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Thread: Distance génétique (Fst) Chasseurs-cueilleurs (WHG)/fermiers Néolithiques anatoliens

  1. #1
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    Distance génétique (Fst) Chasseurs-cueilleurs (WHG)/fermiers Néolithiques anatoliens

    Je pense que cela a déjà été abordé dans le forum anglophone consacré à la fameuse étude de Lazaridis et al. 2016, The genetic structure of the world's first farmers, mais voici un tableau très intéressant tiré de cette étude qui donne les distances génétiques entre différentes populations anciennes et populations modernes.

    Ainsi selon cette table SupplementaryDataTable3, la distance génétique (Fst) qui séparent les fermiers d'Anatolie qui ont migré en masse en Europe au Néolithique et les chasseurs-cueilleurs européens du mésolithique (WHG) déjà sur place est de 0,097 soit à peu près la même distance génétique existant entre un Français d'aujourd'hui et un ... Chinois (0,109) ! et cette distance génétique WHG/Anatoliens du Néolothique est 6,5 fois plus importante que la distance génétique qui sépare un Français d'un Bédouin (0,015) !!

    Espérons que cela ne tombe pas entre les mains de nos politiciens immigrationnistes car si des Chinois débarquent demain en masse, on aura vite fait de nous dire, mais voyez, les migrants anatoliens du Néolithique étaient presque aussi distants génétiquement des chasseurs-cueilleurs européens du Mésolithique que vous ne l'êtes des Chinois et tout s'est très bien passé puisque vous êtes, en partie, le résultat de ce métissage....

    La distance entre les Européens modernes et les Africains subsahariens reste toutefois plus importante (0,140-0,150) que celle séparant les WHG des migrants anatoliens, mais... pas tant que cela, seulement 1,5 fois plus importante... ouf, on l'a échappé belle.

    A noter aussi q'un Français moderne reste plus toujours proche d'un BédouinA (0,015) ou des Arabes du Moyen-Orient en général que d'un migrant "indo-européen" Steppe_EMBA (0,019) qui inclut Afanasievo, Poltavka et Yamnaya.

    Certains diront que les Fst sont ceci ou cela, qu'il vaut mieux utiliser ceci ou cela etc ... mais venant de Lazaridis, un des meilleurs généticiens actuels, quand même...
    Last edited by E_M81_I3A; 09-07-2016 at 06:26 AM.
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  2. #2
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    Le fichier excel est pas pratique étalé en largeur, mais la distance WHG<>HAN c'est 162, WHG<>Anat=93 et WHG<>SSA c'est 256 (!), c'est ce qu'on teste en dstats, soit Mbuti ou Yoruba.

    Pas tout à fait la même chose.

    Ta distance France<>Bedouin est fausse aussi, c'est 15 et 35 pour BedouinB. Un Allemand 17/37. Toutes les populations modernes sont plus près les unes des autres que du mésolithique, c'est normal personne est plus de 50%.

    Une autre stat qui devrait en défriser certains..EHG est plus près de SSA que Natufian. Seul les WHG/SHG sont devant Natufian, tout le reste, est plus près.

    Le groupe qui nous atteint vraiment en pratique c'est Europe_EN, par rapport au WHG il est à 85, le MN à 61 et le LN à 56. Je veux bien qu'on me raconte qu'il n'y a pas de gene flow entre le néolithique et les WHG, même s'il n'y avait pas un florilège d'autres preuves ca y ressemblerait très fortement, juste avec un fst.
    Last edited by Mestace; 09-06-2016 at 08:19 PM.
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  4. #3
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    Quote Originally Posted by Mestace View Post
    WHG<>Anat=93...

    Ta distance France<>Bedouin est fausse aussi, c'est 15 et 35 pour BedouinB. .
    Non, WHG/Anatolien = 0,097. Voir image ci-dessous :




    et 0,015 pour Français/BédouinA c'est ce que j'ai écrit.

    Donc on a bien au final (x 1000):

    Français/BedouinA = 15
    Français/Steppe_EMBA (indo-européens) = 19 soit plus que la distance Français/Arabes du Moyen-Orient
    Anatolien/WHG= 97 soit 6,5 fois plus que Français/BedouinA
    Français/Chinois Han = 109 soit similaire à WHG/Anatolien

    Donc un Français moderne est bien aussi distant d'un Chinois qu'un migrant Anatolien du Néolithique ne l'était d'un WHG.
    Last edited by E_M81_I3A; 09-07-2016 at 06:27 AM.
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  5. #4
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    Quote Originally Posted by rz1706 View Post
    Oui mais on a bien :

    WHG/Anatolien = 0,097
    Français/Chinois Han = 0,109 soit similaire à WHG/Anatolien
    Français/BedouinA = 0,015 soit 6,5 fois plus que WHG/Anatolien

    Donc un Français moderne est aussi distant d'un Chinois qu'un migrant Anatolien du Néolithique ne l'était d'un WHG.
    Oui mais c'est pas très extraordinaire étant donné la distance qui nous sépare tous aujourd'hui des WHG. Une stat plus intéressante c'est France/Anat à 22, dailleurs supérieure à celle de BedouinA, ce qui devrait nous faire un peu réfléchir quant à ce qu'était vraiment les steppes (loin du mythe). Si tu compares Anat et Han et donc France et Han, tu te rends compte qu'on s'est aussi rapproché des Chinois et des Africains et pas à cause du néolithique.
    Last edited by Mestace; 09-06-2016 at 08:48 PM.
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     E_M81_I3A (09-06-2016)

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    Ce n'est pas directement lié au sujet de départ, mais à noter également, une fois de plus, que les Européens du Sud-Est (Italiens du Sud, Maltais, Grecs etc) sont plus proches des Arabes du Moyen-Orient que des autres Européens :

    Par exemple, les Fst suivantes (x1000) pour les Italiens du Sud :

    Italien du Sud/Italiens du Nord: 16
    Italien du Sud/Jordanien : 18
    Italien du Sud/Syriens: 20
    Italien du Sud/BedouinA : 21
    Italien du Sud/Palestinien: 21
    Italien du Sud/Ecossais : 21
    Italien du Sud/Espagnols du Nord: 22
    Italien du Sud/Irlandais: 22
    Italien du Sud/Polonais: 22
    Italien du Sud/Norvégiens: 23
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    Italien du Sud/Estoniens: 27
    Italien du Sud/Saoudiens : 27
    Italien du Sud/Lithuanien : 28
    Italien du Sud/Finlandais : 29

    etc
    Last edited by E_M81_I3A; 09-07-2016 at 05:59 AM.
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     Agamemnon (09-07-2016),  Mestace (09-06-2016)

  9. #6
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    Quote Originally Posted by rz1706 View Post
    tout s'est très bien passé puisque vous êtes, en partie, le résultat de ce métissage.....
    Là, tu t'avances vrai ent beaucoup! A priori, ils ont mis des milliers d'années pour fusionner et dans certains endroits, les WHG locaux ont quasiment disparu.
    Et in fine, les nouveaux venus de l'Age du Bronze ont mis tout le monde d'accord.

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     Helgenes50 (09-07-2016)

  11. #7
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    Certains diront que les Fst sont ceci ou cela, qu'il vaut mieux utiliser ceci ou cela etc
    ... Un Fst calculé sur les 600000 snps et quelques de Human Origine, personne ne trouvera rien à redire.
    Espérons que cela ne tombe pas entre les mains de nos politiciens immigrationnistes car si des Chinois débarquent demain en masse, on aura vite fait de nous dire, mais voyez, les migrants anatoliens du Néolithique étaient presque aussi distants génétiquement des chasseurs-cueilleurs européens du Mésolithique que vous ne l'êtes des Chinois et tout s'est très bien passé puisque vous êtes, en partie, le résultat de ce métissage....
    Il serait facile de remarquer que ce métissage des chasseurs-cueilleurs et des primo-cultivateurs a pris deux millénaires... Ils ont eu le temps de s'accommoder les uns aux autres...
    ce qui devrait nous faire un peu réfléchir quant à ce qu'était vraiment les steppes (loin du mythe)
    Explique...

    Pour le reste, je ne vois pas bien ce qu'il y a de renversant. D'ailleurs le petit texte pédagogique que viennent de publier les gars d'Uppsala (*) le dit très précisément:
    The genomic make-up of these hunter-gatherers fall outside of the genetic variation of modern-day people, including western Eurasians
    (*)http://biorxiv.org/content/biorxiv/e...72926.full.pdf

    edit: bon, et puis quand même, même sur l'array de HO, un Fst est un Fst.
    The interpretation of FST can be difficult when the data analyzed are highly polymorphic. In this case, the probability of identity by descent is very low and FST can have an arbitrarily low upper bound, which might lead to misinterpretation of the data. Also, strictly speaking FST is not a genetic distance, as it does not satisfy the triangle inequality. As a consequence new tools for measuring genetic differentiation continue being developed.
    (Wiki). je ne doute pas que Lazaridis sait interpréter un tableau de Fst. Moi, je ne sais pas. En particulier, je ne sais pas quoi faire avec 3 populations ou plus, précisément parce que Fst ne vérifie pas l'inégalité triangulaire.
    Last edited by anglesqueville; 09-06-2016 at 09:50 PM.
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  12. #8
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    Quote Originally Posted by Mestace View Post
    Le groupe qui nous atteint vraiment en pratique c'est Europe_EN, par rapport au WHG il est à 85, le MN à 61 et le LN à 56. Je veux bien qu'on me raconte qu'il n'y a pas de gene flow entre le néolithique et les WHG, même s'il n'y avait pas un florilège d'autres preuves ca y ressemblerait très fortement, juste avec un fst.
    Heu, oui, mais plus précisément car j'ai vraiment du mal à te suivre. Je pensais que c'était juste en Anglais, mais la manière dont tu composes tes phrases (avec notamment beaucoup d'ellipses), ne m'aide pas vraiment à comprendre ton propos.

    Car je n'ai pas l'impression que quelqu'un ait soutenu qu'il n'y avait pas eu de métissage entre les WHG et les EEF, ni qu'ils vivaient de manière totalement séparés les uns des autres. Il y a eu des échanges, même si leur fusion a été très longue à venir, et que les populations sont restées structurées dans le même temps.

    Et c'est quoi le mythe des Steppes?

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     Il Papà (09-07-2016)

  14. #9
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    ... Un Fst calculé sur les 600000 snps et quelques de Human Origine, personne ne trouvera rien à redire.

    Il serait facile de remarquer que ce métissage des chasseurs-cueilleurs et des primo-cultivateurs a pris deux millénaires... Ils ont eu le temps de s'accommoder les uns aux autres...
    Explique...

    Pour le reste, je ne vois pas bien ce qu'il y a de renversant. D'ailleurs le petit texte pédagogique que viennent de publier les gars d'Uppsala (*) le dit très précisément:

    (*)http://biorxiv.org/content/biorxiv/e...72926.full.pdf

    edit: bon, et puis quand même, même sur l'array de HO, un Fst est un Fst. (Wiki). je ne doute pas que Lazaridis sait interpréter un tableau de Fst. Moi, je ne sais pas. En particulier, je ne sais pas quoi faire avec 3 populations ou plus, précisément parce que Fst ne vérifie pas l'inégalité triangulaire.
    Les steppes sont un mélange de beaucoup de choses, quasiment tout ce qui existe de l'holocène, mais trop tard ce soir pour partir ladedans.

    Les fst j'essaye de les voir comme des cercles concentriques autour des populations, c'est quand même des distances mais on ne sait pas ou ces distances se trouvent sur ces cercles par rapport aux autres populations, même si on peut le déduire pas à pas jusqu'à un certain point. Par exemple un composant peut se trouver plus près d'un truc qui ressemble au nord (désolé pour l'ami ffoucart encore) tout en étant plus près du sud qu'un autre plus distant du nord (argh). Il suffit d'avoir une pop avec un grand drift à l'horizontal par exemple (typiquement les fermiers), ils sont plus loin des WHG que d'autres composants, mais plus loin des Africans que d'autres plus près des WHG. Et encore tout cela en admettant que notre génétique puisse bien se représenter sur un plan 2d (on peut penser à des sphères sinon).

    Un autre exemple auquel je pense avant d'aller me coucher, peut être encore plus parlant. La moyenne France (22) est plus près du néolithique que les Basques (26), même les Allemands au passage. Pourtant on voit toujours en admixture qu'ils ont plus de néolithique, plus de basal, etc...Pourquoi selon vous?


    j'étais en train de me dire qu'on pouvait faire un pca, il existe déjà en fait

    http://www.open-genomes.org/analysis...lot_1-2-3.html
    http://www.open-genomes.org/analysis...lot_1-2-3.html
    Last edited by Mestace; 09-06-2016 at 11:39 PM.
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  15. #10
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    Mestace: tu ne peux pas traduire des Fst en termes spatiaux, même à titre de métaphore, que ce soit dans un plan ou dans l'espace. Même les distances p-adiques, si cela te dit quelque chose, seraient plus visuellement parlantes que des Fst. Bon, on a déjà parlé des Fst sur ce sous-forum, je ne vais pas repartir là-dedans. Simplement je répète mon aveu d'impuissance: moi, je ne sais pas interpréter un tableau de Fst, surtout quand il mélange des individus archéologiques et des populations modernes, avec tous les phénomènes possibles de dérive génétique par isolation ou/et gene flow. Encore une fois, j'imagine que Lazaridis, lui sait, et il va falloir que je relise son texte encore une fois, car je ne me souviens pas qu'il déduise quoique ce soit de celui-ci (1). Cela dit, encore une fois: https://web.natur.cuni.cz/~muncling/Meirmans2011Fst.pdf (texte de 2011, je sais, mais qu'on ne me dise pas que c'est loin, parce que l'introduction de l'outil Fst l'st beaucoup plus).
    (1) n'hésite pas à faire avec moi comme avec les enfants: indique-moi les lignes du texte de Lazaridis qui contiennent des observations tirées par lui de ce tableau, je suis toujours prêt à apprendre...
    Last edited by anglesqueville; 09-07-2016 at 07:01 AM.
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     palamede (09-07-2016)

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