YamnayaI0357 YamnayaI0438 YamnayaI0231
    0.00 0.00 0.00 0.00
    YamnayaI0370 YamnayaI0443 Corded_Ware_LNI0103 Corded_Ware_LNI0104
    0.00 0.00 0.00 0.00
    Corded_Ware_LNI0049 Corded_Ware_LNI0106 Bell_Beaker_LNI0108 Bell_Beaker_LNI0111
    0.00 0.00 0.00 0.00
    Bell_Beaker_LNI0059 Bell_Beaker_LNI0058 Loschbour NE1
    0.00 0.00 0.00 0.00
    NE6 Motala12
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Tolan a maintes fois relevé que ses résultats étaient trop "nordiques" pour être "français".
    Comment peut-on en être sur!!! combien de Normands pour comparer ? jusqu'à présent des Normands avec 4 gp de la même origine, ma mère et moi. Tous les autres ont un grand père, une grand mère ou un parent autre que Normand.
    Donc la comparaison, se fait entre nos deux familles, c'est peut-être la mienne qui n'est pas représentative.
    Si les conclusions de Leicester sont exactes, que l'échelle de la colonisation scandinave est semblable à celle de la Grande Bretagne et à celle des Pays-Bas, alors pourquoi les résultats d' Angle's Mum seraient si surprenants.
    Last edited by Helgenes50; 05-23-2016 at 05:13 PM.

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  15. #9
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    Quote Originally Posted by Helgenes50 View Post
    Comment peut-on en être sur!!! combien de Normands pour comparer ? jusqu'à présent des Normands avec 4 gp de la même origine, ma mère et moi. Tous les autres ont un grand père, une grand mère ou un parent autre que Normand.
    Donc la comparaison, se fait entre nos deux familles, c'est peut-être la mienne qui n'est pas représentative.
    Si les conclusions de Leicester sont exactes, que l'échelle de la colonisation scandinave est semblable à celle de la Grande Bretagne et à celle des Pays-Bas, alors pourquoi les résultats d' Angle's Mum seraient si surprenants.
    Tu sais bien que je suis de cet avis.
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  17. #10
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Au boulot! Je ne vais pas poster pour mon père, puisque je ne sais plus vraiment s'il doit être considéré comme "français", ni même normand ( je vais avoir droit à un coup de téléphone s'il me lit, donc je parle bien d'admixtures, pas d'esprit, ni de culture, là plus normand que lui, il n'y a pas), et par contagion héréditaire, je ne sais plus non plus où me mettre moi-même ( et c'est très désagréable). Donc ce que j'ai de plus normand sous la main, c'est ma mère. Avec quand même un doute, bien connu: la foutue ligne inconnue de son grand'père maternel (**). Cela mérite une petite mise au point. Tolan a maintes fois relevé que ses résultats étaient trop "nordiques" pour être "français". Il y voit souvent des résultats écossais, ce qui produit un effet amusant chez les intéressés, compte tenu de la proximité historique concrète de la famille avec l'Ecosse, et très précisément l'Argyll. J'ai toujours défendu qu'il n'y avait là qu'un effet de calculateur. Je m'explique en trois mots, et vous comprendrez que ce long avant-propos est au coeur du topic. Le doute en question se cristallise sur, pour dire cela très vite, la part d'allèles "du sud" (*). 23&me donne à ma mère une composante "suderonne" plutôt importante ( 17% en spec, 4% en standard), dnaland une composante moitié moindre (8.3%). La même incertitude est produite par des oracles sur des calculateurs très proches, par exemple les eurogenes k15 et k13. Le k13 lui donne un 4-oracle caricatural: 1 North_Swedish + West_Scottish + West_Scottish + West_Scottish qui semble peser du côté de dnaland. k15 de son côté fait ressurgir une composante méridionale, quitte à la contrebalancer avec une finlandaise ( alors que je n'ai pas trouvé l'ombre d'un segment finlandais dans le génome en question): 1 French_Basque + Southwest_Finnish + West_Norwegian + West_Scottish @ 5.838828. Et nMonte? Et bien, regardez les composantes "basque" sur les nMonte modernes, et vous verrez que cet outil, comme Huijbregts lui-même l'explique très bien, traduit exactement les défauts et qualités du calculateur. Alors, ma mère, 17% ou 7% de sud (oublions les 3% du k13)? Quelque part entre les deux, mais sans doute beaucoup plus près du plus que du moins, à en juger par les résultats nMonte autres que ceux du k13. Ce qui en fin de compte est tout à fait ordinaire.

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    k13

    Norwegian 64.65
    west_Scottish 30.5
    French_Basque 3.85
    Irish 0.6
    Swedish 0.35

    k15

    West_Scottish 65.9
    Southwest_Finnish 18.15
    French_Basque 13.5
    Irish 1.78

    MDLP K23b

    Latvian 26.25
    Basque_French 17.15
    Estonian 9.4
    Icelandic 8.5
    Frisian 7.35
    Basque_Spanish 6.4
    Lithuanian 6.1
    Scottish_Argyll_Bute_GBR 5.55
    Norwegian_West 3.25
    Irish 1.85
    Spanish_Pais_Vasco_IBS 1.55
    British 1.4
    ... je passe le reste

    PuntK12Ancient

    BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 43.05
    Anatolian Neolithic_I0745 12.45
    Motala12 10.55
    Hungary_HG_I1507 9.75
    LaBrana 7.95
    Satsurblia_SATP 6.7
    Anatolian Neolithic_I0746 4.25
    Scythian_IA_I0247 3.25
    Karelia_HG_I0061 1.6

    (*) Pour Ric: je parle bien ici d'admixtures, pas de phénotype. S'il s'agissait de chercher une adéquation admixtures/phénotypes, c'est eurogenes k13 qui aurait raison. Bonne raison pour ne pas chercher, et raison pour laquelle j'aurai toujours une extrême méfiance, pour le moins, à l'encontre des "photos de classes", et autres .... aprisottises.

    (**) Pour Titane qui, je crois aime bien mes antiquités: j'ai scanné l'unique photo de mon arrière grand père. Le bonhomme dans ses bras est feu le frère de ma mère.
    IMG.jpg
    Beau bébé! et même si la photo est en noir et blanc on devine des cheveux blonds très pâles et des yeux bleus très pâles aussi. Un type nordique quoi... Tu me dirais finlandais que je te dirais oui...

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